由于达尔文的人类起源学说不能完全解释人们心中的疑问，因而这套学说遭到世界上许多人的怀疑。尤其是近十几年来，来自科学界的批判就有很多，反达尔文者找到了越来越多的证据，包括化石、人种、自然环境、基因等等。人们从不同的角度对人类的起源提出了新的假说。
人类起源于外星人，是近几年来西方最新的一种假设。它是由西方科学家马蒂斯提出来的，其根据是在圣地亚哥发现的一个头骨化石。他研究了这个头盖骨后认为，这具头盖骨所代表的人种，其智力要远远高于我们今天的人类，从而推测这是一个外星人的遗骨，进而提出人类祖先是外星人的假说。他是这样来描绘这一假设的：大约在5万年前，从宇宙的深处来了一群外星人，他们具有高度的智慧。当发现地球引力环境不适合他们居住时，他们就选择了地球上智力较高的雌猿进行杂交，生产下的后代就是人类，因此，外星人是人类的祖先。
另一些科学家，根据人类体表特征与海洋生物十分接近的证据，提出人类起源于海洋生物的假说。
近一两年来，还有人主张“大四季”说，他们根据太阳系不停围绕银河运动的事实，假设太阳系围绕银河中心旋转与地球围绕太阳旋转一样会出现四季变化，并将之称为“大四季”。人类在大四季交换中，根据自然环境的变化，不断改变生存的方式，比如，当夏季来临时，地球就变成了一颗纯水的星球，人类为适应这种变化，慢慢由陆生动物转变为水生动物，这就是人体体表具有海洋生物特征的原因；当夏季结束，秋季来临的时候，地球的水渐渐退去，人类又从海洋生物转变为陆地生物。这是一个很具想像力的假设。
无论哪一种关于人类起源的假说，都有致命的弱点，基本不能自圆其说。
不难看出，现代人类起源的各种假设，从思维上可以分为两大类：一类将人类起源的原因归结为地球以外的偶然因素，即人类不是地球生物自身演变的结果，而是由宇宙深处来的高智慧生物创造的，像外星人创造人类说；一类则坚持认为人类的起源只能从地球自身的发展来考虑，不论怎么变化，人类总是地球生物自身进化的结果，像生物进化论。这两种思维互有道理，又互有弱点。平心而论，人类起源于地球生物自身演变的学说占有更多证据（且不论这种证据是否充分），这也难怪，毕竟生物进化论已经发展了100多年，而其他假设只能在夹缝中挣扎，根本没有形成一股参与的势力。
但是，从历史上而言，人类起源于地球以外的偶然因素的观点更加古老。早在人类的初期，即6000年以前，我们的祖先就在思索起源的问题，并提出了一个全世界性的假设，那就是，人类是由万能的神、万能的上帝创造的。这个假设在本质上与外星人创造人类说法相同。由此可见，人类思维的发展是有很大局限性的，它的历史延续性是不可忽视的。
然而，上帝创造人的观点，却被现代科学彻底批判了，因为它是宗教的，是唯心的。正统思想认为，神是原始人凭空想像出来的，既然没有神，那么神造人的说法当然是无稽之谈。
那么，人类到底是从哪里来的呢？这仍然需要进一步的研究和探索。