李秀成军轻袭杭州，的确暂时解了天京之围。但是差不多整个江南的军队已鏖兵于杭州内外，杭城内外进行了一次空前的战争。而且李军的确攻入了杭州，三月廿八日，“贼众尽入，恣引屠戮，死者填路，人马不行”，惨状可见一斑！之后，当然是拉锯式的战争，富春江边的小城富阳战祸尤烈，清军与“长毛”交替往来，浙北战场首次战争相持了三个月，直到闰三月，太平军才撤出千秋关，入苏、皖境。
这，仅仅是两军相争的开始！未来的天堂之府、鱼米之乡，在两军的拉锯战中，更加凋敝！
《杭州府志》又载道：
“夏六月，洪秀全伪英王陈玉成旁掠临安。十七日破余杭，十九日至卖鱼桥。巡抚王有龄启武林门迎剿，权布政使杭嘉湖道麟趾率所部骤马而出。适张玉良遣总兵刘季三自石门入，后出贼后，贼遁去。督办军务瑞昌檄刘季三移军余杭。二十二日，季三拔余杭塘贼垒，薄东南门后，军自西路进，梯而上，复其城，乘胜略平青山贼垒。
贼援众大至，季三督兵冲击，团民齐出助战，贼众引却，保于临安，二十九日攻克之.，时富阳、新城、昌化、于潜诸逆踪所至者，皆为民团击败，贼还据广德、徽宁，自是千秋、昱岭诸关，如瓯脱之地矣。
秋七月二十五日，张玉良自嘉兴败还，李秀成率众入犯，焚掠长……（阙文），遣副将吴再升御之，贼退。
冬十月，洪秀全伪侍王李世贤遣其党自严州分掠新城、昌化、于潜，九日陷富阳，副将刘芳贵力战死之，刘季三亦阵亡。芳贵素骁健，兵疲于行，以败。贼陷于潜、临安，候选道苏镜蓉率所部台勇屯余杭，闻贼至，不战而溃，贼遂合众窥杭州。瑞昌、王有龄遣杰纯、吴再升等迎战于观音桥，贼绕古荡驻秦亭山，十四日分两队入犯。副将文瑞出击而败之。军功王应棠部西湖水勇及文瑞炮船勇登岸抄截，擒斩甚众。十五日，文瑞由保做塔袭贼垒，杰纯、吴再升等挥戈陷阵，斩黄衣贼二，贼侦知备御严，纵掠而去。十六日，麟趾率兵追至山墩，文瑞进攻余杭，贼由西北门遁，城遂复。十一月，贼至富阳江口结浮桥，副将贵庭芳等率炮船焚之。十二月，贼复入富阳，张玉良自桐庐引兵追击，贼游掠至界牌定乡，团长骆儒宗率众殪其前队，贼折还。复于江口编竹筏乘夜袭营，水陆各军夹击，败退。
（咸丰）十一年正月四日，玉良军薄城下，贵庭芳水师排炮助攻，七日鏖战，至暮尽毁西门贼垒，夜半守备包文举伏城中举火，诸军奋力梯城。贼出北门，奔窜走千秋关（《两浙庚辛纪略》：贼由桐富后山至余杭，十月十八日至留下。击之，退陷富阳、桐庐。）
二月十八日，嘉兴贼寇海宁，吴再升自石门溃走桥司，贼掠临平而去，再升遂扼临平，断桥以守，海宁西北境俱没。”
好好一个江南水乡，天堂首府顿时成了血流成河、尸堆成山的战场，整个浙江成为太平军与清军拉锯式的战争火海！至此，残酷的战争经历了一年之久！
后太平天国最优秀的将帅差不多全出动了。石达开掠过浙西南两年之后，太平天国历史上最伟大的天国将领便是忠王李秀成、英王陈玉成、侍王李世贤。太平军自咸丰十年二月攻占杭州，一千多名太平军入城，杀死督战的盐运使缪梓，首次占领了浙江首府，浙江巡抚、署布政使、杭嘉湖道、宁绍台道、署杭州知府等一批文武官员，或被杀，或自尽。清军方面也差不多出场了大批头面人物，除已阵亡的之外，浙江巡抚王有龄、总兵官文瑞、吴再升，浙江提督饶廷选、记名提督张玉良、布政使林福祥，以及后来的湘军头领左宗棠等等。李秀成、陈玉成、李世贤三军东征西讨，咸丰十年，在苏、皖、浙、赣大败清军，李秀成经略苏南、浙北，陈玉成攻拔浙北、皖北，李世贤亦与李秀成一起进取浙北与皖南、浙西，完全控制了苏浙皖膏腴之地，东线战场的主动权完全属于太平军……
大员东征，太平天国的西线也就更加薄弱，被湘军头目——老奸巨猾的曾国藩占尽了便宜，于是天国的皖北、皖南、安庆全线吃紧。咸丰十一年，安徽一带几乎全部落人湘军之手。当然，这时的西方列强英、法、德诸国不愿看到柔弱的中华帝国国土上再出现一个强大的新政权，他们只希望大清帝国永远软弱可欺，从而大获其利，他们积极支持清军反扑——
在咸丰十一年春，当安庆为清军收复后，苏浙赣战场已成为主战场，李世贤会合了从石达开处归来及原天地会等军，兵力不下十万人，成为太平天国最强有力的将领之一，四五月间，李世贤率军由江西玉山大举人浙，声势浩大，长躯直入，连克常山、江山、遂安、寿昌、遂昌、松阳、宣平、处州、缙云，击溃张玉良，过龙游、汤溪，进克金华府城，占武义、兰溪、永康，驻锡金华，建侍王府，兵锋指向诸暨，威胁绍兴、杭州，在浙东平原上与清军展开了殊死战。九月，李秀成军从湖北回师，在江西铅山与从广西归来的石达开旧部兵力二十万，连同原有兵力，号称七十万，大举入浙，再次在十月过兰溪北上，北趋杭州，经营浙北。整个浙江此时大部落入太平军手中。十月中旬，李秀成自统大军连克新城、临安、余杭，孤立省城。十月廿六日，李秀成自督部将谭绍光、郜永宽、陈炳文、邓光明、蔡元隆、童海容部围攻杭州。而清军将领饶廷选、林福祥从诸暨、张玉良部从富阳、文瑞从浦江败回杭州回援，闭门顽抗。杭州城乡又一次成为战火纷飞的大战场。
《杭州府志》又写道：
（成丰十二年）秋八月九日，李秀成伪主将童大路自分水窜昌化。
游击陈玉高率漳州兵御之，败没。十七日，贼由幽岭出余杭，与石门贼李世贤陷严州，据桐庐，下窥富阳。富阳团民扼桐岭以拒，贼不得入。九月十三日，李秀成自新城入临安，十八日再陷余杭。候补道胡元博请乘其未定击之，营务处委员甘应槐不可。李秀成唆江苏太仓贼蔡元隆攻海宁，嘉兴及苏州踞贼伪主将陈炳文、郜永宽等合围杭州。二十三日，贼游骑至山墩，王有龄巡哨，遇贼而返。二十四日，李世贤贼众自和尚店渡临浦陷萧山，焚西兴。二十五日，李秀成贼众出余杭塘，扑卖鱼桥营下，都司邱寿昌请援，遣副将刘长培分兵助之，夜半大雨如注，贼乘懈涉南岸，寿昌退至务桥。贼趋东乡获刈禾稻。二十六、七日，布政使林福祥、提督饶廷选先自诸暨引军还，以廷选总统城守，令福祥率所部定武军三千人，连军望江门外卫江路。冬十月朔，贼自孤山趋南屏，乍浦。副都统杰纯率西湖水军断玉带桥，以炮船前后击之，贼走九里松，出朱桥，入平江堡。二日，童大路自清泰门突至罗木营，林福祥营垒不成。副将杨金榜、参将杨振声率振威、威武两军，屯馒头山，金榜督军出击，振声不能守。陈炳文自凤凰山扑之，营陷，大路、炳文夹击金榜，金榜军溃，自颈，贼复惨戕而死。时饶廷选率所部两千人阵于万松岭，见贼帜，仓皇入城。总兵继兴遣守备林寿春乘夜夺馒头山，焚山下伪天燕营垒，军无继者，乃还。五日，张玉良至自富阳，总兵文瑞踵至，力攻罗本营，自辰至酉，鏖战六时，贼退舍，文瑞整众入。玉良副将况文榜，赉书有龄，移军城外，联络为垒，备芦棚稿席栖兵士，饶廷选期以明日。贼一夜增垒数十所，内外遂绝。有龄初恶玉良，至是始怯廷选。贼于凤山、清波门掘地道。有龄治内壕设瓮听以防之，贼发药，城为不摧，技无所施，乃自凤凰山环木栅为长围。张玉良屯江岸逼潮汐，祷于海神，营始立，屡出锐，攻贼垒，贵廷芳率炮船昼夜轰击，弗克。十九日，玉良中炮断颈卒，城中夺气。二十五日，林寿春攻罗本营，令文瑞助之。是夜寿春填壕进入，文瑞军不至，寿春战没。次日，文瑞请独出，城中火猝起，有龄惧，遽收军。贼掠因上湖心亭，王应棠水军奔溃，瑞昌病不能军，杰纯欲出战，杭州副都统关福持不发兵。十一月，城中粮尽，胡元博集钱十余万，无米可购。饥民食草木皮革，皆罄，或割死者肉以食。四日有龄作大鹞以机发药，将焚贼垒，又为刚柔牌，皆备而不用。五日，闽军请攻罗本营，饶廷选阻止，迟明始交绥。七日兵米亦尽，碾义仓谷，杂豆麦以济。九日，童大路遣贼洽降，林福祥部给黄金两百，军火号衣翎顶若干，约四鼓献海潮寺，至期往，贼伏以待，我军伤亡大半，失护城垒三。贼薄候潮门，适凤山门空心台炮裂崩，贼烽拥而上。副将曾得胜营台侧捷出死斗，城上兵应之，贼始退。是日，武林、钱塘、清波门外各营皆降贼。十日，饶廷选令括民间米谷，林福祥部兵乘机攫民财。十三日，定武军校徐兆鳌通贼，磔以徇。十四日，杀战马及放生园牛马羊鹿豕饷士卒，有龄自食糠核，林福祥以下家人或食粥，军士日剽掠，城中大乱。有龄擒斩数人，势稍定。城之初围也，民间簟食壶浆以供城上，刍茭桢干，踊跃备应，至是阖户自戒，路无人迹矣。有龄遣富商胡光墉于宁波购米两万石，募海艘载入鳖子叠。十五日，泊三郎庙，湖州赵炳麟由上海以轮船运米至，遇飓风皆不得通。时贼粮亦罄，李秀成欲还苏度岁，陈炳文调之虚实不去。二十七日，贼毁涌金门水营，升用县冯飒珩死之。二十八日壬子，守城军各溃散，贼于巳刻梯城入，遂陷。有龄、文瑞、麟趾、胡元博、学政张锡庚、按察使宁曾、纶粮道暹福、道员彭斯举、朱琦仁、知县吴保丰皆死之。盐运使庄焕文突围出，死于武林门。继兴夺路至富阳，富阳亦陷，死之。贼结筏攻贵廷芳炮船，廷劳奔黄道关，况文榜亦走。……杭州既陷，官吏自饶廷选、林福祥以下五六百员，无一得出，居民六十余万，半已饿死，时严冬被驱出城，冻死江干及杀死者不可胜计……。有龄先草遗表，令壮士缒城出，又为书遗李秀成，戒勿屠戮。秀成入城，以礼殓有龄、张锡庚、文瑞，付林福祥及杭、嘉、湖道刘齐昂送上海，江苏巡抚薛焕为之成礼，面皆如生。十二月朔，满城亦陷，瑞昌纵火自焚，杰纯力战死之，合城皆殉。是日，蔡元隆急攻海宁，总兵吴荩臣死之，副将张威邦说元隆且缓师，三日威邦航海走。元隆视城上有悬镫，遂入，各营堡尽溃，惟武林港口一垒恃湖州援，最后散。富阳大源庄、昌化十二都凭山险阻，迟迟始散。
战争是冷酷无情的，太平天国的将士与大清帝国的官兵的浙江之役，无论其战争的性质如何，一个要保卫垂垂危急的天京，一个要保卫日落西山的大清帝国，两败俱伤，我们姑且不置评论，但战争的危害破坏之大，是浙江历史上所没有过的。即使是蒙古帝国毁灭南宋小朝廷，也无此惨烈。战争是烈火，战争是洪水，战争使浙江蒙受了有史以来最残酷的灾难。以至于四十多年之后，郁达夫路过古战场，其心境还是异常沉重！
红羊劫后几经秋，
沙草牛羊各带愁，
独倚车窗看古垒，
太平天国将士与清军兵勇在苏、浙的战役前后长达十余年，经历了那血与火洗礼后的几代人谁能忘记那可怕的一幕呢？如今的江南农村，无论是江浙皖赣年长的父老，在这轰轰烈烈的战争过去了一百四十年风风雨雨，至今犹觉心惊！其实，在杭州处于毁灭性的破城之时，官兵搜刮乱民程度比太平天国将士的破坏残酷十倍！而在这围攻省城的同时，太平军势如破竹，从富阳渡过富春江，上临浦、克萧山、攻入绍兴。
又乘胜前进，在咸丰十一年的九月中连克嵊县、新昌、奉化、上虞、余姚、镇海。从李世贤军五月人浙算起，清政府在浙江的统治，仅剩下杭州、湖州、宁波、衢州等几座空城和温台两地。而十一月，别路太平军更是连克宁波、台州、温州，到农历十一月底，李秀成军一举攻占杭州，十一月太平军便攻克湖州。整个浙江在咸丰十一年的最后日子里全部纳人太平天国的版图。
战争是严酷的。清政府，百足之虫，死而不僵。而太平军到处受到百姓的响应，军队发展壮大。两军对垒，逐城逐乡逐村展开拉锯式的战斗，而此时的民户与道光时相比，整个浙江严重减损，战争毕竟是真正的绞肉机啊！
纵览战后浙江各地官修的府志、县志，整个浙江又有哪儿没有这个时期这种惊心动魄、震动每一个民众的大事呢？即使是边远的海角天涯、渔村海岛、偏僻穷乡山村，太平军几乎都到了，而且自第二次入浙开始，一住就是三年！
当太平军大军人浙的时候，而太平天国的主战场——西线却全面吃紧，处于崩溃状态，曾国藩的湘军加紧部署、推进，由皖南、苏南、浙西三路围攻天京。太平军所受军事压力日增，并且不得不分兵抵抗：忠王李秀成主持苏南、浙北方面，辅王杨辅清主持皖南方面，而侍王李世贤主持浙西、浙东方面。
到了同治元年初，太平军浙江的军事已全线吃紧，清军与“长毛”攻守互势。太平军的东战场上，也因外国势力的洋人洋枪介入战争，形势起了很大的变化。其实，西线面临崩溃，太平天国东线却由于暂时的胜利，内部进一步分裂，还有，随着太平军队伍的迅速扩大，一些帮会出身的花旗军已经没有早期太平军那样纪律严明，使义军内部产生了不可救药的内伤——