一、工业基础薄弱
20世纪50年代以来，新疆现代工业建设中由于各级政府只注重部门数量的扩张，管理粗放，产品生产只重数量，不重质量，工业生产以牺牲企业的技术水平进步为代价，使得新疆工业企业技术水平低、产品档次不高等问题长期存在。
（一）企业技术“先天不足、后天失调”
“先天不足”是指新疆工业发展进程中自身的特殊性困难，这一困难主要体现在新疆工业的起点低。旧中国留给新疆的工业基础几乎为空白。新中国建立后，新疆现代工业建设几乎是白手起家，基本依靠政府的力量来协调组织，通过人民解放军的建设以及内地省区在技术、人员、设备上的大力帮助，新疆工业才得以建立。这也体现出了新疆工业所具有的外部性、嵌入式的特征。20世纪50年代，新疆现代工业创办初期，建设者们过于强调产品数量，忽视质量效益，许多现代工矿企业的创立均是“因陋就简、土法上马”，边设计、边施工，基本建设急于求成，造成工业技术水平起点低，设备落后，为未来留下了许多隐患。1961年，新疆维吾尔自治区政府曾对新疆的工业形势做出了分析，认为新疆工业存在的问题之一就是“产品质量低，成本高，影响销售，如普通钢材每吨价格平均为980元，比国家调拨价395元高出将近1.5倍；磷肥每吨成本320元左右，关内来的只有100元左右。产品质低价高，影响使用，一些部门就不愿意要本地产品而愿意要关内产品。”究其原因，“从客观情况来看，主要由于新疆的工业历史短，经验少，基础薄弱，技术水平低；还有，由于运距长，全部采用汽车运输，运费高，原材料价格也比关内高”。这些问题应当通过不断的技术改造来加以弥补，但是，在这一方面，新疆工业又“后天失调”。
“后天失调”是指新疆工业发展进程中具有和东部地区工业发展所面临的同样的问题，这一问题就是在计划经济体制下，工业建设采取了外延扩张式的发展方式，忽视了工业企业内部的技术改造，造成了企业设备陈旧、技术落后的局面。“由于固定资产投资与固定资产折旧均不列入产品成本，从而压低了国营企业的产品成本，增加了企业利润和利润上缴。当时规定的企业固定资产折旧率很低，全国工业企业的平均折旧率仅为4.3%，即25年左右才能完成设备的更新换代。这种折旧率仅考虑了设备的自然损耗，忽略了技术进步带来的设备更新换代要求，从长远来看，影响了国营企业的技术水平与市场竞争力的提高。”通过这种手段，在国家“一五”计划时期，中央共提取基本折旧基金59.09亿元，大修理折旧基金32.41亿元，超计划利润分成10.61亿元，共计102.11亿元，国家拨给的三项费用（或四项费用）拨款12.3亿元。由此可以判断，应当用于企业设备改造、技术更新的资金绝大部分被国家用于新建项目的投资。这种只重数量、不重质量的外延式工业增长模式，是以牺牲老企业的设备更新和技术进步为代价的。这种模式造成了改革开放后国有企业技术设备落后的通病，技术改造的历史欠账太多，改革艰难，当遇到国外先进的工业技术产品的竞争时，中国的国有企业往往处于不利的境地。20世纪90年代后，中国国有企业陷入经营困境，大批倒闭破产的原因之一也源于此。
1955~1979年，新疆全社会固定资产投资中，更新改造的投资几乎为零。1980年，新疆工业固定资产投资才开始有了更新改造的投资。但是，受区域经济发展“梯度理论”的影响，新疆工业又没有列入国家投资重点。
1983~1985年，国家给沿海省市技术开发拨款都在四五千万元以上，而给新疆的只有859万元，为沿海省市的1/6。1986~1990年，新疆技术改造投资仅占固定资产投资的22.14%，大大低于全国40.79%的水平。先进省区有80%的企业进行了技术改造，而新疆仅有20%左右的企业进行了系统的技术改造，因此，这种投资政策使新疆企业的技术进步更加缓慢。据有关部门调查，20世纪90年代，新疆工业企业主要设备在国内居于先进、一般、落后水平的比例是1∶2∶3。与国际水平相比，差距更大，约有70%的设备仅相当于国际五六十年代的水平。新疆工业的技术设备停留在低水平层次上，显然无法适应激烈的市场竞争。
企业的技术水平不仅与技术改造的投入密切相关，也与技术人员的素质有关。在计划经济时期，国家为支援新疆建设，通过计划分配的方式向新疆工业部门分配了大批大中专毕业生，又从内地企业调配了许多技术人员，提高了新疆工业企业的技术力量，对推动新疆工业的发展起到了重大作用。1952年，全疆共有各类技术人员1508人，占企业职工人数的8%；1960年，达到1.9万多人，占职工总数的6.3%，工程技术人员在国有企事业单位专业技术人员的比重保持在45%左右。改革开放后，劳动用工制度的变革促使人员流动逐渐走向开放，新疆与发达地区经济水平的差距越拉越大，许多人才逐渐流向发达地区。从企事业单位专业技术人员的比重来看，在工业领域中发挥作用的工程技术人员的比重自1985年以后呈下降趋势，这也直接影响到新疆工业企业的技术进步。
（二）工业企业经济效益不佳
新疆地区工业企业技术水平低，直接影响到了企业的经营效益。1965~1995年，从资金利税率、产值利税率、百元固定资产实现利税的能力、全员劳动生产率等四个指标来衡量，新疆地区工业效益水平在前三个指标中普遍低于全国平均水平。1965年，新疆工业企业每百元固定资产创造利税15.9元，仅为全国水平的53.5%；1985年，每百元固定资产创造利税下降到11.2元，仅为全国平均水平的50%；2005年，这一数值为22.5元，为全国的86.8%。从资金利税率上看，1965~1995年，新疆的工业企业创利水平仅为全国的50%~60%。1995年后，新疆工业产值利税率、资金利税率高于全国水平，但是，如果扣除石油价格上涨等因素，新疆的工业效益依旧很低。以2003年为例，“新疆工业效益综合指数172.72，高于全国平均水平（144.67），剔除石油及相关行业后，只有92.53”。新疆地区工业企业效益不佳也直接影响到了企业本身的自我积累的能力。1952~1989年，新疆地区工业化资本实际积累率为16.48%，西北地区平均水平为21.04%，全国平均水平为35.33%。由于新疆的国有企业是创造财政收入的主要单位，国有工业企业创税能力低也直接影响到了新疆本地的财政收入，新疆地方政府财政收入不足反过来会影响到对本地区工业发展的投资。在计划经济时期，国营企业效益不好可由政府财政补贴加以弥补。20世纪80年代后，中国的国有工业企业逐渐被推向市场，自负盈亏，新疆地区的国有工业企业经营陷入了困境，大批破产倒闭。1995年，亏损企业占全疆工业企业数的30.6%；2000年，这一比重达到了41.2%。因此，如何提高新疆国有工业企业的效益问题是一个长期艰巨的任务。
二、以初级产品为主的工业
新疆拥有发展工业所需的丰富的农畜产品资源、能源和矿产资源，但是，新疆工业技术的落后，使围绕这些优势资源所形成的产业大都加工深度不够，产业链条短，深加工能力不足。以新疆重工业为例，20世纪50年代，为了创建新疆现代工业，中央和新疆地方政府对新疆的基础工业部门发展给予了高度重视，投入大量资金进行资源勘探，新疆采掘工业在重工业产值中的比重在50%左右。“大跃进”时期，新疆地方政府强调发展装备制造业和冶金工业，造成工业比例失调。1961年，采掘业的比重降低到27.3%左右。后经过国民经济的调整，1965年，新疆采掘业、原材料工业和加工工业在重工业中的比重分别为33.97%、39.07%、26.96%。此后，直至1979年，采掘业在新疆重工业产值中的比重基本在30%~40%之间；而加工工业比重则在20%~30%之间。1973年，加工工业产值在重工业中的比重一度达到48.14%。1978年后，新疆工业化进程的加速，以及国家对能源需求的增加，使新疆采掘业在工业中的比重逐渐提高，1995年后达到50%以上。2007年，新疆采掘业工业增加值占工业增加值的比重为70.2%。新疆加工工业产值在重工业中的比重逐渐下降，2007年，降低到4.3%。由于采掘业发展较快，加工能力不足，使新疆工业产品多以初级产品形式向区外销售或由区外加工。以新疆石油工业为例，2004年，新疆原油产量已达到2227.7万吨，但是新疆本地原油加工能力不足，新疆石油工业部门中石油化工产业规模小，生产的有机化工原料少，如大芳烃、大甲醇、大化肥等精细化工产品得不到有效发展，新疆约有近一半的原油要运往内地加工。同样，新疆的有色金属资源非常丰富，有色矿产采选企业和冶炼加工企业产业规模却很小，虽然能开采大量的铜、铅、锌、钴、金、锂、钽等矿产品种，但大多是初级原料的冶炼加工，延伸的深加工、精加工产品少，在国内和国外销售的产品主要是铍、锂、铬、云母、铬矿粉、水晶等矿石产品以及初级加工的金属产品，如黄金、锂铝锭和氧化锂、碳酸锂、氢氧化锂、氧化铯产品，部分铝材、电解铜、电解镍产品等，而航空、航天所需的新型材料仅能靠内地生产。
20世纪50年代以来，新疆轻工业结构的特性是以农产品为原料的轻工业产值占轻工业总产值的比重一直在85%以上。20世纪90年代后，新疆维吾尔自治区政府提出了发展新疆特色农产品加工业的目标，新疆地区以农产品为原料的轻工业获得了更快的发展。以农产品为原料的轻工业产值在轻工业产值中的比重达到90%以上，而以非农产品为原料的轻工业产值下降到10%以下。作为新疆“一黑一白”发展战略的棉花产业，产业链条短的问题一起没有得到很好的解决。20世纪90年代，曾经进行的东锭西移，仅是东部棉纺织业淘汰的落后设备迁至新疆，新疆本地棉纺织业深加工能力弱，产品档次无法提升。“从工业增加值来看，1吨棉花纺成纱为832.55元，织成布为1673.18元，加工成印染布为3565.75元，初加工产品的增加值仅为印染布的23.34%。”2004年，新疆棉纺织行业棉纱、棉布、印染布的产值比例为1∶0.15∶0.01，仍处于初级加工为主的阶段，而且没有自己的服装品牌。2007年，新疆的规模以上纺织企业的服装、鞋、帽产值仅占轻工业产值的0.4%，皮革、毛皮、羽绒及其制品业产值仅占0.9%。这与新疆棉毛生产大区的称谓不相适应。
新疆工业产品的深加工、精加工水平低，造成了新疆产品流出区外的大多是初级产品，流入区内的却都是高附加值产品。