新教的很多派别
16世纪出现的新教主要派别有路德教、安立甘教与加尔文教，但还有其他教派。比如，瑞士与荷兰出现了门诺·西蒙斯的信徒，称作门诺派；在英国，浸礼会与贵格会（公谊会）不久便知名了。门诺派信徒与贵格会信徒坚定反战立场。浸礼会信徒由于采用浸水洗礼而得名。一般说来，他们都追随加尔文的教义。
四、天主教会的改革
新教在欧洲诸国兴起时，天主教会正进行着一场变革。与德国、瑞士和斯堪的纳维亚一样，意大利、奥地利、法国与西班牙也都经历了宗教骚乱，但最终仅废除了部分弊政，没有进行激烈的反抗或彻底的分裂。
特兰托会议
在16世纪后半期，连续出现了几位耿直且具有远见的教皇，他们极大地改进教会管理，提升了教士们的道德水准。举行了全体宗教会议——特兰托会议，并延续了18年（1545-1563）。特兰托会议对天主教教义做出了合理、到位的阐述，对财务与教育事务进行了良性变革，对教会的祈祷书进行了修订，同时出版了新版的拉丁文圣经通俗本，制定了禁止天主教徒阅读的危险与异端的《禁书目录》。背叛信仰会遭受教会法庭也就是异端裁判所的惩处，特别是在西班牙与意大利，异端裁判所的活动正进行得如火如荼。
伊格纳修斯·罗耀拉
天主教教会内部变革的主要力量之一就是新的宗教教团——耶稣会，它的成员常常被称作耶稣会士。耶稣会由伊格纳修斯·罗耀拉于1534年创建。伊格纳修斯曾经是一个西班牙兵士，在医院疗伤的时候偶然读到基督生平与一些圣徒的传记。据他所说，这次阅读引发了他内心极大的变化，让他下决心要从此由一名世俗国王的兵士变为一名基督与教会的骑士，为了上帝更多的光荣而战。
耶稣会士的工作
16世纪，耶稣会士立刻在宗教冲突中活跃起来。首先，他们创设了很多学校与学院，他们的博学与修养让天主教教士再次获得了人们高度尊重。身为传道者，他们的宣道与训诫简要清楚，因而得到教徒高度的敬仰。
耶稣会
耶稣会士在教会领域做出了突出的成果。主要凭借他们的力量，波兰在差点改信新教后重新改变了过来。相似的，在巴伐利亚与比利时间，他们保留了天主教；在捷克与匈牙利，他们保护了大量天主教信徒；在英国，他们时常冒着生命危险去帮助天主教教友；在北欧，天主教教会所流失的信徒，通过在中国、印度，还有美洲印第安人之间与巴西和巴拉圭的野蛮人之间的传教活动，获得了补偿。
在印度、中国与美洲的天主教教会里，圣方济各会修士与多明我会修士也非常活跃，但以耶稣会的修士最为突出。
教皇和国王签订的宗教协议
为了在西班牙、葡萄牙、法国、意大利与奥地利维持住天主教，教皇与这些国家的统治者签订了“宗教协议”，规定在教会事宜方面授予统治者一些特权。这自然有利于让教会附属于国王的趋势。直到19世纪与20世纪，经历了激烈的政治革命与社会革命之后，天主教会才再次获得了16世纪时因为这些协定所丧失的大部分自由。
五、不宽容与宗教战争
不宽容现象的爆发
在16世纪，欧洲宗教分裂的一个直接与最不幸的结果便是宗教方面的不宽容。这种不宽容表现在宗教残害与宗教战争方面，是每个西欧国家的统治者，无论是信仰天主教还是信仰新教，都相信传统观点：政治的统一在很大程度上依赖宗教的统一，所以每个国家都应该运用权力迫使它的全部公民，尤其是基督徒公民遵照唯一的官方信仰。
菲利普二世的政策
西班牙、葡萄牙与意大利的国王迫使人们仍要信仰天主教，否则就会遭到异端裁判所的处决或者监禁。西班牙国王菲利普二世是最狂热的天主教教会支持者，他想尽种种办法来确保自己的信仰不仅在本国还要在其他地方获得胜利。他清除了西班牙的新教，处决了上千名异教徒。他只准许天主教徒迁移到美洲西属殖民地，为了维持他们的信仰，他向新世界的异端裁判所求助。
在法国天主教徒和胡格诺派信徒（法国新教徒）的争斗中，菲利普给法国天主教徒提供军事帮助。在神圣罗马皇帝意图推翻路德教徒与加尔文教徒的时候，他派遣军队前往德国支持他们。他和英国女王玛丽·都铎结婚，想要趁此机会让英国信仰天主教。后来在玛丽的继承者伊丽莎白登位再建新教的时候，菲利普派出了大队无敌战舰进攻英国（1588年），想要凭借武力推行自己的信仰。由于英国水兵的勇猛和风暴的猛烈，无敌舰队被赶走并被击败了。
菲利普身为尼德兰的统治者，却一定要应对该信加尔文教的大多数荷兰人的坚决反抗，最终引发了一场可怕的战争。结果于1648年，菲利普去世之后的50年，荷兰被认可为一个独立的国家。
德国的宗教战争
神圣罗马皇帝与大部分选帝侯依然信仰天主教，但很多王侯却成为了路德教徒，还有的成了加尔文教徒。新教的王侯们残害天主教的臣民，天主教的王侯们则残害新教的臣民，新教王侯们还和天主教的皇帝交战。这说明，1555年签订的奥格斯堡和约并不是高明的解决办法，每位王侯都有权让他的臣民信仰自己所信奉的教派，并不是明智的决定。
三十年战争
在1618年，德国的天主教徒与新教徒间的战争又一次爆发了。它持续了三十年，所以被称作三十年战争。这场战争既是宗教战争，也是政治与经济的战争。它好像烈火般蔓延开来，变成了一场国际战争，是史上最残酷、最具毁灭性的战争之一。
战争刚开始的时候，只是波希米亚（捷克）的加尔文教贵族的革命。皇帝的军队击败了加尔文教徒，但战争不久便蔓延得更广。德国北部路德教的王侯们在丹麦国王的帮助之下，联合起来反抗皇帝与忠于他的天主教诸王侯。皇帝的军队再一次获胜了，可是战争又由另一位信奉路德教的国王——瑞典的古斯塔夫·阿道夫重挑起来了。
令人惊讶的是，古斯塔夫由一个信仰天主教的国家——法国，提供武器与金钱上的帮助。国王们对领土的贪婪超过了对宗教的热诚。古斯塔夫在1632年的战争中被杀之后，法国参加了信仰新教的德国、瑞典与荷兰一方，来反抗皇帝与他的同盟者西班牙国王。法国纯出于政治上的目的，想削弱与它对抗的敌国西班牙与奥地利，以巩固自身。
威斯特伐利亚和约
法国的获胜最终迫使皇帝谈和。于1648年结束战争的诸项条款被统称作威斯特伐利亚和约。法国得到了阿尔萨斯，可是斯特拉斯堡除外；瑞典获得了两块德国领土；勃兰登堡吞并了波美拉尼亚东部与之前归属于天主教主教的一些省份；荷兰与瑞士取得了独立。帝国中的每一个德意志邦都可以不经皇帝答应而自主宣战与议和。有关宗教方面，加尔文教徒得到了和路德教徒与天主教徒同样的地位，但凡是在1624年之前所得到的教会财产也都不需退还。
英国宗教方面的不宽容
不列颠群岛一样遭到了宗教不宽容的折磨。亨利八世力争创建并维持住一个分裂的、走中间道路的安立甘教会，还烧死了路德教徒，以及屠戮了天主教徒。玛丽·都铎则力争恢复天主教，残害与烧死了安立甘教徒与加尔文教徒。伊丽莎白与自己信奉安立甘教的继承者制定了严苛的法令来反抗天主教，还处决了很多天主教徒，同时还给不信仰安立甘教的新教诸派，比如浸礼会、贵格会与长老会的信徒们带去很多烦扰。
17世纪，为了躲避在英国所遭的残害，清教徒来到了今天美国的普利茅斯，天主教徒则到了马里兰。这个世纪中期，英国的加尔文教徒进入了激烈内战的最前线，这场内战持续至1649年，因国王查理一世的被处决而达至顶点。可是在加尔文教徒掌权的时候，他们对天主教徒的残害要比对安立甘教徒更加严酷。
火与剑
在斯堪的纳维亚，丹麦与瑞典的路德教国王们用火与剑来清除天主教。波兰与匈牙利的天主教国王们采用相同的手段来对付新教徒。苏格兰的加尔文教贵族起来武装对抗天主教徒女王玛丽·斯图亚特，还废掉了她。玛丽逃到英格兰，最终于1587年被安立甘教的英格兰女王伊丽莎白处决了。
法国与南特敕令
16世纪的大多数时间，法国都被宗教战争所困扰着。在1572年，上千胡格诺派信徒在圣巴托罗缪之日被屠戮，达到了残酷的顶点。在1598年，一位伟大又开明的国王亨利四世，颁布了有名的南特敕令，停止了法国的宗教战争。敕令授予胡格诺派信徒公民权利与宗教方面的宽容。如此，法国变成了首个证明宗教差异与民族统一能够并存的国家。随之而来的是近一个世纪的和平与繁荣；可是，在1685年，另一位伟大的法王路易十四，就没那么开明和宽容了，他废除了南特敕令。所以法国再次遭到了残害与迁徙的折磨。
宗教宽容的缓慢发展
在16世纪，基督教教会分裂的直接影响就是加重了宗教方面的不宽容，引发了无数次的宗教战争。可是，归根结底，这种分裂还是起到了表明基督徒间要采取较宽容的态度的作用。渐渐的，还证明了容忍与仁爱是有可能的。可是这需要很长一段时间。
新近的发展
直至现代——真正是当代，宗教宽容原则才获得胜利，宗教战争才能够停止。如今普遍公认宗教属于个人自由自愿的事情，宗教宽容被当作是人类思想与世界进步的巨大收获之一。
六、基督徒的三大团体
在16世纪的新教起义之前很长时间，基督教已经存在了大分裂，也就是东方的正教与西方的天主教间的分裂。16世纪，西方天主教又分成两部分或者两个团体，一个还叫天主教，另一个叫新教。从此，三种形式的基督教同时存在——天主教、新教与正教。
天主教地区
新教起义之后，天主教主要限于意大利、西班牙、葡萄牙、法国、南尼德兰（比利时）、瑞士山林区、德国南部、爱尔兰、波兰、立陶宛、捷克、大部分匈牙利、南斯拉夫北部、南美、中美、墨西哥、大部分西印度群岛、魁北克与菲律宾群岛。
新教地区
新教成立于德国北部与中部、斯堪的纳维亚、芬兰、爱沙尼亚、拉脱维亚、北尼德兰（荷兰）、大部分瑞士、苏格兰、英国、美国、大部分加拿大、南非与澳大利亚。
这些地区存在许多交错的地方。比如，在法国、爱尔兰、匈牙利与捷克存在少部分新教徒；在德国、波罗的海各国、荷兰、美国与英帝国诸地都仍残留着少部分天主教徒，并且人数还有所增加。可是一般来说，北欧成为新教时，南欧、中欧还是天主教。
正教地区
同时，东欧——俄国、罗马尼亚、巴尔干地区与希腊还属于正教地区，尽管其中一些地区在很久之内受到穆斯林土耳其人统治；它的另一些地区——俄国，仍有一些异端派别在发展。
基督教的共同点
天主教、新教与正教诸国还存在很多相同的地方。它们在和伊斯兰教与佛教文化地区相比时还能当作一个整体。全部基督徒都尊奉耶稣为他们的共同创教者与灵魂的鼓励者；都对圣经表示尊重，还珍视早期基督教的传统。另外，绝大部分新教徒如天主教徒与正教徒一样，留存早期基督教教会的很多神学观念，比如相信三位一体、耶稣的神性、人的腐化和由于耶稣被钉十字架而获得拯救与来世的赏罚。基督的品格与美德都为新教徒、正教徒与天主教徒所拥戴。
神学方面的分歧
新教徒与正教徒有关教皇权力的观点和天主教不一样，他们拒绝教皇的权威与管辖。在这点上正教徒和新教徒是一致的，可是在其他神学看法上，他们存在非常大的分歧。新教徒在圣礼方面进行了重大改变，他们还否认炼狱、召唤圣徒与推崇圣迹。他们提议每一个人都有权对圣经进行解释，不需要教皇或者牧师的协助而自己实行基督的旨意。对新教徒来讲，圣经与每个基督徒自己所研读的体会才是最终的权威；对天主教徒与正教徒来讲，一个充满活力的机构或者教会则是最终的权威。
文化方面的对比
在新教国家与天主教国家间，除了教义方面的分歧之外，还产生了一些社会与文化方面的明显不同。在新教国家里，修道院和它的附属学校、图书馆与慈善机构都被封闭了。在一些情况之下，宗教绘画、圣徒雕像与彩色玻璃窗户被摧毁了，还取消了教会节日。清教徒则对剧院与戏剧表示反对，他们在礼拜天的庄严仪式和欢快的节假日形成了明显的对比。
三点事实
第一点，在一段很长时间之内，天主教徒、新教徒与正教徒深陷在对抗中，以至于他们的传教工作相互阻碍而停止了。第二点，基督徒间互相争夺的景象，让许多有头脑的人逐渐对整个基督教的教义产生质疑。不过，在现代，宗教战争已停止了，宗教宽容获得了认可还被付诸实现，真正的基督徒的仁爱或许正在增加。第三点，和这相关的有趣事实是，许多之前由教会做的事情，现在都由国家做了。换言之，如今的基督教文明要比中世纪更为世俗化。这在某种程度上是因为基督徒之间出现分裂的结果。