当蒙古的将士们磨刀霍霍，准备开始洗劫甘州的时候，耶律楚材急忙向成吉思汗进言，他对提出各种屠城策略的将领嗤之以鼻，坚决反对继续这种野蛮的行为，他对成吉思汗说：“大汗，抢劫这些城市确实能够短时间内得到一笔财富，但是更大的财富隐藏在背后，这种竭泽而渔式的财富获取方式并不能持久，不应该再继续实行。如果我们保留这些城市和居民，那么利益就会源源不断地进入您的口袋，通过征税的方式，比如征收土地税、各种商业税、人丁税，每年可以拿到几十万白银的税收，比起一次性获取，获取的利益更多。”
成吉思汗虽然曾做过很多残忍野蛮的事，但实际上，他是一个实用主义者，所以当他得知留下城市和居民反而可以创造更多的财富时，毫不犹豫地接受了耶律楚材的建议，并要求他来制定详细的征税办法。
誓死扫灭西夏
此时的西夏朝廷已经乱成一锅粥，李德旺把身家性命都寄托在阿沙敢不身上，谁想到阿沙敢不嘴上说得痛快，真正打起来如此不堪一击，精锐尽失的西夏已经失去救命的最后一根稻草。
李德旺身体本来就很虚弱，加上性格懦弱，频繁地受到惊吓，没等到兴庆府被攻破，他就先一步去世了，幸运地没有成为亡国之君。继承西夏皇位的是南平王李（睍简体），他是李德旺的侄子，神宗李遵顼的孙子，即位时还未成年，在位仅两年。
蒙古大军攻占了甘州以后，势如破竹，又将凉州置于自己的统治之下，这样一来，河西走廊就被蒙古占领了。1226年年底，成吉思汗率军直指兴庆府南部的重镇灵州。灵州城守将是西夏的废太子李德任，他本是神宗所立太子，因为进谏父亲与金议和，被否决之后幽禁于灵州城内。
末帝李睍释放了李德任，并且命李德任全力守城，然后向全国发出征兵令，只要是能战之人皆不能逃。无奈西夏的精锐已在贺兰山全军覆没，现在征来的这支军队，人员参差不齐，几乎都是没拿过刀的、没杀过人的，勉强凑够了十万人。
李睍亲自召见了大将嵬名令公，对他说：“将军身上的担子不小，此一战若不能守住灵州，则兴庆府亦将不保，我大夏的命运全仰仗将军了，望将军勉力为战。只希望能够多抵挡些时日，这样我也好通过外交手段来寻找转圜的余地。”
嵬名令公振奋精神，表示定会全力以赴，将蒙古大军拦在灵州城外。当年蒙古第一次攻打西夏的时候，就是他统兵作战，结果五万西夏军队败给蒙古，如今竟然还能够再次统率军队，只能叹息西夏朝中无人，军中无将。
蒙古军大举攻城，李德任拼死抵抗，他发动全城的百姓参与守城，并亲自登上城墙作战。只可惜西夏士兵的战斗力难以与蒙古相比，围困日久，灵州城被攻破。嵬名令公逃回兴庆府，李德任不屈而死，他的儿子李惟忠时年仅七岁，但是不求偷生，只求速死，被蒙古将领救下，成为拙赤·合撒儿的养子。李德任父子两代精忠报国，可惜生不逢时，不能大显其才。
1227年，成吉思汗派出大将阿鲁术率军围困兴庆府，自己则带兵顺着黄河征服了沿线各个重要城市，彻底地将兴庆府与其他政权分隔开。至此，西夏仅剩一座孤城兴庆府，再无援军可以期待。
阿鲁术率领大军团团围住兴庆府，采取围而不攻的战术，虽然兴庆府的粮食储备充足，水源也可以保证，但是长时间处在围城之中，人的心态是最难以把握的，很可能会出现变数。
成吉思汗很清楚兴庆府防御工事严密，城池坚固，很难在短时间内攻破，因此需要制订周密的作战计划。正巧此时已入夏季，成吉思汗决定南下六盘山避暑，待秋凉之时，率领主力部队再前往兴庆府。
生前身后事
成吉思汗没有前往兴庆府，避暑是一个原因。更重要的是，自去年坠马受伤之后，他的身体一直没有完全好转，高烧不退的状况时常出现，成吉思汗已感到身体越来越虚弱，没有精力指挥这场围城战了。但是这也让他更迫切地想要攻下兴庆府，因此，成吉思汗派出使臣前往西夏，逼末帝李睍投降。
听闻蒙古使臣前来，西夏朝廷内部分成了分明的两派，一派表示要与蒙古决战到底，他们坚信敌人无法攻破兴庆府；另一派则希望投降蒙古，结束这场战争，争取通过金银财宝来保住兴庆府，让蒙古人不要屠城。
李睍觉得只有一座孤城根本无法与蒙古抗衡，不如提出议和，然后再寻后策。其实这有一点一厢情愿，所谓城下之盟，都是优势的一方提出议和，劣势的一方是根本没有这个权利的。
成吉思汗对李睍议和的提议不置可否，他再次派出使者前往兴庆府，对李睍说：“这场战争是由于你们背信弃义引起的，如今却想要议和来结束，真是痴人说梦！你们以为蒙古人很愚蠢吗？不过我不是无情之人，念在旧日的关系上，如果你将兴庆府中所有的财物都献给大蒙古国，然后你亲自来到我的帐前赔礼道歉，乞求原谅，或许我会同意的。但是如果你妄图抵抗到底，那么我一定会屠灭兴庆府，一个人都不放过。”
使者走后，成吉思汗突然病情复发，急剧恶化，而且频频咯血，也遂召来了所有的御医诊治。无奈成吉思汗已经病入膏肓，上一次坠马之后，外伤虽无大碍，但是由于带病出征，没有得到很好的休息，已经失去治疗的最佳时机。
成吉思汗的儿子们都不在身边，长子术赤已于同一年病死在咸海以北他的封地，再没有回到草原；儿子察合台留在草原，守卫大本营；三子窝阔台带兵在中原；四子拖雷随成吉思汗出征西夏，但分兵去攻打其他的重镇，驻兵于附近。也遂急忙命人将拖雷叫至六盘山。
成吉思汗十分清楚自己的身体状况，他知道自己命不久矣，所以他对也遂说：“人生六十年，恍若梦与幻。在我生命的最后时刻能够有你陪伴左右，我感到很满足。长生天已经在召唤我了，我的灵魂已经接到了命令，到了要离开的时候。拖雷赶到了没有？你去把他和所有的大臣都叫进来，我有话对他们说。”也遂泣不成声，守在床边，命人将拖雷和大臣们带进帐来。
成吉思汗对拖雷说：“我的病很重，估计是回不到草原了。我死以后，大汗之位由你的三哥窝阔台继承，你和大臣们要像辅佐我一样去辅佐他。但是他现在远在中原，大蒙古国不能没有统领者，在他没回到草原继承大汗之前，大蒙古国由你监国，暂代国政。”
成吉思汗让众人靠近前来，继续说道：“我接着要说的事情很重要，你们要仔细听好。首先，我死以后，要秘不发丧，眼下正是攻打西夏的关键时刻，不能有半点疏忽，如果让他们知道我死了，李睍很可能会拒绝投降。脱仑扯儿必，你记住，当李睍带着文武百官出降的时候，你要将他们全部杀死，一个不留，尤其是西夏的皇室，斩草除根，然后将兴庆府屠城，我绝不能饶恕侮辱蒙古国的人存在。第二件事，拖雷，我现在告诉你灭金的策略。虽然把金国逼到黄河以南，但是我有生之年是看不到金国彻底灭亡了。我们灭了西夏以后，金国的侧翼就暴露在外了，你要利用宋金之间的矛盾，借道宋朝，然后兵分三路，包围金国。这样做就没有问题了。”
成吉思汗交代完了所有的后事，长长地舒了一口气，静静地闭上了双眼。
1227年，成吉思汗在六盘山去世，一代天骄就此陨落，享年六十五岁。
墓葬疑云
成吉思汗死后，拖雷按照遗嘱，秘不发丧。末帝李睍企图拖延时间期待奇迹的发生，直到一个月后，他才带着丰厚的礼物来到六盘山，在成吉思汗的大帐外认错投降。
当李睍带着西夏文武百官和皇室宗亲开城投降的时候，脱仑扯儿必毫不留情地将他们全部屠杀。蒙古军队开始了大肆屠城，成吉思汗的怨念笼罩了兴庆府，宫室、陵园付之一炬，百姓被杀害，房屋被烧毁，后经察罕劝谏而止，但城中人口已经不多。
数年之后，窝阔台和拖雷依照成吉思汗的策略，率领蒙古大军，与宋朝合三路大军，完成了灭金大业，也实现了成吉思汗一生为之奋斗的目标。
成吉思汗的遗体秘密地运往草原，一路上凡是无意中遇到灵车的人和牲畜都被杀死，一方面是为了封锁消息，防止去世的消息外泄到那些尚未完全臣服的人耳中，另一方面，这也是草原的习俗之一，为死者寻找阴间的仆人，继续服侍他。
直到遗体运到草原的蒙古大营，成吉思汗去世的消息才被公布出来。大蒙古国境内的王公大臣、皇族亲属，从帝国各地来到大营内奔丧，大营内一片哀伤的氛围。成吉思汗被葬在了蒙古的圣山不儿罕山上。
成吉思汗的陵墓究竟在什么地方？这是一个千古谜团。据说是在现今蒙古境内的肯特山起辇谷，但是时至今日也没有丝毫的考古发现可以佐证，就连起辇谷在什么位置也是众说纷纭。在今天内蒙古鄂尔多斯草原中部的鄂尔多斯市伊金霍洛旗，有一座成吉思汗陵墓，其实只是一座衣冠冢，并没有成吉思汗的遗体在里面。
成吉思汗下葬以后，他的墓地就成为禁地，没人可以接近，久而久之成为无人知晓的秘密。而盛行“密葬”的蒙古人的坟墓并不会修建地上建筑，当时只是以几棵树的位置来标注墓地的确切位置。几千年过去以后，不儿罕山上早已茂木成林，成吉思汗的墓地也就再也找不到了。
成吉思汗的子孙们也遵从祖宗的遗训，不实行华丽的葬礼，也不留下任何地面的建筑。中原王朝的盗墓风气自古就很盛，历代的皇陵多被盗掘，只有元朝的皇陵，至今仍未发现。