乾隆十三年，张广泗与岳钟琪商定分兵十路进剿的战略，但短期内却没取得实质性的突破。
前线战事日久，将士懈怠，军费开销日昂，乾隆也急了，准备派出首席军机大臣讷亲为经略，赴金川前线指挥战事，以求短期内能改变局势。
讷亲当时正在山东出差，被急令回京，回京师不过一日，就被派往金川。讷亲以为自己出马，亲自督战，必能轻易攻克大金川。
乾隆十三年六月，讷亲到了前线，下令三天之内，必须攻克大金川中心噶喇依碉楼。将士中有进谏者，认为短期内无法突破，被讷亲以军法从事，导致三军震动。三天血战，强攻多次，碉楼巍然耸立，清军损失惨重，总兵买国良、署总兵任举阵亡。此时讷亲方才意识到攻碉楼的艰巨，他想出了一个所谓的妙计，即清军也筑碉楼，与大金川碉楼长期对峙。
乾隆看了讷亲的奏折后，想起在前线战死的总兵任举等人，不由凄然泪下。辗转难眠，想了一夜，乾隆认为效法“番人”建碉之举，终非善策，“不如速罢之为宜”。
此后，乾隆一方面继续增兵，令八旗精锐数百人在香山练习云梯，以备攻碉；另一方面则使出撒手锏，请终南山道士用五雷法术轰击碉楼，结果可想而知。终南山道士没用，乾隆又请出章嘉胡图克图国师做法事诅咒碉楼。此后几年中，章嘉胡图克图国师业务繁忙，频繁做法事诅咒碉楼，“几未得闲暇”。在这期间，乾隆大概也学会了喇嘛们的密咒。
乾隆在后方忙着做法事诅咒，前方的大臣却闹起了窝里反。张广泗内心中瞧不起文弱的讷亲，但表面上对他还是遵从。对老上司岳钟琪，张广泗却是丝毫不给面子，对他极力排斥，也不肯分兵支援。讷亲到前线多日，战事仍无进展，也开始着急，遂在乾隆十三年闰七月，命张广泗亲自督战，全军再次发起攻击。
此次攻击，好不容易才攻下了一个小碉楼。不想刚刚拿下碉楼，十几名大金川人从山梁上呐喊着冲了下来。三千余名清军官兵看到如狼似虎的大金川兵，轰地逃散了。逃跑时，“拥挤奔回，多有伤损。”看着绵羊般的清军士兵，讷亲知道仗是没法打了，此后高挂免战牌，每日里只是向乾隆请求多发援兵。讷亲甚至悲观地认为，来年增兵之后，官兵虽多，但能否攻下大金川，就是再过两三年也很难说。
前线战事拖延，胜利遥不可及，乾隆准备将讷亲调回京师。首席军机大臣坐镇中枢，任务繁重，自然不能在外久留。乾隆也知道讷亲身体不好，“即以身体而论，伊素日体虚气弱”，不宜常驻金川这样的苦寒之地。乾隆决定在春季调讷亲回京师，另从前线将领傅尔丹、张广泗、岳钟琪三人中选一人总领军务。
春天还未到，八月间，乾隆看到前方战事拖延，心中焦躁不安，想提前召讷亲、张广泗至京，当面询问为何久攻不克。讷亲一看要调自己回京，心中大喜，竟然忘乎所以，上书乾隆请让自己立刻回来。讷亲同时在奏折中称，朝廷中有人攻讦排挤自己。此时他也知道自己在朝中地位不稳，傅恒崛起，急着回京巩固自己的地位。
乾隆一看讷亲急火火地要回来，自然是恼怒异常，指责讷亲“而乃一闻召入之旨，如获更生”。乾隆也指出，讷亲认为有人排挤自己，所以急着回京，实际上是为败绩寻找借口而已。乾隆讽刺道：“你如果有能耐取得大胜，有必要担心被排挤吗？你讷亲在军机处时暗中排挤过的人，朕没有察觉的肯定也有吧。”
讷亲仗没打胜，回京倒是积极。乾隆看在眼里，火在心里，下令将讷亲革职，暂留在军营中效力，张广泗则先行回京。到了九月，乾隆命新任首席军机大臣傅恒赴金川前线，接替讷亲指挥战事。
讷亲惹怒了乾隆，失去了恩宠，亲兄弟跟着都胆寒，于是纷纷上奏讨伐讷亲。哥哥两江总督策楞先奏称，讷亲在前线退缩乖张，辜负皇恩，请交刑部严惩。弟弟山西巡抚阿里衮上奏，请跟随傅恒前往金川前线，愿身先士卒，以弥补兄罪。乾隆看了极为满意，指示阿里衮，有此心就可以了，杀敌的事，你就不要去了。
十一月，傅恒从京师出发，前往金川。
此月讷亲上了两个奏折，让乾隆大为不满。讷亲先是上了一个奏折，洋洋洒洒数万言，但却没有提及金川前线情况，而只是将失败归咎于张广泗。随后讷亲又上了一个奏折，大谈如何处理金川善后事宜。
乾隆看了奏折后大为震怒，金川前线战事毫无突破，你就想着善后了，“其与古人所谓何不食肉糜者，又奚异乎？”乾隆本来准备金川战事终了之后，将讷亲发配到北方充军赎罪。现在一看讷亲如此糊涂，用乾隆的话来说就是“顽钝无耻”，对他是彻底失望了，遂命在金川前线的侍卫富成逮捕讷亲。
此时乾隆并未对讷亲动杀心，不想讷亲的一句话却断送了卿家性命。却说富成逮捕讷亲后，将与讷亲的谈话记录全部交给了乾隆，其中讷亲一句闲话“金川事大难，不可轻举，此言不敢入奏”，刺激了乾隆。
在乾隆看来，这句话透露了讷亲对乾隆的真实看法，即明明不能攻下大金川，你乾隆却硬要出兵，这不是盲目决策，好大喜功吗？此外，讷亲碰到前往大金川的八旗援兵时，曾发牢骚道：“此皆我罪，令如许满洲兵受苦。”这又让乾隆恼羞不已。
满洲兵被调往大金川这种苦寒之地作战，自然是满腹牢骚。对此乾隆也心知肚明，但嘴巴上却硬要说：“满洲兵闻调，无不欢欣鼓舞。讷亲以为受苦，实是嫉妒他人成功，动摇众心，罪不可逭。”
讷亲私下的这几句闲话，刺痛了乾隆。讷亲是乾隆一手提拔起来的，不想私下如此说自己，失望之余，对他自然是恼恨至极，杀意已生。
此年十二月，张广泗被杀。
张广泗被押到京师后，会审时朝中大臣都认为“罪皆不致即死”。但在乾隆亲自审问时，张广泗与乾隆当庭争辩，甚至说“但知皇上慈仁，不知皇上英武”。这让素以英武自负的乾隆情何以堪。
乾隆恼恨张广泗，连带着责怪军机大臣办案不得力，此时开始想念起傅恒的好了，“假令经略大学士傅恒在此，何至烦劳朕心若是。”乾隆铁了心要杀张广泗，军机大臣们只好遵照意思，将张广泗判了个斩立决。十二月十二八日，将张广泗斩杀。
乾隆亲自给张广泗、讷亲定性，“张广泗乃刚愎之小人，讷亲乃阴柔之小人。”杀了“刚愎小人”张广泗，自然也不能便宜了“阴柔小人”讷亲。
乾隆赐出遏必隆宝刀，命尚书舒赫德带着到前线斩杀讷亲。乾隆此举用心颇是险恶，因为这把宝刀是讷亲爷爷遏必隆用过的，由是得名。用爷爷的宝刀来斩杀孙子，大概只有作诗十万，文采过人的乾隆想的出，做的出。讷亲在解送途中知道自己必死，开始绝食，以求速死。次年正月二十九日，押解队伍行至班拦山时遏必隆宝刀送到，讷亲被当场处决。
“上既诛讷亲，知大权之不可旁落。然国无重臣，势无所倚。”此时乾隆可信任的重臣，只有傅恒了。对傅恒，乾隆是恩宠有加。乾隆皇帝特派头等侍卫达清阿、户部尚书达勒党阿等随行，在金川前线照料傅恒的饮食起居，并多次降谕令傅恒爱护身体。
虽有诸般恩宠，二十七岁的傅恒在大金川却发现日子并不好过。至前线视察时，傅恒亲眼看到的战碉就有三百余座，而“攻一碉难于攻一城”。无奈之下，傅恒上奏乾隆，认为攻碉乃下下策，短期之内根本无法取胜。
乾隆见亲信傅恒也这么说，知道硬上必然无效，可就这样班师回朝吧，面子失尽，皇帝的尊严将置于何方？又该如何向臣民解释？继续打下去，大清虽国势昌隆，恰逢盛世，却也吃不消这么多的军费开销。
乾隆十三年年底，四川布政使高越上奏称，自对大金川开战以来，两年之间的军费开销近千万两白银，如果打到明年五月，还要耗费八百七十五万两白银。乾隆看到这个奏折后大吃一惊，当时国库存银不过三千万两。一个偏僻之地的小小金川，几千名土人，竟然耗费了大清国库的三分之一，这个代价实在是高昂。皇帝的尊严也离不开金钱的支撑，再打下去，尊严将无可维系。
就在乾隆左右为难之际，大金川土司恰到好处地给了乾隆一个台阶下。乾隆十四年正月，大金川土司派人来到清军军营，称将送还被俘的清军。持续日久的战事，使大金川也已弹尽粮绝，无力再打下去了，遂主动求和。乾隆乘机下令，只要大金川投降就既往不咎。
大金川土司莎罗奔遂在二月初五日，至清军军营焚香顶经立誓，不再挑起战事。既然大金川土司给了乾隆面子，清军也就可称捷班师回朝了。临走时，带不走的军需物资，都给了大金川作为赏赐，以示皇恩浩荡。
第一次金川之役自乾隆十二年（1747）三月延续至十四年正月，前后历时三年，清廷调动各省兵力八万余众，耗银千余万两，阵亡将官计参将买国良等二十六员、游击孟臣等二十二员、土兵计三千八百八十二员。
自傅恒奔赴金川前线之后，乾隆发现军机处的效率开始下降，抱怨道：“经略大学士起身以后，军机处所办事件，多不能惬意。”乾隆开始思念起傅恒了：“今日召见军机大臣等，面降谕旨，伊等从清晨直办至黄昏，方行进呈。而词句中诸多不当之处，复烦朕修改至半夜。傅恒在前线主持战事时尚能操办事务，朕在此间，实在想念他。”
在金川取得名义上的胜利后，乾隆大喜，厚赏了傅恒。但傅恒在首席军机大臣的任上，却战战兢兢，如履薄冰，不敢有丝毫懈怠骄横之态。从前任张廷玉、讷亲的际遇上，傅恒清晰地知道，皇帝的如火般的恩宠，若不矜持点对待，瞬间会变成寒冰。但位极人臣之后，想要独善其身却也难了。
乾隆瀛台赐宴时，风传有两名学士为了讨好傅恒，竟然跑过来向他屈膝请安。傅恒的兄长去世后，操办丧事时，各部大小官员纷纷登门祭奠。由于车马轿舆拥挤，竟将道路堵塞，以致要步行才能入内。
乾隆重用傅恒，是因为他能干，会干，肯干，这有利于皇权，有利于统治。可看着傅恒的翅膀一天天硬了起来，乾隆也开始有点吃醋了。这吃醋，只是看着傅恒在大臣们的簇拥下，在主持军机处时如鱼得水的姿态，在心理上产生出的失落感罢了。
忧虑傅恒的权势过重，乾隆开始旁敲侧击，提醒傅恒。在内廷时，傅恒偶有小错，乾隆严词训斥，美其名曰“防微杜渐”。一日上朝，傅恒因故迟到，跌跌撞撞地跑入时，气喘吁吁。御前侍卫笑道：“相公身肥，所以喘息。”乾隆顺势开玩笑道：“不但身肥，只怕心儿也肥了。”
“心肥”的潜台词就是胆壮、权重了。此言一出，傅恒“神气不宁者数日”。
皇贵妃慧哲的弟弟，两淮盐政使高恒，因为贪腐被判斩刑。行刑之日，傅恒帮高恒求情，请看在皇贵妃的面上，饶他一命。不想乾隆说了一句话：“若皇后弟兄犯法，当如之何？”皇后之弟兄即傅恒也。傅恒闻言之下，顿时“战栗失色”，不敢再言语，高恒也被斩首。
对于乾隆“乾纲独断”的性格，傅恒洞然于心。成为军机处首席大臣后，为避免以往首席军机大臣一人入内廷见皇帝，给人专擅之感，傅恒请所有军机大臣一同晋见，此后所有军机大臣一起入见皇帝成为定制。对乾隆赏赐的黄带、四团龙补服、宝石顶、双眼花翎，他再三推辞，不敢佩戴，直到乾隆以不戴不符合礼制规定，才佩戴上。小心驶得万年船，谨慎乃是保住富贵的不二秘诀，深谙此中奥义的傅恒，小心翼翼地帮乾隆打点着江山，如此才在首席军机大臣位置上一坐二十余年。
三世恩仇终落幕：平定准噶尔
军机处的创设，源于雍正七年对准噶尔部的用兵。雍正年的战事，虽重挫了准噶尔，却未曾伤及其根基。自额尔德尼昭一战大败之后，准噶尔部与清廷达成和议，恢复贸易关系，以求恢复元气。
乾隆接位后，初期对准噶尔也以和议为主。乾隆三年，双方达成边界协议，准噶尔部与喀尔喀部也就游牧区划分了界线。面对着准噶尔这样的战斗民族，乾隆也得收起他的征服欲望，至于涉及准噶尔的事务，则交给了军机处处理。
就准噶尔人的通商请求，军机处参照俄罗斯来华贸易的习惯，议定准噶尔每四年一次前来贸易，每次贸易团队不得超过二百人。军机处在奏报乾隆时，认为准噶尔部性本狡诈，不肯安分，如果取道喀尔喀蒙古部来贸易，恐要生出是非。故而特意指示准噶尔来北京贸易，必须从内地走，而不得取道喀尔喀。
乾隆十年，有准噶尔人出逃投奔清国，并称准噶尔汗噶尔丹策零已死。消息传到京师后，有大臣主张对准噶尔用兵，乾隆则认为不应乘人之危而用兵。但乾隆也命令臣下做好准备，预防准噶尔内部动乱。
乾隆此时未对准噶尔用兵，有着几重考虑，其一，康熙、雍正两朝对准噶尔用兵，均无功而返，这不得不让他谨慎对待战事。其二，准噶尔部中持续不断的出逃者，表明其内部的分崩离析日益严重，待以时日，再做决策，更为有利。其三，大清此时正在休养生息，需要暂时维持和平。
噶尔丹策零去世后，儿子策旺多尔济那木扎勒接位，并与清廷暂时保持和平。策旺多尔济那木扎勒未经清廷许可，每年派人前往西藏，与西藏喇嘛来往密切，导致了乾隆的不满，但这尚未成为引发战事的缘由。
策旺多尔济那扎勒为人暴虐，臣下稍不顺心就被杀戮，人心尽失。策旺多尔济那扎勒有同父异母兄弟各一人，弟弟策妄达什此时尚年幼，长兄喇嘛达尔扎成了叛逆者心目中的天然领导人，期望着以他取代策旺多尔济那扎勒。