福泽谕吉在《德教之说》中进一步将自己对儒教的批评加以限定，说：“我辈认为儒教不适合当今文明世界之实用，仅仅只是说不可以将立国之大义寄托于此教，而不是说不可读一切汉籍。以汉儒先生为首的大方之士君子，如能体察鄙意所在则甚幸。”这里他讲了两个重要的观点，首先是重视道德的社会效果，而不在乎其动机如何。他说：道德论的目的只是在于为社会之安宁，如果人人各修其德各慎其身，其由何而修之、惮何而慎之，诘问其理由乃无用之事。因为其理由因人而异，各有不同。尽管其理由千差万别，我辈终究不必过问，我们所关注的只在利用修德的外表的美，而想要使之有利于安宁而已。世人或不知此要诀，徒然深入人心内部，即便修德也只是喋喋不休于其所修之缘由，想以自家信心之道去开导别人，如此反而成为有害于社会的弊端，可以说是成了精神之不自由者。《福泽谕吉全集》第9卷，第280页。这里可以明显看出其道德论中的功利主义的色彩。他进一步区分情与理、道德与政治。他说忠义报国，完全是情的作用。“情之所动处不可言数理，数理之所在不可言情。如经济法律等出自数理，为政治之根据，因此不可掺进道德的元素。而相反，如所谓宗教之信心、居家之人伦、尽忠报国之义，是完全脱离数理、纯然德义之事，因此不可将其与政治之主义混同。我辈前日论儒教主义，主张因其政论与德论混同故不适合道德之教，其微意亦在于此。”同上书，第281页。因此他强调不能纯然以儒教作为道德的标准。那么日本人的道德是如何养成的呢？他以日本士人的风气为例，对君臣关系的理解与《文明论之概略》相比发生了很大的变化。他说：我国封建时代所养成的士人之风气，本来是来自忠君尽诚这一点，其忠诚之发达所及，不仅仅止于君臣上下的关系，可以说到人际交往之最末端都起作用。其情形就好比机械师在钢铁厂学会了操作蒸汽机继而发展其技能，便可以操纵汽船、汽车，以至于遇到各种蒸汽机械只要稍微花些功夫都不难操纵一样。就是说此机械师本来是为制铁而学到的技能，但是一旦熟悉此技能便不限于制铁，甚至完全脱离钢铁产业其技术依然有效。因此，我封建士人也是如此，其忠诚虽然是来自封建主从的制度，而一旦具备此德而且成为全体士人的风气，那么就不仅在各种人事上可以发挥其作用，而且不拘于其本源的封建君主，作为士人的德义依然不失其品格。《福泽谕吉全集》第9卷，第284页。他甚至将这种忠诚上升到一种宗教的层面，说“日本的士人为忠诚宗之信徒”。同上书，第285页。因此，他批判西洋人将日本人的这种宝贵的忠义精神大煞风景地解释为“奴隶心”，认为这只是看到事情的皮相的肤浅理解，并对此表示遗憾。同上书，第283页。
福泽谕吉强调日本式的“忠诚”的意义，是为了批判儒教中政治上的德义。他指出：“儒教中政治上的德义是国有道则仕，国无道则去，如孔子也侍奉过十二君。或者像汤武放伐在儒教主义中也是可以的。但是，我们日本的士人读儒书却培养出了完全相反的思想。支那圣人所许以为荣处我封建武士以为耻辱，彼之有道我则认为无道。而且德川治世三百年间，儒者不允许直接担当世事，仅仅充当学校教授之用，在轻视学问之世，学校之教授乃最为无力者，封建之大势亦不容儒者，社会紧要之大事为武人与俗吏掌管，亦可足征儒教势力之微弱。大势所向不见劲敌，像支那朝鲜因为儒教制约大势而国民皆立其下风，其精神之运动不曾能得到自由，但是日本的士人可以说常常能够束缚儒教而使自家固有之精神得以自由。”由此他想要说明中、日、韩“同文之三国，文虽然可同而思想不同之事实”。同上书，第286页。
针对当时日本社会上复兴儒学、加强儒学教育的状况，福泽谕吉通过对儒学的历史作用及理论特点的分析，告诫人们“在今日以儒教为国民道德的标准，想要以此支配其精神，本来在事实上就不可行，不仅如此，在今日开明之世，可以说也愧对封建之旧士人”。《福泽谕吉全集》第9卷，第287页。提出：“我辈道德的标准不赖儒教而唯赖我士人忠诚之风气。即便说是要依靠偏向道德之宗教，也不是忌惮儒教之私心，因为像儒教这样主义之驳杂、与理论多有不可两立者，不如全然离开数理而选择宗教。”同上书，第294页。并表示：“我辈非唯徒然憎恶儒教、以此主义为仇者，只是恐怕世间有误解儒教之本意而误用之者，仅此而呈鄙见而已。”同上书，第277页。他在此前也多处明确表示：“四书不足以治理过激，五经不足以镇定轻躁，彼等长老欲以《论语》《孝经》之功德来使当今之少年改变道德之门，只不过如同缘木求鱼而已。”见《急变论》（1882年12月19日），《福泽谕吉全集》第8卷，第462页。或者说：“欲以周公孔子之教来镇静世上之风潮”、“以孔孟之教为基础来制约今日之人心”，“不啻是迂阔”，而是“迂阔之极反倒为轻躁者”。他承认：“古来数千百年我国文明中神儒佛教的功德，我辈固非要抹杀，而是要厚厚地礼谢，但是惟独当近时文明的进步之际，不曾借用其力，已广为世人所知。其进退皆无力迟钝为明明白白的事实。”见《漢学の主義其無効なるを知らざる乎》（1883年3月8日），《福泽谕吉全集》第8卷，第572、573页。还提到：“论者对儒教的误解不可谓不甚。本来论者所谓儒教未必指德育之要，而德育所用的材料是什么书呢？必不外乎支那之经书。然此经书果真为纯然的德教之书吗？书中果然没有政治之议论吗？读此书时，其生徒果真逐渐忘记政谈而成为偏重道德的人物吗？就我辈所见则全然相反。我辈年少时也学了一些经书，现在回想起来，书中所记十之七八皆为政谈。第一，评价道德之开祖的孔夫子，纯然为政治家，夫子毕生之心事不外为治理天下。不仅亲自在当时的政府从事行政工作，其门生也常常热衷政事，……孟子亦然。……我国认为儒教主义即道德主义也，只管奖励支那之经史，不能不说是推理不明。”而且还指出儒教有扰乱社会治安之虞：“古来和汉之治乱，其沿革甚久，妨害国安者亦甚不少。其缘由何在？非为儒教主义之不洽，还不止如此，依据儒教而策划变乱者亦甚多，如由井正雪、大盐平八郎即为此人。”见《儒教主義の成蹟甚だ恐る可し》（1883年5月26日），《福泽谕吉全集》第8卷，第662—663、664页。
可见，随着福泽谕吉国权意识特别是1822年4月28日开始在《时事新报》连载《帝室论》参见刘岳兵《福泽谕吉的天皇观及其影响》，载《读书》（北京三联书店）2005年第6期。他针对当时儒教复活的社会动向，主张向日本自身的传统风气即武士的“忠义”之风中寻找精神资源，甚至不惜将这种精神宗教化，名之以“忠诚宗”，认为日本人都是此“忠诚宗”的信徒，将前期批判过的君臣关系从儒教中剥离出来加以重新包装，以便为无条件地忠于帝室服务。同时，他对儒学历史作用的肯定，也并不表示他对中国传统文化的全面认可，相反，他在后期肯定儒学在中国的历史作用的同时，不仅不像前期那样重视儒学对日本文化的积极作用，反而强调儒学在日本历史中势力微弱的一面，突出日本道德风气的独自特点，认为日本的传统思想自由超乎儒教之上，由此在精神方面显示日本其优越于中国。而且他肯定儒学在中国历史上的合理性，进而将现实中国作为这种合理性不断衰竭的历史的苟延残喘，如前所述，在他看来“已经油尽灯枯、残影明灭，即便门缝里没有来风，也已经难以维持了”《支那人民の前途甚だ多事なり》（1883年6月13日《时事新报》），《福泽谕吉全集》第9卷，第27页。而“本与支那之所以相异，文明开进之前后，关于其国力所系，支那的国力不足于我十分之一，可谓蕞尔之老儒国”《牛場卓造君朝鮮に行く》（1883年1月13日《时事新报》），《福泽谕吉全集》第8卷，第505页。这些可以说都与他走向“脱亚论”的方向是一致的。
顺便要提到的是，到1898年福泽谕吉在《时事新报》又发表了关于儒教主义的系列文章《排外思想と儒教主義》（1898年3月13日）、《儒教主義の害はその腐敗に在り》（同上，15日）、《儒教復活の責は今の当局者に在り》（同上，16日）、《我輩は寧古主義の主張者なり》（同上，17日），收入《福泽谕吉全集》第16卷，岩波书店，1961年。值得注意的有以下几点：第一，将儒教主义及其流毒与腐败进行明确区分。他说：“本来我辈之所以只管要排斥儒教主义，其理由决非其主义有害。周公孔子之教倡导忠孝仁义之道，不仅毫无非难之处，相反作为社会人道的标准，毋宁说自当敬重。”为什么要排斥呢？他接着说：“儒教主义作为周公孔子所倡导之教，尽管本来是纯洁无垢的，但是现在已经腐败了。不，其腐败自几百年前就已经开始，其本来的真相全然不可见了。此即其流毒之甚所致，其毒不在主义之罪，只能认为是腐败的结果。”进而他对中国和朝鲜进行批判：“放眼其本家本元支那及其分家朝鲜，其状况究竟如何？其国民口头上倡导忠孝仁义，其行为完全相反，不忠不孝不仁不义，所到之处无不泛滥着一切人间恶德，出来腐败还是腐败，已经无以复加，臭气熏天，所见的只有令人生厌。其令人厌恶且尚可，而其没有自知之明，还说什么华夷内外之别而漫然尊大，排他而自挫，以致招来亡国之末路，这就是支那朝鲜的现状，可谓终究不外乎腐败儒教的结果。”《儒教主義の害はその腐敗に在り》，《福泽谕吉全集》第16卷，第267、268、269页。第二，对“儒教主义”这一概念作了最大限度的泛化处理，不惜将神佛二教亦囊括其中。他说：“所谓儒教主义，非特仅仅指周公孔子之教。只将自古以来我国所活动的神儒佛等古老的主义一括而归于儒教主义的名下。”即“儒教主义非单指周公孔子之教，可以理解为其中自含有神佛二教”《我輩は寧古主義の主張者なり》，《福泽谕吉全集》第16卷，第282页。第三，重新强调儒教在日本社会的积极作用。他甚至说：“日本人本来就是由儒教主义培养而成，是祖先以来遗传教育使然，不容任何人对其主义有所异议，觉得是神圣不可侵犯的。王政维新的革命是震天动地的大变动，政府的一举一动，无不非常英明果断，因此也就如同夺其精神而无遑他顾，为文明进步之大势所迫而只得跟随其后，但同时在心灵深处都尚存有古老主义的余烬，无不窃窃怀着恋恋不舍之情。”《排外思想と儒教主義》，《福泽谕吉全集》第16卷，第274—275页。具体而言，他分析指出：“在嘉永（日本孝明天皇时的年号，1848年2月—1854年11月）开国以前，支配日本的人心者即神儒佛三教最有势力……不可怀疑其维持自古以来的道德的效能。”神儒佛之教，在引导普通民众的道德上都是“劝善诫恶”。他强调：“决非是说现在的神儒佛之教已经完全腐败而不能用。大凡以道德之教开导人心的方法，不可凭口说，不可以笔论，只在于以实际行动展现于其眼前而使之信服。”因此他说：“本来古老的主义的腐败，不是其主义本身的腐败，无非是神官儒者僧侣辈之腐败。如果此辈自省而一洗自身之腐败，其主义自然会呈现纯粹无垢的本性，维持社会道德的效能，必不可疑。我辈之目的不在空论而在促使其实行，至此，我辈何啻不排斥古老之主义，可知实际上毋宁是以其主张者自居。”《我輩は寧古主義の主張者なり》，《福泽谕吉全集》第16卷，第282—283、284页。这一时期福泽谕吉的儒教批评与当时的条约改正成果在望而警惕民间排外思想泛滥有关。这些观点虽然远在发表《脱亚论》之后，但是对于理解福泽谕吉的“脱亚论”也不无关系。