对官商勾结，侵吞帑银的积弊，尤拔世洞然于心。勒索不到银子，尤拔世使出泼皮的招数，去找乾隆揭发。尤拔世缓步渐进，但是盐商势力庞大，一不小心，可能会将自己给扳倒。他先是上奏称盐商家资丰裕，奢靡成风，请乾隆教导盐商要节俭度日。不想乾隆看了奏折后，对军机大臣们道：“盐商有钱，花自己的钱再多有什么关系？奢侈点有什么不好，可以养活好多游手好闲之徒呢。尤拔世才到两淮，不晓事体，实在是谬见。”
一计不成，又生一计。尤拔世揭发前任普福与盐商勾结，贪污受贿。乾隆遂令江苏巡抚彰宝与尤拔世联合调查，不久查出普福、高恒、卢见曾等官员，利用预提盐引的漏洞捞取私利。
“盐引”是盐商经营盐业的许可证，由户部统一印制。盐商缴纳包括税款在内的盐价之后领盐引，然后凭盐引运销盐。盐引每年定量配给各地销售的，称为“正引”，卖不完的盐引称为“余引”。在有的地方，如两淮，每年的“正引”不够，就从下一年的配额里预先提取，称为“预提盐引”。
两淮地区的“正引”，每引需要缴纳三两六钱四分，但“预提盐引”仅需一两五钱。“预提盐引”与“正引”之间的差额为二两一钱，这差价本来是要纳入国库的。
两淮预提盐引始于乾隆十一年，随着两淮地区人口激增，用盐量增加，遂在此年增加预提盐引。此后乾隆多次南巡江南，盐商沿途接待，耗费颇具，就将预提盐引余下的钱补贴给盐商。
从乾隆十一年至乾隆三十二年，两淮预提盐引共计四百九十六万六千 六百二十二道，余利银总值在一千零九十二万两左右。而统计下来，用在乾隆历次出巡及购买贡品上的开销，不过四百六十万两左右，尚有六百余万两的余款。由于此笔巨款如何使用没有明文规定，盐商只要把两淮盐政使摆平，就可以自行开销。
随着案件调查的深入，查出盐商曾送给高恒十三万五千两银子，又代普福垫银购办贡物，卢见曾则接受盐商玉器古玩等贿赂。案情明朗后，乾隆对涉案人员分两类情况处理。对于盐商，他虽然极为不满，但只是让盐商将侵吞的银两吐出来了事。此笔银两数目巨大，在一千万两以上，两淮盐商被勒令分九年缴清。虽然赔出了巨额款项，但盐商们总算能保全了性命。
此案涉及的官员众多，如高恒是乾隆的小舅子。卢见曾则是当时的大学者，与大学士纪晓岚又有姻亲关系。当事人都有广泛的人脉，当案情微露端倪时，就有人给他们通风报信，以早做准备。
乾隆三十三年七月，山东巡抚富尼汉前往卢见曾德州老家查抄家产，结果查出“钱数十千，并无金银首饰，即衣物亦甚无几。”富尼汉见家产中并无金银器皿，就张榜公告，请知情者自首，随即监生李容第一个出来自首，交出卢见曾藏匿的财物。
然而，李容的自首，益发让乾隆狐疑。军机处在六月二十五日发出查抄卢见曾家产的廷寄，查办此案的谕旨也未传抄发放。卢家却先后两次提前转移家产，使乾隆不解，“伊家何以早得风声？”
乾隆知道是有人泄密了，令富尼汉严刑逼供卢见曾，“令将得自何处何人，实情供吐。”不想卢见曾倒是硬气，酷刑之下却不露口风。此时卢见曾的儿子卢瑛，孙子卢荫文正在京师应试，乾隆遂下令抓起来审讯。卢荫文被捕后，吃不住拷打，遂供出真相。
纪晓岚的女儿纪韵华嫁给了卢见曾的孙子卢荫文。纪晓岚在京内朋友众多，消息灵通，得悉开始调查卢见曾之后，派家人给卢荫文送信。但纪晓岚尚不敢明言所查的是历年预提盐引，只是在信中暗示，正在查两淮盐务中的“小菜银”。“小菜银”乃是盐商给两淮盐政衙门的陋规，“每日商人供应饭食银五十两”。“小菜银”总计下来数目也不多，不会惊动纪晓岚来通风报信，卢荫文怀疑此中必有所指。
此后不久，卢荫文与军机章京王昶聊天时，问“小菜银”何指。王昶告知并非在查“小菜银”，而是历年预提盐引案事发。卢荫文探知真相后，即于六月十四日派人回家送信，让转移家产。此外，军机章京赵文哲、徐步云，刑部司员黄骏昌等人，也均泄露了调查两淮预提盐引的消息。
此案由军机大臣刘统勋负责查办。刘统勋此年在军机处汉人大臣中排名第一，有望在未来成为首席军机大臣。纪晓岚、王昶均是刘统勋的学生，且与刘统勋的儿子刘墉是好友，赵文哲、徐步云也都是军机处的职员，可以说都是老熟人。刘统勋为官清廉，不徇私情，初入官场时虽官卑位微，却敢上书弹劾当时的军机大臣张廷玉、讷亲，奠定了他在乾隆心中的地位。对于此案，刘统勋在处理时不敢徇私，只能加以严惩。
此案牵连官员甚多，前后三任盐运使高恒、普福、卢见曾被以侵吞盐引余息，接受贿赂罪处死。纪晓岚因为泄密被发配乌鲁木齐。
军机处中，军机章京徐步云被发往伊犁，军机章京赵文哲、王昶则被发配到阿桂军中，参与缅甸战事。王昶、赵文哲都是上海人，与钱大昕等人并称“江南七子”，在军机处本前途无量，不想因为泄密被贬。
通过预提盐引案，乾隆严厉整饬了地方盐官，将两淮盐务纳入到中央控制，并进一步加强了对盐商的控制。就军机处泄密事件，乾隆一直耿耿于怀。不久乾隆再次下谕警告道：“军机章京常与官员亲友暗通消息，从前有因此而获罪者。如果再查出有徇私泄露，必严加惩治，决不宽贷。”虽然乾隆屡屡整顿，但军机处泄密事件却是层出不穷，招惹出无数是非，也埋下了诸多杀身之祸。
大小金川之战
乾隆三十六年四月，首席军机大臣尹继善病逝，由刘统勋继任。刘统勋刚上任，大小金川战事再起。
此年有军机大臣上奏称，军机处有中满汉章京四十余人，每年从户部领取银库内赏银四千两，尚不敷办公之用，请再添加五千两，乾隆大度地允许了。军机处中，军机大臣不在军机处领薪水，军机章京则领薪水。军机章京没有什么外快，收入也很微薄，有“职供文字一官清”之叹。但军机章京有特殊的荣耀，且升迁的机会也多，故而被选为军机章京者都分外珍惜这一职位。
在选拔军机章京时就要求德才兼备，入了军机处后，经过多年训练，政务熟练，世事通达，参加科举时自然比其他考生具有更多的优势。此外，军机章京的勤劳，皇帝每日都看在眼里，不时会有封赏。第一次金川战事最吃紧时，乾隆突然想起来，得奖励奖励天天加班的军机章京们了，下旨称：“办理金川军务以来，军机处行走官员，皆黾勉供职，著分别等次，交部议叙。”随后军机大臣将军机章京按照出力多少，分为三个级别，造表献上，一一予以奖励。
军机章京久处中枢，与皇帝及重臣接触的机会多。常有军机章京因为办事干练，给皇帝留下深刻印象而飞黄腾达。军机大臣在外出征战时，常常会亲自点名，将自己信任而又能干的军机章京带上从军。在前线的实际历练，与军机大臣们的同甘共苦，无疑是今后仕途中的重要资本。
早在第一次金川战事时，傅恒就点名让军机章京胡宝瑔随行，战后胡宝瑔备受称赞。舒赫德前往云南征缅时，也曾亲自点名，带了军机章京程焘随行。这程焘不是常人，曾参与过第一次金川战役、伊犁战役，“心计手画，不知饥渴，诸大臣依赖甚重。”阿桂往缅甸作战时，身边也有曾做过军机章京的赵翼，及因泄密而被贬从军的军机章京王昶、赵文哲等人。
到了乾隆三十六年，军机章京们更大的机会来了。此年大小金川的土司同时出击，攻杀其他土司，抢夺土地和人口。大小金川同时滋事，让乾隆大为震怒。第一次金川战事的耻辱尚未褪去，现在金川土司又同时来生事，乾隆决计出兵先讨伐小金川，然后再征大金川。
此战历时近五年，战争进程可分为初定小金川、再定小金川、平定大金川三个阶段。
战事开展后，乾隆照例派出军机大臣前往金川前线督战。首先派出的是军机大臣桂林，随后又调军机大臣温福前往小金川。温福受命前往金川后，曾邀请军机章京严长明随军帮忙，不想严长明坚决不肯。严长明以内阁中书入军机处，在军机章京任上七年，精于文书，为人多智，受到军机大臣们赏识。别人问他为什么不随温福从军，他却道：“此将必败，跟着他干什么？”
严长明目光如炬，温福为人刚愎自用，不听人言，后来果然兵败身死。
发动第二次金川战役时，正逢乾隆朝国力最为鼎盛之际。乾隆三十七年年初，在给温福的谕旨中，乾隆拍着胸脯道：“钱你不要担心，现在国库存银八千万，实在是太多了。朕去年给了你三百万两，将来不妨再给你添拨三百万两。”乾隆甚至道：“朕每以存积太多为嫌，天地生财，止有此数？”正是雄厚的财力，支持了耗时经年的大小金川之战。
广州知府赵翼，此时已升任贵州分巡贵西兵备道，成为正四品官员。到了贵阳衙门里，赵翼屁股还没坐热，就开始紧张忙碌起来，为大小金川战事征调物资。整个王朝都被动员起来，为金川战事输送人员、物资。乾隆是志在必得，金川这颗坚硬的小鹅卵石，在大清王朝这架巨大马车冲击之下，能支撑多久？
第一次金川战事，张广泗、讷亲等人，先是激进求胜，后又消极避战，拖延战事日久，军心动摇，最终被乾隆诛杀。换了个傅恒主持战事，也没有取得突破。最后由于大金川土司主动求和，才得了个虚假的胜利。大金川给乾隆的这记响亮耳光，二十三年后红印犹存。
温福、桂林到达金川之后，汲取了第一次金川战役的教训，稳扎稳打，逐步蚕食，慢慢攻入小金川境内。小金川土司僧格桑本以为清军懦弱，在碉楼面前会知难而退，不想清军却一路高歌直进，直捣小金川。
乾隆三十七年正月，温福、桂林分兵。温福从西路，主攻小金川门户资哩，此处碉堡坚固，小金川拼死反抗，直至三月中旬方才攻克，随后进逼小金川中心要塞美诺。桂林从南路，几番苦攻之后，逼近小金川达乌、僧格宗一带。
桂林的前锋薛琮带了三千官兵，绕道深入，以策应桂林前后夹击。不想薛琮到了预定地点，发起攻击之后，桂林并未出兵响应。薛琮反被小金川围困，鏖战七日，弹尽粮绝，援兵不至，全军覆没。桂林一度想隐瞒军情，被乾隆知道后革职发往伊犁，改由阿桂接替指挥。
阿桂接任后，调整战略，步步为营，继续进攻。此时小金川土司僧格桑已不济，遂请求议和投降。阿桂将计就计，以退出战略要地鄂克什作为投降条件。在小金川兵丁退出鄂克什后，清军迅速占领此要地，此后并未停战，反而长驱直入。
至乾隆三十七年十二月初，两路清军会师于美诺，初六日，攻克美诺。僧格桑携带家人出逃，投奔大金川土司索诺木。美诺大捷后，因为泄密被发配到云南，再往金川前线效力的军机章京王昶，因为表现出色，被特别嘉奖。
在攻占小金川之后，清军乘胜出兵，对大金川发起攻击。温福、阿桂等各领一路，分兵攻打。
但大金川地势更为显要，战碉林立，当地人骁勇善战，打仗“比小金川的人凶狠”。对于打仗，大金川人欣喜若狂。第一次金川战役时，清军耗时三年，只不过取得名义上的胜利。大金川地方大部分民众通过劫掠发了财，清军撤退时又给了大金川地区大量赏赐。胜利的滋味让大金川上了瘾，而清军绵羊般的战斗力更让他们充满自信。
在第二次金川战争爆发后，大金川的许多年轻人怀抱着打仗发财的梦想参战。虽然有经验的老人发出警告，此次与清军开战，局势不同以往。可年轻的土司索诺木与好战的年轻人哪里听得进劝告，只想早日击败清军，获取战利品。
乾隆三十八年，清军出兵大金川之后毫无进展。阿桂苦战三个月，才推进了二十余里，攻克碉楼一座。温福在木果木扎下大营后，在前线也无法突破，就学习讷亲的法子，建碉楼与大金川对峙。时间一长，温福放松了警惕，每日里设宴与将领饮酒打发时间。偶尔再放上几炮，搪塞乾隆，表明自己在奋力进攻。
在平定小金川之后，有千余名投降的小金川兵被征调到温福军中服役，在后方负责后勤。据小金川士兵阿噶尔甲供称：“投降后被送到温福大营中，温将军叫我剃了头，赏我戴了白顶儿，吩咐我好好的效力。”
阿噶尔甲在清军中碰到了好多小金川兵，常聚在一起商量：“我们原是小金川的人，如今跟官兵打仗，将来有何好处？不如投奔旧土司僧格桑。”
“番兵在将军（温福）营里约有一千五六百人，大家都想念旧土司，所以拼命商量干这事。”
大金川土司索格木探悉温福军中小金川兵军心不稳后，便暗中联络，说服降兵反叛。温福也疏于防范，有大金川兵穿着喇嘛服装混入温福大营，竟无人察觉。
僧格桑则潜回小金川，发起偷袭，击溃了驻守小金川的清军，击杀将领董天弼。大小金川平定后，据偷袭董天弼军营的头人供称：“夜半领兵，以鸟枪数百杆击杀之。”董天弼容貌魁奇，作战时身先士卒。在金川前线时，董天弼携带了两匹哈萨克骏马，温福看了眼红，索要多次。董天弼则称：“待平定金川之后，必将二马献给将军。”不想金川未平身先死，二马也落入了金川人的手中。
六月初，大金川士兵从清军木果木大营后方发起攻击。