于是，乾隆二十二年至二十三年，杨廷璋开始清理疏浚阻遏西湖水源之处。他数次亲率有关官员到湖滨等处考察巡视，并与藩司官员一起协商，遴选得力的官员，委派盐驿道事温处道朱椿续、盐驿道张唯寅与杭州知府张逢尧等人，重新勘丈湖址面积，将当时湖面及淤浅沙滩逐段丈量清楚，竖立标记；将各处占垦之地荡田亩及淤滩勘明，看有无阻遏水源，逐一插签记认，分定应去、应留，加以明确。勘丈明确后，仍绘图贴说存案。勘丈的结果是，自雍正二年（1724）清理西湖，丈量湖面，周围计22里4分；现丈湖面只存不及二十里之数，比过去足足少了方圆二里多。
在当年的秋收之后，令该道府督率佐杂各员分头工作，以雍正二年丈定之数为准，将沿湖百姓陆续占垦之处悉行刨挖归湖，以疏通下游水利。当时从小有天园开始，往西沿一天山山脚下，金沙港庙后，锦带桥内湖，至钱塘门，再往南到涌金门，从涌金门往西，至清波门西之长桥等处，共清出有碍水道的地荡、淤滩方圆一里左右，并将这些地段逐一开挖归湖。除已成田未碍水源者，蒙“圣主格外恩施”概免刨挖外，其他占湖田地一律清除，并将小有天园门前圈占之水荡清出，用来修建码头，既方便了湖面上船只的往来，又使水流保持畅通。同时，杨廷璋还在柳浪闻莺处，用开挖圈荡的土方筑成一道一百余丈长的堤岸，直至涌金门码头，以作界限；对于沿湖凹凸不齐的地方，则按形势一律取直；对周边的淤浅沙滩，也一律开浚深通。
同时，他还发布命令，规定现存百姓载荷、养鱼的湖荡，只许用竹箔拦隔，以保持水道通畅，不许私筑土堤，图为日后占垦。
最后，杨廷璋照现有的21里2分的湖面，立石永禁侵占。他下令在东面的涌金门埠头右面，南面的长桥船埠，西面的一天山（即今丁家山）脚，北面湖山神社（今曲院风荷竹素园）等四处，各立石碑一块，将清出里数及侵占官湖例应拟流等条款镌刻在碑石上，“立石永禁，绘图存案”，告谕百姓严禁侵占湖面为田荡。如有人侵占丝毫湖面，即依照强占官湖的法令，严加治罪。同时，考虑到西湖湖身宽阔，担心一些人唯利是图，“或于各处堤岸仍有侵损”，令地方官在清出的堤岸上，照苏堤的式样，沿岸栽种柳树。如此，既可使百姓无法侵占，又可利用柳树的根株盘结来坚固堤身，且一两年后，柳树生长茂盛，万绿成荫，更足与湖山增色。另外，杨廷璋还责令杭州地方官于每年冬令水落时，按图勘验一次湖周，如发现有越占湖面的，立即将其刨挖归湖。如无侵越湖面的现象，即出具并无侵占的印结，申报各上司稽考。倘若官员敢徇私隐匿不报，一旦查出，立即严参。并立法查禁，使百姓再也不敢侵占湖面，以保证西湖永不被侵占，下游民田旱涝有资，有利于民生。
“由是惠泽滂敷，下游农田仰藉充给，年谷殷阜，湖山景色更觉灿然改观。”通过这次治理，西湖的面积又有所恢复。据当时丈量核实，湖面已有21里2分，较前清理出一里多。但不可否认，由于乾隆皇帝本身的宽容，这次整治湖面的工作并不彻底。西湖“各处不碍水源之田亩地荡，尚有五百八十九亩零”，由于这些“已经垦熟田亩，蒙圣主格外施恩，免其清出”，因此当时西湖的面积仍比雍正二年的面积少了方圆近一里。杨廷璋认为：“清出之田亩地荡，虽蒙圣恩不予刨废，但究系侵占，既已免其治罪，复仍归管业，自应酌量征租，以充岁修疏浚西湖之用。”因此，他与有关官员悉心斟酌，综合考虑这些田荡“出息之厚薄”，具体核定每块地荡租额的高低，大约是“每荡一亩，岁征租银五钱；田一亩，岁征租银四钱；地一亩，岁征租银三钱”。地租于乾隆二十三年（1758）起，由地方官按数征收，解送至盐驿道衙门，归入西湖租息项下，为日后挑浚西湖淤泥葑草等项公用。
总之，通过这次治理，西湖的淤塞状况较前有所改观，“湖流畅达，水道不淤，下游田亩从此倍资灌溉之利。白叟黄童咸歌圣泽优渥，乐利无涯矣”！
在杨廷璋这次较彻底的治理西湖以后，乾隆三十八年（1773），杭州地方官府又曾挑浚过西湖，但仅止间段，未作全面疏浚，因此施工不久旋即淤塞。乾隆三十九至四十一年，浙江巡抚三宝也曾疏浚过西湖，并作了《重浚西湖并复柏堂竹阁记》，立碑于西泠印社竹阁后。不过这次疏浚也仅作了局部的施工，所以疏浚不久就又堵塞了。这几次小规模的疏浚活动都不够彻底，因此西湖并没有得到及时有效的浚治，到嘉庆年间，西湖又开始泥沙淤淀，湖面长满了葑草，湖底渐渐淤塞，堤岸也开始坍塌了。
三、嘉庆年间的两次大规模治理
嘉庆九年（1804），浙江巡抚阮元首先捐出了自己的俸禄，用来治理西湖以及杭州的水利。在他的带动下，当时的地方官员、士绅、商人等也纷纷捐资，前后共收到捐银四千八百余两。于是，开始了大规模的西湖、杭州城内水利疏浚工程。
阮元（1764—1844），字伯元，号云台，晚号怡性老人，江苏仪征人，乾隆五十四年（1789）进士，次年授翰林院编修。历浙江、江西、河南巡抚，湖广、两广、云贵总督等职，是清代嘉庆、道光间名臣。他曾于嘉庆四年（1799）至十年（1805）、十二年（1807）至十四年（1809）两次出任浙江巡抚。在浙江期间，政绩卓著，特别对杭州的发展贡献至多，而疏浚西湖便是其中之一。
这次工程具体由候铨同知邱基负责。邱基是杭州本地人，又深知水利之道，在调集了大量民工，经过十个多月的艰苦努力后，终于完成了这次水利疏浚重任。
这次疏浚，从学士港流福沟至三桥址，共挖出土方4794方；从三桥址北至满城南，过藩司东行宫前之太平沟、金箔桥、通江桥、过军桥、庆丰关等处，共掘土4651方。经过这次整治以后，将学士港增宽至15丈6尺，清波门首受湖水，流入流福沟，经过运司前，与环带沟的水相汇，到达三桥址后，又与涌金水门的水相汇，一起流入满营城。由此，这一带的水道畅通无阻，不再有泛滥之苦。另外，藩司前诸山的溪水也汇入到太平沟中。
与此同时，阮元又令人在西湖西边的涌金、西南的清波、正南面的兴隆以及西北的圣塘、涧水、石函等六闸之处，设立金、木、水、火、土五道闸板，根据湖水的涨落增减，决定这些闸门的开启和闭锁。闸门的起降工作，由杭州府水利通判专门管理，具体操作事宜，由仁和、钱塘两县的主簿、运司等轮流进行，各级官员也要经常进行督察，并须另具文案以备考。
在这次大规模的治理以后，阮元还定下规制，要求今后每年十一月对西湖进行一次常规浚治，并尽量做到“毋减工，毋累民”。事后，阮元还专门撰写了《重浚杭城水利记》，完整地记录了此次疏浚西湖的全过程，令人刻记于碑，并刻图于记文之后，在石碑的反面，还镌刻上本次治理时捐银人的名字，以示褒扬之意。碑石刻好后，放置于吴山海会寺。吴山海会寺是清代杭州地方官在城内的祈雨之所，碑石放在此寺的目的，就是使后代的长官都可以看到，可以作为后世治理西湖的经验。
嘉庆十年（1805），阮元丁父忧回家守孝，离开了杭州。至嘉庆十二年，丁忧期满后再次出任浙江巡抚。次年，他在勘察西湖时，发现西湖湖底的淤泥堆积得非常厚，葑草高出水面。于是，在取得嘉庆帝的谕准后，再次招集民工疏浚西湖。在处理清挖出来的葑草和淤泥时，考虑到北山至南山相距十里，湖面空旷，三潭以南每遇风浪大作，船只没有停泊避风的去处。值此机会，遂效仿北宋苏东坡的做法，将所挖的湖泥，积葑为墩，垒成湖中一个小岛，以供游船之人停舟之用。此岛面积大约八亩半，成为湖中的第三个小岛，后来杭州百姓为纪念阮元对当地的功绩，名之为“阮公墩”。至此，现代西湖“一湖两塔三岛三堤”的轮廓已经基本形成。
根据文献记载看，阮公墩最初的筑成似乎仅为实用，但读一读阮元对该岛的题诗就知并不尽然。他曾为整治后的平湖秋月撰联，曰“胜地重新在红藕花中绿杨荫里，清游自昔看长天一色朗月当空”，阮元曾任翰林院编修，其文学与美学修养可窥一斑。阮公墩自筑成后，岛上曾遍种芙蓉，花开时照耀中流，灿若云锦，一百八十余年岛上从无建筑，惟杂树荒草丛生，成为候鸟栖息地。这一状况一直延续到20世纪80年代。
在治理西湖以外，阮元还为杭州百姓做了很多名载功史的事。他修筑了钱塘江海塘，创办了诂经精舍和灵隐书藏，重修或建造白苏二公祠、岳庙、孔庙和西湖行宫，组织文人学者编撰了《经籍纂诂》、《浙江通志》、《两浙金石志》、《两浙轩录》等书，不仅为保护西湖的名胜古迹、提升西湖景观的文化内涵作出了重要的贡献，而且有力地推进了浙江及杭州的文化教育事业建设，乃至清代学术文化的发展。
阮元以后，治理西湖比较著名的是嘉庆十九年（1814年）的浙江巡抚颜检。颜检（1757—1832），字惺甫，号岱山，又号岱云，别号槎客，拔贡生出身，历经乾隆、嘉庆、道光三朝，虽明于吏事，但因其对民宽厚，曾累遭打击和贬谪。嘉庆十九年，从山东盐运使以三品顶戴升任浙江巡抚。
颜检到任以后，经过调查，深知浙江的水利，当以海塘为最，其次为西湖。他认为西湖水利的整修，关系到仁和、钱塘、海宁数县上万亩农田的灌溉，以及杭城运河航运，等等。而当时西湖环湖三十里，积淤近百年，葑草滋蔓，高出水面，港道浅流，多处行舟不便，因此决定重浚西湖，并认为修湖不仅有利于农业灌溉，还可以趁此使“贫民藉工得食”。
此前西湖曾有几次较小规模的整治，如御史王嘉栋就曾以工代赈开浚西湖，虽然取得了一定的成效，但由于仅限于局部分段施工，整治后不久又出现了湖面淤塞的现象。鉴于这几次的教训，颜检认为小治很难达到治本的目的，要使西湖的面貌得到彻底的改变，非全湖大浚不可。当时，正好杭州士绅不断有人请颜检治理西湖，杭城商人顾源盛等又呈借藩库银分年生息，总计已经生利达四万两，基本上可以满足大规模疏浚西湖的经费所需。
于是颜检上书朝廷，奏请疏浚杭州西湖，并很快得到了批准。为了慎重起见，在施工之前，他还亲自到西湖去实地勘察，在实地调查的基础上，和有关官员一起估算工程，制定了非常详细的开疏方案，并委派素习水利的两浙盐运使张灼等人主持具体工作，杭州人严守荣做其副手。
这次疏浚根据西湖淤塞情况的轻重缓急，分步进行。工程从淤积最严重的外湖之涌金门处开始，划块进行，每块都分成五段，如从涌金门到雷峰嘴分为五段，从雷峰嘴到问水亭又分为五段。外湖竣工后，再浚里湖和后湖（北里湖）。里湖孤山等路也是分为五段，每段遴派官员分段承办，在段与段间插标认界，一律疏浚。总管全面事务的严守荣和李守昉两人来往于各段之间，负责工程的总调度；两浙盐运使张灼为总指挥；而颜检本人也不时地亲自到现场去视察工程的进度和质量。
颜检在《疏浚西湖碑记》中还详记了具体的浚湖工具以及疏浚步骤，可见这次疏浚工作之严谨。疏浚的具体操作方法是，在水深处用罱夹出泥，水浅泥厚处则用耙挖。对于一些淤积时间较长的地方，原先用的四齿耙效果不好，于是颜检就下令打造“爬梳得力”的五齿耙、六齿耙各一百柄。湖中清理出来的淤泥，放置在事先设计好的位置较近的堤上或坍塌低洼之处，排次钉桩，或用篱笆围筑起来，防止泥土再流入湖中。在外湖清理完毕后，再对里湖及孤山等路进行清理。其方法同于外湖，亦将其分为五段，一律加以疏浚。
这次疏浚工程，在嘉庆十九年十二月初五日进行祀土仪式，次年二月初九日开浚，历时两个多月，顺利完工。在这段时间里，数千民夫“黎明赴工，击鼓会饭；饭罢复作，无有先后偷懒。计舡验土给值，无敢作伪”，全力投入到疏浚工程中。通过此次疏浚，湖面上的葑草全部去除，湖底积年的淤泥也挖去，湖水的深度增加，“向时萧苇一望者，尽见天光云影”。由于湖水加深，蓄水量大增，使城外的上下两塘河“流注俱满，民田资灌，可无饥岁”；同时“盐船载运出入，亦无阻碍”，既满足了下游农田的灌溉，又有利于城内的水运交通。
2007年，在杭州西泠印社的墙角下挖出一块已断成五六截的《疏浚西湖碑记》，写的就是巡抚颜检疏浚西湖，兴修水利的事。此记由颜检本人亲自撰文，书法家张灼所书。碑文刻写于嘉庆二十年（1815），记载了西湖在当时的重要性：浙省要工，海塘为最，其次，则西湖水利。西湖水自艮山、钱塘两门，流注上、下塘河。由于西湖积淤过多，上源既浅，下流遇旱易涸，不仅影响农田灌溉，还会影响盐船往来。后来，颜检上书奏请疏浚西湖，兴修水利，等等。这块碑的发现，为此次治理的研究提供了实证资料。