曹洞宗禅学思想的另一重要理论依据是《宝镜三昧》。洞山良价在云岩昙晟处亲印《宝镜三昧》，并把它传授给曹山本寂。《宝镜三昧》文辞简练，却奥义无穷，将洞山一脉的修持精华，悉数包容其中：
如是之法，（这本来现成的大法）
佛祖密付。（佛祖已经密相传付）
汝今得之，（你现在既已得到它）
善宜保护。（就应当好好去保护）
银碗盛雪，（银碗里面盛着白雪）
明月藏鹭。（明月之中潜藏白鹭）
类之弗齐，（分门别类虽不一样）
混则知处。（浑然一体各有所处）
意不在言，（意旨岂言语能表述）
来机亦赴。（有来机就能去应赴）
动成窠臼，（此机一发则成窠臼）
差落顾伫。（不知变通枉自踌躇）
背触皆非，（肯定否定都不正确）
如大火聚。（恰像燃烧着的大火）
但形文彩，（只要缠上语言文字）
即属染污。（它就已经属于染污）
夜半正明，（纵是在暗夜仍明亮）
天晓不露。（纵是在天明不显露）
为物作则，（它成为万物的准则）
用拔诸苦。（可救拔人生的诸苦）
虽非有为，（虽然不是有为之法）
不是无语。（却绝非什么也不做）
如临宝镜，（站在晶莹的明镜前）
形影相睹。（形体与影子两相见）
汝不是渠，（你不是镜里面的他）
渠正是汝。（他正是镜子前的你）
如世婴儿，（就像刚出生的婴儿）
五相完具。（眼耳鼻舌身已具备）
不来不去，（既不是来也不是去）
不起不住。（不是生起也非黏着）
婆婆和和，（咿呀学语体露纯和）
有句无句。（虽有声音却无意趣）
终不得物，（终究没有黏滞外物）
语未正故。（是因语言仅是空壳）
重离六爻，（将离卦六爻来分离）
偏正回互。（得偏正回互的宗旨）
迭而为三，（六爻重叠成为三组）
变尽成五。（五度变化偏正回互）
如荎草味，（五味子一籽五味足）
如金刚杵。（金刚杵两头虚中实）
正中妙挟，（既正又中妙而双挟）
敲唱双举。（击节和歌同时并举）
通宗通途，（通达佛法悲悯人世）
挟带挟路。（解行相应人我一如）
错然则吉，（迷悟不二交错大吉）
不可犯忤。（动念起心与道相忤）
天真而妙，（佛性天真何其灵妙）
不属迷悟。（不属于迷不落于悟）
因缘时节，（随缘而明遇机而显）
寂然昭著。（寂然空寥万化顺应）
细入无间，（小到进入分子原子）
大绝方所。（大到超出天地宇宙）
毫忽之差，（只要有丝毫的差错）
不应律吕。（就不与大道相应和）
今有顿渐，（权且设顿悟和渐修）
缘立宗趣。（为学者指出归乡路）
宗趣分矣，（归乡路既然有细则）
即是规矩。（就成为修行的法度）
宗通极趣，（顿悟菩提渐修禅道）
真常流注。（真如即可常流且注）
外寂中摇，（外形寂静内心摇动）
系驹伏鼠。（如驹与鼠暂被系缚）
先圣悲之，（先圣感于这种状况）
为法檀度。（设立妙法进行救度）
随其颠倒，（随顺其妄想颠倒心）
以缁为素。（权且认烦恼作觉悟）
颠倒想灭，（将颠倒之心再颠倒）
肯心自许。（便立证无上菩提道）
要合古辙，（要想合于古佛轨辙）
请观前古。（请观看前代的范例）
佛道垂成，（为了成就无上佛道）
十劫观树。（长久的修行少不了）
如虎之缺，（这好比是虎耳渐缺）
如马之
以有下劣，（为逗起凡夫求道念）
宝几珍御。（以种种宝物相诱引）
以有惊异，（为断除佛法奇特心）
狸奴白牯。（说狸奴白牯有佛性）
羿以巧力，（羿凭借他技巧娴熟）
射中百步。（能百步外射中目标）
箭锋相值，（可禅机如激箭相交）
巧力何预？（又哪里用得上技巧）
木人方歌，（你听木人唱起了歌）
石人起舞。（你看石人跳起了舞）
非情识到，（凡情凡识难以理解）
宁容思虑。（又岂容管见去卜度）
臣奉于君，（臣奉于君事奉于理）
子顺于父。（子顺于父理事回互）
不顺非孝，（儿不顺父非称为孝）
不奉非辅。（臣不奉君不足为忠）
潜行密用，（潜行密用禅道无穷）
如愚如鲁。（世俗观之如愚如鲁）
但能相续，（只要能精勤相接续）
名主中主。（就是无上的主中主）
《参同契》已标“回互”之说，《宝镜三昧》则倡“明暗交参”之意：“夜半正明，天晓不露。”夜半正明，是暗中有明；天晓不露，是明中有暗。所谓“明”，指形形色色的大千世界，即色界；所谓“暗”，指无形无迹无色声香味的本体界，即空界。明暗交参，谓本体界与现象界交互参合在一起，色即是空，空即是色。由明暗交参的观念，同样发展出“正偏回互”之说。《宝镜三昧》喻之为：“银碗盛雪，明月藏鹭。类之弗齐，混则知处。”“混”即平等，“处”即差别。银碗里面盛着白雪，明月之中潜藏白鹭。现象界包容在本体里面，不可分割。但是，本体与现象又不相同，前者是正是主，后者是偏是末。因此，必须“臣奉于君，子顺于父。不顺非孝，不奉非辅”。曹洞宗的正偏回互、五位功勋皆滥觞于此。《宝镜三昧》以形影喻体用，“如临宝镜，形影相睹。汝不是渠，渠正是汝”，对洞山的开悟也有间接的启发：
师临行又问云岩：“和尚百年后，忽有人问：‘还邈得师真否？’如何祇对？”岩曰：“但向伊道：‘只这是！’”师良久，岩曰：“价阇黎承当个事，大须审细。”后因过水睹影，大悟前旨。因有偈曰：“切忌从他觅，迢迢与我疏。我今独自往，处处得逢渠。渠今正是我，我今不是渠。应须与么会，方始契如如。”
洞山过水睹影，深切地感悟到了云岩悉心传授给他的体用、理事的奥秘，因而得以彻悟。
此外，《宝镜三昧》提出了“背触皆非，如大火聚。但形文彩，即属染污”的不触犯原则，指出对本体肯定否定都不行，般若如同烈火，近傍不得。只要形于语言文字，就是染污了它。《宝镜三昧》还描摹出“木人方歌，石人起舞。非情识到，宁容思虑”迥超知性理解的禅定直觉境，这对曹洞宗遵守不触犯原则、大量运用禅定直觉意象，亦有滥觞之功。