传说中的神医扁鹊能用针灸治病，千百年来人们对此深有探究。中国神秘的针灸医术起源于何时呢？这儿有一个传说：远古时一位打猎的人鼻子上中了一箭，这一刺却治好了猎人长久未愈的头痛病。这个传说看似神奇，但并非毫无道理，这种医术的起源似乎可追溯到石器时代，因为在不同地方的石器时代遗址中，均出土了大量用来戳皮肤的石制尖锐工具。
上古时，人们以草熏体表，以砭石或荆棘、骨针等刺激人体，这是最早的针灸术。《淮南·务修训》记载有“庖牺（伏羲）制九针”。“所谓九针，为、圆、、锋、铍、圆利、毫、长、大针”，除用于外科按摩外，也有用于针灸者。针灸主要内容是通晓经络，选取穴位，控制深度与针灸时间等。
在湖南长沙马王堆汉墓中出土的帛书中，有先秦的《足臂十一脉灸经》、《阴阳十一脉灸经》，书中记载有齿脉、耳脉、肩脉等，可知扁鹊用针灸等法治虢太子“尸厥”时，医家已善用针灸术。书中还专门记述了用灸法治疗各种疼痛，各部位痉挛，烦心、恶寒等多样病症。战国时代的医书《黄帝内经》中多方面记述了针灸的适应症，并论述了各种脏腑疾病的针灸疗法。目前所知最早的金针实物是河北满城出土的西汉金针。
《十一脉灸经》残片医籍中的《灵枢经》奠定了针灸的理论基础。东汉末皇甫谧编著了一部《黄帝三部针灸甲乙经》，简称《甲乙经》。它是以古代的《针经》（后世认为即《灵枢经》）、《素问》、《明堂孔穴针灸治要》三部书汇集整理而成的。全书总共12卷，128篇，是皇甫谧对针灸古书“使事类相从，删其浮辞，除其重复，论其精要”的辛勤劳动结晶。书中详细地记载了全身649个经穴的部位和主治疾病、针刺分寸、艾灸壮数，并提出了较为科学的针灸操作方法和禁忌等，是一部系统地总结前人用针灸治病的临床经验著作。唐代孙思邈、王焘绘制的彩色针灸挂图有重要学术价值。宋元太医设有针灸科。天圣间（1023～1032年）王惟一的《铜人腧穴针灸图经》，统一周身651个穴位，并设计、监制两具铜人以测试考生。元末滑寿的《十四经发挥》成为日本针灸取穴的依据。明代杨继洲的《针灸大成》汇收古籍、家传针灸理论，为针灸学的重要文献。孙思邈等描绘的针灸图针灸术简易、方便、应用范围广。对内科、外科、妇科、儿科、五官科等各种疾病的预防和治疗都有显著的、迅速的疗效，没有或很少有副作用。
针灸术不仅对我国医疗事业有很大影响，而早在秦汉时期就已传到朝鲜、日本、东南亚和中亚地区。宋元以后，随着海路航运事业的发展，针灸术也被介绍到欧洲一些国家去造福人类。
1958年，我国的医务工作者在继承古代针灸术的基础上，用针刺麻醉代替药物麻醉施行外科手术获得成功，这引起国内外医学界的极大兴趣。针刺麻醉是以针刺穴位，使病人能在清醒状态下接受手术的一种局部麻醉方法。它不用麻醉药，病人神态清醒，能主动配合，生理干扰少，术后恢复快，尤其适用于不宜进行药物麻醉的病人。针刺麻醉安全、简便、经济、有效、没有痛苦，受到人们的普遍欢迎。
在20世纪70年代，以中国向全世界公布针刺麻醉的研究成果为契机，国际社会掀起了一股渴望了解针灸学和应用针灸治病的热潮，这是一次世界性的针灸热潮。因为对针灸的学习，西方医学界渐渐消除了对针灸的误解，一部分外国人还对其产生了浓厚的兴趣，成为应用、研究与推广针灸的主要力量。在针灸国际化的进程中，世界卫生组织发挥了重要的推动和引导作用，如在一些国家设立针灸研究培训合作中心﹑支持并创建世界针灸学联合会﹑制定《经络穴位名称国际标准》、《针灸临床研究规范》等。现在，在世界各国，已有140多个国家和地区开展针灸医疗，从事针灸的人数有20万～30万人。
20世纪下半叶，针灸临床的侧重点在于观察与总结针灸的适应症。而20世纪90年代，针灸的临床应用范围已扩大到4个方面，即经络诊断，针刺麻醉，针灸保健、针灸治疗。针灸现在可以治疗的病症达800多种，其中30%~40%治疗效果显著，包括一些常见疾病，功能性疾病，慢性病。某些疑难病症与急性病用以针灸辅助更见疗效。
进入21世纪，随着针灸医疗的副作用小、消费少等优势被世界各国人民渐渐认知，立法确认及提高临床水平、向疑难病症挑战就成了必须解决的问题。在立法上，由于各国的承认和联合国的推广，许多国家都已经确立并完善了法律管理，而且对针灸从业人员的考试和资格认证进一步规范；在研究上，用针灸治疗或辅助疑难病症也渐显苗头，如小剂量药物穴位注射治疗萎缩性胃炎，火针治疗慢性骨髓炎，舌针治疗脑性瘫痪、帕金森症等。由此可见，针灸这一伟大的医学学科还有更大的潜力值得发掘。