（2）有限理性的限制。独立学院是新事物，其契约也是当时政策环境的产物。2003年，教育部对原有公办民助二级学院进行了清理和规范，设置了申报独立学院的相关条件及审批程序，最后批准了187所独立学院。由于当时申报时间紧，双方的契约的订立，对未来学校的发展及国家的政策并不清楚，不可能在事前把与契约相关的全部信息写入到契约的条款中，也无法预测到将来可能出现的各种不同的偶然事件，更无法在契约中为各种偶然事件确定相应的对策以及预知事后的效用效果，双方对一些政策缺失的问题采用模糊的语言来暂时达到一种平衡，如契约的期限等。也许契约安排在开始时是理想的选择，但它发展下去就可能阻碍发展。
（3）信息不对称导致机会主义行为。独立学院的发展都是借助契约进行协调和激励的，交易各方通过契约做出承诺，对未来的行为进行约束，各方就能以较低的交易成本实现各方目标。但是，在契约签订后，母体学校往往不能直接地干预投资方具体的行为，即存在着母体学校无法观察到、无法监督到，事后无法预测的行为所导致的信息不对称与机会主义行为。同时，对契约条款执行结果的考核也存在着种种困难，要清楚地进行考核，需要高昂的机会成本。投资方可以利用这些信息的非对称性尽量逃避风险或实现利益最大化，把成本与风险尽量转移到母体学校身上，而母体学校则可以利用解除契约作为威胁，对已形成的专用性投资进行“敲竹杠”。
3.6.2高校独立学院契约的合理设计与构建
独立学院契约问题核心是寻找最优化的安排，即使独立学院双方有足够的激励去按照有利于双方利益行事，同时最小化与所谓套牢可能性相联系的行为风险，防止双方利用契约条款中未明确规定的部分违反契约的机会主义，设计包括通过不同形式的严厉的惩罚而禁止非契约行为，如契约废除导致的专用性资产贬值等手段，形成对双方的有效激励与威胁。
3.6.2.1最低要求：风险的规避
所谓风险，就是指投资收益的不确定性，一次经济业务可能带来收益，也可能无法实现其预期的目标，风险将客观存在。双方的契约不可能解决每一个发展阶段上所有可能出现问题的程序，因为将来的结果往往与缔约时所期望的结果不一致，有些风险是可预见的，有一些风险发生的概率很低，有些损失很难预测，而有一些是无法预见的。特别是潜在的和新的利益出现，双方有可能由于分配的不均而产生矛盾与冲突。
无论是契约条款的设计，还是在签约过程的谈判，其复杂性和不确定性决定了全面，准确地设计契约的条款是不现实的，存在着一系列的不可预见的突发事件与风险。因此，这就要求双方加强对风险的防范，特别是通过契约的形式明确双方各自应承担的责任。契约生效后，独立学院双方应当按照约定全面履行自己的义务，一方不履行契约义务或履行契约义务不符合契约约定的，应当承担违约责任。独立学院双方签订契约后，没有详细规定的那部分权力、责任与利益的配置必然影响双方的行为选择。特别是当准租产生时，准确地分解每一种因素的贡献率是不可能的，此外，信息环境和有限理性不能使双方准确地计算边际生产率。在订立契约中，双方都有动机从总收益中获得尽可能大的份额，但是，产权的排他性决定了并非双方的需求都可以得到满足。独立学院所有权主体虚置和缺位导致投资方追求短期效益，为母体学校埋下了民事责任和侵权债务等诸多的隐患，母体学校面临着有限的收益与无限责任的严重不对称。根据《合同法》第114条规定，当事人可以在合同中约定，一方违反合同时，向另一方支付一定数额的违约金、赔偿损失、强制继续履行以及其他补救措施四种。因此，双方的协议应充分体现在事前对各种机会主义及道德风险行为的保证措施，通过提供质物、保证金、基金等多种形式，来加强防范风险。
双方面临的风险还表现在：
一是政策风险。所谓政策风险主要是指国家政策变化对独立学院产生的风险。国家可能在招生等方面进行政策调整与变化，会对独立学院的发展带来很大的影响。当然，国家的政策变动主要是支持学校的发展。但双方在契约中一定要明确如遇政策的变化，对学生的安置及资产的处理等作明确的规定，双方可以每年划出学费的一定比例作为风险防范基金及建立公积金制度，以应付突发事件，化解双方的风险。
二是声誉风险。独立学院双方预期是学生规模扩大产生的规模效益，但是，一味扩大学生规模，不调整专业结构，将对独立学院发展带来重大危机。一方面是规模扩大到一定程度将增加单位学生培养的平均成本，另一方面，即使在一定时期能降低成本，不保证教学质量，不注重专业特色，毕业生的低质量不仅严重影响了独立学院的生存与发展，还影响公办高校的声誉。因此，双方要在契约中明确其招生数量与专业必需依据国家的相关政策，如按普通本科评估标准进行招生规模的大致确定等，对办学质量和办学条件达不到国家规定要求，或办学秩序混乱、管理水平差的独立学院，双方在协议中要明确各类处罚，包括中止合作。
三是财务风险。公办高校要指导和帮助独立学院建立健全财务机构，完善财务制度，定期对学校进行财务检查、监督和指导，促使学校提高经费使用的效益，保证资金的正确用途。健全内部会计控制制度，规避财务风险的产生，特别是防范投资方变相转移与挪用学校资产，为学院发展创设良好的经济秩序。双方在契约中明确成立财务部，配备专职财务人员，在银行开设了独立账户，财务部的主要负责人由公办高校财务处委派。财务部全面负责学院的财务核算、资金筹措、财务报表、资产管理等工作，每月初，财务部要向院长、董事会报送上月的财务报表和预算执行情况，使得财务运行状况在学院的控制之中。
3.6.2.2现实选择：防止机会主义
尽管独立学院双方从联合办学本身得到收益，但收益中也蕴藏着冲突，因为双方都希望能从中获取更可能大的利益份额。独立学院双方都有机会主义行为倾向，可以分二类。一类是对联合剩余最大化行为的偏离，导致现有契约条款下收益的事实上的再分配，另一类是双方一开始就指望榨取更有利的契约条款或者强迫重新谈判以便合乎法律地修改以前的条款。但是，机会主义行为的代价是高昴的，不仅直接消耗资源，同是贻误了独立学院的发展。所以，双方的契约要在风险规避的基础上，防止机会主义的行为，形成新的制度约束，调动双方的积极性。
（1）契约的期限
《合同法》第46条规定：“当事人对合同的效力可以约定附期限，附生效期限的合同，自期限届至时生效。附终止期限的合同，自期限满时失效”。独立学院双方在契约中设定一定的期限，并把期限的到来作为合同效力的发生或消灭的根据。契约一经依法成立，就具有法律效力，当事人各方须严格履行，任何一方都不得擅自变更或解除。过短的期限不利于保护投资方的合法利益及调动其积极性，也容易促使其追求短期利益而放弃教学质量，投资方不愿意多投资，这种投资的最佳效率与事实上的投资不足之间出存在着较大的效率损失。过长的期限，双边的依赖就会逐渐形成，这种情况意味着竞争市场交易会消失，这种类似垄断的情形会导致产权的低效率及寻租的可能。对投资方来讲，长期契约是非常必要的，由于资产的专用性，如果没有时间的保障，就可能无法通过市场收回投资及社会效益无法充分体现。所谓资产专用性是指在不牺牲其生产价值的前提下，某项资产能够被重新配置于其他替代用途或是替代使用者重新调配使用的程度。资产的专用性越强，越需要交易双方建立一种稳定的、持久的契约关系。不同的契约方对交易专用性投资的依赖可能是不同的，资产专用性越强，其所有者对交易的依赖性越强，越有可能被合作方的事后机会主义行为所损害，事后被“要挟”的可能性越大，越容易被套牢。但母体学校也要防止因资产专用性而导致低效率与垄断的形成，可以通过其他形式，为投资方进出设立一个通道，如果合作方违反契约，那么母体学校很容易地找到替代性伙伴，其机会主义行为的范围就会大大降低。因此，独立学院契约关系的连续性意义重大，双方应在一定期限的基础上不断对契约进行修订与补充。
（2）明确准入与退出
投资高等教育，仅有热情是不够的，必须强调一系列具体的条件，主要是要有学校的性质，创办地点、创办人、办学者、资金来源及保障，资产的归属、学校发展规划等项目，特别是应对投资方的办学动机、经营信誉提出具体的要求，对投资方的资金实力与融资能力等做出具体的规定。建立该制度的目的在于，明确独立学院的初始所有权，避免产权纠纷。国家委托相关部门或中介组织，对投资方的实际投入资本进行核实与登记，促使独立学院迈入规范化发展的轨道。另一方面，产权交易是产权流动与重组的重要途径和手段，产权重组是产权交易的重要目的和结果。如果资源产权的初始安排就能保证资源最优配置，实现产值最大化，那么，产权的交易和调整就没有必要，也不会发生。我国《合同法》第79条规定：“债权人可以将合同的权利全部或者部分转让给第三人，这是关于合同权利转让的规定，所谓合同权利的转让，是指合同债权人通过协议将其债权全部或部分地转让给第三人的行为。在现实中，为优化资源配置，资源产权必须不断经常流动起来，即调整产权安排，才可能不断地使产权安排适应能力资源最优配置的要求。独立学院产权的界定可能是低效的，但产权可以通过转让变得高效，建立一种有效的产权制度，使产权从低效人的手中转移到高效人的手中，那么独立学院整个效率会大大提高。对那些资金不雄厚或管理不善的独立学院，双方契约必须规定转让的条件与前提是什么，以及如何实现转让，明确规定转让的条款。同时，产权转让的前提必须要有母体学校的参与，而不是投资方单方面的经营活动，母体学校要有权决定是否转让及转让的对象，在转让时，必须进行资产清理，防止国有资产流失。
3.6.2.3制度创新
（1）完善法人治理结构
所谓法人治理结构可以分为两个部分：治理结构和治理机制。法人治理结构包括董事会、监事会、管理层等。而治理机制包括用人机制、监督机制和激励机制等。这两者共同决定了法人治理效率的高低。由于独立学院法人治理结构的不健全及信息的不对称，投资方有可能并不按照契约有利于母体学校利益为行为准则，而是其自我利益成为行动的最重要的决定因素，出现机会主义及逃避，契约的不完全性导致风险与剩余很高。
完善法人治理结构的重要内容之一，就是以契约的形式把双方的权利义务关系固定下来，其中当然包括投资者应得的合理回报与对应的处罚。还包括如何配置和行使控制权，如何评价和监督董事会，管理层和工作人员，如何设计和实施激励机制。设计一种制度，投资方将资产交由董事会托管，学院董事会是学校的最高决策机构，拥有对院长的聘用、奖惩以及解雇权，其他人员受雇于董事会，组成董事会领导下的院长负责制，即独立学院治理结构是建立在出资者所有权与法人财产权分离的基础上，学院内外部的股东会、董事会、监事会及管理层及其他利益相关者之间的权力制衡机制。各机构之间既能各司其职、各负其责，又能相互联系、相互制约。这种制度安排，是一种权力的制衡机制，也是一种激励机制。因此，要在现有的治理结构基础上，进一步完善独立学院的治理结构和治理机制，发挥校董事会、监事会的作用，通过明确双方行为，行成有效率合作以及激励、威胁设计，发挥监督工具，共同确定契约安排的自我实施机制。
（2）构建股份制产权模式
任何法人治理结构的建立都离不开产权的明晰。法人治理结构表面上看是廓清各个利益主体分配关系和其他权利义务关系，但实质还是落实产权关系。明晰产权，就是根据产权的性质及功能，对独立学院资源的不同属性应交由不同主体使用，对各方主体的个体利益与共同利益进行必要的界定，明确各产权主体之间的产权关系，是保证独立学院资源配置的有效率、形成有效竞争激励机制的必然要求。独立学院之所以能够发展迅速，无不是依托了母体高校的品牌优势和声誉才获得社会的认可，无形资产的形成是母体高校几十年甚至上百年才形成的。独立学院通过合作的方式迅速获得了母体高校品牌的使用权，跨越了塑造自我品牌的漫长阶段，避免了较大的教育风险，节约了成本，为学院带来了巨大的经济效益，另一方面，母体学校无形资产的转让中还存在着机会成本问题，对学校品牌这类无形资产，在转让后给原来的权利所有者带来了市场竞争加剧，成本增加，甚至造成无形资产的价值损失。因此，母体高校通过无形资产入股或收取管理费的方式来体现其品牌价值。独立学院转设以后，双方的合作关系就宣告中止。