左宗棠一眼就看穿了竹枝词的背后玄机，一个是商业税问题，一个是楚军嫡系问题，吴棠把矛头对准的是船政，真正的目标是自己。吴棠利用专案调查之权，宣布降低商业税的征收比例，这让做生意的人很是开心，大多称颂吴棠爱民。左宗棠嘲笑吴棠这是沽名钓誉，表面看是降低商人税赋，实质上是为了恢复陋规，以便征收名目繁多的杂税。
商业税的征收事关船政的经费和左宗棠北上剿匪的军饷，吴棠降低征收标准，势必造成船政跟军饷资金链紧张。现在摆在左宗棠面前的一个难题是，如果造船，北上剿匪难保成功；如果确保剿匪军饷，那么船政的五年之约难以实现，那可是左宗棠当年给北京朝廷立下了军令状的。左宗棠劝告夏献纶，商业税背后涉及吴棠对船政核心利益的争夺，就是要逼迫自己放弃对船政的控制，所以吴棠轻易不会放弃关于商业税征收的主张。
夏献纶现在进退两难，身为福建代理财政厅厅长，商业税的征收若听命于吴棠，就会让左宗棠陷入两难之中。左宗棠在第二封信中跟夏献纶说，福州的兵制、财政问题都在朝廷备案，现在吴棠搞的税改事关船政，他想改，就需要上奏北京。在吴棠税改方案还没有得到朝廷批准之前，身为财政厅厅长的夏献纶不要跟吴棠激烈争执，否则会激怒他，他会走北京的门路，让税改成为事实。[42]
左宗棠给夏献纶出了一招，长官有错，下属不能不说，否则就未能勤勉尽责，所以夏献纶应该向吴棠详细说清楚各项原委，建议吴棠去详细阅读原委成案。当然，如果吴棠执意我行我素，不问青红皂白，左宗棠建议夏献纶在那个时候一定要据理力争，不能坐视沈葆桢一手经营的船政伟业被破坏。[43]
这时，被调查的主角儿周开锡不想干了，他给左宗棠写了一封信，倾诉自己心中的委屈跟苦闷。左宗棠在给周开锡的回信中说，自己跟吴棠没有什么交情，不知道这个人的深浅，当初收复杭州的时候，自己在胡雪岩分管的粮道看过吴棠的公文，从公文中可以窥见吴棠的庸鄙。[44]
面对船政伟业，左宗棠依然劝慰周开锡要和悦而铮，如果实在理解不了，那就洁身而去。[45]
面对闽浙地界不可动摇的楚军帮，吴棠明白不彻底将左宗棠的人给搞出局，自己就难以掌控船政。左宗棠面对老部下欲纷纷离开福州的局面，长叹一声：“平生志事，百无一就，一腔热血，尽付东流。”左宗棠在给夏献纶与周开锡的信函中忧愤感叹：“近日封疆之吏，将帅之选，多不惬人意，而时事则日棘一日，深为可忧耳！”
左宗棠的无奈
想当年，作为曾国藩府邸四大布衣幕僚之一的周开锡，现如今成为震惊大清帝国的竹枝词大案主角。尽管左宗棠千里传书对其劝慰，可负责调查的吴棠明知竹枝词乃诬蔑之词，仍对周开锡的桃色绯闻大搞恶搞。一腔热血报效无门，周开锡心灰意冷。
吴棠利用专案调查之权，将整个福州官场闹翻了天，左宗棠留在船局的人才被隔离的隔离、审查的审查。远在杭州的胡雪岩本来要去福州，一听新到的闽浙总督吴棠在福州的霹雳手段，便写信给沈葆桢，说自己不想在船厂干了。尽管沈葆桢一再写信让他到福州，胡雪岩就是拖着不去。吴棠拿下周开锡、叶文澜等人后，还没有罢手的迹象。
沈葆桢守制期间，左宗棠三顾茅庐，将沈葆桢所有的担心都给化解了，甚至同意所有船政事务，两人都要联名会奏。现在日意格他们带着一帮法国技术人才到了福州，船政的官员却不断遭遇清洗。沈葆桢无法向法国人解释帝国官场潜规则，只能给左宗棠写信，希望手握十万大军的左宗棠能够向北京反映，遏制住福州船政的局势，否则船政伟业将尽毁吴棠之手。
面对吴棠的步步紧逼，左宗棠也是一筹莫展。左宗棠在给曾国荃的信中抱怨说，吴棠到福州改弦易辙，让周开锡等一干人马都不想干了，不少提督、镇总兵、知府等人都写信，要跟自己一同西征，西征大军行至潼关，已经有四五人北上。左宗棠西征的粮饷取于闽浙，所以在给曾国荃的信中很无奈地说，自己对吴棠不得不委婉。
左宗棠在信中感谢曾国荃经常写信安慰自己，左宗棠感叹，国家时局越来越危险，打仗的日子一长，民力、物力都不能支撑，加之官场钩心斗角，大清帝国已经暮气沉沉了。每当夜深人静，华灯初上的时候，自己一个人独坐深思，总是汗流浃背，百忧交集。[46]
军饷来自于闽浙，左宗棠在跟吴棠的较量中只能隐忍，但是他没有停止跟沈葆桢联手反击。左宗棠跟沈葆桢商议，让沈葆桢以船政工作需要为由，向皇帝提出让周开锡继续留在船政效力。在给沈葆桢的信函中，左宗棠痛批福州官场喜欢造谣，挟持长官，这一次竹枝词案根本就是没有证据的诬蔑，如果从轻了结的话，以后这一类谣言就会更多，甚至会影响到船政大业。
沈葆桢立即给同治皇帝写了一份奏折，控诉吴棠假总理衙门的公信，意欲克扣船政经费，明知周开锡被诬陷，仍然下令让周开锡继续休假。沈葆桢在奏折中说，以日意格为首的洋人都尽心做事，帝国的官员却在相互争斗，自己身为船政大臣，个人生死不足为虑，但事关国家命运，恳请朝廷留下以周开锡为首的船政干才。[47]
奏留周开锡，那就一定要将周开锡身上的桃色案化解。沈葆桢决定另辟蹊径，单独就李庆霖送婢女一事向同治皇帝汇报。沈葆桢在给皇帝的奏折中强调，李庆霖在左宗棠离开福州之前，尽管做过马尾船厂的选地工作，可是之后就去了延平担任知府，直到左宗棠离开福州后，英桂跟周开锡才向朝廷奏请李庆霖到船政工作。延平府地方安静，李庆霖没必要卷入船政的旋涡，所以他不会笼络周开锡、英桂等官员。
沈葆桢在竹枝词案爆发后，专门问讯了李庆霖，李庆霖跟沈葆桢说，吴棠审问自己的时候，根本就没有问及船政之事，就勒令李庆霖回原籍。沈葆桢给皇帝的奏折中强调，李庆霖在福州并没有劣迹，如果这一次带着冤屈离去，以后还有谁敢在船政做事？[48]
周开锡案的关键在李庆霖送婢女环节，沈葆桢向皇帝提出了李庆霖并未笼络周开锡，那么就不存在送婢女的贿赂行为。沈葆桢在给同治皇帝的奏折中还强调，周开锡、李庆霖两人的案件有冤情，吴棠视若无睹。而叶文澜案更是彻头彻尾的闹剧，希望朝廷能够秉公审理，给叶文澜一个公道。
流痞铁匠撒欢马尾船厂
竹枝词案真相大白
西风烈，悍匪千里掠。
突然，北京城密旨送抵左宗棠营帐。左宗棠看完皇帝的圣旨，脸上露出了灿烂的笑容，这真是一个天赐良机。《北京条约》签订的时候，英法两国约定十年后修订合约，北京朝廷决定提前让督抚臣僚出出主意，为两三年后的修约做准备。左宗棠决定抓住这个机会绝地反击，向同治皇帝写了一封悲愤交加的奏折。
左宗棠在奏折中说，中外通商主要在南北洋两大臣之手，由总理衙门总揽全局，自己只在闽浙跟海口领事、税务司有过交涉。而在西征后，距离闽浙太远，加之新上任的总督吴棠，“务求反臣所为，专听劣员怂恿”，这导致凡是自己引进的人才，所用的将校，无不纷纷要求离开福州。左宗棠在奏折中强调，船政乃大清帝国千秋之伟业，是唯一能跟列强在海上抗衡的通途，皇帝既然已经交由沈葆桢专事操办，船政的管理应该也由沈葆桢筹划。[49]
左宗棠当然也对修约一事提出了自己的意见，但他着重强调的还是竹枝词一案。此时的慈禧太后已经跟恭亲王奕关系变得紧张，吴棠作为奕一党，在福州官场只手遮天，自然让慈禧太后担心。加之左宗棠现在正带领十万大军转战西北围剿捻军，福州竹枝词案若不公正处理，何以安抚左宗棠？
慈禧太后给军机处的命令是，在左宗棠的奏折上写了一个“留”字。身为军机大臣的奕自然明白慈禧太后的用意，这是暗示军机处，一定要尽快调查清楚竹枝词案，平息福州官场争斗案，让福州船政恢复正常。北京城的消息很快传到了福州城，吴棠深感情况不妙，只得主动找到英桂，要将竹枝词案快速了结。
1867年7月13日，竹枝词案真相大白。
这一天，同治皇帝向内阁发布了一道上谕，说无论是商业税、制造轮船，还是调员到福州，左宗棠都向北京进行了汇报，调到福州的官员也并非完全是楚军嫡系。“周开锡所买师姓之婢，并非知府李庆霖所送；同知沈应奎，并未为周开锡安顿已出之妾。英桂因兼署督篆，不能再兼巡抚，奏请以周开锡接护抚篆，并非李庆霖等代为恳求。周开锡、夏献纶现无亲兵随从。”
同治皇帝在上谕中强调，调查结论毋庸置疑。对于丁杰所呈竹枝词，英桂跟吴棠的调查结论是，系不知姓名人投入轿中。丁杰身为按察使衔的候补官员，对处理匿名控告的规矩是知道的，按照《大清律》的规定，竹枝词这一类的文件应该销毁，而不是一层层上交。因此要“将丁杰交部议处，并饬令回籍听候部议”。[50]
左宗棠最关心的是竹枝词案的幕后黑手，同治皇帝说道：“左宗棠前在闽省办理军需、厘捐等事，均系地方要务，岂可任令无知之人信口雌黄！所有编造竹枝词之人，仍着英桂等严拏究办，以儆刁顽。”闽浙总督吴棠在同治皇帝公布竹枝词案调查结果后，很快调任四川总督。左宗棠留下的船政人才，纷纷回到沈葆桢的身边。
不过，一场更为猛烈的风暴正向福州船政以及沈葆桢席卷而来。
船政风波
1868年1月18日，马尾船厂旌旗猎猎。
船政大臣沈葆桢朝服冠带，在欢快的鼓乐声中，走向妈祖牌位。沈葆桢身后紧跟着船政监督日意格、副监督德克碑、总工程师达士博。法国人西装革履，在一帮身着朝服的帝国官员中，显得极为扎眼。沈葆桢手握三支巨大的佛香，跪在妈祖牌位下，希望这位海上神灵能够保佑马尾船厂。
焚香祈祷的高潮是龙骨上船台。在达士博的调度指挥下，沈葆桢与船政提调周开锡、布政使夏献纶等一干官员，将第一号轮船的第一截龙骨捧上马尾船厂的第一座船台。当龙骨上台安稳的时候，整个船厂“闻者皆欢声雷动，手舞足蹈”，这为大清帝国现代造船史书写了浓墨重彩的一笔。[51]
从马尾船厂传来的消息，令远在上海滩的赫德坐立不安，日意格跟德克碑两位左宗棠的马仔，到了沈葆桢手里依然是忠心耿耿，一旦让马尾船厂造出了轮船，英国人的生意就没有了。赫德再次想到了美理登，这位法国人上次造谣失败后，还在觊觎福州船政的监督之位，现在马尾船厂第一号轮船已经开工，美理登岂能放过眼前的机会？
美理登对上次的造谣事件丝毫没有悔过之意，反而对日意格心生怨恨，在赫德的一番撺掇之下，他决定要让日意格在福州船政不得安宁。美理登学会了赫德教导的离间招术，决定从脑子愚蠢的人入手。很快，一位叫博士巴的法国人进入美理登的视线，博士巴在第二次鸦片战争时期来到中国，是法国侵华陆军中一名随军铁匠，没什么文化。
博士巴脑子不灵光，可是骨子里瞧不起中国人，经常以大师父自居，他忘记了中国的铁器已有上千年历史。博士巴在船厂名声不太好，跟工友们关系很紧张。他的上司博士芒也是一位法国人，对这位随军铁匠很是头疼。美理登经常以战友聚会的名义，跟博士巴喝小酒，酒过三巡菜过五味，他总会夸赞博士巴铁匠技术一流，为其屈居博士芒之下感到愤愤不平。
美理登每次愤愤然的时候，总是搂着博士巴的肩膀，搞得博士巴有一种浪子回家的感觉，鼻涕一把泪一把后，就捶胸顿足，拍桌子摔碗的。时间一长，博士巴真将自己当成一人物，在工厂里脾气越来越大，博士芒身为工头，不得不出面管理，博士巴一肚子的火立刻倾倒在博士芒身上。辱骂之声不绝于耳，搞得工厂里面鸡飞狗跳。
博士芒难以管束博士巴，这件事就闹到了船政总工程师达士博那里。达士博对日意格跟德克碑很是不满意，因为这两位虽是行伍出身，实则就是两个兵痞，尽管他们一直在法国海军混日子，可对造船一窍不通。只因傍上了中国的左宗棠跟法国海军部，就一下子成了大清帝国的一方大吏。更让达士博介怀的是日意格在法国期间的承诺。
日意格当时领着法国海军部的密令到处招人，跟达士博谈判的条件就是，只要有副监督离开福州船政，达士博就立即上位。
日意格跟德克碑的关系表面平静，但德克碑一直对日意格抢夺了自己的监督之位耿耿于怀。达士博对迟迟没有副监督离开心里不快，自然对日意格心生怨恨，博士巴辱骂工头博士芒是一个绝佳的机会。身为总工程师的达士博装聋作哑，分管的副监督德克碑也充耳不闻，以至于博士巴得寸进尺，搞得此事在整个船政都传得沸沸扬扬。日意格不好跟沈葆桢交差，只有批评达士博，两人关系越发紧张。
德克碑很快就了解到一个让他气极败坏的消息，那就是达士博消极管理的背后，是日意格在法国跟达士博有承诺。现在大清帝国方面派出的官员，日意格是不能动的，达士博唯一能够补上副监督空缺的机会，只有德克碑走了才可能。德克碑到中国后一直在军队里面混，早年跟左宗棠合作的时候，左宗棠就要让他滚回老家，这家伙鼻涕一把泪一把向左宗棠哭诉，最后夹着尾巴做人，才博得了左宗棠的信任。堂堂将军做了副监督，倍感窝囊的德克碑决定给日意格来个火上浇油。