20世纪末，电子商务在美国迅速兴起，一批面向大企业、以软件手段帮助实现e化的B2B企业诞生并在一夜之间走红。其中，Verticalnet、Ariba、Commerce One三家B2B企业最为引人注目，他们在纳斯达克的股价如日中天，Commerce One在1999年12月全盛时期的最高股价为128.78美元，而2000年3月Ariba的股价曾高达333美元。
然而，随着网络的普及，福特、波音等大公司自行建立B2B网站以及搜索引擎的出现，Ariba等公司业务日渐萎缩，特别是2001年春互联网股票崩溃后，Commerce One与Ariba的股票迅速跌落，并由此陷入财务危机而一蹶不振。至此，美国的B2B神话告终。
1999年马云参加亚洲电子商务大会的经历，促使了中国首个B2B企业——阿里巴巴的成立。但美国B2B产业悲剧没有在中国重演，这一切归功于阿里巴巴独特的B2B模式。
曾几何时，模式缺乏创新是中国互联网最大的隐痛，抄袭和复制固然可以获取短期的迅速成功，却也埋下了种种隐患：发展规模受到制约，难以获得持续发展，更缺乏抗风险能力。眼看过悲剧的发生，马云决心自己不再重蹈覆辙。
在创建阿里巴巴之初，马云就认识到电子商务，以商务为本，电子只是一种手段。既然以商业服务为主，贴合市场需求就成为第一要义。而亚洲市场与欧美市场截然不同，在亚洲，普遍存在“宁为鸡头，不为凤尾”的想法，人们都愿意做小老板而非为他人打工；但美国则是大企业一统天下的局面，所以，全世界85%的中小企业集中在亚洲。而中国也是一个正在高速成长的阶段，中小企业数量庞大，潜力巨大，成长迅速，已成为整个经济生活的重要力量。据调查，我国中小企业所创造的工业生产总值已占整个社会工业总产值的60%，利润也占到40%。市场经济环境不同，决定在中国做电子商务，必须为中小企业服务才有前途。
抛开美国“做大企业生意”的B2B模式，马云特立独行地开创了一种适合全球新经济环境的“做小企业生意”的B2B模式。拥有自己独特的商业模式，让阿里巴巴逃离复制复制的瓶颈，成为中国唯一一家不依赖与股市而发展的公司。Marketwatch约翰·德沃拉克曾做此评价，“中国互联网公司大量模仿美国的类似网站，而唯一一家半原创公司是阿里巴巴。”
然而，中国的互联网发展史仅有十年，且信息不对称、诚信体系滞后现象严重，对马云发展B2B模式设置了一道高高的门槛。马云感到，发展电子商务，首先需要解决的就是信息流问题。对于中小企业，商人最注重实际和实用，最缺乏的则是商业信息，但阿里巴巴不是定位于中间商，它不在买卖双方设置任何信息屏障，“商人有自己的语言，一切让商人自己去处理和把握，事情就会简单可靠得多。”马云如是说。
为了降低中小企业电子商务的门槛，阿里巴巴还适时推出了免费服务。亚当·斯密曾说过：“经济活动的起源来自于交易，而所有交易成本的高低都与信息的获取成本以及交易达成的运输成本有关。”而互联网出现引爆的“第三次浪潮”，让信息的流通重新再次洗牌，一切旧有的游戏规则也都烟消云散，而阿里巴巴则让“中国制造”的成本优势展现无遗，市场自然也让阿里巴巴成为受益者。
而阿里巴巴公司收入主要来源于向参与B2B交易平台的供应商销售会籍和提供增值服务。2007年的招股书显示，2006年这部分收入约为9.54亿元，占其总收入的99.6％。此外，阿里巴巴公司还通过提升大量的免费注册用户(潜在的买家)人数来增加网站流量、吸引供应商和增加付费会员数。
信息畅通固然重要，但更难能可贵的是，马云还对B2B有一番自己的理解与体会。在他看来，B2B不应仅仅是Business To Business，还应包括Businessman To Businessman，即商人对商人的模式，而中国的电子商务更多地是指的后者。为此，马云为阿里巴巴制定如此目标：通过让绝大多数中国中小企业进行贸易往来，并把他们与全球连锁供应商连到一起，从而为其打造市场。
Ariba的B2B模式是为有限的大企业提供一个软件平台，而阿里巴巴采取与之相反的做法，先构建一个社区，再逐步完善软件，用同一个平台为众多的中小企业服务；阿里巴巴不做电子商务的全过程（即交易前、交易中、交易后），只做交易前，只做信息流。这样，阿里巴巴就成为一个开放的网络平台，一个虚拟电子市场或者全球商人社区，全世界的商人都可以在这个平台上免费发布信息，也可以在上面免费查找信息和贸易伙伴。
2003年，电子商务行业的春天悄然而至，突如其来的SARS，让众多企业认识到了网上电子商务的独立和便捷。而阿里巴巴的牵线功能也让他们受益匪浅，通过它，相距无限远的企业都可以顺利完成交易。如今，加入阿里巴巴的中小企业会员数量已超过1900万家，让它成为全世界范围内，聚集最多中国中小企业的网络大鳄。
事实上，模式创新只是阿里巴巴创新的基础，此后，它的创新之举层出不穷：摆脱传统的向买家收费的形式，全球首创向卖家收取会员费第一家；第一家在商人中推广即时IM工具，帮助商人更好沟通和交易；第一家在全体会员中推行诚信认证，建立企业诚信档案；第一家推出企业管理软件产品，涉足企业价值链，帮助企业更好决策；最先在交易中引入安全支付工具……
随着中国经济的发展，世界制造中心正在向中国转移，中国中小企业将成为中国乃至世界经济发展的引擎，聚集在阿里巴巴网站上的中国中小企业，不可避免地成为国际买家关注的重点。“将互联网作为一个窗口，让数以千万计的中国中小公司从这里出发，与世界对接。”马云发出如此豪言壮语。
2007年阿里巴巴B2B业务的IPO是其第一次在国际资本市场正式亮相。10月下旬，马云在4天时间内前往6个城市进行路演，描述着他的电子商务帝国的全球梦想。在马云看来，“阿里巴巴的全球化发展中，美国、日本和欧洲这三个市场一定不能丢”。他的脑海里期待着阿里巴巴成为一个全球通行的B2B平台，但这也意味着更大的挑战。
“让天下不再有难做的生意”
四五年前，曾有人这样批评马云说：“我看不懂你的商业模式，你到底是怎么挣钱，阿里巴巴到底是怎么挣钱？”在人们看来，阿里巴巴的商业模式犹如雾里看花、水中望月般的模糊不清。
与早期的互联网企业不同，阿里巴巴实际在创建之初，就有明确的商业模式——“让天下不再有难做的生意”。处于转型期的中国，中国社会的商业环境存在诸多不如人意之处，帮助在现实环境中受限的中小企业，找到走出困境的途径，成为阿里巴巴肩负的使命。
在第四届网商大会，马云宣称未来阿里巴巴将投入100亿元巨资打造电子商务产业链，“阿里巴巴的目标就是转变为一个综合交易平台，凡是中小企业需要的，我们都会设法满足。我们最终设想阿里巴巴要做到一个‘生态系统’的概念，从金融、技术、物流、信息资源等各方面为网商提供完整的交易环境，而非做到简单的供应链概念。”这个宣言在阿里巴巴上市前夕发出，简洁却说服力十足，也对人们的疑问给出了答案。
出色的赢利模式必须符合三个特点，即赢利的强有力，可持续和可拓展。而阿里巴巴秉承“良好的定位，稳固的结构，优秀的服务”，首先在运营模式上抓基础，然后在实施过程中不断捕捉新出现的机会，包括最基础的替企业架设站点，随后的网站推广，以及对在线贸易资信的辅助服务，交易本身的订单管理，循序渐进，不断延伸。
由于架设企业站点的高度离散性，很少企业把它理解为一项重要业务。而作为一个商业社区站点，阿里巴巴有与许多潜在顾客频繁接触的机会，更重要的是它能顺利地把潜在机会转化为现实收入。每年类似广交会之类的展销会议召开时，阿里巴巴工作人员就会适时进行低成本的推广活动，而实践证明此举能有效收集商业机会。
中小企业极具伸缩性，业务流程和业务规模时刻发生变化，创建之初，或许找软件公司帮助设计一个主页就已足够。但很快有更高的要求，软件公司的能力已远远不能应付，而阿里巴巴则有能力提供从低端到高端所有的站点解决方案，不仅如此，它更大的优势还在于制作商品交易市场型的站点，制作一个外观主页，然后将其链接在自己的分类目录之下，无疑，会极大提高被搜索机会。对企业来说，诱惑力和兴趣可想而知。
企业网站一旦建立，推广就是自然需求。网上推广项目，由邮件广告、旗帜广告、文字链接和模块广告组成。邮件广告是网站每天向企业发送的最新商情特快邮件中插播的广告，而文字链接则直接将广告置于文字链接之中。一直以来，中小企业就存在强烈的营销愿望，但囿于营销费用超过可承受的范围，这一愿望没有很好地转化为现实。
而网站也是一种意义上的媒体，站点推广的收入占阿里巴巴收入的一半有余，也为中小企业带来了希望，所以“中国供应商”和“网上有名”一直为阿里巴巴所推崇，也是它赢利的主要来源之一。中国供应商针对的是出口型的企业，通过阿里巴巴的交易信息平台，为中国企业提供来自国际企业的特别询盘。客户可以委托阿里巴巴做一次性的投资建设公司网站，阿里巴巴帮助企业建立拥有独立域名网站，并且与阿里巴巴链接。截至2003年5月底加盟企业达到近3000家。目前已经有70%的被推荐企业已在网上成交，众多类别市场名额已满。而“网上有名”则针对内销或工厂的出口，主要以买断形式进行。
对企业来说，推广、宣传固然重要，但贸易仍是其安身立命之所在。需要就是市场，阿里巴巴及时推出一项重磅级服务——贸易通，界面与常用的聊天工具QQ相似，使用起来简单方便。贸易通，顾名思义，主要有以下几项功能：和百万商人安全、可靠地进行即时在线沟通、互动；结识、管理自己的商业伙伴，开展一对一的在线营销；强大的商务搜索引擎，将天下商机尽“搜”眼底，服务热线为诚信通会员即时解答网络贸易疑问，方便享受高质量的在线客户服务。
贸易通可以理解为一种订单管理软件，它对阿里巴巴未来的潜在影响最大。众所周知，企业通过表单来管理，表单在企业内部的统一性毋庸置疑，但在企业之间却形式各异，这不但造成了表单理解的难度，也不利于企业做后期的管理。贸易通延伸了企业软件托管的思路，它的出现，解决了所有的问题，企业把表单放置在阿里巴巴这个第三方的服务器上，由它来统一格式、统一管理，无疑可以把企业之间的“误解”消除。而操作中很强的可行性，且可以通过短消息捆绑按次数计费，让这一服务面临的价格敏感性很小，让它倍添对企业的吸引力。
但网络毕竟是虚拟的，而贸易本身必须是真实的。信用分析是企业的日常工作，事实表明，网友们在拍卖网站上的交易并不是每一次都称心如意。根据易趣统计表明，在同通过身份认证但只有少数交易经历的所谓一星级顾客交易中，有6%最终受到投诉。
电子商务提倡的在线贸易，一方面体现了采购行为更充分的竞争性，另一方面企业对网络信息本身也充满质疑。“中国的信用体系比起美国至少有5年的差距，美国的金融体系发展于19世纪中期，然后才是铁路的发展，而中国的整个金融体系与之相比差了几十年，这种差距导致了中国信用体系的缺失。”对此，马云有深刻的认识。
正因为这种信用的缺失，阿里巴巴开始发展诚信通。诚信通是阿里巴巴首创的交互式网上信用管理体系，是一个行之有效的电子商务活档案，它结合传统认证服务与网络实时互动的特点，将建立信用与展示产品相结合，从传统的第三方认证、合作商的反馈与评价、企业在阿里巴巴的活动记录等多方面、多角度、不间断地展现企业在电子商务中的实践和活动。企业在阿里巴巴上任何的一个动作，都会在诚信通留下如实的档案记录，2002年3月阿里巴巴就开始为全球注册会员提供进入诚信商务社区的通行证——“诚信通”服务，并与邓白氏、ACP、华夏、新华信等国际国内著名的企业资信调查机构合作推出电子商务信用服务，帮助企业建立网上诚信档案，通过认证、评价、记录、检索、反馈等信用体系，提高网上交易的效率和成功的机会。诚信通价格便宜，对阿里巴巴而言几乎不存在成本，2007年5月，阿里巴巴又与招商银行合作，用诚信通的记录作为考核企业资质的标准，这一切表明它的运营业绩将异常成功。