三、“国朝学术凡三变”：皮锡瑞与王国维的阶段论
现今学术界多以清初、乾嘉、晚清三段论清代学术，考其渊源，则与皮锡瑞、王国维二位先生之影响密不可分。
皮锡瑞《经学历史》第十部分《经学复盛时代》论曰：
国朝经学凡三变。国初，汉学方萌芽，皆以宋学为根柢，不分门户，各取所长，是为汉、宋兼采之学。乾隆以后，许、郑之学大明，治宋学者已鲜。说经皆主实证，不空谈义理。是为专门汉学。嘉、道以后，又由许、郑之学导源而上，《易》宗虞氏以求孟义，《书》宗伏生、欧阳、夏侯，《诗》宗鲁、齐、韩三家，《春秋》宗《公》、《穀》二传。汉十四博士今文说，自魏、晋沦亡千余年，至今日而复明。实能述伏、董之遗文，寻武、宣之绝轨。是为西汉今文之学。
皮锡瑞将清代学术以“国初”、“乾嘉”、“嘉道以后”为断限，并分别对应“汉宋兼采之学”、“专门汉学”与“西汉今文经学”。显然，皮锡瑞此处是以所谓“经学”为线索的，这也切合“经学历史”的题旨。皮锡瑞作为今文学家，颇具深刻的经世情怀，他倡言：
本汉人治经之法，求汉人致用之方，如《禹贡》治河、《洪范》察变之类，两汉人才之盛必有复见于今日者，何至疑圣经为无用以孔教为可废哉！
皮锡瑞之后，以三段论述清代学术者为王国维。
1920年，王国维在为沈曾植七十寿辰写的祝词中称：
我朝三百年间，学术三变：国初一变也，乾嘉一变也，道咸以降一变也。顺康之世，天造草昧，学者多胜国遗老，离丧乱之后，志在经世，故多为致用之学。求之经史，得其本原，一扫明代苟且破碎之习，而实学以兴。雍乾以后，纪纲既张，天下大定，士大夫得肆意稽古，不复视为经世之具，而经史小学专门之业兴焉。道咸以降，涂辙稍变，言经者及今文，考史者兼辽金元，治地理者逮四裔，务为前人所不为。虽承乾嘉专门之学，然亦逆睹世变，有国初诸老经世之志。故国初之学大，乾嘉之学精，道咸以降之学新。
王先生认为清初为“致用之学”，乾嘉为“专门之学”，晚清则“涂辙稍变”，“言经者及今文，考史者兼辽金元，治地理者逮四裔”。对这三个阶段的学术特点，王先生分别断之曰“大”、“精”、“新”。王国维又于有清一代的学者中专门推崇顾炎武、戴震、钱大昕：
窃于其间得开创者三人焉：曰崑山顾先生，曰休宁戴先生，曰嘉定钱先生。国初之学，创于亭林；乾嘉之学，创于东原、竹汀；道咸以降之学，乃二派之合而稍偏至者，其开创者仍当于二派中求之焉。盖尝论之，亭林之学，经世之学也，以经世为体，以经史为用。东原、竹汀之学，经史之学也，以经史为体，而其所得往往裨于经世。盖一为开国时之学，一为全盛时之学，其途术不同，亦时势使之然也。
王国维先生认为顾炎武是以经世为体、经史为用，戴震、钱大昕则是以经史为体，但“所得往往有裨益于经世。”他以“经史”和“经世”为线索思量清代学术，并注意把握“时势”，从影响学术发展的时代因缘来认识学术的流转，其述道咸以后之新学曰：
道咸以降学者，尚承乾嘉之风，然其时政治、风俗已渐变于昔，国势亦稍稍不振。士大夫有忧之而不知所出，乃或托于先秦、西汉之学，以图变革一切，然颇不循国初及乾嘉诸老为学成法。其所陈夫古者，不必尽如古人之真；而其所以切今者，亦未必适中当世之弊。其言可以情感，而不能尽以理究。如龚璱人、魏默深之俦，其学在道咸后虽不逮国初、乾嘉二派之盛，然为此二派之所不能摄，其逸而出此者，亦时势使之然也。
此处王国维认为晚清今文经学兴起的背景乃因“政治、风俗已渐变于昔”，士人出于忧世的心境而“托于先秦、西汉之学”，“以图变革一切”，同样，“亦时势使之然也。”
皮锡瑞、王国维二位先生的三阶段划分对于论清代学术史具有提纲挈领的功效。但事实上，清代学术绝不可能界限如此分明。从吴派到皖派是一个发展过程，而从乾嘉汉学到晚清的西汉今文经学实际上也是一个持续的过程。降至20世纪30年代，钱穆先生也指出了晚清今文经学与吴派有着极为深刻的联系：
庄氏为学，既不屑于考据，故不能如乾嘉之笃实，又不能效宋明先儒寻求义理于语言文字之表，而徒牵缀古经籍以为说，又往往比附以汉儒之迂怪，故其学乃有苏州惠氏好诞之风而益肆。
何氏“三科九旨”不见传文，而刘氏（按：此指刘逢禄）信之，则以家法师说之论为辨，此焦里堂所讥为“据守”之学也。常州公羊学之渊源于苏州惠氏家法之论，此等处最显。
遗憾的是，现今学者大多倾向以阶段论来论清代学术流变，对不同学术流派之间的内在联系缺乏精密考证。不过，此种风气当前略有改观，如北京师范大学史革新先生、中国社会科学院罗检秋先生关于晚清汉学问题的研究就打破了以往讲汉学讲到乾嘉即戛然而止的状况，而李细珠先生关于晚清经世之学传统资源的考察也旨在沟通道咸以降与乾嘉时期之历史。
四、“科学”说：梁启超与胡适的清学方法论
继章太炎、刘师培之后，清代学术史研究领域的又一位大师乃梁启超。
相对于章太炎、刘师培二人论学偏重考察外在政治因素的影响，梁启超论学更重视揭示社会思潮与学术的互动。在《清代学术概论》中，他写到：
今之恒言，曰“时代思潮”。此语最妙于形容。凡文化发展之国家，其国民于一时期中，因环境之变迁，与夫心理之感召，不期而思想之进路，同趋于一方向，于是相与呼应汹涌，如潮然。始焉其势甚微，几莫之觉；寝假而涨——涨——涨，而达于满度；过时焉则落，以渐至于衰熄。凡“思”非皆能成“潮”；能成“潮”者，则其“思”必有相当之价值，而又适合于其时代之要求者也。在后来写作《中国近三百年学术史》时，梁启超又将这段话引入，表明梁启超是很赞成这种主张的。这种对“时代思潮”的关注具备宏观的学术视野，有助于从整体上把握有清一代学术的真实内涵。
早在1904年，梁启超在《论中国学术思想变迁之大势》中的《近世之学术》中就写到：
本朝学者以实事求是为学鹄，颇有科学精神，而更辅以分业的组织，惜乎其用不广，而仅寄诸琐碎之考据。
梁启超认为清代学者治学的方法具有“科学精神”，而且是“分业”（即现代学科分类）的，故值得大力表彰。“科学精神”和“分业”正是国门洞开之初西方文化表现最显著的特点。梁启超的这一分析可谓抓住了西方学术的精髓。但是，这一时期，他的主要精力仍然侧重于追求政治上的变革，故对所谓清代之“科学精神”并无深入阐发。
在1920年写作《清代学术概论》时，正值“五四”新文化运动后“科学”与“民主”观念大为流行的时期。梁启超视清代为“中国之文艺复兴”，认为“考证学”具有“科学之精神”。他将“考证学”视为清代学术的“正统派”，并以考证学的发展为标准来梳理所谓“清学”的“生”、“住”、“异”、“灭”。在梁启超看来，清儒的治学方法即具“科学精神”，其言曰：
夫吾固屡言之矣，清儒之治学，纯用归纳法，纯用科学精神。此法此精神，果用何种程序始能表现耶？第一步，必先留心观察事物，觑出某点某点有应特别注意之价值；第二步，既注意于一事项，则凡与此事项同类者或相关者，皆罗列比较以研究；第三步，比较研究的结果，立出自己一种意见；第四步，根据此意见，更从正面、旁面、反面博求证据，证据备则为定说，遇有力之反证则弃之。凡今世一切科学之成立，皆循此步骤，而清考证家之每立一说，亦必循此步骤也。