太平天国运动对清政府的统治造成了巨大的冲击，太平天国让清朝皇帝恨之入骨；太平军对清军造成了巨大的威胁，他们让清军闻风丧胆。一度，太平天国运动以惊人的速度发展起来，太平军所到之处，所向披靡，无往而不利。但最后，它还是失败了。
“曾铁桶”攻陷安庆
安庆位于安徽省西南部，长江下游北岸，有“万里长江此封喉，吴楚分疆第一州”之美称。安庆是长江下游的第一个城市，也是万里长江安徽段的第一个城市。其东与安徽省池州市、铜陵市隔江相望，南以长江与江西省九江市相连，西界湖北省黄梅、蕲春、英山三县，北接安徽省六安市、巢湖市，也是太平天国的首府天京的重要屏障。湘军要进军天京，必须要先把安庆攻下，而一旦安庆被攻下，天京的形势也将非常危急。因此，太平天国一直派重兵对安庆进行防守。咸丰十年（1860年）闰三月，曾国荃带领着一万多名湘军，开始准备进攻安庆。咸丰十一年八月，围困近一年半的安庆城在湘军的猛烈攻击下终于失守了。
对于湘军来说，攻下安庆的意义极其重大，它极大地传播了湘军的名声。
当时，太平军对安庆这个战略重地也非常重视，因为它既保护了东边的天京，又是粮食等物质的供应枢纽，还是与捻军联络的据点。当时，约有八万多人的湘军，正在长江南北两岸分七路指向安庆、芜湖等地，打算上游胜利以后，以高屋建瓴之势攻占下游。他们计划宏大，来势凶猛，给人势在必得的感觉。然而，他们的计划却有很大的弱点，即他们在后方湖北、江西所剩的兵力空虚。这个弱点立即被洪仁玕看破了。洪仁玕最早信拜上帝会，但到咸丰九年三月（1859年4月）才辗转从香港来到天京，被洪秀全封为干王，总理朝政。1860年春，为解除江南大营对天京的包围，他建议太平军实行“围魏救赵”的策略，先攻打湖州和杭州，引诱清军赴援，然后迅速回师，对江南大营进行全力攻击。洪秀全、陈玉成、李秀成、李世贤等对他这一意见非常赞同。果然太平军于5月间一举消灭了江南大营。洪仁玕看破了湘军后方空虚的弱点后，再次建议故伎重演，乘虚直捣江西、湖北，进夺武汉，这样就能把湘军的兵力分散，从而解除对安庆的包围。
于是，陈玉成在北，李秀成在南，两人都顺着长江西行，约定于第二年4月在武昌会师。1860年9月30日，陈玉成率五万大军从天京出发，经庐江、桐城，攻占了湖北蕲水、黄州，于1861年3月17日直接向武昌进犯。此时的武昌城基本上算是一座空城，城内守卫不多，只有官文带领三千人进行防守。太平军攻城的消息一传来，城内大乱，许多有钱人家都逃走了。本在病中的胡林翼慌了手脚，立即带领军队回去救援，但又要顾及安庆前线加重了病情。咸丰十一年（1861年）八月初一日卯刻，湘军夺得安庆后，曾国藩在《克复安庆省城片》这一奏折中写得很客观：“楚军围攻安庆，已逾两年，其谋始于胡林翼一人画图决策，商之官文与臣，并遍告各统领。”可惜，胡林翼已经躺在了病床上，无法进入已夺取的安庆。他于八月二十六日亥刻与世长辞，年仅五十岁。曾国藩得知此事，沉痛地写道：“赤心以忧国家，小心以事友生，苦心以护诸将，天下宁复有似斯人者哉！”
再说曾国藩住在长江南岸，分析长江北岸的形势，预计彭玉麟、李继宜回师湖北后，大批折回的太平军又将回转来对桐城、怀宁两地的清军大举进攻。他生怕正包围安庆的曾国荃定不下心来，乱了阵脚，故急于咸丰十一年二月初七、初八给曾国荃接连写了几封信，叮嘱他必须先坚守五六天，等待鲍超部渡过长江增援他。二月二十二日又写信给曾国荃，对太平军进攻武昌的战略目的进行了准确的分析：“群贼分路上犯，其意无非援救安庆。无论武汉幸而保全，贼必以全力回扑安庆围师；即不幸而武汉疏失，贼亦必以小支牵缀武昌，而以大支回扑安庆，或竟弃鄂不顾。去年之弃浙江而解金陵之围，乃贼中得意之笔。今年抄写前文无疑也。”接着，他又对坚守安庆有着怎样的重要意义进行了反复的说明：“无论武汉之或保或否，总以狗逆回扑安庆时官军之能守不能守，以定乾坤之能转不能转。安庆之壕墙能守，则武昌虽失，必复为希庵所克，是乾坤有转机也；安庆之壕墙不能守，则武昌虽无恙，贼之气焰复振，是乾坤无转机也。”他向曾国荃指出了应该怎么做：“弟等一军关系天地剥复之机，无以武汉有疏而遽为震摇，须等狗逆回扑，坚守之后再定主意。”能否保住上游武汉的有利形势，对于曾国藩、胡林翼来说，确是他们能否坚持在下游谋略安庆，再图金陵的战略方针的关键所在。所以曾国藩于二月二十六日在给他两个弟弟的信中又说：“贼纵有破鄂之势，断无守鄂之力。江夏纵失，尚可旋得；安庆一弛，不可复围。故余力主不弛围之说。”
太平军守安庆，其策略在于守险不守陴。安庆之险在集贤关，因此太平军便将重兵都投入到了集贤关，以阻止迫近安庆的湘军。曾国荃则采用长壕法对付太平军，即在安庆城的城墙之下挖了两条很深很宽的壕沟，湘军居于两壕的中间，内壕的作用是围攻安庆，外壕的作用是抵抗增援的太平军，曾国荃也因此被人们称作“曾铁桶”。当时，安庆城内的一万多名太平军已被四万湘军围困了一年的时间。湘军在城外挖了三道长壕，使城内太平军很难从包围中突破出去，城外太平军也很难冲到城内增援城内部队。陈玉成虽然在菱湖筑垒十八座，又派了一千多士兵到城内帮助防卫，还向城内送去粮食，一时间把安庆的局势稳定住了。但由于从各地前来增援太平军的部队，包括从天京来援的洪仁、林绍璋部，从芜湖来援的黄文金部和捻军，从庐江来援的吴如孝部，都在挂车河、练潭一带遭到了湘军多隆阿等部的狙击，无法会合陈玉成部。陈玉成在集贤关内孤军奋战，对曾国荃的围军根本无能为力。
湘军从咸丰九年底太湖之役吸取了经验，这次所采取的方法依然是围城打援。曾国藩一而再，再而三地教给曾国荃一个个围城窍诀，教他必须恪守“坚静”二字。他说：“凡军行太速，气太锐，其中必有不整不齐之处，唯有一‘静’字可以胜之，不出队，不喊呐，枪炮不能命中者不许乱放一声。”他嘱咐两兄弟要在拼命坚守上既达成共识，又通力合作。他还对战事进行了一般性的概括总结，说：“凡办大事，半由人力，半由天事。如此次安庆之守，壕深而墙坚，稳静而不懈，此人力也；其是否不致以一蚁溃堤，以一蝇玷圭，则天事也。”就在这个时候，曾、胡既布置多隆阿部在桐城一线对于东面来的林绍璋援军继续狙击，又从长江南岸调来鲍超部对于西面来的陈玉成援军进行狙击，还派胡达轩三营、成大吉七营分别进驻石牌和集贤关外，拖住太平军的后腿。他们的目的是要将安庆夺回来，而行动方向却是对太平军援军的有生力量进行打击和削弱。这个围城打援的战略，最初是胡林翼在太湖之役中提出的。他说：“用兵之道，全军为上，得地次之。今日战功，破贼为大，复城镇为下。古之围者，必四面无敌；又兵法，十则围之。若我兵困于一隅，贼必以弱者居守，而旁轶横扰，乘我于不及之地，此危道也。然不围城，则无以致贼而求战。”这一策略无疑是非常正确的，它不但使湘军在太湖之役中取得了胜利，也使湘军最后在争夺安庆这场战斗中取得了胜利。
当曾国藩听到五月初一日“杀三垒真正悍贼千余人”的消息时，他立即判断说，陈玉成部必会因此而气势大衰，并说：“平日或克一大城、获一大捷，尚不能杀许多真贼，真可喜也。”他特别注意刘林，认为这个人英勇善战，并因为尊敬他的为人，称他为先生，“爱其人，故称翁”。并对曾国荃等人嘱咐说，不要让刘林这人跑掉了。刘林被俘获后，杨岳斌将他肢解，并割下首级送到安庆城下示众。刘林部覆灭后不久，集贤关内的八千多名太平军，也因孤立无援，先后在战场中丧了命。至7月，安庆城外所有的太平军据点都被消灭了。
陈玉成部因为多隆河在挂车河的狙击，无法援助城内的太平军，只得与洪仁玕、林绍璋、吴如孝、黄文金、杨辅清等率领的四万多名太平军，从湖北蕲州绕道过去，经宿松、石牌，于七月十五日再次向集贤关发动进攻。这时，安庆城内很长时间缺少粮食，但太平军战士还是列队西门上，遥遥地呼应着增援部队。陈玉成率部苦战了好几天，抱草填壕，虽血肉横飞，仍然不停止冲锋活动；城内饥惫之卒，几乎连举刀枪的力气都没有了，还奋勇杀出。可惜最终还是无法越过湘军的深沟高垒，不能会师。八月初一湘军轰倒北门城墙，蜂拥而入，城内到处都有人在屠杀、抢劫。
陈玉成等遥见城内火光冲天，又带领部下进行了两次冲锋，却都失败了，方引军西去。多隆河则挥军追击，一路攻杀，使陈玉成的军队多数溃散，不复成军，太平天国的一支主力部队就此覆灭。湘军水陆配合，趁势攻占了安徽大部地区，迅速向东推进，直指天京城。
血洗天京城
安徽的战事的结束，是以安庆的失陷为标志的。安徽战事结束后，湘军与太平军作战的主战场逐渐转移到江苏和浙江。太平军在与湘军争夺安庆一役中，死伤惨重，共有三万多名太平军在此次战役中丧生。城内叶芸莱、吴定彩等一万多人都被清军所杀害。后来，洪仁玕写道：“我军最大之损失，乃是安庆落在清军之手。此城实为天京之锁钥而保障其安全者，一落在妖手，即可为攻我之基础。安庆一失，沿途至天京之城相继陷落，不可复守矣！”
湘军安庆之战中大显身手，使其名声大振，然而他们在安庆之战中的杀戮却是极其残忍的。
早在咸丰十一年五月，太平军刘林部在安庆城外赤岗岭的战斗中败于湘军，其中有三个垒、千余名的太平军投降了清军。曾国藩听到这个消息后，感到非常兴奋，便写信给曾国荃，问他有没有把这些人都杀了：“不知刘林一垒究竟如何，其已降之三垒，已杀之否？”当他听说已经杀死了全部投降的太平军的时候，感到非常高兴：“此次杀三垒真正悍贼千余人，使狗党为之大衰，平日或克一大城，获一大捷尚不能杀许多真贼，真可喜也。”
历朝历代的战争中，优待俘虏、缴枪不杀都是大家遵守的规则，也是一支仁义之师所应该做到的。而在曾国藩的心目中，他宁愿斩草除根，也不愿意优待俘虏，因为这种方法省事又实用。这对曾国藩来说是一条反动逻辑。他让别人也接受他的反动逻辑。据唐浩明撰写的《曾国藩》文中记载，在曾国荃带兵打仗之初，曾国藩即教他对于所有的太平军俘虏，都要格杀勿论。
因此，当安庆城被攻陷后，曾国荃就杀光了守卫安庆城的太平军。曾国藩掩饰不住内心的兴奋，把这个好消息告诉给了朝廷，并且在奏折中多次提到了“无一人得脱”、“围杀净尽”、“实无一名漏网”等词。
从1862年到1864年，曾国藩三路出兵，除曾国荃围住了天京以外，其他两路李鸿章、左宗棠，也都很快占领了天京周围的重要城镇。这样，天京遂变为一座被湘军严密包围的孤城。
由于天京局势危急，1863年12月20日，忠王李秀成应洪秀全之命到天京负责守城，由于他经验丰富，恪守职责，率领太平军在粮食、弹药供应不足的艰难条件下，粉碎了曾国荃一次又一次的进攻。曾国荃久攻不下，心急如焚，好像一只饿猫眼见一块肥肉却吃不到口一样着急。
见到这种情况，曾国藩也是忧心忡忡。他既想让自己这个心高气傲的弟弟单独攻下天京，抢占头功，能受到皇上重赏，曾家脸上也有光彩。但又怕弟弟一人兵力单薄，围城什么闪失，假如久攻不下，反被城中的洪秀全、李秀成击退。自己十几年的心血岂不白费？功亏一篑是他最不愿意见到的。所以，曾国藩很想派兵增援弟弟，早日将天京拿下，以酬夙愿。
曾国藩深知九弟的脾气，从安庆出兵的那时候起，曾国荃就想独占头功，不愿有任何人插手围攻天京一事。多隆阿率部远征陕西就是这个原因。还有后来鲍超、杨载福等部都曾参与过围城，但终于又都先后离去，也是这个原因。其间还有几支奉命前来协攻的部队，也都被曾国荃拒绝。其实，曾国藩也不想外人来分一杯羹，也想自己兄弟独吞天京这块肥肉。早就听说天京城内金银堆积如山，天王府都是用金子造的。但天京已围了一年多了，仍不见丝毫进展，曾国藩心里很着急。最后，他终于决定让李鸿章前去相助。
曾国荃由于在攻破安庆时尝到了甜头，这次他是铁了心的要独占攻陷天京的头功和天京的巨富。当他获知李鸿章的淮军就要来助攻天京时，立即将这一消息转告给手下的将士们，为了煽动起他们攻城的积极性，曾国荃厉声问其部下：“有人要来抢功了，你们答应吗？”曾国荃手下的那帮将领、士兵，对天京城内的财富也是垂涎已久，现在听曾国荃这么一说，立即大骂李鸿章，表示要齐心协力，在李鸿章到来之前攻破天京。
曾国荃见状大喜，立即组织人马攻陷天京城外的地堡城，扯下了天京城的最后一道屏障，接着又组织人力，在天京城下猛挖地道，日夜兼工，轮班开挖。1864年7月18日，地道挖成。