南宋绍兴年间置明溪镇巡检司。明成化六年（1470），汀州府同知程熙以“地境旷远，民梗难治”为由，奏析清流县的归上、归下里，宁化县的柳杨、下觉里，将乐县的兴善、中和里，沙县的沙阳里等地，合置归化县。归化之名是“因有古归化地在其中”以及示“归顺成化”之意。成化七年正式立县，隶属福建布政司汀州府管辖。至清代隶属不变。
民国3年（1914）6月，福建省实行省、道、县三级地方政制，归化县隶属汀漳道。民国14年，国民政府废道，福建省实行省、县二级地方政制。归化县直属福建省。民国20年，工农红军解放归化县，归化成为中央苏区二十一个县之一，1931～1934年先后隶属闽粤赣省、福建省、闽赣省。毛泽东、周恩来、朱德、彭德怀、粟裕、李志民、李天佑等老一辈无产阶级革命家曾先后在这块红色土地上进行革命斗争和实践，领导军民建立和巩固革命根据地，留下了光辉的足迹。全县有3200多人参加红军，投身革命，为中国人民的解放事业作出了不朽的贡献。
民国22年4月，因与绥远省归化城同名，奉民国政府令改名明溪县。同年11月，以陈铭枢、蒋光鼐、蔡廷锴为核心在福州成立中华共和国人民革命政府。12月11日人民政府第十一次中委会决议将福建划为闽海、延津、兴泉、龙汀四省及福州、厦门二特别市，明溪县划属龙汀省。次年1月“闽变”失败，复属福建省。民国23年7月，福建省以下实行行政督察专员制度，设置行政督察专员公署，福建省划为10个行政督察区。明溪县隶属第八行政督察区（区治在长汀）。民国24年10月，福建省行政督察区缩编为7个，明溪县隶属第七行政督察区。民国35年1月，福建省划为9个行政督察区，明溪县改属第九行政督察区（区治在永安）。
1949年10月24日，明溪县成立自动解放委员会，宣布起义，隶属永安专员公署（专署驻永安）。1956年7月，明溪县与三元县合并，称三明县，改属南平专署管辖。1959年2月后，原三明县建制一度撤销并入三明人民公社。1961年12月，明溪恢复县级建制，仍称三明县，隶属省辖三明市；1964年4月恢复为原明溪县名，属三明专署管辖。1978年3月，明溪县属三明地区行政公署管辖；1983年4月，隶属三明市。2011年末，明溪县辖雪峰镇、瀚仙镇、盖洋镇、胡坊镇4个镇，城关乡、沙溪乡、夏阳乡、夏坊乡、枫溪乡5个乡，8个社区，88个行政村，辖区总面积1729.85平方千米，总人口11.84万人。
明溪境内四面环山，峰峦重叠，西北部和东北部崇山峻岭，海拔700～1000米，南部稍低，东南部最低的渔塘溪出境处瑶奢平原海拔180米。境内有海拔1000米以上高山25座，最高的圣水岩为1561.4米。山地和丘陵面积占总面积的91.91%，小平原面积占6.98%，水面占1.11%。流域面积在50平方千米以上的溪流有16条，因高山阻隔，溪流分属沙溪和富屯溪两大水系，水域面积0.19万公顷。复杂的地形造成明溪丰富多彩的气候资源。
明溪属亚热带海洋性季风气候，年平均气温18℃，年平均降雨量1800毫米，年平均无霜期261天，气候温和，雨量充沛，冬少严寒，夏无酷暑，光照充足。优越的自然环境，为生物的生长繁衍提供了良好的条件。境内动植物种类繁多，有珍稀野生动物穿山甲等走兽9目100多种、白鹇等飞禽18目47科200余种，有厚朴、杜仲、女贞等300多种中药材，以及南方红豆杉、三尖杉、银杏等丰富的珍稀树种资源。全县耕地面积1.15万公顷，农民人均耕地面积1.15公顷，主要经济作物有中药材、烤烟、淮山、木薯等，是福建省商品粮基地县，国家立项农业综合开发项目和国家级农作物原种场建设项目县。全县林业用地面积14.59万公顷，人均林地1.59公顷，森林覆盖率达81.2%，是全国南方重点林区县、福建省杉木、马尾松中心产区之一。境内蕴藏着丰富的矿产资源，有储量丰富的石灰石、重晶石、萤石、大理石、透闪石、钾长石、玄武岩、石英石、稀土和褐煤，是全国天然蓝宝石四大产区之一。明溪是福建省重点革命老区县，第二次国内革命战争时期为中央苏区21个基点县之一。
境内省级风景名胜区有玉虚洞1个，省级以下风景名胜区有龟山1个。国家级自然保护区有君子峰；省级森林公园有雪峰山、紫云。省级文物保护单位有南山古人类遗址1处，县级文物保护单位有德星坊、罗汉庵、玉皇楼、萧登仕尚书墓等14处。
同时，明溪还有特色旅游商品：宝石、宝剑、宝扇和肉脯干。
明溪县与山东昌乐、江苏六合、海南文昌并称为“中国四大蓝宝石产地”。明溪的天然白锆石矿区总覆盖面积达800平方千米，是中国迄今为止保护最完好，也是全国最大的天然宝石矿群，已探明总储量为全区蓝宝石10530.15万克拉、镁铝石榴宝石1311643.9万克拉、白锆宝石396306.50万克拉。
明溪生产的“闽王龙凤神剑”有“天下第一雌雄剑”之称。“闽王龙凤神剑”由纯手工制作而成，刚柔并寓，装饰典雅；剑鞘以花梨木等贵重材料雕刻而成，是收藏、馈赠的佳品。
明溪宝扇主要品种有檀香扇、香木扇、壁挂大扇、白玉香扇、红木扇以及香木年挂历、中堂挂画。宝扇皆以特种优质木料，经手工精制而成，图文并茂，款式特异，气息清香，集实用性、装饰性、艺术品味于一身，可作现代居家理想装饰精品，也是馈赠宾客的高雅礼品。
闽西有“八大干”，而明溪肉脯干被誉为“闽西八大干”之首。明溪肉铺干制作工艺考究，营养非常丰富，因其胆固醇、脂肪含量相对较少，特别适合担心肥胖或动脉硬化的中老年人食用。2007年8月，明溪肉脯干制作工艺被列为福建省第二批省级非物质文化遗产。2008年，国家质检总局批准明溪肉脯干实施地理标志产品保护。
第六、清流县
宋元符元年（1098）的一天，江东路提典刑狱提刑王祖道巡视郡县，下榻于宁化麻仓里清流驿。王祖道（1039～1108），字若惠，福建闽县（今福州市）人，北宋治平三年（1066）进士，曾任司农丞、监察御史等职。后，“因论时政，文辞激烈”，改司封员外郎，出知汀州，移知泉州，北宋元祐三年（1088）又改任江南西路转运判官，不久又发遣福州。他喜欢上清流这个地方有龙津河“S”型环绕，水气蒸腾，气候温和，又有东华山紫岚飘渺，风景秀丽。于是，他以宁化地界广远，难于管理为理由，奏请朝廷将宁化6团里、长汀2团里划出，置县；以“溪流回环清澈”为，叫清流县。
清流县位于福建西部武夷山南侧，地处25°48′～26°21′，东经116°38′～117°10′，东接永安市，西临宁化县和龙岩长汀县，南与龙岩连城县接壤，北同宁化、明溪县为邻。县境古属黄连峒；周、春秋末为闽越地；秦属闽中郡；西汉属闽越；东汉属会稽南郡；三国属建安郡；晋为新罗县，地属晋安郡；隋开皇时并入邵武县；唐开元二十六年（738），改属汀州府龙岩县；后唐为长汀、宁化两县地，属汀州府；五代初属闽王，后属南唐；后晋设清流驿，属宁化县麻仓里；北宋元符元年（1098）立县后，又于南宋绍定元年（1228）废置；元至元八年（1271）又复置，隶属汀州路。
清流境域水系丰富，龙津河、嵩溪溪、长潭河、罗口溪、罗峰溪、文昌溪均汇入闽江。元代时，祖籍福清县、曾祖时移居清流县（明溪驿大焦乡）的陈友定随福建佥都元帅吴按滩不花剿灭了汀、延、邵、建等山寨的起义军，以军功升任为清流县尉、主簿、县尹，并于元至正十八年（1358）擢升任为延平路（治今福建南平）总管，后又为福建行省平章政事，“据全闽，八郡之政，皆用其私人以总制之。”他效忠元朝廷，在福建通往元朝大都（今北京）的陆路被农民起义军切断的情况下，凿九龙滩通舟楫载运粮食，由海路经登、莱等州，每年给大都运去大批粮食等物质。
明洪武元年（1368），汀州路改为汀州府，清流属汀州府，至清代隶属未变。
民国元年（1912）实行省、道、县三级地方政制，清流属福建省西路道，民国3年属汀漳道（道所龙岩）。
民国20年7月，红军第十二军攻克清流县，并成立清流县工农革命委员会。翌年8月，清流县苏维埃政府成立，隶属中央苏区，直至民国23年11月红军北上抗日后，县城失守，县苏维埃政府消失。
民国22年11月至民国23年2月，十九路军将领蔡廷锴发动“福建事变”，成立中华共和国人民革命政府（即福建人民政府），将福建划为4个省，清流属龙漳省。
民国23年，福建省划为10个行政督察区，清流属第八行政督察专员公署（治所长汀）。翌年10月，福建省改划为7个行政督察区，清流属第七行政督察区。民国35年，福建省划为9个行政督察区，清流属第九行政督察区。翌年7月，福建省改划为6个行政督察区，清流属第六行政督察区（治所永安）。
1950年2月22日，清流解放，清流属福建省人民政府永安专员公署；1956年5月，并入龙岩专员公署。
1959年2月，清流、宁化合并，称清宁县。1961年6月6日（9月批准）清流县建置恢复，属龙岩专员公署；同年11月划归省辖三明市管辖；1963年5月，清流县属三明专员公署管辖；1978年3月，属三明地区行政公署管辖；1983年4月隶属三明市。2011年末，清流县辖龙津、嵩口、嵩溪、灵地、长校5个镇，林畲、温郊、余朋、沙芜、赖坊、李家、里田、田源8个乡，共13个乡镇，8个社区，111个行政村，辖区总面积1806.3平方千米，总人口14.64万人。
清流县地处中低纬度，属亚热带季风气候区，具有大陆性气候和海洋性气候特点，气候温和，雨量充沛，冬少严寒，夏无酷暑；日照充足，年平均日照为1583.4小时；年平均气温18.2℃，最高气温在7月，达38.8℃，最低气温在1月，达零下8.9℃；年平均无霜期300天；平均降水量1853.5毫米，日最大降水量345.0毫米，出现在1994年5月2日；5～6月雨季降水量占全年总降水量的1/3强，降水集中，易造成洪涝灾害。1994年5月2日，清流县遭遇特大洪涝。
清流地势东、南、北三面向中部和西部倾斜，峰峦叠嶂，多半为侵蚀型中山、低山地形。全县平均海拔350米，海拔千米以上山峰21座，赖坊大丰山棋盘峰海拔1705.7米为最高点，系三明地区第二高峰，沙芜洞口村海拔250米为最低点。龙津河贯穿境内。主要河流有6条，水电资源丰富，理论水电蕴藏量7.7万千瓦。全县耕地1.02万公顷，林业用地15.6万公顷，森林覆盖率达84%。地下矿藏有无烟煤、萤石、钨、锰、铅、锌等20多种。龙津河被水产专家誉为“天然的淡水鱼养殖场”，盛产各种名贵鱼。野生珍稀动物有豹、穿山甲、山麂等29种。清流是福建省商品粮基地县、全国重点林业县、全国集体林区综合改革试验区。
清流是客家祖地之一，客家先祖巫罗俊曾在这里垦荒辟土，境内至今还有巫罗俊墓、“福潭院”等许多祭祀巫罗俊的寺庙和相关的遗迹。清流人文荟萃，东汉黄香、唐代重臣魏征、唐代名将罗成等的后裔在沙芜、嵩口、里田等乡镇繁衍生息。唐朝开国元勋丞相萧瑀、明朝吏部尚书裴应章、中国著名的军事防化专家黄新民、中国大提琴奠基者王连三等历史名人都是从清流这一方青山绿水间走出去的。