尽管我国对中小股东利益保护的立法在逐渐完善，然而，由于1994年7月1日生效的《中华人民共和国公司法》几乎没有对公司小股东的保护做出任何有可操作性的规定。因此，我国许多地方的法院一般不受理小股东的起诉或者在受理后也无从下判。比较典型的案例有三九医药股份股东代表诉讼案。2003年上海锦天城律师事务所律师严义明代理三九医药一股东邵某，向深圳福田区人民法院提起股东代表诉讼，诉三九医药股份有限公司董事长赵新先。该案起诉后，在社会上引起了强烈的反响。但是，案件起诉后的结果也是，深圳福田区人民法院在未说明理由，更未依法出具不予受理的裁定书的情况下拒绝受理此案。为了切实改变我国企业对中小股东利益保护立法上的落后局面，2005年10月27日第十届全国人大十八次会议通过了新的《中华人民共和国公司法》和《中华人民共和国证券法》，并于2006年1月1日起正式实施，该法立法的一个重点就是完善对中小股东的利益保护机制。
3.3.2.1新《公司法》对累积投票制的规定
如前所述，中小股东的利益受损在很大程度上，首先源于其在利益表达权上的缺失。而这种利益表达权缺失的原因又可以归结为，企业股东大会上简单多数的投票制度。这种投票制度实际上贯彻的是“一股一票”的简单多数投票原则。在这种投票原则下，每一股股份只有一张选票。在这张选票上，他应在候选人中勾出应选人数以下的对象，得票超过半数的候选人得以当选。“一股一票”的投票原则确立与19世纪中期，其所倡导的基本思想是“股东平等”原则。即股东应该以其所持有的股份数量享有与其股份数量相等的投票权。“一股一票”的投票原则，是绝大多数国家公司立法的通例。但是，“一股一票”的投票原则所倡导的“股东平等”原则，又只是一种形式上的平等。由于公司股东持股数额上的悬殊，持股数量多的股东对于公司事务拥有单方面的决定权。而持股数量少数的股东往往被边缘化与企业的经营决策权之外。因此，由“一股一票”的投票原则所延伸出来的往往是股东之间在企业权利分配上形式上的平等，而事实上不平等的矛盾。而要改变这种状况，就必须从企业股东大会投票制度的改革入手。
学者研究发现，累积投票制（Cumulative voting）可以对简单多数投票制以上缺陷予以有效补充。所谓累积投票制，是指股东大会选举董事或者监事时，每一股份拥有与应选董事或者监事人数相同的表决权，股东拥有的表决权可以集中使用。累积投票制与普通投票制的区别，主要在于公司股东可以把自己拥有的表决权集中使用于待选董事中的一人或多人。例如：一公司共有100股，股东甲拥有20股，乙拥有另外80股。每股具有等同于待选董事人数的表决权（如选6名董事即每股有6票）。如果要选6名董事，股东甲总共有120个表决权，乙拥有480个表决权。在实行普通投票制的情况下，甲投给自己提出的6个候选人每人的表决权不会多于20，远低于乙投给其提出的6个候选人每人80的表决权。此时甲不可能选出自己提名的董事。如果实行累积投票制，甲可以集中将他拥有的120个表决权投给自己提名的一名董事，而乙无论如何分配其总共拥有的480个表决权，也不可能使其提名的6个候选人每人的表决权多于80，更不可能多于120。这样，累积投票制的功能就在于保障中小股东有可能选出自己信任的董事或监事进入董事会或者监事会，因而中小股东也就能就企业各项政策有充分的发言权。同时，“累计投票制”也并不违背资本多数表决原则，因为各股东团体所选出的董事与其所持公司股份的比例是成正比关系的。因此，累积投票制对促进中小股东参与企业治理，并刺激其对企业的投资有积极的作用。累积投票制产生于美国依利诺斯州。该州法律在1870年规定了这一制度，之后，美国各州纷纷效此立法。最终，美国在《标准公司法》的第33条明确规定了累积投票制度。
新《公司法》第106条增加了股份有限公司可实行累积投票制的规定；“股东大会选举董事、监事，可以根据公司章程的规定或者股东大会的决议，实行累积投票制”。
3.3.2.2新《公司法》对股东代表诉讼的规定
股东的诉讼权在企业治理中扮演着重要的角色。从经济学的角度来说，股东诉讼的作用就在于，它使控制性股东考虑到对中小股东合法权益侵害的实际成本，而并不敢轻易的实施对中小股东的侵权行为。也就是说，对股东诉讼权的明确将起到对控制性股东侵权行为的威慑作用。
由于1993年我国的《公司法》中并没有关于股东诉讼的规定，而这也就在实践中影响了股东权利的维护。为维护中小股东的合法权益，保护其投资的积极性，增强其投资的信心。新《公司法》第152、153条在第150条规定的基础上，增加了股东可以提起诉讼的规定。
新《公司法》在明确股东提起代表诉讼权利的同时，还就股东具体的诉讼请求进行了规定，这些规定包括：1、请求确认控股股东的行为无效。2、公司经营出现僵局状态，请求解散公司。3、请求控股股东收购股权。总之，我国的新《公司法》实际上构造出了一种，将股东之间的利益冲突提交除企业董事会之外的第三方协调的治理机制。
3.3.3股东间利益冲突的第三方治理缺陷
3.3.3.1立法对中小股东利益保护的不足
在主要通过立法保护中小股东利益方面，我们必须承认我国与其它企业治理比较完善的国家的差距在进一步缩小。但是，通过立法保护中小股东利益本身仍然存在种种期待解决的问题。新制度经济学认为；一项新制度安排的有效供给受到多种因素的影响。而在这些因素中，实施新制度安排的成本是其中非常重要的内容。制度从潜在安排转变为现实安排必须考虑到其实施成本（监督、维持制度等的费用）的大小。现实中，一项好的制度安排可能会因为实施成本太高而无法推行。新制度经济学的这一理论说明对保护中小股东利益而言，除创设一项新的制度之外，还必须考虑到制度实施过程中的成本。2005年我国新《公司法》为了遏制大股东对中小股东利益的损害，引进了西方国家的立法例——股东代表诉讼制度。但是，从实践的运行来看，这项制度安排的实施成本又是极其高昂的。
首先，由于股东代表诉讼维护的是企业的经济利益。因此，法学界也将其归为民事财产案件范畴，根据我国《诉讼费用缴纳办法》关于财产案件诉讼费用的规定，股东代表诉讼应按照一般民事财产案件的标准收取案件受理费。但是，很多情况下，如果根据股东诉讼请求的金额或者价款按照比例分段累计交纳案件受理费，仅法院的诉讼费就将成为一个天文数字。而在单个小股东的支付能力有限，且其胜诉收益不确定的情况下，很多中小股东会因此而放弃起诉的权利。由于诉讼费的限制，中小股东甚至会在胜诉预期可能性很大的情况下，放弃起诉的权利。日本从1950年引进股东代表诉讼制度至1993年商法再度修改的近四十年间，实际起诉到法院的股东代表诉讼的案件极少。一个重要的原因是高额的案件受理费限制了股东代表诉讼权的行使。
其次，一方面，由于股东代表诉讼维护的是企业“法人”的经济利益；另一方面，作为有限理性“经济人”的中小股东可能产生滥诉行为。特别是在现实中，当涉及大股东赔偿的金额足够大，律师机构因此受到“强激励”又愿意以“风险代理”的形式介入到股东之间纠纷时，中小股东滥诉行为产生的概率也随之加大。因此，新《公司法》对股东代表诉讼制度还规定了其它严格的前置条件。这些前置条件主要包括以下内容：原告股东必须详细证明其已经努力请求董事会或者监事会采取必要措施，以及被告股东确实履行了侵害行为。也就是说，对于控股股东的侵权行为，原告股东只能首先请求企业法人的代表机构采取起诉救济措施。只有在企业法人代表机构拒绝或者漠视其请求时，原告股东才能代表企业法人向法院起诉。但是，这种规定也会因程序复杂、拖延诉讼，而造成对原告股东利益不可恢复的损害，进而也限制了股东代表诉讼制度本身的效率。
目前，在我国的司法实践中，由于新《公司法》第150条的规定，中小股东起诉上市公司的大股东事实上必须以证监会的行政处罚为前置条件。因此，实践中，既使中小股东的权益实际受到损害，如果没有证监会的行政处罚，中小股东直接起诉大股东将会非常困难。新《公司法》以上前置条件的规定一定程度上是为了防止中小股东滥诉行为的发生。但是，它又实质性的构成了对中小股东利益保护的障碍。
再者，由于中小股东提起股东代表诉讼虽然是以其个人的名义，但是，由于被告不当行为侵害的是企业法人的利益。原告股东的诉权是源于企业法人所具有的诉权，并不是基于其股权所有人地位，纯为自己利益而向企业法人或者他人提起的诉讼。因此，原告股东行使诉权胜诉产生的结果也就自然应归属于企业法人，而提起代表诉讼的股东个人也只能间接地享有胜诉的利益；而对原告股东败诉而言，其行为也就易被视为滥用股东代表诉讼，因此，原告股东也应承担相应的赔偿责任。股东代表诉讼的这种断案规则已经成为了目前各国公司法的通例。然而，这种胜诉成果归公司所有股东享有，而败诉成本仅由原告股东负担的规则又存在明显的制度缺陷。因为，这将促使其它未参加代表诉讼的股东严重的“搭便车”现象的产生，进而也就会严重挫伤了中小股东提起代表诉讼的积极性。虽然，目前各国的公司法规定了股东代表诉讼胜诉成果归于企业法人的同时，对原告股东进行补偿的制度。但是，从各国公司法的规定来看，只是要求企业法人应当支付原告股东“合理”的费用。而从各国的司法实践来看，这些所谓“合理”的费用又主要是指由原告实际垫付的诉讼费用和律师费用。
同时，众所周知，由于中国是个有着数千年封建文化传统的国家，中央集权政治下“官本位”的影响常常使“有法不依”的现象大量存在。而目前由于我国许多企业的控股股东本身就是国家股。这就使得实践中运用法律来保护中小股东利益更具复杂性。在前述的ST猴王股份案中，由于地方政府的暗中保护，最终使案件在判决之前，就已经使得ST猴王股份的资产已经被大股东转移，而债权人和中小股东赢了官司也无法得到有效执行。
而且，鉴于被告是公司内部实际控制人，一方面，实际控制人会采取诸多的恶意诉讼行为，来抑制小股东诉讼（邹碧华，2007）；另一方面，既使原告股东胜诉，被告仍然可以继续支配公司财产，并有可能以更为隐蔽的方式来侵害原告股东的利益。因此，从经济学收益成本的角度来看，无论是胜诉还是败诉，原告股东往往不易从股东代表诉讼中获得实质性收益。相反，原告股东还将独自承担因提起股东代表诉讼的风险。因此，股东提起代表诉讼的积极性仍将受到极大的遏制。