在实际的操作中，合作方主要采用货币及实物资产投资，母体学校则主要以无形资产投入，双方以契约的形式明确责、权、利，这就将资金优势与办学优势得到了充分发挥，这也是独立学院能够发展迅速的源泉。独立学院之所以充满生机与活力，无不是依托了母体高校的品牌优势和声誉才获得社会的认可，这一无形资产的形成是母体高校几十年甚至上百年才形成的。品牌价值是学校品牌竞争力的表现，品牌对于学生来说代表一定的质量和特色，对家长来讲是一种理想的投资，对社会来讲是代表知名度和美誉度。独立学院通过合作的方式迅速获得了母体高校品牌的使用权，跨越了塑造自我品牌的漫长阶段，避免了较大的教育风险，节约了成本，同时，无形资产还为学院带来了巨大的经济效益。吉恩.格罗斯曼（Gene Grossman）和埃尔赫南.赫尔普曼（Elhanan Helpman）指出：无形资产（知识）的收益往往具有“规模报酬递增性”。“知识是可以累计的，每一个思想都是建立在前一个思想的基础上，然而，机器需要折旧和更新，从这个意义上讲，在知识上的投入的每一美元都有极高的边际贡献，而机器设备上的投资可能有四分之三是在弥补折旧。”6换句话讲，合作方的资金投入而带来的土地、建筑物等增值，这包括多方因素（主要是无形资产）的影响。因此，边际收益应考虑无形资产的增值。另一方面，母体学校的品牌不是整体转让给独立学院，只是使用权的部分转让，所有权仍归母体学校，无形资产的转让中存在着机会成本问题，对学校品牌这类无形资产，在转让后给母体学校带来了市场竞争加剧，成本增加，甚至造成无形资产的价值损失。因此，现实中的回报是以收入为依据，而不是以投入为依据，这是不合理的。
科斯定理认为：“在不存在交易成本的前提下，只要产权界定明确，则通过市场资源会得到最优配置。” 独立学院产权的明晰与规范是一个涉及政策，理论和多层面的复杂问题，是一个渐进的过程，包括传统观念的更新，法律政策的完备，政府职能的转变等。现阶段，由于国家政策等多方面的原因，现无法对独立学院的产权进行准确的界定。但独立学院产权改革不应提倡“跳跃式”前进，而应该是“渐进式改革”。即搁置现有产权方面的争议，避免轻率的政策阻碍独立学院的发展，在原有的政策基础上，对现有产权政策进行调整，寻求一种更加合理与现实的方案。
《办法》规定对独立学院无形资产进行作价，并相应占办学总投入的比例，这一条在实践中需要具体的操作细则。《办法》明确提出了无形资产要占办学总投入的比例，由合作办学双方按照国家法律，行政法规的有关规定予以约定，并依法办理有关手续。因此，双方必然就无形资产的作价进行谈判，在现实中，对母体高校的品牌价值衡量是比较困难的，从理论上讲，无形资产评估运用的方法与有形资产评估的方法相似，主要有三大类，即收益法、成本法和现行市价法，不同的计算方法会导致评估的差异很大。
从全国的独立学院的协议看，多数独立学院是采取的收取管理费的方式，管理费所占比例为学费的8%－30%之间。仅有少数独立学院采用了股份制形式的合作方式。如华南理工大学与民营企业云峰企业广州文化教育有限公司合作，以独立学院办学模式共同创办了“华南理工大学广州汽车学院”。根据协议书，校企双方拥有学校总资产所有权的比例是华南理工大学占8％，云峰企业占92％，华南理工大学将负责指导学院的招生和教学计划的制订及教师队伍和管理队伍的建设，在任课教师、管理人员等人力资源上给予优先支持，所需费用列入学院办学成本，华工分享当年实收学费收入的18％，以及学院运营净收益提取25％发展基金后用于分配部分的8％。
二是普通高校的品牌作价后如何计算其占办学总投入的比例。由于独立学院的快速发展，从2004年到现在，独立学院的土地等增值，其总资产已达到很高的水平。国家在规定中没有明确起止时间与具体的算法，不同的计算将会出现很大的差距。比如将无形资产算出后作价，如果按2004年成立时独立学院的资产构建比例，随着独立学院的资产增值，那就会达到一个很高的水平，由于国家当年没有对合作方的初使投入进行验资，所以无法来明确合作方当年实际的投入，特别是独立学院发展后总资产已达到很高的水平，这将伤害一些不图回报，热爱教育事业的合作方。如果将现在的无形资产作价，然后和独立学院的总资产来构建比例，显然普通高校占的资产总额就相应降低。
三是如何解决管理费与无形资产关系。《办法》中没有明确交纳管理费的问题，合作方主要是通过交纳给普通高校一定比例的学费作为管理费。这种计算方法简单，易于操作，大部分高校均采用这种方式。如果新规定无形资产要占办学总投入的比例，又还要上交管理费，这显然不易于被合作方所接受，同时也违背了《合同法》的相关要求，初使的契约明确双方只是以管理费的形式作为回报，即使无形资产要作价，也应该尊重历史的事实，不能出现大的起伏，甚至是损害一方的利益，这将会产生一系列的摩擦，甚至是不稳定。
四是如何保障合作方的利益。由于国家对独立学院的发展之路很明确，那就是最终会独立成为民办的本科院校，个别省份已经开始了试点。如果学院的固定资产比例越大，按照文件规定的股份制形式，那么无形资产的价值就会水涨船高，也就是未来五年，如果独立学院通过合格验收，必然会脱离公办高校而成为独立设置的民办本科院校，这时候就涉及到资产清算的问题。如独立学院的合作方支付给母体学校的费用愈高，这种制度设计会促使合作方进行相反的选择。即在未来几年不增加或减少投入，这都不利于独立学院的发展。国家一方面要求将无形资产计入办学总投入比例，又要求独立学院加大投入，达到国家的标准。另一方面要独立学院达到标准后走向独立，政策的制定没有充分考虑各方的利益诉求。因此，政策的制定应考虑各方利益的平衡，要有利于促进独立学院的发展，特别是不要伤害那些热爱教育事业的单位及个人。
2.资产过户存在现实的困难
《办法》明确提出了独立学院的资产过户，但有诸多问题，一年内完成存在相当的困难，甚至是不可能。如要求最基本的不少于500亩的国有土地证或国有土地建设用地规划许可证。当年国家审批独立学院时，要求占地150亩，规划面积300亩。许多独立学院多是按非营利性教育用地的规定而获得政府的“划拨用地”，即主要是获得土地的使用权。而出让土地使用权则必须交纳高额的土地出让金，一些独立学院通过“招、拍、挂”或协议的方式出让土地使用权，其土地价格接近商业用地，其办学成本将成为学院的一笔巨大的办学成本。一些独立学院主要是靠租用土地来办学，如果土地不过户，过户就没有什么实质的意义。川江学院后面有近300亩土地系新征用，手续十分复杂，到目前为止，仅有100亩办理了相关的产权证，可以实现过户，但是其它的土地还在等待上级部门颁证，才可以实现过户。同时，资产过户的政策也打乱了川江学院经费的预算，按照资产过户的规定，合作方必须一次性交清土地款以后才能办理土地证，还要交纳一笔高额的过户费，估计占成交金额的3%左右，同时，新购土地开发等也需要一大笔开支，但现有政策规定学院的所有资产不能抵押贷款，合作方只能通过公司的资产进行借贷，从一点来讲，合作方有抵触情绪也可以理解。
总之，独立学院仍需进行相关的政策配套来进一步明确和规范。制度的完善和建立赋予了独立学院崭新的内容和意义，这些内容和意义将随着独立学院今后渐趋规范的发展而得到更为清晰的凸现。因此，独立学院的政策应该在追求教育公平与公益的价值追求中，寻找新体制生成中的政策选择。今后，作为民办高等教育的一种办学模式，独立学院应严格执行民办高等教育的有关法律，法规和政策，将发展重点转移到稳定规模，提高质量，规范管理上来。
3.7.2高校独立学院产权的法律保护
3.7.2.1独立学院的有限所有权、经营决策权和资产有限返还性与无限责任
按照独立学院产权主体的可将独立学院产权分解为以下几个部分：
（1）有限所有权
由于产权具有排他性，为保证这种排他性，必须建立起一定的社会机制，整个产权理论的出发点都在于通过产权的明晰来提高资源的配置效率。由此可见，效率优先是界定独立学院产权的出发点。作为传承知识、培养人才、服务社会的文化组织，独立学院的公益性属性是明显的，这也是国家保护、支持、鼓励独立学院的法理依据。我国的独立学院政策肯定了举办者对前期投入到学校的资本的所有权，但国家进行了一定的限制，以避免资本的寻利性导致影响教育的公益性。国家政策规定举办者在独立学院存续期间，有限所有权表现在举办者不能抽逃资金，不能转让及用作担保。48
有限所有权的实质是当私人财产进入到公共领域后，为保证私人所有财产在公共领域发挥公共性而不是单纯用于营利对其进行的限制，这种限制最大的问题造成了对“效用最大化使用"的影响。从某种程度上讲，有利于维护独立学院的社会公益性，但是它忽略了独立学院对市场的依赖性，只是发挥了产权的约束功能，却削弱了产权对资源配置的效率功能。因此，国家政策的前提应首先要考虑保证效率，以能调动各方面的积极性，并保证资产运作的最大效率化，又兼顾举办者的利益。单纯的政策限制并不能在实践中将私人产品转变为公共产品，如果一味强调私人财产按照公共财产来管理与使用，在实践中不利于保证资本使用的效率与效益。
教育领域中的产权要求很强的稳定性及持续性，这也是国家规定举办者“有限产权”的重要原因，要达到公益性与营利性的平衡，必须要限制举办者的投机行为及短期行为，不能把办学校只是作为资本增值的工具。产权制度的稳定性和持续性关系到市场主体能否形成稳定增长的预期，以及社会经济能否实现可持续发展。不稳定的预期会强化短期行为，不利于资源配置效率的提高，不利于学校的稳定。所以，对举办者资本的限制，在实践中有利于兼顾公益性与营利性的平衡，符合当前中国独立学院发展的实际。规范资本的进入与退出，实际上是为保证学校的可持续发展创造了条件。只有稳定的教育产权才能保证办学者、经营者教育思想与教育方法的连贯和持续，有助于学校长远价值目标的实现。国家要充分通过制度的完善，利用市场机制来配置教育资源，要让社会资源通过市场机制的作用，参与到独立学院的投资及捐资上。同时，考虑到资本的寻利性，国家的有关政策也要保护举办者的合法权益和积极性。因此，国家应对投资主体在投资过程中所形成的产权关系进行界定。独立学院举办者应有创建学校时的前期投入的所有权，对投入资源增值部分的收益权、对学校运行过程时的前期投入的所有权、对投入资源增值部分的收益权、对学校运行过程中的经营权与经营责任。49
（2）经营决策权
相对而言，独立学院产权要素中占有权主体，使用权主体是比较明确的（尽管不完整），是最具活力的产权要素，独立学院的办学经营者、内部管理者行使着占有权和使用权的角色，在办学中具有较大的自主性和灵活性。按照《教育法》第三十条规定，学校及其他教育机构的举办者按照国家有关规定确定其所举办的学校或者其他教育机构的管理体制。《促进法》规定：独立学院应当设立学校理事会，董事会或者其他形式的决策机构，学校理事会或者董事会由举办者或者其代表、校长、教职工代表等人员组成，其中三分之一以上的董事应当具有五年以上教育教学经验。学校理事会或者董事会行使下列职权，聘任和解聘校长，修改学校章程和制定学校的规章制度，制定发展规划，批准年度工作计划，筹集办学经费，审核预算、决算，决定教职工的编制定额和工资标准，决定学校的分立，合并，终止等。同时还规定独立学院校长负责学校的教育教学和行政管理工作，行使相关职权。50