二、《爱国者法》与正当程序原则之衡平
“9·11”事件后，安全虽成为人们关注的首要问题，但素有民主自由传统的美国社会很快就从单纯的恐惧中清醒过来。保障国家与公民安全本来就是政府职责，而这并不能以侵犯公民权利为前提。对于《爱国者法》及相关反恐措施以牺牲程序正义为代价，弃人的尊严价值于不顾的做法，长远来看，根本不可能获得真正的社会福利和安宁。作为宪法守护者的联邦最高法院在一些判例中也表达了自己的立场，联邦政府在来自社会各方面的压力下不得不对《爱国者法》的制度设计和价值取向予以重构。
（一）司法之衡平
美国联邦最高法院针对《爱国者法》的实施中涉及拘留恐怖分子的合宪性问题做出了三个重要的判决：Rasul v.Bush是非公民在外国被俘获的案件；Hamdi v.Rumsfeld是美国公民在美国境外遭到逮捕的案件；Rumsfeld v.Padilla则是美国公民在美国境内被逮捕的案件。
Rasul v.Bush一案中，被拘留者向美国哥伦比亚特区地方法院提起人身保护令诉讼，要求拥有律师咨询、法院公正审判的权利，并且在确认不是恐怖分子之后予以释放。地方法院认为关塔那摩基地并不是美国的领土范围，认为外国人被监禁在美国领土外，不适用人身保护令请求的规定，拒绝原告的请求。美国哥伦比亚特区上诉法院亦支持地方法院的见解，于是案件上诉至联邦最高法院。2004年6月28日，联邦最高法院以6比3的表决比数下做出Rasul v.Bush判决，认定联邦宪法中人身保护以及联邦人身保护条款的规定授予联邦地区法院对于拘留在关塔那摩基地的外国人具有诉讼上管辖权，并且推翻了前审的判断。主笔多数意见的Stevens大法官认为：法院审查政府拘留人民的决定的规范先于实定法而存在，经过两百多年的演变，法院对于人身保护的核心概念仍旧没有改变，就是“法院应审查政府拘留人民的合法性”。美国对于关塔那摩湾基于与古巴的租约已经具有完整的管辖权与控制权。如无意外，这样的控制权将永久存在。同时政府方面也同意被拘禁在关塔那摩基地的美国公民拥有请求法院审查的权利，没有理由外国人要与美国公民做不同的对待。只要人身保护令状对于被监禁者可以送达并存有效力，地方法院对于案件应该有个别的管辖权，因此宣判联邦法院对于本案上诉者的案件具有管辖权并发回下级法院再审。
Hamdi v.Rumsfeld是Hamdi的父亲所提起的人身保护诉讼，他主张Hamdi之所以到阿富汗战场系从事战区救援的工作，并非恐怖分子，而且他没有受过任何军事的训练。然而美国国防部次长的特别顾问Mobbs在声明中强调，由于Hamdi本人和塔里班组织联系密切，因此美国军方将他指定为敌军人员。2004年6月28日，最高法院以6比3的表决比数作成Hamdi v.Rumsfeld一案的判决，法院认为被指定是敌军成员的美国公民也应该在拘留的审查程序当中享有正当法律程序的保障，包括享有对于被拘留的事实提出抗辩的机会。多数意见的主笔O'Connor大法官认为：Hamdi被认为是敌方的人员而被政府拘留是合法的，即使拘留是合法的，对于认定被拘留者是否为敌军成员的程序仍然有可能具有合宪性的问题。多数意见表示，双方都同意依照联邦宪法第1条第9项第2款，Hamdi被认定为敌方人员且被拘留需要经过法院的审查程序，但是Hamdi认为法庭的审理过程只依靠传闻证据的书面加以决定，不符合《宪法》第5修正案和第14修正案关于正当程序原则的规定。O'Connor大法官同时指出，要在不同的利益当中判断出何谓“正当”的程序确实不易，而这正是法院所应该将各方重要利益的做出权衡的职责所在，她也透过先例说明了“正当”的程序必须能够有效地减少错误判断的风险以及相对地增进公众利益，她认为国家的安全利益固然重要，宪法对于人民的承诺的正当程序权利也同等重要，她认为认定敌方成员并予以拘留的程序必须要有事实认定的审查，要给予他们在中立的决策者前反驳军方所提出证据的机会；此外，考虑到战争时期的紧急状况，相关的事实调查程序可以放宽，例如传闻或可采用作为证据、举证责任的转换等等，政府部门可以制定符合程序保障又可以符合现实需求的规范，如此采取妥适的程序就不会对军方的战争行动造成过度的侵害。总体而言，最高法院认为本案先前的审查程序并不符合宪法中有关正当程序的要求，因此推翻下级法院的判决并宣布重审。
Rumsfeld v.Padilla案中，总统以《宪法》第2条的统帅权与国会所授权的动用武力决议作为授权依据，认定Padilla为敌方人员，并且由军方加以监禁，随后他被移往南卡罗来纳州的军事监狱继续监禁；两天之后，Padilla的律师向纽约南区地方法院提起人身保护令诉讼。案件上诉至联邦最高法院之后，最高法院以5比4的票数驳回了Padilla的请求，多数意见由Rehnquist大法官所主笔。法院驳回的原因是认为原告上诉的对象应该是以监禁处所的主管作为被告，而非国防部长，因此监狱所在地南卡罗来纳州才具有案件的管辖权。由于联邦最高法院并没有对于本案做出实质问题的裁判，因此无法得知最高法院对于在美国境内将美国公民指定为敌军人员并加以监禁的合法性为何。但是在Stevens大法官所提出的不同意见当中，认为本案中联邦法院拥有这些人身保护令案件的管辖权，因为有关管辖的规定并不是僵固的，而应该用更弹性的观点认定管辖权的归属。有管辖权之后才谈得上实质的问题，不同意见认为本案争点在于行政权在法治原则下所应该受到何种的限制，如果允许政府借由调查或是预防一些破坏性活动而允许行政机关从事不受限制的行政拘留是不应该被许可的。为了保障人民有不被政府错误裁判的正当程序，原告应该可以拥有律师的会面权限等程序上保障。
在经历了初期的“司法克制”后，联邦法院作为个人权利和自由的最后一道防线，亦要求联邦法院对于总统和国会的权力的恣意滥用不能“作壁上观”，而应依宪法的规定和宪法设计的原则和意图，对其进行合宪性控制。2004年1月，洛杉矶地区法院裁决《爱国者法》中关于“禁止任何人向已知恐怖组织提供专家意见或帮助”一节过于含糊，禁止政府在案件中以此来反击原告。专门监控司法部和联邦调查局行为的外国情报监督法庭公开反对反情报机构同刑事犯罪调查机构进行合作和分享证据。2004年9月，纽约一个地方法院做出裁决，《爱国者法》中有关联邦调查局可从网络公司获取用户电话号码和其他信息，同时禁止它们透露相关情况的条款，违反了《宪法》第4修正案和第1修正案。
（二）立法之回复
艰难的抉择过程在美国国会对《爱国者法》部分条款是否延期的表决中直接体现出来。首先是美国众议院在2005年12月14日以251票赞成174票反对的表决票数，批准延长《爱国者法》重要部分的有效期。但是，12月17日，参议院以47票赞成52票反对否决了延长《爱国者法》重要部分有效期的请求，这意味着这些条款即将失效。经过布什政府努力，美国国会参众两院于2006年相继通过了延长《爱国者法》的法案，2006年3月9日，布什总统签署了这两部重要的反恐法案：《美国爱国者法修改与再授权法》和《2006年爱国者法额外再授权修改法》，法案对《爱国者法》效力期限进行了重新授权。法案将关于任意窃听的规定和关于获取商业记录命令的规定的有效期延长至2009年12月31日，同时，将其余14个临时性条款的效力永久化。法案扩展和加强了国会对其他反恐措施的审查监督，要求：司法部长应当向国会提交关于由各个联邦政府机构和部门采取的数据挖掘技术及其活动内容；司法部长应向国会全面报告电子监控、物理性搜查以及电话记录器或通信跟踪装置的使用情况；国土安全部长每半年应向国会提交美国公民资格和移民服务局的工作报告；司法部长应向国会提交通信服务商紧急披露的年度报告。对于《爱国者法》中的各项反恐措施，该法案也明确了司法审查的程序。
对《爱国者法》第206条任意窃听命令，新法案要求政府在申请该命令时必须说明具体的事实依据和特定的窃听对象，如果临时变更了窃听命令中规定的地点，则应当在变更后10天以内将变更的理由通知原来签发该命令的法官。对《爱国者法》第213条秘密搜查令状迟延通知，新法案取消了可能导致不当的延期审判作为秘密搜查令状延期通知的理由，要求审查秘密搜查令状的法官必须在令状期满或者否决该令状后的30天以内，向联邦法院行政管理办公室通报该令状的相关情况。对《爱国者法》第215条获取商业记录的调查措施，新法案规定调查命令的受领人可以对其提起司法审查程序，如果该命令不符合法律规定，法庭的法官有权修改或者取消该命令，对于法庭做出的裁决可以上诉到复审法院乃至最高法院。《爱国者法》第505条授权政府在情报调查中可以使用“国家安全信函”的规定，新法案确立了司法救济程序，收到“国家安全信函”的当事人有权向所在地的联邦地区法院提出申诉，要求修改或者取消“国家安全信函”中不适当的调查要求；如果法院认为执行“国家安全信函”将会导致不合理、压迫或其他不合法情形，可将其取消或者修改。在2001年爱国者法的基础上，这两部法案对加强反恐行动中联邦政府的权力和加强对公民的权利保障做出了诸多重大修改，布什政府也承诺在今后的反恐活动中，执法部门要严格依法办事，更好地维护公民的合法权益不受侵犯。