刘秀集团参加崤底战役的总兵力，无确切根据可查。但依据其各部分的实力推算，大致可以得出上述概略数字，邓禹所部，初入关中为两万人，后来虽有较大发展，但几次战败，损失了一些部队，渡过黄河后大概最多也只能拥有三五万人；冯异指挥的魏郡、河内、河南等郡兵马，估计也在四万人左右。东路军及其洛阳地区的机动力量，大致约在二十五万左右。
第六，赤眉刘秀两军作战策划
赤眉军建世政权二年（公元25年），汉光武帝刘秀二年九月，赤眉大军返回长安后，形势日趋恶化，南有延岑的重兵，北有刘秀集团的邓禹之军，陇上又有隗嚣的军队，加上三辅地区地主豪强势力的捣乱破坏，屯积粮食，坚壁清野，因而，当即做出了东归的决策。赤眉起义军的御史大夫樊崇，丞相徐宣等认为，刘秀集团正忙于建都洛阳，派兵向周围扩张势力，在中原地区脚跟尚未站稳，所以，赤眉回军关东，遇到的敌对力量很可能不会太大。故作出了以下东归作战策划。
（一）放弃攻击渭北的邓禹军；
（二）不再攻击延岑的部队；
（三）准备打击冯异的西路军；
（四）出函谷关后，仍按入关的路线东进，然后往东南方向发展。
刘秀集团根据赤眉军原先的入关进军路线分析，认为赤眉东归也有可能仍经过颍洛之间，于是预先在洛阳、宜阳、新安等地布设了重兵，准备在颍洛地区将赤眉军这股威胁刘秀称帝的最强劲的敌人彻底歼灭，刘秀集团的作战策划如下：
（一）如果赤眉军走西路，即经过灵宝、新安、洛阳之线，则宜阳的建威大将军耿率军驰往新安，与新安驻防军破奸将军侯进部共同攻击赤眉军。
（二）如果赤眉军走南路，即经过弘农郡，走宜阳，则侯进率新安驻军驰往宜阳，与宜阳的耿军共同击灭赤眉军。
（三）位于洛阳的重兵集团由吴汉，朱佑、杜茂、贾复、坚镡、王霸等统率的六军和由骑都尉刘隆、马武、阴识等率领的边境突骑部队，准备向两个方向机动支援。
第七，华阴湖城附近的作战
汉光武帝二年（公元26年），赤眉建世政权二年十二月，赤眉大军离开长安，沿华县、华阴之大道向函谷关进军。
此时刘秀集团的冯异所率之军，也正沿西路向函谷关且战且进，冯异军沿途招降的割据势力有：
割据称雄于渑池地区的霍邬等军；
割据称雄于陕城附近地区的王长等部；
割据于湖城附近地区的惠等部；
割据于华阴附近地区的阳沈等部。
这些大大小小的割据势力，由于与刘秀集团阶级利益的一致性，所以冯异军兵锋所至，都纷纷归降，使得冯异军进展顺利，通行无阻地越过了关中门户函谷关，进抵华阴地区。
赤眉军樊崇等接到冯异率汉军到达华阴地区的消息，即派出兵力，进击冯异军，两军交战于华阴附近地区，双方作战达数十次。相持六十多天，互有胜负。这时赤眉军内部发生了刘始等人带领五千多起义军士卒投降冯异军的事件，对赤眉军土气有一定程度的影响，但赤眉军仍在积极准备与冯异军作战。
邓禹奉刘秀之令，被征调东归的过程中，曾数次率领疲惫饥饿之土卒与赤眉交战，均遭失利，于是率领他的车骑将军邓弘等领兵由黄河以北的芮城，渡过黄河，到达黄河南岸的湖城，企图占据崤函地区的有利地势，再与赤眉军较量。邓禹军渡过黄河后正巧与冯异自华阴东撤的部队相遇，而合兵一处。邓禹于是约请冯异共同进击赤眉军。但冯异根据自己与赤眉交战多天的体会，深感赤眉军尚十分强大，还不到决战的时机。因而对邓禹等说：“我与赤眉军交战数十日，虽然俘获了他们一些勇敢善战的将士，但其实力仍然很强大，暂时只能够用恩信诱骗他们，如马上去攻打他们，则很难取胜。现在汉帝已命令各路大军于渑池（今河南省渑池新安一带）挡住了赤眉军由西路东归的去路，命令我率军西进攻击他们，这种两面夹击的战略，必定可以一举击破赤眉军，这是万无一失的决策！”邓禹、邓弘不听冯异的劝阻。邓禹决计向赤眉进攻，命令邓弘军首先向赤眉军进攻。
赤眉起义军御史大夫樊崇、丞相徐宣等人都清楚地知道邓禹军兵疲粮尽、战斗力不高的具体情况，因而在得知邓禹又将率军来攻的消息时，便将一些运粮大车都装上泥土，泥土上面覆盖一层豆类食物，预备引诱敌人抢粮，再乘他们抢粮混乱之机，一举消灭他们。赤眉军布置妥当，便与邓弘军交战，赤眉军与邓弘军激战到午后，伪装战败，向后撤退，丢弃大量运粮车辆，邓弘部卒饥饿难忍，争先恐后地抢运粮车上的豆子，阵势大乱。赤眉军这时立即返回，进击邓弘军，将邓弘部队打得溃不成军。
冯异、邓禹见邓弘军惨败，冯邓两人即率领兵马前往援救邓弘，与赤眉军交战后，曾一度击退赤眉军，冯异以士卒从早晨战至午后，都很疲乏饥饿。建议邓禹收兵，暂行休整后再与敌人交战。但邓禹却错误地认为，眼看就要战胜赤眉军，断然拒绝冯异的意见，继续向赤眉军进击，结果赤眉军重振军威，大败邓禹冯异军，斩杀邓禹军三千多人，全军崩溃，四散逃命。邓禹只带了二十个骑兵逃回宜阳，冯异丢弃乘马，爬到一个荒山坡上，仅带着几个士卒，逃回营内，收其残兵败将，进行坚壁自守，赤眉起义军取得了华阴和湖城附近作战的第一次胜利。
第八，崤底战役的作战经过
一、崤底战前双方的作战准备
冯异逃回营内之后，虽然遭到惨重失败，但却没有丧失战斗意志，决心重整旗鼓，以与赤眉军再战，为此他采取了一系列措施，（一）收容邓禹和自己溃散的将士，将他们统统编入自己的部队，加以整顿，很快组成了新的战斗序列。（二）加修营垒，拒绝敌人的挑战，坚壁自守。（三）招降附近营堡之内的割据势力，收编地方武装，补充和扩大部队。冯异经过采取这些措施之后，部队不但恢复了元气，补充上了损失的兵员，而且还扩大了部队的数量，实力有了很大的增强，为崤底战役打下了极为有利的基础。
赤眉起义军于湖城作战胜利后，没有注意招降和收编冯异、邓禹的部队，给了敌人重新收拢集结的机会，同时也没有注意休整自己的部队，备足下次作战的粮食。作战六十多天后，拉着饥饿疲惫的队伍，急急向东方开进，只想早日返回东方，忽略了对前方可能出现的敌人数量及自己的战略策略的研究。这就使赤眉起义军，在缺乏政治上、思想上，军事上任何准备的情况下，仓卒进入了预想不到的崤底交战。
二、赤眉军崤底的战败
汉光武建武三年（公元27年），赤眉军刘盆子建世三年闰正月，冯异已完成崤底战役的一切准备工作，他命令一部分部队穿上赤眉军的服装，预先埋伏于有利地势之下，然后派出部队去如期向赤眉军挑战。赤眉军樊崇等于拂晓派出一万余精兵，首先与冯异的先头部队交战，双方展开激烈战斗。冯异军伪装成渐渐抵挡不住赤眉军的攻势，这时冯异却只派出很少量的部队前来支援，造成了赤眉军误认为冯异兵少势弱的错觉，于是，起义军即出动主力部队，全力向冯异军猛攻。
冯异军见赤眉军主力投入作战，也随即将自己的主力展开，迎击赤眉大军。双方都有一些不同程度的伤亡，战斗持续到午后，赤眉军的攻势逐渐出现减弱的趋势，冯异看到时机成熟，遂命令埋伏附近的部队出击。这些伏兵由于穿着与赤眉军相同的服装，而且又来势汹涌，使赤眉军分不清敌我，阵势立即大乱，纷纷向崤底撤退。冯异随即挥军向崤底进击，逐渐压缩包围圈，将赤眉军男女八万余人于崤底击破俘获，这是赤眉军自杜陵战役以后，第二次最大的失利，遂使崤底战役成为赤眉军彻底失败的前奏。赤眉起义军遭此严重失败后，还剩下十余万兵力，在樊崇等统率下，急忙向东南方疾走。
三、赤眉军的彻底失败
汉光武帝刘秀得知冯异大败赤眉军后，十分欣喜，对冯异大加赞赏，并立即调动重兵堵截围歼赤眉军的剩余部队。当刘秀得知赤眉军向东南疾走宜阳（今河南省宜阳县之韩城）的情况后，立即亲率汉军主力大军，也向宜阳疾进，刘秀到达宜阳后，确定了以下的作战部署：
（一）前军：由大司马吴汉统率，全部为刘秀集团的精锐之师。
（二）左军：这是刘秀集团的骁骑部队，由骑都尉刘隆、马武、阴识统率指挥。
（三）右军：由大将军朱佑，扬化将军坚镡，偏将军王霸等统率。
（四）中军：这是由刘秀直接控制的机动部队，包括建威大将军耿、骠骑大将军杜茂、执金吾左将军贾复等部。
刘秀集团将兵力部署妥当之后，即严阵以待，等侯赤眉军的到达。
赤眉起义军在崤底失败后，正向宜阳疾走，突然在前进的路上与刘秀的大军相遇，这时粮尽力竭的起义军，自感没有可能突破刘秀以重兵布成的阵势，如勉强进行战斗，肯定会遭到无谓的伤亡，于是决定向刘秀投降，遂出现了赤眉农民起义军战争史上最令人悲痛的一页。
当时樊崇等派出式侯刘恭为代表，前去刘秀营内谈判投降事宜，《后汉书？刘盆子传》对赤眉军屈辱投降和刘秀以封建统治者镇压农民起义胜利后的傲慢态度，均有较详细的记载。
刘恭见了刘秀说：“刘盆子带领百万之众向陛下投降，陛下如何对待他们？”刘秀回答说：“可以免除他们的死罪”。于是樊崇与刘盆子及丞相徐宣以下三十多大臣将军便开始投降，将汉代的传国玺绶、更始的七尺宝剑等交给了刘秀。赤眉军交出了自己的兵甲，堆积起来与雄巍的熊耳山一样高。
第二天，刘秀大军在洛水边上列阵，让刘盆子君臣观看，以向他们示威，刘秀对刘盆子等说：“自知当死不了？”接着又以挑战的傲慢态度对樊崇说：“你不觉得投降后悔吧？我现在可以让你重新把你的队伍集合起来，咱们正式做一次较量，以便决一胜负，我决不强迫你投降。”樊崇没有答话，但丞相徐宣却奴颜媚骨地说：“今日得降，犹去虎口归慈母，诚欢诚喜，无所恨也。”
至汉光武帝建武三年（公元27年）夏，刘秀以樊崇。逄安继续谋反罪，将他们杀害。
崤底战役评述
起兵于王莽天凤五年（公元18年）的赤眉起义军，至汉光武帝刘秀建武三年（公元27年），经过近十年的英勇奋战，靠农民起义军及其领袖自己的力量，打败了腐败透顶的新莽王朝的反动军队，摧毁了更始刘玄政权，建立了农民起义军为主体的汉政权，取得了划时代的胜利。但由于地主豪强势力的反抗，刘秀集团的残酷镇压，于崤底一役，终于最后失败。
崤底战役所以被历代封建统治阶级所渲染，冯异也因此而被封为名将，倒不是因为冯异在这次战役中，有什么惊人的指挥艺术，而实质在于借此向所有反抗封建王朝的人们宣告，反抗者必然遭到覆灭的下场。
崤底战役的失败，战场上直接的原因是赤眉起义军上了冯异的诱兵之计，继之又没有侦察清楚刘秀集团布设重兵的动向，导致了一步被动，步步被动，失去了在当时可能取胜的基本条件。
以崤底战役为终结的赤眉的失败，在中国农民起义战争史上留下了令人心的悲壮的一页。但从社会发展的内在规律来看，在那个时代纯粹的农民起义既获得彻底胜利，又能长期巩固下去是根本不可能的，而何况赤眉军在夺取政权的前前后后又发生了一系列致命的失误，这就更难避免失败的命运。
赤眉起义军夺取了长安，摧毁了更始王朝，应该说是取得了起义战争的彻底胜利。但这个胜利，却由于它的失误转瞬即逝。
其一、赤眉军占领长安之后，既没有彻底肃清长安城内的反对势力，也没有平定关中地区的大大小小的割据势力。这就使新建立的建世政权，始终处于敌对势力的重重包围之中，名为取了天下，实际上则形成了只有长安孤城一座的孤立局面。关中尚且如此，全国各地的反对势力就更加强大了。
其二、赤眉军没有更高的战略和策略思想，他们对于先占哪里，后占哪里，对待哪一类敌人采取什么样的战略，战胜敌人之后，又该采取什么样的措施等等，均没有全局在胸的筹划。而这些问题，对取得任何一次战争的胜利都是至关重要的，必须在战前慎重决定，在战争中坚持贯彻实行，否则，就会使自己的行动陷入盲目之中，即使取得战争的胜利，也难免带有很大的偶然因素。
其三、赤眉军两次放弃长安的西进和东进，是极其严重的政略和战略错误。赤眉军第一次占领长安，已经摧毁了更始政权，尽管当时的局面相当困难，但总的来讲全局的形势对赤眉政权极为有利，只要能够想方设法，采取得力措施，有可能暂时站稳脚跟，巩固下来。但他们却贸然出走，进入贫穷严寒的甘肃高原，当在甘肃吃尽了饥寒疲惫之苦重回长安之后，又不思在长安长住久安之策，再次放弃长安东归。这除了更加助长了敌人疯狂地反对和扼杀这个政权的气焰之外，也自然会给农民百姓造成极为不良的心理上的影响，无法在人们的心目中形成一个合法的、稳固政权的基本形象。这样的政权不管打着什么旗号，也难以获取支持自己生存需要的基本的社会政治基础和经济基础。
其四、赤眉军只管作战，不搞政权建设，形成无休止的流动状态，他们没有政权建设观念，攻占一地，大军一走，就放弃一地，既使流血牺牲的胜利战果，一次一次地付诸东流，又使自己没有可靠的后方，没有稳固的根据地，几乎无异于典型的流寇主义者。这与刘秀集团首先占领河北，再扩及河内，河东、河南，并且把河北做为刘邦时期对待关中的地位一样地苦心经营，赖以做夺取天下之本，实在不可同日而语。
以上种种因素说明，赤眉军最后终于失败，当属于历史的必然，难以依人们的主观愿望为转移。