施工过程中，为秉承“不改变文物原状”的准则，施工人员认真考证建筑原貌，特别是在遇到特殊做法或与原规制不一致时，积极同各方沟通，确定正确做法。例如，神厨和神库的施工，经考察现有水泥博缝并非原始做法，而属后期改建，其原始做法应为琉璃博缝。针对这一情况，施工方积极与有关部门沟通协商，最终确定恢复原有做法。又如在彩画保护方面，本次修缮之前对原有彩画进行了认真翔实的拓样工作，为后来原貌恢复彩画打下了坚实基础。特别是景德崇圣殿檐下保留了几处未重做彩画的原始构件，与新做彩画形成了鲜明对比。一方面保留了修缮前的信息，另一方面为彩画研究保留了最为原始的资料。通过历时三年的修缮，历代帝王庙恢复了往昔光彩，不仅主体建筑保留了明代的布局、体量和大木结构，庙内入祀牌位也得以恢复，从三皇五帝到宋元明清帝王，从开国之君到守业帝王，从汉族帝王到少数民族帝王，可谓历朝历代一脉相承，真正再现了“中华统绪，不绝于线”的盛世。自此，历代帝王庙成为展示古代皇家祭祀文化的场所并对社会开放。
2．百年东岳庙，再现鼎盛规模
提起“机灵鬼儿，透亮碑儿，小金豆子，不吃亏儿”这一北京民间顺口溜，老北京人都知道指的就是有“道教正一派在华北地区第一大丛林”之称的东岳庙。这座位于朝阳区朝外大街141号的道观是华北地区规模最大的道教宫观之一，始建于元延佑六年（1319年），建筑规模宏大，占地面积约71亩，分东西两路，共有殿宇堂庑376间。
至明清时期，这里成为敕建庙宇，香火盛极一时，特别是每年农历三月十五日开始的东岳庙庙会堪称京城庙会之最。
然而世事难料，1900年后因时局动荡，东岳庙收支短绌，渐趋衰落，仅靠出租房屋维持日常用度。解放前，东岳庙内神像被毁，整座宫观破败不堪。新中国成立后，此地又先后成为公安学校与安全分局办公地。由于年久失修和长期挪作他用，此时的东岳庙已无往昔繁盛之景。
面对亟待修缮的文物古建，市区政府十分重视。1957年，北京市人民政府率先行动，将东岳庙公布为首批北京市文物保护单位。此后的1985年11月18日，全国政协、北京市政协、朝阳区政协部分文物保护专家、学者前往东岳庙视察，并由北京市政协文化艺术组、朝阳区政协文体组文物保护联合调查组向各级政府报送了《关于保护文物古迹东岳庙的意见和建议》，标志着东岳庙保护工作的正式启动。
次年，时任北京市政府副市长封明为主持召开东岳庙修复工作会议，正式成立修复东岳庙领导小组，由时任朝阳区区长宋维良任组长。同时，朝阳区委区政府组建东岳庙腾退修复领导小组，以历届朝阳区委区政府为领导小组组长，以文化局为主要责任实施单位，各有关局处的一把手担任小组成员。
东岳庙修缮前，产权移交问题成为亟须解决的头等事情。经过多方协调和努力，1995年12月在朝阳宾馆举行了东岳庙产权下放移交仪式，朝阳区文化文物局接收了东岳庙产权。次年3月，东岳庙修缮工程开工，由故宫中兴古建公司负责施工。
修缮过程中，为了更好地再现东岳庙历史原貌，设计与施工人员多方考证，搜集了丰富的历史文献资料，并针对实际情况进行了相应的设计与施工。如重塑殿堂内神像方面，相关人员赴四川成都、丰都等地考察，进行了一手资料的搜集。同时，也前往山东泰山和河南嵩山中岳庙分别搜集东岳大帝神像和七十二司神像的资料，为后期的重塑工作提供了重要参考。又如彩画的修缮，针对彩画保存程度，制订了相应的修缮措施，大致分三种，第一种是原完整或基本完整的彩画，原状保护并做适当修补；第二种是大面积脱落或纹饰模糊不清的彩画，原样复制；第三种是损毁严重并经鉴定改变历史原貌的彩画，剔除重绘。1999年，东岳庙修缮工程竣工，由于设计与施工始终秉承严谨的作风，修缮后的东岳庙基本恢复了历史原貌，百年道观重焕风采。
东路修缮后，为再现东岳庙历史上的东、西路盛况，西路修缮工程作为“3.3亿工程”之一于2002年也被提上日程。3月，东岳庙门前临街和西路拆违工作开始，至7月16日，西路居民搬迁完毕，共拆除违章建筑约1万平方米，搬迁居民400户，机关、企事业单位10余个，搬迁及环境治理总投资款约3.8亿元。9月，修缮工程举行招投标，北京市园林古建工程公司中标。11月，修缮工程正式启动，设计方案由北京市中兴文物建筑设计工程公司承担，工程共投入资金500多万元。
东岳庙西路由民间善会组织出资修建，修缮的殿宇共计98间，面积2290平方米，其不似主路建筑规模宏大，多为小型建筑，如鲁班殿、药王殿、显化殿、马王殿等，从中不难看出其多为五行八作的祖师庙的特点。旧时，每逢祖师诞辰，各行会都会来此祭拜，形成了中国传统工商业中特有的祭拜文化。修缮过程中，在保留原各行业祖师庙特点的前提下，还先后发现了灵济先祠匾、光绪十四年东岳庙重修药王殿碑、“无私之门”原始构件、三足虎头铸铁香炉等珍贵遗物，为修缮中的西路殿宇补充了重要历史信息。2004年，东岳庙西路修缮工程竣工。
经过这两期大规模修缮工作，东岳庙揭开了神秘面纱，气势恢宏的殿宇尽情展现着百年道观的风采。2008年，东岳庙中断半个多世纪的道教活动正式恢复，由北京道教协会认定的道士入驻东岳庙。至此，已成为全国重点文物保护单位的东岳庙更是成为民俗文化与道教信仰相互交融、相互渗透的载体，古朴的建筑文化与深厚的文化底蕴在此交相辉映。
3．命运多舛的皇家御用道观——大高玄殿
大高玄殿，是国内现存唯一一座专供明、清两代皇家御用的道观，地处西城区景山西街21号、23号，明嘉靖二十一年（1542年）始建。早年间的大高玄殿规模宏大，除大高玄门、大高玄殿、九天应元雷坛、乾元阁等主体建筑外，最南端还有3座牌楼及2座习礼亭，其中乾元阁、牌楼及习礼亭更成为大高玄殿的标志性建筑，民间素有“小天坛里藏天地，三牌楼无依无靠”的说法。所谓“小天坛里藏天地”指的是乾元阁的独特造型，此阁上圆下方，乍看之下似乎并无奇特之处，但在中国古代观念中，向来有“天圆地方”之说，乾元阁之所以会呈现这种独特的结构，正是迎合了“天圆地方”之说，一座建筑将天地包容在内实属罕见。另一句“三牌楼无依无靠”则是对大高玄殿牌楼描绘最贴切的古谚。北京的牌楼一般都设有戗柱，而这里的牌楼则因坊柱入地很深，未加戗柱，成为北京众多牌楼中的特例。然而这座独具特色的皇家御用道观却是命运多舛，1917年南牌楼因向南倾斜，危及筒子河北岸的交通，于1920年3月被拆除，仅留存4个夹杆石。1950年，因举办兵器展览，大高玄殿由部队接管使用。1956年扩建景山前街时，习礼亭亦遭到拆除，仅余下自大高玄门之后的建筑，因缺乏修缮，留存建筑已是破败不堪，逐渐淡出了人们的视线。
2002年7月10日，《北京晚报》一则《大高玄殿南牌楼复建》的报道将这座御用道观又重新拉回人们的视野内。北京市文物局将大高玄殿南牌楼复建及乾元阁抢险修缮纳入“3.3亿工程”，消失40余年的北京最为独特的大高玄殿牌楼即将重新展现在世人面前。为了此次的牌楼复建工程，北京市文物局专门组织了专家对牌坊复建与故宫周边环境的关系进行了研究论证，并得到专家的一致认可。同年6月10日，牌楼复建及乾元阁抢险修缮工程开工，投入资金138万元。
施工过程中，如何使复建后的牌楼在规制和结构上与原有建筑保持一致成为施工人员面临的主要问题。为此，负责设计与施工的相关人员多方考证、调查，决定牌楼主体选用中国传统建筑材料，地基和坊柱则采用民国时期复建中的水泥浇筑办法。值得一提的是，牌楼的地基并非新做，而是利用在施工过程中发现的民国年间的条形地基。
2003年9月22日，大高玄殿南牌楼复建与乾元阁抢险修缮工程竣工。
复建后的南牌楼与故宫西北角楼隔河相望，使故宫、景山、大高玄殿三处景观连为一体。2010年6月，大高玄殿又迎来了具有历史性的时刻，总参管理保障部与故宫博物院签署《大高玄殿移交协议书》，使一直由部队管理使用60年的大高玄殿回归故宫博物院管理，皇家御用道观即将展现其独特魅力。
4．楼宇间重获新生的大慈延福宫
朝阳门内大街203号是一座隐藏在高楼大厦间的古朴殿宇，与周边的现代建筑形成强烈对比，鲜有人知道它的确切名字，附近的居民只称其为“大庙”，其实这是北京地区寥寥可数的道教宫观中的佼佼者“大慈延福宫”的建筑遗存。据史料记载，大慈延福宫敕建于明成化十七年（1481年），次年落成并定名，是明宪宗岁时祈祷消灾与答谢上天的场所。因宫内供奉天、地、水府三元神，故又名“三官庙”。
初建时期的大慈延福宫规模恢宏，分东西两路，各路殿宇可谓金碧辉煌，特别是宫内供奉的金丝楠木质三元神雕像，更是生动传神，彰显了明代高超的造像技艺。自建成以来，大慈延福宫备受朝廷重视。明正德十一年（1516年）八月，因延福宫内住持严大容“自出家至今三十载，以护国庇民为念，有祈福之劳”（摘自《封严真人制诰碑》），明武宗遂赐封其为真人，领道教事。
历史上，大慈延福宫曾经历过两次大规模修缮工程，其一是明嘉靖四年（1525年），按载：“大慈延福官，在齐化门大街北，明成化十年敕建，奉天、地、水府三元之神，……又嘉靖四年重修碑，徐阶撰。”其二是清乾隆三十六年（1771年），由皇家出资进行大修，《重修三官神庙碑记》按载：“以乾隆庚寅嘉平即工，阅辛卯月辰载浃用底厥成，若值若竕，支内帑之羡所司请为记。”此后，有关大慈延福宫的大规模修缮罕有记载。
20世纪50年代，大慈延福宫大部分建筑被拆除，原址上兴建起现代化的办公大楼。残存殿宇的殿顶神龛及藻井，因占用单位装设天花得以保存。1990年，北京市文物局将其公布为北京市文物保护单位。两年后，对大慈延福宫殿宇的修缮工程启动，但因故只有观内后殿得到修缮，其余建筑修缮工程未完成。2001年，大慈延福宫修缮工程列入“3.3亿工程”，再次启动。次年3月1日修缮工程开标，北京房管一建经营有限责任公司中标，北京市文物建筑保护设计所负责方案设计。4月16日修缮工程正式启动，内容包括前殿、西配殿、西配房，复建东配房等，其中前殿的修缮沿用1992年的设计方案。同年7月7日，修缮工程完工，共投入资金80.9万元。修缮后的大慈延福宫虽不再作为道教宫观使用，修葺一新的殿宇依然彰显古朴之风，向世人诉说曾经的辉煌，也成为喧嚣都市生活中带给人们一丝宁静的场所。
5．守墓传奇——袁崇焕祠的修缮与开放
早些年间，如果你向路人询问北京袁崇焕祠所在，鲜会有人知晓。2004年中央电视台《社会记录》播出的4集纪录片《佘家故事》，使这座地处崇文区（现东城区）东花市斜街52号的建筑一时间成为社会关注的焦点。其备受关注的原因并非建筑独具特色，而是这里成就了一段不为人知的守墓传奇。
袁崇焕祠本为明代永乐年间所建广东会馆址，后因此地远离内城，不便朝谒，故废置，将会馆迁往前门打磨厂。明天启年间，这里改设为义园，成为旅居北京的广东人墓地，称“广东义园”。
明崇祯三年（1630年），明末着名将领袁崇焕蒙冤，磔于西市。
相传袁将军死后，其尸身无人敢去认领，此时他的一位佘姓部将不甘忠心义胆的英雄就此冤沉大海，便冒险“夜窃督师尸”带回位于广渠门的家中埋葬，并辞官为袁将军守墓。由于其为避风险而隐姓埋名，所以至今这位部将的姓名无人知晓，只呼为佘义士。
佘义士临终前，将此事告于家人，并留下三条祖训，即佘家人必须世世代代为袁崇焕将军守墓，永不得南下回乡；佘家人世代不许为官；佘家子孙必须要读书，以知廉耻，明事理，记忠孝。至此，揭开了佘氏后代一段跨越世纪的守墓传奇。如今在此居住的佘幼芝老人即为第17代传人。
对于袁崇焕祠的保护工作早在解放初期便受到了党和政府的重视。当时蔡廷锴、叶恭绰、李济深、章士钊、柳亚子诸先生曾联名上书毛泽东主席，吁请保护袁崇焕墓园。1952年5月25日毛泽东亲笔复函叶氏“接先生等四人来信，说明末爱国领袖人物袁崇焕先生祠庙事，已告知彭真市长，如无大碍，应予保护。此事嗣后请与彭市长接洽为荷。”根据批示，市政府很快拨专款对袁崇焕陵园和庙宇进行了修缮，并移交崇文区保护管理。