在实际的操作中，投资方主要采用货币及实物资产投资，母体学校则主要以无形资产投入，双方以契约的形式明确责、权、利，这就将资金优势与办学优势得到了充分发挥，这也是独立学院能够发展迅速的源泉。独立学院之所以充满生机与活力，无不是依托了母体高校的品牌优势和声誉才获得社会的认可，这一无形资产的形成是母体高校几十年甚至上百年才形成的。品牌价值是学校品牌竞争力的表现，品牌对于学生来说代表一定的质量和特色，对家长来讲是一种理想的投资，对社会来讲是代表知名度和美誉度。独立学院通过合作的方式迅速获得了母体高校品牌的使用权，跨越了塑造自我品牌的漫长阶段，避免了较大的教育风险，节约了成本，同时，无形资产还为学院带来了巨大的经济效益。吉恩.格罗斯曼（Gene Grossman）和埃尔赫南.赫尔普曼（Elhanan Helpman）指出：无形资产（知识）的收益往往具有“规模报酬递增性”。“知识是可以累计的，每一个思想都是建立在前一个思想的基础上，然而，机器需要折旧和更新，从这个意义上讲，在知识上的投入的每一美元都有极高的边际贡献，而机器设备上的投资可能有四分之三是在弥补折旧。”换句话讲，投资方的资金投入而带来的土地、建筑物等增值，这包括多方因素（主要是无形资产）的影响。因此，边际收益应考虑无形资产的增值。另一方面，母体学校的品牌不是整体转让给独立学院，只是使用权的部分转让，所有权仍归母体学校，无形资产的转让中存在着机会成本问题，对学校品牌这类无形资产，在转让后给母体学校带来了市场竞争加剧，成本增加，甚至造成无形资产的价值损失。尽管无形资产没有实体形态，没有有形损失（Physical Depreciation），但存在功能性贬值（Technical Depreciation）和经济性贬值（Utility Depreciation）。因此，现实中的回报是以收入为依据，而不是以投入为依据，这是不合理的。
科斯定理认为：“在不存在交易成本的前提下，只要产权界定明确，则通过市场资源会得到最优配置。” 独立学院产权的明晰与规范是一个涉及政策，理论和多层面的复杂问题，是一个渐进的过程，包括传统观念的更新，法律政策的完备，政府职能的转变等。现阶段，由于国家政策等多方面的原因，现无法对独立学院的产权进行准确的界定。但独立学院产权改革不应提倡“跳跃式”前进，而应该是“渐进式改革”。即搁置现有产权方面的争议，避免轻率的政策阻碍独立学院的发展，在原有的政策基础上，对现有产权政策进行调整，寻求一种更加合理与现实的方案。
从全国的独立学院的协议看，多数独立学院是采取的收取管理费的方式，管理费所占比例为学费的10%－30%之间。但收取管理费的方式未能准确反映母体学校的实际贡献，品牌价值，甚至造成国有资产流失。仅有少数独立学院采用了股份制形式的合作方式。如华南理工大学与民营企业云峰企业广州文化教育有限公司合作，以独立学院办学模式共同创办了“华南理工大学广州汽车学院”。根据协议书，校企双方拥有学校总资产所有权的比例是华南理工大学占8％，云峰企业占92％，华南理工大学将负责指导学院的招生和教学计划的制订及教师队伍和管理队伍的建设，在任课教师、管理人员等人力资源上给予优先支持，所需费用列入学院办学成本，华工分享当年实收学费收入的18％，以及学院运营净收益提取25％发展基金后用于分配部分的8％。这种股份制形式较好地体现了母体学校的无形资产价值，是一种可贵的尝试与探索。
下面是新华文轩2.6亿入股四川外语学院成都学院24.3％股份时，与其它三方所签订的合同的部分内容。是独立学院产权模式的一种现实阐释。
案例：新华文轩2.6亿入股四川外语学院成都学院24.3％股份
背景
成都学院是由四川外语学院（作为国家办学机构）及德瑞（作为出资方）于2004年合作创办的独立学院，其具有独立的法人资格，于中国从事高等学历教育活动的教育机构，主管部门为中国四川省教育厅。现时德瑞拥有成都学院100%权益，而四川外语学院及德瑞均为成都学院之举办者。成都学院2004年成立独立学院时，四川外语学院以名称使用权、优势的教育资源、先进的教育和管理经验等无形资产，以及提供或组织师资作为合作条件；德瑞经评估作价的出资为人民币63，000，000元（约71，575，000港元）。 四川外语学院和德瑞为了拓展成都学院的业务，引入新华文轩及弘明为成都学院新的举办者，共同合作举办成都学院。因此，新华文轩于2009年6月8日签订以下协议（下面所提到的本公司即新华文轩）：
（1） 增资及权益转让协议
主要条款
增资及权益转让协议之主要条款载列如下：
订约方：成都学院、德瑞、弘明及本公司
详情
根据增资及权益转让协议，成都学院新增的开办资金由弘明及本公司同意分别以土地使用权及在建工程和现金方式认购，其中弘明以土地使用权及在建工程经协定作价人民币255，000，000元（约289，707，000港元）（占成都学院增资後权益比例23.83%），本公司以现金认缴人民币130，000，000元（约147，694，000港元）（占成都学院增资后权益比例12.15%）。德瑞不参加增资认缴。
增资后德瑞将其持有的成都学院12.15%的权益转让给本公司，价格为人民币130，000，000元（约147，694，000港元），本公司以现金方式支付对价。本公司用于认购及收购成都学院权益的总代价为人民币260，000，000元（约295，387，000港元）。增资及收购完成后，德瑞、弘明及本公司分别持有成都学院权益的比例为51.87%、23.83%及24.30%。
成都学院、德瑞及弘明向本公司承诺，本公司增资的人民币130，000，000元（约147，694，000港元）不得用于成都学院经营活动以外的其他任何用途。
增资、收购款的支付及验资
（1） 在增资及权益转让协议签署之日起5个工作日内，本公司向成都学院注资人民币13，000，000元（约14，769，000港元）；
（2） 在增资及权益转让协议签署之日起5个工作日内，本公司向德瑞支付人民币84，500，000元（约96，001，000港元），作为收购的首笔付款；
（3） 弘明须在上述第（1）及（2）条所约定的所有事项完成後的22个工作日内完成弘明评估报告中涉及的全部国有土地使用权证的变更至成都学院的工作；
（4） 在弘明完成上述第（3）条约定的事项後的5个工作日内，本公司向成都学院注资人民币65，000，000元（约73，847，000港元）；
（5） 在弘明完成上述第（3）条约定的事项後的5个工作日内，本公司向德瑞支付人民币19，500，000元（约22，154，000港元），作为收购的第二笔付款；
（6） 弘明须在上述第（1）及（2）条所约定的所有事项完成後的60个工作日内完成包括但不限于弘明评估报告中涉及的全部项目建设立项文件、项目用地规划文件、项目建设规划文件及项目施工许可文件等所有相关文件主体变更至成都学院的工作；
（7） 成都学院及德瑞须在上述第（1）及（2）条所约定的所有事项完成後的80个工作日内负责完成增资、收购和合作办学事宜获得必要的中国有关政府主管部门的批准（包括但不限于教育部）的相关事宜；
（8） 在上述第（6）及（7）条所约定的所有事项完成後，由德瑞书面通知本公司，本公司收到书面通知後的5个工作日内向成都学院注资人民币52，000，000元（约59，077，000港元）；
（9） 在上述第（6）及（7）条所约定的所有事项完成后，由德瑞书面通知本公司， 本公司收到书面通知后的5 个工作日内向德瑞支付人民币13，000，000元（约14，769，000港元），作为收购的第三笔款项；
（10） 成都学院及德瑞须在上述第（8）及（9）条所约定的所有事项完成后的10个工作日内聘请具有合法资格的验资机构，按照增资及权益转让协议的约定审验各方出资并出具验资报告，并按照增资及权益转让协议相关约定完成本次权益变更在中国四川省民政厅登记备案工作；
（11） 在上述第（10）条所约定的所有事项完成后，由德瑞书面通知本公司，本公司在收到书面通知後的5个工作日内向德瑞支付人民币13，000，000元（约14，769，000港元），作为收购的第四笔款项。
认购及收购之总代价为人民币260，000，000元（约295，387，000港元），由本公司按照上述方式以现金支付。代价将以下文所披露的本公司于2007年5月首次公开发售所得款项余额支付。
本次增资及收购的代价乃将经由中国境内合资格估值师评估的成都学院净资产评估值、弘明认缴成都学院增资的土地使用权及在建工程评估值为定价参考依据，由各方共同协商确定。
根据估值师发布的成都学院资产评估报告，于2009年2月28日，成都学院的净资产值为约人民币776，454，000元（约882，134，000港元）；根据各方协商认可，成都学院净资产值按人民币685，000，000元（约778，232，000港元）计算。根据估值师发布的弘明评估报告，于2009年2月28日，弘明经评估的土地使用权及在建工程价值为约人民币274，853，000元（约312，262，000港元），根据各方协商认可，弘明土地使用权及在建工程价值按人民币255，000，000元（约289，707，000港元）计算。
先决条件
增资及权益转让协议自各方法定代表人或授权代表签字及加盖公章并按照上市规则经本公司法定决策程序通过相关决议同意增资及权益转让协议的条款及该协议下的交易，及各方取得一切必要的批准及同意，及履行一切必要的备案要求等后生效。
终止
增资及权益转让协议可于若干情况下终止，其中包括在增资及权益转让协议签署後12个月内，本次增资及收购未能取得教育部门的批准，则增资及权益转让协议终止。
因增资及权益转让协议所述的若干情况导致增资及权益转让协议终止的：成都学院应在增资及权益转让协议终止后两年内向本公司全额返还已按增资及权益转让协议缴付的增资款，其中第一年返还金额不得低于全部应返还金额的50%，并计算实际到帐增资款缴付日至实际返还日所产生的资金利息（按年息9%计息）。德瑞应在增资及权益转让协议终止後两年内向本公司全额返还已按增资及权益转让协议支付的权益转让款，其中第一年返还金额不得低于全部应返还金额的50%，并计算实际到帐权益转让款支付日至实际返还日所产生的资金利息（按年息9%计息）。
（2） 合作协议
主要条款
合作协议之主要条款载列如下：
订约方：四川外语学院、德瑞、弘明及本公司
详情
根据合作协议，协议各方同意：
（1） 共同举办成都学院；
（2） 成都学院将增加资本，增资部份由新增举办者弘明及本公司分别以土地使用权及在建工程和现金方式认购；
（3） 本公司再以现金方式收购德瑞于成都学院之部份权益；
（4） 增资及收购完成後，德瑞、弘明及本公司分别持有成都学院权益的比例为51.87%、23.83%及24.30%。
成都学院的管理体制
成都学院设立董事会，董事会是成都学院的最高权力机构，对成都学院的行政、财务、专业设置、学院建设、教师和管理人员聘任及教学设备购置等方面的重大事项作出决定。成都学院董事会由7名董事组成，其中四川外语学院代表3名，德瑞代表2名，弘明代表1名及本公司代表1名。
成都学院将继续实行董事会领导下的院长负责制。院长由四川外语学院推荐，董事会聘任，负责成都学院的教育教学和日常行政管理。
费用的收取及分配
成都学院按照中国国家相关法律法规规定收取学生学费、住宿费及中国国家政策允许收取的其他费用。
各方同意成都学院应向四川外语学院支付2008年7月至2012年6月五年管理费合共人民币33，000，000元（约37，491，000港元），截至补充协议签署日止已支付人民币20，000，000元（约22，722，000港元），尚欠余额应于2009年6月30日前支付。另外各方同意，成都学院2012年7月以后的管理费缴纳方式，是继续执行德瑞与四川外语学院于2001年1月10日所签之协议书及2003年9月19日所签署之合作办学补充协议（合称「原协议」），还是按德瑞与四川外语学院于2008年12月4日所签之补充协议（简称「原补充协议」）精神继续执行，根据届时的政策和情况由德瑞代表各出资方与四川外语学院协商决定。