我（向病人）保证，只要他的额头上有压力，他就可以感到在跟眼前产生一个画面，或在他的思想里，将突然闪现一个念头。我请他把这个画面或念头告诉我，不管它是什么。他也许想把这个画面或念头压在心底，因为他有可能认为它不是所需要的东西，或不是正确的东西，或太令人不快，他不愿意讲出来。不要对它做出批评，也不要因为情感上的原因不愿说出，或觉得它不重要，不值得一提。只有以这种方式，我们才能找到所需要的东西，而且能万无一失地找到它。
由此而产生的想法极少来自尘封的痛苦记忆，多半来自联想链中的某个环节。然而，如果加以追索，它就会慢慢地导向某个病源念头及它的隐藏意义。在《歇斯底里研究》一文中，弗洛伊德把这一过程称为“分析”，次年，也即1896年，他开始称其为“心理分析”。
弗洛伊德不久即得出结论，认为掌压技巧——另一种形式的暗示——并不值得推荐，因为它使人想起催眠，而且，在病人试图集中精力回忆时，医师的突然出现便显得过于突兀。到1900年，他开始抛弃这个方法，自此以后，他便完全依靠词语的暗示了。
到1900年时为止，他的整个治疗方法主要是让病人在躺椅上放松，医师重复一些暗示，让病人知道自由联想将能得出有用的念头，病人同意说出任何联想，既不收回也不自我审查，因而在病人的记忆和思想中引出无意识的联想。经证明，此种方法不仅对治疗歇斯底里症有效，而且对其他神经病也能产生作用。弗洛伊德用此法治病数十年，其基本原理，即旨在通过探讨心理动力无意识状态而获取具有疗效的觉察，是在他放弃催眠术后的十多年间建立起来的。
当然，关于心理分析的技巧，除此之外还有很多，其中许多非常隐晦复杂。然而，我们关心的对象主要是心理学的发展史而不是心理疾痛的治疗，因而大可不必在此久留，在此费尽心思地琢磨他的心理分析法，或弗洛伊德的弟子们对老师的理论体系及治疗方法的分歧与变更。但我们必须注意另外两种由弗洛伊德发展而来的心理分析要素，因为它们不仅对治疗病人举足轻重，而且对他将心理分析视作一种研究方法也有着十分重要的意义。他通过这种研究方法得出了一生中的几个最主要的心理学发现。
第一是移情现象。弗洛伊德早在《歇斯底里研究》一文中曾简要地提到过这个概念，5年以后，也即1900年，一次失败的治疗使他决定对这一概念进行更深层次的探讨。
当时，他开始治疗一位年仅18的姑娘，在他的研究个案报告中，他称她为多娜（Dora）。他与她一道将她的歇斯底里症结追溯至她的邻居——K先生——与她之间的性亲近，接着追溯至她对这位先生的矛盾心理，即一方面想要拒绝，另一方面又为他的性感所吸引。然而，多娜在3个月后突然中断治疗，而此时她在实际上已有明显好转。这使弗洛伊德大为困惑，他冥思苦想，仔细探讨她逃避治疗的理由。他对她所做的一个梦进行重新审查，果然从中发现了她逃避治疗的理由：这种逃避其实类同于她在K先生家受到性亲近时的逃避行为，他发现，由于自己烟瘾很大，说话中总带有浓浓的烟味，她便情不自禁地联想到K先生，因为后者也是烟君子。他还发现，也许她已开始将她对K先生的矛盾感觉转移至他的身上，而他竟然忽略了这一点，没有给她提出适当的建议以解决这一问题。他得出结论说：
我早该注意到这个警告。我早该对她说：“听我说，你已把对K先生的感情转移到7我的身上。你有否注意到什么而使你怀疑我怀有与K先生相类似（不管是公开的还是以某种升华的形式产生）的恶意？或者，我身上有否什么磁动了，你，或你了，解到我身上有什么东西引起了你的幻想，就像在K先生身上曾经发生过的情形？”
他认为，他如果这么说，就有可能让多娜戒除对他的感情，继续留下来治疗，同时有助于进一步探索她的内心世界，以寻找更多的记忆。
他总结道，绝不能回避移情的作用。就目前而言，如何对付它还是一个艰巨的任务，但要打破阻抗，进而揭示出无意识的奥秘，这一步又不得不走：
只有解决了移情作用，病人才有可能最终相信在精神分析期间所建立的各种联系是行之有效的……（在治疗中）病人所有的倾向，包括一些充满敌意的想法，都已得到激发。接着，它们便进入意识，并用之解释心理分析的目的……移情看似心理分析医师的最大的障碍，然而，如果它的每一次出现都能受到重视，并能向病人做出适当的解释，它就有可能成为最有效力的盟友。
就治疗的角度而言，对移情的分析是对经验进行纠正，它将能把创伤暴露出来，并加以修复。弗洛伊德如果及时采取行动，多娜也许就能看出，他（其他的许多人也应该如此）与K先生并不一样，是值得信赖的，而且，她也不必害怕他们对她的感觉，也不必担心她对他们的感觉。从心理学的角度而言，对移情的分析既是一种研究方法，又是一种可以佐证的假设，可用以推想不可解释的行为后面的无意识动机。
分析技巧的第二个要素是释梦，这也是后来弗洛伊德从事心理学研究的主要方法。尽管他当时未能看出多娜的梦是其向他移情的重要迹象，但5年来他一直在利用病人的梦来获取无意识的素材，而且收效甚大。后来，他将对梦的解释称作“通往探索心理生活中的无意识状态的成功之路”。
弗洛伊德远不是第一个对梦饶有兴趣的心理学家。在《梦的解析》（The in-terpretation of Dreams）一书中，他列举出115例就此话题展开的讨论。然而，大多数心理学家将梦视作低级荒唐和无意义的思想，认为其来源并不是心理过程，而是某些干扰睡眠的肉体过程。弗洛伊德则认为，无意识不仅是清醒状态之外的某些想法和回忆，而且是被强制遗忘的痛苦感情与事件的沉积。他认为，梦是在自我意识的防卫松懈时呈现在大脑里的重要隐蔽材料。
他假设道，梦可以满足一些愿望，否则我们就会醒来，梦的基本作用是让我们继续睡眠。有些梦满足的是简单的肉体需要。弗洛伊德在《梦的解析》中说，任何时候，只要他吃的东西过咸，晚上就一定会感到口渴，梦中也就大口喝水。他还引证了一位年轻的医生同仁的梦。他喜欢睡懒觉，一天早晨，女房东在门外喊他：“起床啦，佩皮斯先生！该去医院啦！”但那天早晨佩皮斯特别不想起床，于是梦见自己是位病人，正躺在医院的病床上。通过这一点，他似乎在对自己说：“我已经在医院了，完全没有必要再到那里去。”于是倒头又睡。
然而，许多梦所满足的愿望要复杂得多，也深奥得多。通常是，深藏在无意识里的某些愿望，在睡眠的轻松状态下威胁着要挣脱封锁，闯入意识。如果它们成功的话，就会引起意识的压抑，而这种压抑足以唤醒睡眠者。为保护睡眠，弗洛伊德假设道，无意识的思维会将有可能造成干扰的某些因素伪装起来，转换成某些相对不那么刺激的因素。梦的确是非常神秘的，因为它想要告诉我们的并非它表面看上去的那样。但通过自由联想，我们就能将梦的内容回想出来，或许就能识别出躲在意识之后的真实的内容，从而刺探到我们的无意识世界。
弗洛伊德的这个观点来自于他对自己所做的一个梦的分析。1895年7月，他梦到自己正在治疗一个名叫“艾玛”的少妇。梦很复杂，弗洛伊德对它的分析也很长（达1l页之多）。简单来说，他在一个大厅里遇见她；客人们正纷纷赶来；她告诉他，她的喉咙、胃和腹部都在疼痛；他担心自己未能仔细地诊治，有可能疏忽了她的一些机体症状；通过许多其他细致的检查，他后来发现，他的朋友奥托，一位年轻医生，曾用一支不清洁的注射器给艾玛打针，这也正是她的病根所在。
通过自由联想，弗洛伊德进一步追寻该梦的一些要素之后的真实意义。弗洛伊德想起来，在此前的一天里，他曾见过朋友奥斯卡·莱，一位儿科医生。莱认识艾玛，并对他说：“她好多了，可还没有彻底康复。”弗洛伊德觉得有点生气，因为他把这句话视作对他的间接批评，可能认为他在艾玛的治疗上只取得了部分的成功。在梦中，为了伪装事实，弗洛伊德将奥斯卡转变成奥托，再把艾玛剩下的精神症状变成生理毛病，让奥托来负这个责任——奥托跟自己不一样，他对针头的清洁问题应该格外小心。下面是弗洛伊德的结论：
事实上，奥托的话使我非常生气，他说，艾玛的病并没有完全治好，于是，我就在梦中报复他，把责任全都推到他的头上。梦把我应对艾玛负的责任推卸掉，称她有待康复是其他因素造成的……梦代表者事物的一种特别状态，即按照我所希望的样子表现出来的状态。因此。它的内容是某种愿望的满足。动机则是那个愿望。
通过对自己不高尚动机的残酷自查，弗洛伊德发现了一个价值连城的技术。在接下来的5年里，他接连分析了一千余患者的梦境，并在《梦的解析》一书中报告说，这种方法是心理分析治疗和无意识思维研究中最为有用的工具之一。
用心理分析法实现研究目的一直受到众人的责难，大家认为它在方法论上并不可靠。自由联想可引导病人和分析师对梦进行解释，但人们如何才能证明这个解释就一定是正确的呢？在少数情况下，人们也许能找到证据，即从梦的符号中演绎出来的创伤的确在现实中发生过。然而，在大多数情况下，如在弗洛伊德的艾玛之梦中，就找不出足够的客观证据以证明他对梦的解析是梦的真正含义。
凡在治疗中解释了自己所做的梦的人都知道，在这个解释过程中，肯定能出现某个冲击，并使其产生顿悟，产生某种对情感的真实感觉。最终的结局是，梦的解析可能会因解析者自己的反应而显得非常真实——“啊，是这样，是真的，因为我感到它就像真的一样！”——这种反应能够促使他或她捕捉到引起梦境的症结所在。
就弗洛伊德而言，自由联想和梦的解析不但导引他走向顿悟之类经验，并使他免于犯下一个非常严重的科学错误。在从事心理治疗的早期，他推测，性的障碍可能是大部分精神疾病的根基。他的这种认识可能是从《时代精神》杂志上得来的。尽管当时的维也纳社会在性问题上仍持虚伪的道学态度，但在医学及科学圈子里，性却成为大家关注的一个中心。里查德·冯克拉夫特·伊宾（Dr．Rich-ard von Krafft-Ebing）发表了一篇相当长的文章以报告性偏离，人类学家也纷纷报告了世界各地不同民族里的性习俗。
但所有这些著作，几乎无一例外是关于成人性问题的。在他们看来，儿童是天真、纯洁的，不可能受到性欲或性经验的污染。然而，弗洛伊德却不断地从病人那里听到其费尽心力地回忆起来的童年性感受。令人吃惊的是，他们大都受过成人的性骚扰，其经验范围从被猥亵到被强奸不等。歇斯底里是解脱的一个出口，强迫症、恐惧症和偏执等是另外一些出口。这些有罪的成人多是保姆、管家妇、家仆、教师、兄长等。令人震惊的是，在一些女性患者中，还有父亲。
弗洛伊德大为震惊，同时认为自己有了一个重大发现。1896年，在进行过五六年的催眠治疗和心理分析之后，他提出了自己的引诱理论，将其发表在一篇文章里，同时在大人物克拉夫特·伊宾主持的当地精神病和神经症协会的会议上进行宣讲。大家对演讲的反应平淡如水，克拉夫特·伊宾告诉他，“听起来就像是一篇科幻故事。”在讲座之后的几周甚至几个月里，弗洛伊德感到自己在医学界受到排挤，甚至陷入孤立，推荐来的病人数量也急剧减少。尽管他一度坚信自己的发现，但最终连自己也极不情愿地怀疑起这一理论来。
问题之一是，他自己在治疗那些曾挖掘出童年性骚扰的患者时，并没有取得完全成功。事实上，有些他认为已经开始好转的患者，却在彻底根除病因之前放弃治疗了。另一问题是，他发现越来越难以置信的是，父亲对女儿的性倒错行为已达到了普遍的程度。由于在无意识中还没有显出那些无可争辩的真相，那些有关引诱的回忆也许真的出于虚构。这个想法令人沮丧。如果是这样，他所认定的重大发现及“千年难题的解决办法。”有可能是个谬误。
到目前为止，弗洛伊德可以说事业发达，人丁兴旺。全家搬到伯格斯19号一个更为宽敞的公寓里，享受着十分安宁的生活，每年还要举家出游一次意大利。然而，生活中还是有许多因素使他感到压抑和焦躁。1896年10月，他的父亲辞世。这件事对他的影响远比预期的要大，他甚至感到自己“被连根拔起”；他与布罗伊尔之间的友谊也宣告终结，因为后者虽然对他的一生帮助甚多，但无法接受他越来越激进的神经症理论与治疗方法；十多年来他在大学里一直担任神经病理学的讲师，这个职位虽然没有工资，却受到敬仰，但扫兴的是，他一直未能被评为更受人敬仰的教授职位，否则将对他的事业大有助益。所有这些原因使弗洛伊德的神经官能症症状不断加剧，这些症状特别表现在对钱感到揪心，挥之不去的还有对心脏病的恐惧和对死亡的强迫观念。对旅行的恐怖使他根本不可能参观罗马，尽管这个地方他非常想去，但只要想到这个方面，他的心里就会产生出无法解释的恐惧感。
1897年夏天，41岁的弗洛伊德开始对自己进行心理分析，企图理解并解决自己的神经症。从某种程度上讲，他在分析自己的一些梦时已开始这样做了，只是现在做得更详细，更卖力，更有系统。笛卡儿、康德和詹姆斯——甚或苏格拉底——都曾检查过他们各自的思想，然而，只有弗洛伊德想到去揭开自己潜意识里的奥秘。