南宋灭亡以后，杭州从都城降为江浙行省省会，改名杭州路。南宋时期湖上的烟水暖风、四季美景，被元朝统治者认为是导致南宋君臣沉溺于寻欢作乐而终于亡国的祸根，“其时君相淫佚，荒恢复之谋，论者皆以西湖为尤物破国，比之西施云。元惩宋辙，废而不治，兼政无纲纪，任民规窃”。因此在元朝统治近百年时间内，除了元世祖至元年间曾一度疏浚过西湖外，终元一世，未曾对西湖做过像样的疏浚。杭州的地方官府尽管也曾开浚候潮门以南的运河及龙山河，然而历任地方长官，却无一人治理过西湖，以致西湖再度淤塞，造成了环湖荒芜，河堤倒坍，湖中长满葑草，湖周泥土淤积，湖面杂草蔓合雍塞，满目凄凉。“沿边泥淤之处没为茭田荷荡，属于豪民；湖西一带葑草合，侵塞湖面如野坡然”。在《元史·河渠志》中，甚至连西湖之名也只字不提。
元初世祖至元期间，一度疏浚过西湖，并于至元二十五年（1288）下令以西湖为放生池，但到了至元二十八年又“弛杭州西湖禽鱼禁，听民网罟”，由此，部分湖面逐渐葑积成了桑田。到元朝后期，据元人笔记记载，西湖沿边泥淤之处，一些富豪贵族常常沿湖围田，强占湖址为自家的园圃池荡，将西湖用篱笆圈起来，在里面种植菱芡桑柘，甚至填土为田，或畚筑为居，使西湖日渐荒芜，湖面大部分已淤为茭田荷荡，特别是湖西一带葑草蔓合，侵塞湖面，状如荒野。
由于不加疏浚，西湖一度几乎不复存在。据记载，当时“苏堤以西高者为田，低者为荡，阡陌纵横，尽为桑田，苏堤以东湖水仅留一线”，民间歌谣“十里湖光十里笆”都形象地说明了当时西湖沼泽化的程度。
一、杨孟瑛之前明代治理西湖概述
明代初期，官府在对西湖的处理上，依然持续着与元代类似的做法，认为游冶山水玩物消志，将亡国责任推给西湖，任凭人们“编笆打围”，“种菱牟利”，延续了对西湖放任不治的态度。如此，经过元代和明初百十年的荒废，西湖堤岸坍毁，湖中长满葑草，秽物横流，呈现极度荒凉景象。当时的情形是，“西湖自宋亡后，历元入明，官无厉禁，为官民寺观侵占，苏堤迤西直抵西山之麓，尽成桑田，仅留六小港以行缺瓜舟子，其酒船无论矣。里湖稍僻，皆成私居。外湖则自苏堤北第一桥迤东，沿西泠桥、孤山，沿城而南，抵南屏为池荡，田庐弥望，湖身窄小。昔称外湖南北十里，今五里而近焉”。西湖的范围大为缩小，湖底大部朝天，逐渐变成了平地、野陂，分别为官吏、豪门及垦荒者所占有。过去以山麓为岸的湖面，去山日远。苏堤六桥之西，均成池田桑埂，里湖西岸亦同，中仅一港通酒船，湖山美色几近淹没。
更为严重的是，明政府还对元末起占据西湖而成的湖田桑埂正式登记造册，并定下税额，征收田税，实际上承认这种对西湖不合理的侵占，使原先的私占合法化了。根据时人李旻《浚西湖说》的记载，明洪武三年（1370）定湖荡正粮；十四年（1381）始造黄册，各收人户；十九年（1386）又复丈量编号。洪武三年时规定湖荡的征税额度是“每亩二斗七合为则，其抄没官田，多至六斗以上”，就是如此重的税额，而占湖为田的民间还“宝之而不忍舍”，其原因就在于，这些田地是建在原先的湖上，故无旱涝之忧，可以大大提高粮食收成。而正因为如此，导致民家更变本加厉地侵占湖面，使苏堤之西统统变成池塘、田地和桑林，甚至湖面最大的外西湖从孤山路南绕湖滨至雷峰塔以西，也因淤塞水浅而难行舟船。据文献记载，当时“苏堤以西高者为田，低者为荡，鳞次作乂，曾不容间。苏堤以东，萦流若带”。不但影响游览，而且使内河缺水，严重堵塞，还殃及运河，广大濒湖、濒河下游农田得不到湖水灌溉，易遭旱灾，水上交通受到阻滞。
这一状况在明代持续了几十年，直到宣德、正统年间（1426—1449），随着社会经济的恢复和发展，杭州开始恢复元气，日渐繁荣，地方官也才开始关注西湖，逐渐也有人开始倡议浚治西湖。如巡抚都御使刘敷、御史吴文元等都曾提出过疏浚西湖的建议，但由于既得利益的占田者不愿失去自己所占的湖田，即所谓“夺人已纳税之田而斥为湖”，因此反对之声纷纷，有势者“惮更版籍”而百般阻挠，地方官府则担心纳税粮田减少引起税收降低，也予以否定，因此这些浚湖的建议最终都不了了之，“竟致阁寝”。
景泰七年（1456）六月，镇守浙江的兵部尚书孙原贞率先提议开浚西湖，指出由于湖面多年被侵占，导致“湖水浅狭，闸石毁坏”，使“民田无灌溉资，官河亦涩阻”，因此请求开浚西湖，并严侵占之禁。在得到朝廷的同意后，他即用赈灾余款修筑西湖二闸，并向朝廷奏述侵占西湖之危害。他是明朝官吏中主张疏浚西湖的第一人。
《英宗实录》中有孙原贞当时的奏文，其文如下：……仍旧置闸，蓄泄水利，革民圈占，使湖得深广。周通六井支流，运河旁溉田亩，且无渔户赔课之忧。已令有司勘复所占池荡，并令偿官。而筑修二闸，势不可缓。尝与阮随劝借赈济之余，尚存米谷，可备木石之费。及时僦工，俾令修筑。乞敕有司于农隙之时，量工开浚，禁止豪右，不许侵占湖利，则一郡军民永远便利矣。
当时一些有识之士已经意识到整治西湖的重要性，提出了许多治理西湖的建议，要求禁止豪强侵占，重新疏浚湖面。根据文献记载，成化中官至两浙者，自都御使至郡守，都曾提议兴修西湖的水利，虽然由于种种原因，“或格于浮议，或设施未竟”，但渐渐地“前作后承，渐见功绪”。
曾任通政司通政的郡人何琮，是一位很有见识的人，他在成化年间已经绘制了西湖两图，并就西湖的整治提出了自己的一些看法，指出西湖如得不到及时的治理将会导致的恶果。后来成化十九年（1483）的时候，当时的官员按照何琮的记载，将凡过去属于西湖而被人侵占的，不分远近，尽行收回，进行整治，并在修复的地方筑堤，设立标志物，自断桥东起，至雷峰塔而止，长约二千丈。从此，湖面开始重新复原了。
成化十年（1474），西湖水域已湮塞淤浅过半，到了非治理不可的程度。当时的杭州知府胡浚，顶着风险，在外湖的小范围水面进行了疏浚。
成化十一年，镇守浙江太监李义、浙江布政使宁良、巡抚都御使刘敷、按察副使杨瑄等先后向朝廷陈述浚治西湖之利弊，指出“西湖旧深广，能溉诸邑田至十六万顷，今淤湮过半”，并通过太监李义奏上他们的提议，请求浚复西湖。他们认为“钱塘门左、涌金门右，其间有九渠之一，宜因其旧迹，疏浚为河；构石为桥，以通湖水。外置一闸，时其启闭，以御横流。庶几水利可复”。当年七月，工部终于同意了疏浚西湖的奏议。于是，他们于次年在涌金门北开辟水门，导引西湖水自柳洲寺后进入城区，由曲阜桥达城河，深四丈五尺，高九尺，并置铁轮窗棂障隅内外，门内外各为桥，上阔一丈，下阔视水门，而高则减二尺，外桥下又为闸板以防暴涨。后来他们又在畏吾寺（今凤凰寺）附近修建了三桥以通水门，使小船可以经常直接出入湖中挖取淤泥，以使湖水逐步浚深。可是后来由于杨瑄的逝世，此项工程未全部完成。
成化十七年（1481），御史谢秉中、布政使刘璋、按察使杨继宗等，继续清理西湖的侵占，治理西湖。不过由于疏浚西湖的阻力非常大，因此这次议开浚西湖时，地方官甚至连临湖查勘之事都不敢直接禀告于宪宗皇帝。在清理续占期间，官府将湖面原有的部分田亩锄去后，为了弥补赋税的不足，便将这些田亩上原应纳的粮税一百三十余石都转嫁到苏堤西面的田亩上。如此一来，不仅田亩被锄的失产人家忿忿不平，连那些未被锄田的也因为额外多加了粮税而怨声载道，因此不久湖面便又围筑如故了。
成化十九年，巡视都御史刘敷等人又获准治理西湖。他们采纳了杭州人通政何琮之言，会同都布二司，临湖进行实地查勘，对凡在宣德、正统年间侵占西湖圈筑为田池者，一律锄而去之。可是，后来刘敷等人去任后，原先被清除的那些人家又复行圈筑，而且还不用再缴纳税粮了。
弘治十二年（1499），巡按浙江监察御史吴一贯、都水主事姚文灏、钱塘县知县胡道等又修筑西湖石闸，并撤换原来利用湖闸蓄泄湖水谋取私利的主事官员，使得西湖水的管护、蓄泄等终于“渐有端绪”，西湖的整治终于有了一点起色。后来在杨孟瑛疏浚西湖斗争中的反对派李旻，还特意为之作了《西湖修复石堰记》，以资纪念。
从唐宋时期白居易、苏轼等人开始，每次治理西湖都是一件兴师动众、颇为烦巨的大事。而在明代，疏浚西湖遇到的阻力特别大。关于这一点，清人吴农祥在其《西湖水利考》中作了较为详尽的论述。他认为原因主要有三个：首先是“积习之难拔”。从元初西湖废治以来，已历时两百多年，当初那些豪民所圈占的田地，至今都已传业数代，成为世产了。而原先所谓的“版籍之漏没者”，现在也都成为了国家登记入册需按定额缴纳粮税的田亩，即所谓的“无尺寸之不售于民，亦无尺寸之不纳于官也”。那么，对于人家祖先时候所圈占的已成为世产的田地，要后世子孙无偿交纳出来，从情理上说，是很难服人的；更何况有些田地还辗转授受，现在拥有的湖田，本来就是从他人手中收买而来的，当然更不能随便被收缴了。其次是“国赋之难除”。湖之迁而为荡，湖之废而为田，由来已经很久了。从明初开始，对这些田荡征收的赋税都特别重，老百姓仍然非常宝贵它，不忍舍弃。那么现在“如欲夺其所有，必当舍其所应纳之赋与役”，而这是朝廷所万万不许的。当时刘璋、杨继宗等地方官都是“具经济、能剸割”的能吏，成化时也是一个承平日久，能信任大臣为国为民之事的朝代，而治湖之事仍然非常困难，可见当时的阻力之大。第三就是“国费之难供”。从历史经验来看，水利建设，都是耗资巨大的项目，唐宋时期对西湖的数次疏浚，都要“通前后而计划”，需要耗费大量的经费，因此治湖的费用筹措困难，也是导致西湖难浚的一个重要因素。事实上，除了上述吴农祥所指出的三点原因以外，还有一个很重要的原因，就是，当时的人们大多只是把西湖当作一个仅供游览的风景地，而贬低了它作为下游农田灌溉和城内运河补充水源的功能，因此认为西湖的治理是无关紧要的事情。这种主观认识上的偏差，导致人们轻视、甚至是忽视了对西湖的治理。
事实上，在西湖的管理上，如果平时多注意日常维护，并严格禁止豪富和百姓的侵占，往往能取得较好的效果，可以达到事半功倍的功效。可是，正由于地方官往往忽视对西湖的治理，对于西湖，只知享受其美景的单纯索取，而不知日常维护的付出，才导致每次疏浚都要大动干戈，劳民伤财。这正如明人田汝成所言：“惟平日严侵占之禁，自可垂利于无穷。乃今官府往往以傍湖水面，标送势豪，编竹节水，专菱芡之利，或有因而渐筑塍埂者，宁念前人作者之劳耶？”
二、杨孟瑛力排众议治西湖
明初开始的历次零零星星的治理，虽然或多或少都取得了一定的成效，但西湖的困境仍然不能得到较大的改善。一直到弘治、正德年间，杨孟瑛任杭州府时，才对西湖进行了大规模的疏浚和整治，使西湖面貌焕然一新。
杨孟瑛，字温甫，酆都（今四川丰都）人，成化丁未进士，是一位办事干练的地方官，也是一位非常体恤、爱惜百姓的官吏，“民休民戚，惟吾之忧。吾弗任其忧，民何以休”，以解民忧为己任。弘治十六年（1503），自刑部郎擢为杭州知府。当杨孟瑛来杭州时，西湖被侵占为田荡的情况已非常严重。当时的西湖，“湖底朝天，里湖淤浅，多为田桑之地，行游者日稀”。在明朝著名宰相谢迁所撰的《杭州府修复西湖碑》中，描写得更为详尽：“有力者复相效窃据，高者为田畴，下者为沼荡。六桥之西鳞次作，又遂以为世业，而不知其非有。桥东仅以湖名其中，若孤山之坳，长桥之港，亦渐为人所侵。长夏岁旱，则上塘之田无所于溉，而运河亦且阻矣。公私咸忧之。间尝有图修复者，每为浮议所夺。”因此当杨孟瑛来到杭州上任时，眼见西湖被占去十分之九，西湖已徒有湖之名，而实不成为湖泊了。
杨孟瑛到杭州的当年，正逢当地夏秋两季连续干旱，西湖蓄水不足，导致上塘河两岸农田无水灌溉。弘治十八年（1505），仁和、海宁二县的百姓又因粮田缺水灌溉，纷纷来杭州府诉无水灌溉之苦。于是他便下定决心要修治西湖，并将浚湖之事报告给巡按御史车梁以及专管水利的佥事高江。同时一边派遣通判朱麟先去勘量湖水的旧界和湖面被占为田荡的具体情况，一边亲自去进行实地调查，翻检史志记载。最后在车梁等人的支持下，力排众议，在早先何琮建议的基础上，起草了《请开西湖奏议》（即《开湖条议》），由巡按御史车梁转呈朝廷，奏请全面疏浚西湖。他从形胜、御寇、饮水、运输、灌溉等五个方面系统地阐述了西湖疏浚的重要性。
首先他从风水的角度出发，认为西湖对整个杭州城实际上起到了“全角胜而固脉络，钟灵毓秀于其中”的作用，如果西湖被占塞，会使杭州的形势破损，导致生殖不蕃。