或亲至其家，与之燕饮，礼遇甚厚。”镇压过农民起义军的刘基也“侍帷幄，预机务”，备受重用；在地方上，则任用李习、许瑷、陶安、王宗显、吴去疾等一大批地主阶级知识分子担任知府，掌握地方大权。许多投降的元将领也受到重用，继续带兵。这样，朱元璋的政权便逐渐为地主阶级所掌握，其性质发生急剧的转化。第三，尊孔读经，宣扬封建伦理纲常。在封建儒生的影响下，朱元璋开始提倡尊孔读经，他新到一处，必亲谒孔子庙，又请儒生讲经，如在攻占婺州（今浙江金华）时，即请儒亡许元，叶瓒、胡翰、汪什山等十多人“皆会食省中，日令二人进讲经筵，敷陈治道。”大儒宋濂更是“恒侍左右”，不时为他讲解儒经，讲求“帝工人经大法”，他还设立儒学提举司，以宋濂为江南儒学提举，令各州县设学校，讲授儒经，培养儒生。对于寺院也采取保护政策，攻下应天后，太平兴国禅寺住持觉原，拜见朱元璋，言租种寺田的佃民参加起义，他担心导致寺田荒芜，还说寺院林木多为樵者砍伐等等，朱元璋即下令禁止，并“封一剑授师，曰‘敢有伐木者斩’”。对于那些顽抗到底的元朝将领、官员，朱元璋也大加表彰，誉之为“忠臣”、“义士”，或以礼安葬，或建祠纪念，如渡江破太平（今安徽当涂）时，元总管靳义赴水死；朱元璋说：“义士也，具棺敛葬之。”攻下应天时，元‘御史大夫福寿死之，太祖命于城中立祠，每岁祀之。”下处州，元将石抹宜孙死，朱元璋也“嘉其尽忠死事，遣使祭之，复处州民所立生祠。”对于那些已被生俘而不愿投降的元朝文武官员，朱元璋反认为是“为人臣者，各为其主”，不加勉强，将他们释放。从这些事例中，我们都可以看出，朱元璋的思想感情在发生急剧变化，封建伦理纲常已在他的思想中占了统治地位。
至正二十四年（1364年）正月，朱元璋在群臣的一再“劝进”下，称吴王，置中书省，以李善长为右相国，徐达为左相国，常遇春、俞通海为平章政事，建立了一套封建官僚制度。朱元璋一登上王位，就对徐达等人说：“建国之初，当先立纪纲，……礼法，国之纪纲。礼法立，则人志定，上下安，建国之初，此为先务。”把建立封建法纪作为建国之初的头等大事，可见这时的朱元璋，早已把小明王的龙凤政权抛到一边，已经以开国皇帝自居了。灭陈友谅之后，至正二十五年（1365年）在罗田县（今属湖北）爆发了兰丑儿起义，至正二十六年（1366年）在酃县（今属湖南）爆发了饶一宁的起义，这些农民起义都遭到镇压，朱元璋对镇压起义的刽于手大加称赞，并“赐以绮帛，仍命中书悬赏格。”至正二十六年（1366年）8月，朱元璋攻张士诚，发布《平周榜》，公开咒骂红巾军：“聚为烧香之党，根蟠汝、颍，蔓延河、浴，妖言既行，凶谋遂逞，焚荡城郭，杀戮士夫，茶毒生灵，无端万状。”并向地主阶级作出保证：“凡尔百姓，果能安业不动，即我良民，旧有田产房舍，仍前为主，依额纳粮，以供军储，余无科取，使汝等永保乡里，以全室家”。这年12月，朱元璋令廖永忠迎韩林儿归应天，在瓜步将其沉杀于江中，连“龙凤”招牌也抛弃了。这都足以说明，朱元璋已经彻底背叛了红巾农民起义军，完全转化为地主阶级的政治代表，他所进行的战争，也不再为农民战争，而是单纯的封建统一战争了。
至正二十七年12月11日，是时南征北伐进展顺利，李善长等奉表劝进，朱元璋不允，明日李善长等再请，朱元璋令“斟酌礼仪而行”。至正二十八年（1368年）正月四日，朱元璋正式即皇帝位，改元洪武，国号大明，以应天为京师。朱元璋由农民领袖蜕变为开国皇帝。
三、朱元璋北伐和元朝灭亡
在消灭陈友谅、张士诚之后，朱元璋即着手北伐。当时的北方，元朝的军队，经过农民军十几年的打击，已经土崩瓦解；在镇压农民起义中崛起的几支地主武装，却发展起来，孛罗帖木儿驻大同，扩廓帖木儿据河南，李思齐，张良弼据陕西，王宜、王信父子在山东，他们分据北方各地。这些军事集团之间，为争夺地盘互相攻杀，战争连年，削弱了自身的力量。
元朝最高统治集团，也更加腐朽。元顺帝“怠于政事，荒于游宴”，日夜在宫中过荒淫腐朽生活；朝臣之间争权夺利，互相倾轧。宫廷内部争夺皇权的斗争也很激烈，右丞相搠思监、宦官朴不花等支持皇太子爱猷识理达腊，欲废顺帝立太子，御史大夫老的沙等则支持顺帝，反对废立，皇太子联络扩廓帖木儿为外援，老的沙则以孛罗帖木儿为后盾，两派斗争达到白热化。至正二十四年（1364年）7月，孛罗帖木儿派秃坚帖木儿带兵攻入大都，杀搠思监与朴不花，皇太子出走。顺帝乃以孛罗帖木儿为右丞相，节制天下军马，老的沙为平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫，总揽朝政。至正二十五年（1365年）3月，皇太子令扩廓帖木儿，李思齐等发兵讨孛罗帖木儿，孛罗战败。7月，孛罗被杀于宫中，老的沙、秃坚帖木儿出逃。9月，皇太于、扩廓帖木儿还大都，顺帝又任扩廓为右丞相，10月，加封河南王，代皇太子总制关陕、晋冀、山东等处牢马，便宜行事。至正二十七年（1367年）正月，李思齐、张良弼、脱列伯、孔兴等统兵将领自会于含元殿基，推李恿齐为盟主，与扩廓帖木儿相抗，扩廓发兵讨伐，战火不息，“两家相持一年，前后百战，胜负未决，而国家大事去矣。”总之，由于封建统治阶级内部的相互倾轧、残杀和混战，元朝统治更加腐败不堪，上下解体，已经到了崩溃的前夜。
正当元朝统治者内部互相撕杀、倾轧的时候，至正二十七年（1367年）10月，朱元璋以徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率兵二十五万北伐，行前发布檄文《谕齐鲁河洛燕蓟秦晋之人》，以民族斗争相号召，提出了“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的口号，强调“自古帝王临御天下，中国居内以制夷狄，夷狄居外以奉中国，未闻以夷狄居中国治天下者也。”表示要“北逐群虏，拯生民于涂炭，复汉官之威仪”，要赶走蒙古人，重建汉族封建政权。檄文以大汉族主义，民族斗争相号召，这就解除了汉族地主的顾虑，争得他们对北伐的支持；朱元璋在檄文中还表明“蒙古、色日虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼仪愿为臣民者，与小夏之人抚养无异。”这一政策就把打击范围缩小到仅限于蒙古统治者和投靠蒙古贵族的少数汉族官僚，争取到了更多的人保持中立，起到了瓦解敌人的作用。对北伐军的纪律，朱元璋也很重视，他一再告诫诸将“今命尔诸将各率所部以定中原，汝等师行，非必略地攻城而已，要在削平祸乱，以安民生。凡遇敌则战，若所经之处及城下之口，勿妄杀人，勿夺民财，勿毁民居，勿废农具，勿杀耕牛，勿掠人子女；民间或有遗弃孤幼在营，父母亲戚来求者即还之。”诸将皆表示谨守。
对作战方针，朱元璋也作下了明确规定，他指出：“先取山东，抑其屏蔽；移兵两河，破其藩篱；拔潼关而守之，扼其户槛。天下形胜入我掌握，然后进兵元都，势孤援绝，不战自克，鼓行而西，云中、九原、关陇町席卷山。”其后的整个北伐战争，也是按照这一方针进行的。
徐达、常遇春率北伐军沿运河北上，11月四日，经淮安至下邳（今江苏邳县南），摆出进攻山东的势态。当时，据守山东的是元淮南，淮北义兵都元帅王宣，徐达派使者至沂州（今山东临沂市），招谕王宣及其子王信，王宣父子表示投降。朱元璋派庸臣至沂州，授信为江淮行省平章政事，但王宣父子首鼠两端，表面虽表示投降，而暗中却募兵备战，并夜袭唐臣。徐达早已有备，11月10日急攻沂州，王宣自度不支，开门降，王信逃往山西。徐达杀王宜，进占海州（今江苏连云港）、莒州（山东莒县）、赣俞（今属江苏）、日照（今属山东）等城。11月29日，徐达破山东军事重镇益都路（今山东青州市），元平章李老保降，杀元宣慰使普颜布花、总管胡浚、知院张俊，进占寿光、临淄、昌乐、高苑（今山东博兴西南）诸县。12月7日，徐达下济南，元平章达多尔济（达朵儿只）降。北伐军的偏师大都督府同知张兴祖出徐州北进，也顺利攻占东平、曲阜、兖州、邹县、东阿等地。徐达攻占益都、济南后，声威大振，各地元军望风瓦解，密州（今属山东诸城）守将邵礼、登州（今山东蓬莱）
守将董卓、莱州（今属山东）守将安然等投降。洪武元年（1368年）2月，常遇春攻克东昌（今山东聊城）。至此，山东全境平定，顺利实现了“先取山东，撒其屏蔽”的战略目标。为牵制元兵，在徐达进兵山东的同时，以邓愈为征戍将军，率偏师由襄阳北进，洪武元年（1368年）3月27日，攻克河南重镇南阳。
徐达平定山东后，按照朱元璋的部署，立即“移兵两河”，向河南进军。洪武元年3月29日攻汴梁，元守将李克彝弃城走，左君弼投降。4月，徐达、常遇春率军攻洛阳，与五万元兵战于洛水之北，常遇春冲入敌阵，大败元兵，梁王阿鲁温以洛阳降，李克彝奔陕西，河南州县相继归服。4月22日，徐达、冯国胜，康茂才攻占陕州（今河南三门峡市），逼近潼关，李思齐走风翔，张良弼奔鄜城（今陕西富县）。26日，冯国胜破潼关，西略华州（今陕西华县）。5月，徐达至陕州，增兵守潼关，李思齐、张良弼受阻于陕西，从而完成了“拔潼关而守之，扼其户槛”的任务。至此，潼关以东，尽为朱元璋所有，大都已完全暴霹在朱军面前。
5月21日，朱元璋至汴梁，改汴梁为开封府，置中书分省于开封，以杨宪署省事，何文辉为河南指挥使，驻守河南。六川初，朱元璋正开封与徐达等议取大都。7月，徐达调凋益都、徐州、济宁之兵会于东昌（今山东聊城），进兵大都。闰7月2日，徐达率北伐上力山开封出发，北渡黄河，攻取河北州县，薛显、傅友德率兵取卫辉（今河南汲县），彰德、磁州、邯郸、广平相继攻下。徐达集诸将于临清（今属山东），12日，沿运河水陆并进。14日，常遇春攻克德州（今届山东）。当时，扩廓帖木儿据太原，李思齐等据关中，正互相攻杀，元顺帝令扩廓出井陉以阻击明军，李思齐出潼关以收复河南，二人皆不理，大都陷于孤立无援的境地。20日，徐达下长芦（今河北沧州西），趋清州（今河北青县），至直沽（今天津市郊），元守将也先望风而逃，大都震动。28日，明军克通州（今北京通县），顺帝大惧，知不能敌，乃携后妃、太子，百官夜半出健德门，由居庸关出长城，奔往上都（今内蒙正蓝旗东）。8月2日，徐达率兵进入大都，元朝灭亡。
元朝虽巳灭亡，但其残余势力还分散各地，扩廓帖木儿据太原，李思齐、张良弼据陕西，纳哈出据辽东，梁王把匝刺瓦尔密据云南，他们拥有相当数量的兵力，元顺帝还想卷土重来，这对新建的明政权是一个很大的威胁。因此，在攻克大都后，朱元璋对各地元朝残余势力继续用兵。洪武元年（1368年）12月1日，徐达克太原，扩廓败逃甘肃，山西平定。洪武二年（1369年）2月，徐达、常遇春进军陕西，3月攻克奉元（今陕西西安）、凤翔，4月徐达克秦州（今甘肃天水）、兰州，李思齐奔临洮（今属甘肃），明将冯胜围临洮，李思齐穷蹙，举城降，张良弼亦为扩廓帖木儿所杀。6月，常遇春、李文忠率步骑九万破上都，元顺帝北逃，次年死于应昌（今内蒙古达里诺尔西南）。随后，扩廓帖木儿仍不断侵扰大同，兰州等地。洪武三年（1370年）徐达、李文忠再征扩廓，4月，大破之，扩廓远逃和林，洪武八年（1375年）死去。洪武十四年（1381年）9月，傅友德、兰玉、沐英攻云南，12月，梁王把匝剌瓦尔密兵败自杀，云南平。洪武二十年（1387年），纳哈出降，辽东平定。至此，全国为大明王朝统一。