“西南联大好在一个‘联’字。熔北大、清华、南开三校的校风于一炉，集三校学贯中西的著名学者于一堂，可谓大师云集，群星璀璨。”
——林家翘
1937年7月，林家翘以优异成绩完成了在清华园的大学学习。然而，战争的狂风暴雨已经无情地降临华夏大地。
从19世纪末开始，中国与日本之间的国家关系逐渐紧张。日本在明治维新之后，国力日渐强盛，而中国社会经历了两千多年的封建统治之后，虽然号称东方大国，实际上已经无力控制国内外的局面。日本觊觎亚洲各国的利益由来已久，为了达到霸占东亚各国资源的目的，它不惜与近邻中国大打出手，以扳倒这个中央大国。
从争夺中国的藩属国开始，日本一步步走出了本国四岛，势力范围不断扩张。19世纪70年代，日本将最后一位琉球国王流放到东京，悍然宣布“废琉置县”，将琉球国改为冲绳县，明目张胆吞并了琉球群岛。
之后，日本再利用朝鲜内部的新旧势力之争，不断与中国争夺对朝鲜半岛的控制权。1894年，日本利用朝鲜爆发“东学党”农民起义的机会出兵朝鲜，挑起战争。经过中日甲午海战，清政府一败涂地，被迫签订丧权辱国的《马关条约》，拱手割让台湾、澎湖等大片领土，赔偿巨额战争赔款，强加给中国人民以沉重负担。
甲午战争的失败暴露了晚清政府的腐败无能、外强中干，日本则在战争中攫取了巨大利益，仅巨额战争赔款一项就达2亿两白银，是当时日本政府年度财政收入的3倍。战争带来的甜头极大地刺激了日本侵略扩张的欲望，侵略中国更多领土已经成为日本军国主义的下一个目标。
1931年9月18日，日本制造了震惊中外的“九一八”事变，对垂涎已久的中国东北发动了袭击。在短短4个多月内，日军侵占了相当于日本国土3.5倍的中国东北三省。
国家兴亡，匹夫有责。1935年11月18日，北京大学校长蒋梦麟、清华大学校长梅贻琦、北京大学教授胡适等平津各大学校长教授，联名公开发表宣言，坚决反对汉奸卖国阴谋，动员全国对敌抵抗。此时传来冀察政务委员会将于12月9日成立的消息，卖国傀儡政权“冀东防共自治政府”，策动“华北五省自治运动”，企图把华北变为第二个“满洲国”。身处危机最前沿的北京青年学生和爱国知识分子沸腾了，清华大学救国会散发的《告全国民众书》喊出了爱国学生们的共同心声：“现在，一切幻想，都给铁的事实粉碎了！安心读书吗？华北之大，已经安放不得一张平静的书桌了。”北京各个高校充满了同仇敌忾的气氛，青年学生们决定走上街头，将请愿活动定于12月9日。
1935年12月9日的清晨，东方刚刚露出鱼肚白，北京城被无情的严寒笼罩着。清华园里的苍松古柏挺立在凛冽寒风中，虽然高大的躯干上布满了扭曲的裂缝，但奋力挣扎直冲云霄的纹路却浑然充满张力，仿佛蕴含着深厚粗犷的生命力。
清华大学、燕京大学的学子们群情激奋，充满爱国热忱的请愿队伍从这里出发了。清华和燕京两所大学地处西北郊，请愿队伍要徒步走十几公里，穿过西直门进入北京城。爱国学子们边行进边宣传，高呼“停止内战，一致抗日”、“打倒日本帝国主义”等口号，队伍不断壮大。在请愿游行队伍中，依稀可见一个清瘦的身影，他就是林家翘。据林先生回忆，他参加了进城的游行队伍，但由于西直门被强迫关闭，请愿学子们被挡在了城外。
在日寇侵占华北这一年，十九岁的林家翘已经成为清华大学三年级学生。青年林家翘耳闻目睹了国家的苦难，深深感受到国弱则受外敌之辱。他常常熟读梁启超先生的《少年中国说》：“故今日之责任，不在他人，而全在我少年。少年智则国智，少年富则国富；少年强则国强，少年独立则国独立；少年自由则国自由，少年进步则国进步；少年胜于欧洲则国胜于欧洲，少年雄于地球则国雄于地球。”这些充满热情和期望的语句使他热血沸腾，不断激励着内心振兴中华的渴望，也坚定了科学救国的志向。
1937年7月7日，日军利用军事演习挑起事端，向北京南郊卢沟桥一带的中国守军发起进攻，制造了“卢沟桥事变”，发动了蓄谋已久的全面侵华战争。平津危急！华北危急！中华民族危急！在日本帝国主义的铁蹄之下，中华民族面临着生死存亡的考验。
林家翘先生回忆说：“七七事变前夕正是九级毕业的时候，在毕业典礼上，空气中有一种异乎往常的凝重气息。同学们唱着朱自清先生写的九级级歌，（清华九级级歌由著名散文家、诗人和学者朱自清先生编写。级歌编写于1937年。当时正值国家危亡之际，这首九级级歌写得雄壮、豪迈，道出了学子们对国家局
势的关注。歌词内容是：“莽莽平原，漠漠长天，举眼破碎河山。同学少年，同学少年，来挽既倒狂澜。去向民间，去向民间，国家元气在民间。莫怕艰难，莫怕熬
煎，戮力同心全在咱。”）倾吐着抗战的心声；七七事变时，我正在校园内，敌人进攻卢沟桥，校内可以很清楚地听见枪炮之声。大家早就认定战争难以避免，所以虽然心中愤怒，却也没有慌张。8月份国民政府命令清华大学、北京大学和南开大学在湖南长沙组建临时大学。大家就开始按照学校的要求把贵重的教学设备、书籍文献整理好，准备搬迁。”
早在1935年，由于感受到日益临近的日寇威胁，清华大学就已经未雨绸缪，开始酝酿学校的保护措施。1937年底，三校汇集华中重镇长沙，租借圣经学院，成立了“国立长沙联合大学”，并一度开学授课，这便是西南联大的前身。
1937年7月，林家翘从物理系毕业，随即留校担任了助教，并随着清华大学的师生一起搬到了长沙。然而日寇的铁蹄已经步步紧逼，1937年底，南京沦陷，武汉告急，日本侵略军自华北及长江一带节节进逼，局势日紧。长沙临时大学的教学随即中断，奉国民政府教育部命令，决定迁往中国腹地的云南省昆明市。1938年2月中旬，国立长沙联合大学开始搬迁。人员分成两路，一路主要是一些教员及其家属和一些女生，他们经粤汉路至广州，取道香港至越南海防、河内，而后经滇越路进入云南；一路则主要是由曾昭伦、李继侗、闻一多等11名教员，率数百名学生组成的“湘黔滇旅行团”，由湖南、贵州，步行抵达云南昆明，行程3500里，历时68天，这便是著名的“大学长征”。1938年4月终于完成了迁移，4月2日，奉国民政府教育部令，临时大学正式更名为国立西南联合大学。5月4日正式开课。
在自己祖国的土地上，却不能自由安全地通行，这使林家翘的内心被深深地刺痛了。中华民族勤劳、淳朴又爱好和平，国家的衰弱，科学的落后，致使遭受列强任意欺凌，人民颠沛流离，这是多大的不幸和耻辱啊。林家翘在心底里升起了一个坚定的信念，在有生之年一定要刻苦努力、发愤图强，为中国人在世界上争得令人尊敬的地位，为祖国科学技术的发展奋斗。
由于需要提前去昆明准备好相关的教学辅助工作，林家翘于1938年2月到达西南联大。那时候，西南联大条件的艰苦令今天的人们难以想象，学生们几十人挤在铁皮屋顶下，甚至铁皮屋顶最后还因为经济困难换成了茅草屋顶。林先生说：“云南气候潮湿闷热，这让自己这个从小就生活在北京的人很难忍受，一旦遇到刮风下雨，铁皮屋顶就晃动得厉害，叮咚咣当，时而还有刺耳的摩擦声，把教授讲课的声音都压下去了。”当时有人苦中作乐，写下一副对联“风声，雨声，读书声，声声入耳；家事，国事，天下事，事事关心”，这是一种自嘲，也是一种激励。虽然条件很差，但国难时期，大家知道能有机会学习已经是不易，所以都能认真读书。但更令人头疼的事情是日寇的敌机常常袭扰昆明市区，防空警报频频响起，由于昆明没有什么防空力量，日本人的飞机想来就来。包括林家翘在内，西南联大的大多数师生都没有任何的战争经历，刚开始对警报非常敏感，警报一响就以为马上要扔炸弹，吓得马上往外跑，后来便习以为常，多数时候响了警报是没有轰炸的，只是发现飞机在附近活动，但有了警报就要停课，很是无奈。
在这民族存亡的紧要关头，振兴国家的强烈历史责任感和使命感，使联大师生在被日军摧毁的残垣断壁前仍然精神不倒。“天下兴亡，匹夫有责”的爱国传统和“刚毅坚卓”的顽强精神支撑着联大师生在强敌深入、风雨如晦的日子里激情不减，知识报国、救亡图存的铮铮誓言在这里得到了最好的体现。
林先生说当时自己还是要经常到图书馆查阅资料，图书馆也是茅草屋，因为物资极度匮乏，有些书架都是用废弃的汽油桶、肥皂箱叠架而成的。图书馆面积有限，坐不下许多学生，为了能有个座位，很多学生很早就去排队，至今都难以忘怀图书馆前排队的人潮，而在暗淡的灯光下，却是一片鸦雀无声的自习景象。在联大几年，到了图书馆几乎只能站着看书，特别需要的才借出来，因为当时困难，书也不允许多借，这会影响其他人。学校附近的老百姓很会做生意，他们在学校的周边开了很多茶馆。小的3至5张方桌子，大的摆上10张方桌子，只要几分钱，泡杯茶，就可以坐在里面看书，一坐可以坐几小时。大家都是学生，所以都不讲话，非常安静，就像在图书馆一样。
林家翘首先去任之恭先生负责的无线电研究所做助理研究员。那时候，林家翘和孟昭英先生一起住在无线电研究所的宿舍里。孟昭英先生刚从美国加州理工学院获得博士学位回国，当时已被清华大学聘请为无线电研究所的教授。虽是教授身份，但他对当时做助教的林家翘关爱备至。林家翘先生曾回忆说：“那时我和孟昭英先生就有过一段交往，受益甚多。虽然我当时是个小学生，孟先生是大教授，但是我还是能感觉到他是个非常脚踏实地的人，这一点给我的印象很深。他当时只有三十一二岁，刚刚成为教授，但是他的学问做得非常好。他非常正直，做事情总是从大处着眼，从来不把个人的利益放在第一位，而是把清华大学的前途和无线电研究所的前途放在首位，总是从是否有利于学校发展的角度去想事情，考虑一件事情应该如何去做。”
孟昭英先生主要是做实验的，看重学生的实验技能。孟先生对实验的要求非常严格，林家翘作为助研，有些实验要由自己带学生做，教人知识的事情，一丝马虎都要不得，每次实验自己都要反复做好几次，确认流程和数据都没有问题才会让学生做。有些实验，尤其是无线电实验，因为天气条件不同结果会差别很大，这就必须经常做，在不同的天气里做，反复记录才能总结出规律。有一次一个学生改了几个数据，林家翘一眼就看出来了，并告诉他：“你这个数据是自己改的对不对？这个实验我做过很多次了，不可能有这样的数据，我现在不会告诉你数据应该是怎么样，你必须重新做。”学生又做了好几次，把结果拿给林家翘看，并开玩笑对他说：“我如果现在改数据，保准你查不出来。”林家翘说：“要的就是这个效果。”
林家翘的认真劲让孟昭英很是满意，但林家翘认为自己做实验的能力不是很强，还是想搞理论研究，便如实把想法告诉了恩师周培源。当时，周先生的好友任之恭先生是物理学的教授，他就把自己的学生放心地交给了任之恭先生，由他指导做研究。这样林家翘就到了物理系做助教。据美籍华裔科学家、诺贝尔物理学奖获得者杨振宁先生回忆，他在西南联大念大一时，管理物理实验室的就是刚刚毕业的林家翘，但后来由于选课冲突，杨振宁转到另一个班去了，但是这仅仅一下午的课，开启了他们一生的友谊。林家翘在西南联大做助教的时候，叶企孙先生曾有意安排他代自己讲一堂热力学课。在下一堂课刚开始，叶企孙先生就对学生们说：“林家翘天资聪颖过人，又努力钻研，来日必有辉煌成就。”
西南联大虽然成立于国难当头之际，却凝聚了中华儿女同仇敌忾、和衷共济的精神，汇集了当时中国科学界的精华。据统计，联大的教师队伍常年稳定在350人左右，包括教授、副教授、合聘教授、讲师、专任讲师、教员及助教，而教授、副教授就占了教师总数的一半以上。在179名教授、副教授中，还有150多名年富力强、朝气蓬勃的曾留学欧美的学者。这些教师虽来自不同的学校，有各自不同的学术风格和学术流派，却有着共同的师道尊严和价值判断，爱国爱生，忠诚教育，治学严谨，不苟且、不浮躁，都有高尚的职业操守和敬业精神。他们教书育人，爱之以德，不厌不倦，自敬其业，不忧不惑，自乐其道，默默耕耘，无私奉献。西南联大之所以能够创造中国高等教育的奇迹，关键在于有这样一支值得信赖的教师队伍。林家翘常常谈道：“他们的人格魅力和学识魅力，为我们树立了‘学为人师、行为世范’的光辉榜样。”而联大也真心实意地依靠这支教师队伍，成立“教授会”和几十个专门委员会，建立教师激励机制，实行“教授治校”制度，秉持“殊途而同归、一致而百虑”的教育理念，尊重教师的主体精神，创造了民主和谐的治学环境。
林家翘先生晚年仍难忘联大民主自由的学风：“老师从不强迫学生学什么。”教师开课都是按自编教材讲授，一般不受干扰。与此同时，相当多的教授主张“通才教育”，认为打好“博”的基础才易于求专求精。课时安排上，让学生有充分自学的时间，去独立思考，自觉钻研，鼓励学生勤学勤思，不读死书，不死读书。
在学校里，学术是衡量一切的唯一标准，有自由才有学术。为此，西南联大一直坚守民主治校，即便在称呼上也只有先生、学生、老师几种称谓，而没有院长、处长的叫法。行政当局想把三民主义引入学校作为必修课，师生们都不愿意，其实三民主义本身也没有什么不对，但政府要把它搞成金科玉律，只准学习，不准质疑，完全搞成了一种政治宣传工具，这与西南联大的风气是格格不入的，但是政府要强推，学校也没办法，也开了三民主义的课，这个课不受欢迎，几乎没人上，学校也是敷衍了事，不管上不上，都能给个及格。
在极其艰苦的条件下，西南联大培养出了大批杰出人才。其中有许多后来蜚声世界的一流科学家，包括获得诺贝尔奖的华人科学家杨振宁。林家翘认为这不是偶然。在西南联大，重视基础知识又提倡独立思考，这个基础知识不仅仅局限于本学科，学校规定理科生必须选修一门人文学科，而文科生也必须选修一门自然科学，这就是通识教育。不同的学科反映了不同的世界观和方法论，有了多学科的知识，就有了广阔的根基，为以后在某一方向的发展奠定基础。这就像到一个沙石滩上植树，树有土才能生长，所以你要先填土，土铺得越广越厚，树以后长起来才有后劲，才有可能成为参天大树，如果开始为了省劲，土堆得又小又薄，种子倒是早早种下了，长到一定程度就很难再长了。
基础知识就是科学家赖以发展的土壤，但基础知识要想学好吃透，还必须独立思考，在联大，考高分对于文科来讲主要是有理有据，能自圆其说、见解独到，不一定要和课堂上老师的观点一致。对于理科来说主要是能有创新性思路，简单明了地给出答案，这叫“推陈出新”。这个“新”，不是提出新定理、新结论，这个很难，一个学生难有这么大本事。这里的“新”就是一个不同于课堂上所讲的新角度、新方法，这是对独立思考能力的锻炼，能加深对基础知识的理解，没有这个真正属于自己消化过的基础知识的积淀，不可能获得诺贝尔奖。就跟种一棵树一样，它慢慢生长，哪一段出了问题，它都成功不了。
1939年春，林家翘与郭永怀、钱伟长、段学复等9名西南联大同学考取了第七届庚子赔款留英公费生。那时候力学名额只有一名，林家翘和郭永怀、钱伟长考分总分基本相同，清华大学的叶企孙教授和北京大学的饶毓泰教授为他们力争，这样考试委员会决定同时破格录取三人。这在中英庚款考试中是独一无二的一次。
1939年，林家翘、钱伟长、郭永怀等一行21人踏上了他们的英国留学之旅，可是，轮船会途经日本神户，日本在护照上签证准许登岸游览，当时正处于抗战时期，学子们一致认为登岸游览有辱国格，所以全体愤然离船折回昆明。林先生回忆说：“这件事的结果就是没有到英国去，因为英国接着打起仗来。这样我们就改为留学英联邦的殖民地国家，我们就到加拿大读了硕士。”