如前节所述，15年来我国课余训练工作取得了可喜的成就，但与《规划》的要求仍有较大的差距，我国课余体育训练工作中还存在诸多问题，这是我们不可回避的，这也是任何事物发展中必然存在的。因此，只要我们敢于正视问题，解剖麻雀，找出解决问题的对策办法，事物就会朝着理想的方向发展。通过调查和评估，我国目前课余训练主要存在如下几个方面：
一、文化学习与运动训练的矛盾突出
长期以来，文化学习和运动训练在青少年业余训练中始终是一对矛盾，而且至今没能得到很好的解决，一直是困绕在我国业余体育训练工作中的老大难问题。能否正确解决好文化课学习和运动训练的矛盾问题是真正解决在学校开展课余训练的一个重点问题，也是为国家培养德、智、体、美、劳全面发展体育后备人才和高水平运动员的关键问题。
青少年时期是长身体、学知识的黄金时期，根据党的教育方针在德、智、体三方面都得到发展。学生时期学和训应该以学为主，打好文化科学知识基础。但是，体育人才又是一种专门人才，有其成材的特殊规律，在成长的不同时期又有其特殊性。作为学校课余训练主要是更多的儿童青少年学生利用课余时间进行体育锻炼，在锻炼体魄、增强体质的同时，发现和培养竞技体育苗子。因此，课余训练应该是以读为主，以训为辅，这是规律，不能颠倒。这级训练的要求是广泛动员学生在不影响文化学习的前提下，参加各种形式的业余训练。但目前很多学校单纯强调训练，并把它放在主要地位，不关心学生的文化课学习，结果学习得不到保证，带来了一系列的社会矛盾，受到客观规律的惩罚。
由于运动训练必然要消耗学生体力和精力，特别是高水平的训练不经过长期、系统、艰苦的训练，是不可能达到的，必须付出比一般人更多的时间、体力和精力。同样作为普通学生要想完成学习任务，也必须付出大量的时间和精力。普通学生为了获得好的文化课成绩，在完成学校的课程后，还要参加各种辅导班学习和家庭作业等。然而当普通学生们努力学习文化知识的时侯，学生运动员却在运动场上刻苦训练，训练之后还需要较长时间的休息和恢复。人的精力是有限的，他们既要完成训练任务取得优异运动成绩，又要完成必要的学业，实际上他们与普通学生相比付出了更多的努力。训练对文化知识的学习的影响是客观存在，不可否认的事实。
社会上有“高水平运动员=低水平大学生”这样一种说法，这反映了我们没能解决好训练与学习的矛盾。实际上作为学生运动员并不是由于学习不好才从事课余训练，而由于长期从事课余体育训练，才影响了学习成绩。从一项调查结果可以看出，运动级别越高，文化知识学习受到的影响也越大。运动员的等级与文化课学习有一定的关系，从一般情况看运动员等级越高，文化成绩有越低的倾向。因为运动成绩的取得与付出的时间体力和精力是相对应的。运动员在训练中要花费很多时间，承受较大的运动负荷，必然用在文化课学习的时间少了，精力也必然受到分散。当然也不否定有一些运动成绩好，学习成绩也优秀的学生，但这只是凤毛麟角。
由于长期从事课余训练对文化课学习影响较大，一些学生放弃了课余训练。有关资料表明：影响学生放弃课余训练的首要原因是“运动训练影响文化学习”，其次是“运动训练枯燥无味”和“已练不出更好的成绩”。因为学生运动员花费大量的时间和精力从事课余训练是要付出机会成本的，一旦运动成绩不能达到享有升入大学优惠政策的水平，而又耽误了文化知识的学习，是要冒一定风险的。通过运动训练成为优秀运动员只能是走独木桥，而如果通过学习考入大学，选择就业机会的面就要宽得多。因此，学生对于自己前途只能选择其一。另外，这一结果也说明，目前许多学校还没能处理好文化课学习与运动训练的关系，以及中学教练员训练水平限制，不能很好地满足学生对运动训练带来的期望。
社会对青少年参加课余训练的消极观念在一定程度上也反映在家庭对于子女参与这项活动的支持度上。具一份调查资料表明，有95%以上的家长支持子女参加学校体育运动队的训练，有相当多的家长认为，在无奈的情况下（既高考科目学习不好），才支持子女参加课余体育。把体育的一技之长作为进入大学的阶梯（因为原国家教委有文件规定，对体育特长生升大学有优惠政策）。
在当前基础教育正从应试教育向素质教育转轨时期，社会对于中小学生参加课余训练尚存多种不同认识，其中一种观点认为凡是选择了课余训练，就与文化学习相矛盾，就与未来的体育职业相关联，而不能将此视为素质教育的良好手段。
青少年能在全面、正确认识课余训练的功能与意义的基础上，接受运动训练，系统地体验体育运动对人类的综合作用和影响，在运动中铸造自我，才能不断地迎接科学运动训练对人的身心所带来得适应性挑战，最终将会感受到科学运动训练的过程就是运动对人的新的价值形成过程，而这种运动性积累的价值是其它任何社会教育活动所不可替代的，它具有一种培育人的特殊含义。
《中国体育报》刊载了一篇题为《“体教结合”之路何处寻？》的文章，该文章是一位中学生的父母写给《中国体育报》记者的，文中反映出了作为一个中学生家长的苦衷。全文如下：
贵报6月12日学校体育版刊登的《部分教育专家谈学校体育改革》一文，在我周围的一些有体育特长的学生家长中引起了强烈的反响。现实中，如何去寻找“体教结合”之路？
我的孩子今年10岁了，乒乓球非常好，教练们都说很有天赋，文化学习也非常好，曾考入奥赛班。为了更好地培养孩子，我们狠下心来，把9岁的孩子从江西送到河南一所乒乓球俱乐部，其中的甘苦自不必说。从目前的情况看，孩子学习和打球兼顾，效果很好，但问题是下一步怎么办？
要打球，发挥她的特长，就必须送入专业队。目前，上海、浙江、山东、江西等专业队均来函邀请，但所有这些专业队，一个星期只上三个半天的文化课，孩子才读五年级啊！这种计划经济体制下以牺牲运动员文化成绩为代价的政治体育模式何时结束？
当然，邓亚萍、王楠等知名运动员，国家有政策：退役后可直接上大学。但不是人人都能成为邓亚萍。一个邓亚萍的背后，有多少个“牺牲品”？更何况退役后上大学这种“夹生饭”不好吃，也难消化。
那么回来读书哩！走特长生高考加分之路，又于心不忍，孩子的天赋就这样硬生生地扼杀掉吗？因为7月中旬之前，我们就要在读书还是打球中做出决策，这是影响孩子一生的决策！
二、课余训练经费不足，影响课余训练工作的正常开展
根据调查了解到我国目前高校组建高水平运动队的主要途径有：（1）与企业、行业体协、体委合作得到经费；（2）学校行政拨款；（3）学校外行政拨款；（4）自筹资金。中小学主要经费来源有：（1）学校行政拨款；（2）自筹资金。而其中有90%以上的大、中、小学的体育经费仍以学校拨款为主要来源。除个别有条件的学校外，一般学校用于体育方面的预算仅占整个预算的1%左右。在这有限的学校体育经费中，既要保证正常学校体育教学和群众体育工作的开展，又要用于开展课余训练。据对48所试点高校进行评估检查结果显示，试点校专项经费能够达标《高等学校课余训练试点工作评估办法》中规定的年人均标准的仅占1/3左右，中小学能够达标的也仅占1/10%。这种体育经费短缺和来源的单一性，在很大程度上制约学校课余训练工作的开展。
有资料表明，有71.43%的专家认为：培养一名优秀运动员年人均经费应达到4000～7000元之间。我国高校年训练经费不足1000元的占31.43%，1000～3000元的占43.12%。
作为试点学校要完成课余体育训练工作的任务，但训练经费又严重短缺，因此，一些学校想出了自己的办法，如试点学校利用国家给予的招生优惠政策，在规定的招生比例中，拿出部分指标招收运动成绩没能达到政策规定要求的，高考成绩没有达到录取线的，但家庭条件好的学生，收取高额赞助费。那些以体育特长生的名义招收上来的学生，由于根本不具备高水平运动员的条件，甚至有些人根本就不会任何体育运动，入学以后以各种理由退出运动队。这种做法对于开展课余训练的学校来说，利用收取的赞助费来搞课余训练，养那些真正从事运动训练的学生运动员。而对于交纳赞助费的学生来说，可以达到上大学的目的，或者上重点大学的目的。真可谓是一个“双赢”的办法。
在2001年第九届全运会上取得男子跳高第三名的清华大学经管系大五学生梁彤，虽然代表北京队参赛，但他无法象其他北京全运选手那样得到充足的后勤保证，据说有关方面给他每月500元的名为“注册费”的工资，加上清华大学每月给600元营养费，梁彤每个月只有这区区千元来保证营养。而北京队全运队员的每月营养费至少在3000元以上。带梁彤训练的董教练赛后说：“高校办高水平运动队这条路必然是未来竞技体育发展的一条路，只要能够更好地解决资金来源问题，还会有更多的梁彤进入运动员的行列。”
清华大学由于没有室内田径馆，冬天要自己出钱到北京体育大学去训练。学校要想出成绩必须靠自己创造条件，与专业队相比有太多的困难。
三、高水平教练员欠缺，训练质量难以保证
教练员水平高低直接关系到该校运动训练水平和比赛成绩。然而，有关数据表明，在我国大、中、小学从事课余训练的教练队伍中，95%来自于体育院校、师范院校体育系、或中专体育班毕业生的体育教师担任，这些人虽然具有的专业和相关理论知识，但缺乏高水平训练和比赛的经历和经验与训练相关的理论与实践知识。难以达到培养高水平运动员的要求。据调查，我国从事课余训练的教练员近两万名，其中仅有10%的教练员获得等级称号（见第四章）。
据调查显示，由于教练员水平的限制和训练时间难以保证，有些条件很好的中学生运动员，升到大学以后，运动成绩不仅没有提高，反而出现下降的倾向。有关资料表明：中学生运动员升入大学后运动成绩下降的占50%左右。
另外，从事学校课余训练的绝大多数教练员都是兼职体育教师，既要上好课，又要搞训练，不能专心于训练工作。有些学校在职称评定、计算工作量等方面也都忽视课余训练，影响了教练员的积极性。
四、运动项目的布局上过于集中，优势运动项目后继乏人
据有关数据表明，目前参加业余体育训练的520万学生中，其中田径项目布局人数约360万人，游泳、篮球、足球、排球、乒乓球、武术项目人数约10万人左右。另据左琳等人的调查，试点中学所开展的运动项目只集中足球、篮球、排球、田径和游泳五个项目上。当然这些运动项目都是人们所喜爱的、基础性运动项目，也是在我国开展最普及的一些项目，反映出中学生对运动项目的喜好的倾向。但我国的优势运动项目，如乒乓球、羽毛球、举重、竞技体操和跳水等项目，没有一所开展。竞技体操和跳水对训练条件要求很高，一般中学不具备开展竞技体操和跳水运动的条件。但乒乓球、羽毛球、举重这些项目对训练条件要求并不太高。我们分析出现这种现象的原因，一方面反映试点中学在运动项目布局不合理，另一方面也说明在中学这些项目的教练员缺乏。因此，大学也很难从中学招收到这些项目的学生运动员。
据了解大学也基本是以田径、篮球、足球、排球等项目为主，但有些学校根据学校本身的实际情况和我国竞技体育的优势特点，也开辟一些重点的拳头项目，如清华大学的跳水队、华东理工大学的乒乓球队、北方交通大学的羽毛球队等。发展我国优势运动项目，对于我国大学竞技体育走向世界具有突破性的战略意义。
五、招生标准的不统一，造成竞招的无序状态
招收到具有良好条件的学生运动员是高校开展课余运动训练，实现高水平目标的基础条件，招不到优秀的学生运动员入学，一切都是空话。因此，试点学校各自为政，各显身手，竞相招收运动潜力的学生运动员。陷入了“想要运动成绩好，得看谁的招生好”这样一个怪圈。
从目前的情况来看，招收学生运动员的主要途径有：单考入学、免试入学、体育加试入学、体育特招降分入学和正常入学5种形式。优秀学生运动员的主要来源是体育重点中学、普通中学、运动技术学校和体工队。目前各试点高校招生主要困难是生源基本来自本省（市），有关统计表明本省（市）运动员占82%左右，其它占18%来自全国各地。这种现象反映出各省（市）把运动人才控制在自己的圈子内，其结果导致运动人才不能合理流动和运动人才资源配置的不合理，而造成的人才资源的浪费。生源缺乏，试点校间争生源，各地区招生标准不统一，跨地区招生难。一些地区本位主义严重，实行地方保护主义，如本地区学校招生名额已满，对一些运动潜能的学生采取封锁，宁可浪费掉，也不让外省市招走，来打自己。
造成招生无序状态的另外一个原因，是我国大学招生制度实行全国统一考试，统一录取的形式。由于种种原因，虽然是统一考试，统一录取，但各个省市的录取分数线不尽相同，但所有“试点大学”享有的国家特殊政策却是相同的，因此由于这种招生标准的不同，这对于招收学生运动员的其他各省市的学校来说是不公平的，北京、上海等地的录取分数线要比其他省市低的多，对于招收高水平运动员有特殊的优势。如北京的大学最低录取线一般在450分左右，而江苏省大学最低录取线在550分左右。原国家教委于1987年颁布了（87）教学字008号《关于部分普通高等学校试行招收高水平运动员工作的通知》规定：
“一、省级和省以上体育竞赛前六名以及获得二级运动员证书者，试点高等学校可在当地本科院校控制分数线以下五十分以内择优录取。
二、在国际组织主办的各种正式比赛中获得前八名，全国性比赛（包括为参加世界中学生体育比赛举办全国性选拔赛）中获得前六名以及获得运动健将、一级运动员证书者，试点高等学校可在当地本科院校控制分数线以下八十分以内择优录取。
三、文化课考试总成绩在当地本科控制分数线以下二百分以内，取得上述名次或证书，并确有发展潜力和培养前途的考生，可以录取为预备班学员。”
如果两个省市都按原国家教委的这一政策的第三款招收特殊条件运动员的话，可在当地本科控制分数线以下二百分录取。那么，北京可以招到文化课成绩在250分左右的运动水平较高的学生，江苏省则必须招收350分左右的学生。而运动水平高的学生能够考到300分以上的实在微乎其微，100分对于高水平运动员来说何其难。针对这种“不公平”，一些省市不顾国家教委的政策，制定了自己的录取标准和“土政策”。如江苏省《关于1997年普通高等学校招收高水平运动员办法》的通知中规定：“在体育测试中运动成绩达到1级或近3年内参加世界体育组织举办的各类正式比赛，取得单项前3名，集体项目前3名的主力队员的考生，可由试办高水平运动队的大学提出申请，经省教委审批后，免试保送到项目对口的大学；而对在体育测试中成绩达到2级或相当于2级的考生，文化成绩达到本、专科最低录取线的60%的，可按考生志愿录取”。如按国家教委的文件要求，2级最多能降50分，而按照江苏省的政策，550分为最低录取线，2级运动员的录取线实际上已经降到330分，实打实降了120分，录取标准远远低于国家教委规定的要求。这就造成了各个省市对运动员的进一步恶性竞争。从而也带来了学生运动员文化素质低下，难以适应高等教育的基本要求的情况。
2002年3月26日《中国体育报》头版刊登了一篇题为《这种“人才大集”该不该搞？》的文章，文章中说：3月23、24两天，在山东省泰安市体育中心体育场搞了一场名为“2002年山东省2002年高水平运动员达标邀请赛”的活动。据说这项活动既未受任何单位指派，也没有任何主办单位的名称，而是几位高校体育教师搞的纯民间的个人行为。而这些体育教师既无体育经纪人资格，也非正式法人的“小团体”已经举办了三届了，规模一年比一年大收费一年比一年高。今年，每人每项缴纳报名费150元，有500多名学生报名，由高校教师自行收费。在此，本人不去探讨此项活动是否合法，是否影响招生工作的正常秩序，只是想为什么会有那么多的学生争相报名参加这样一个民间组织的活动，据说大多数学生是想通过此次成绩测试获得由体育局发的“二级运动员证书”。那么为什么区区“二级运动员证书”会有如此大的吸引力呢？笔者认为国家对招收高水平运动员的优惠政策规定，持“二级运动员”证书者可以享受低于当地招生最低录取线50分录取，对于考生来说这50分太重要了。对于那些长期从事运动训练的学生来说，取得50分文化分，何其难。而在高考时也出现一种另类现象，有些考生既不具备运动能力，也不具备运动天赋，文化课成绩又不好，他们的家长托托人，走走关系，花些钱，考个2级运动员证书，这类钻政策空子的人不占少数。这种现象不仅影响了国家政策的严肃性，影响了正常招生工作的开展，也为一些单位和个人钻利用国家的政策，钻招生的空子，达到其获取经济利益的目的，提供了市场。
六、学籍管理不规范，训练时间难以保证，导致教学部门与体育管理部门之间出现矛盾
1987年7月30日国家教委印发了《关于试点高校培养高水平运动员管理办法（试行）》的通知，该通知中明确规定了对高水平运动员教学与学籍管理办法和要求，但在实际工作中，大多数学校未能认真落实和执行该管理办法。由于学校对体育特长生没有专门的学籍管理制度，这些学生一般分散在自然班里学习，但大多数学生运动员由于长期从事艰苦的运动训练，文化基础较差，加上每天必须保证一定的训练时间或参加比赛，难以达到学校一般文化课或专业课的标准和要求。学校教育的培养目标是要为国家培养德、智、体全面发展的人才，特别是进入社会主义市场经济后，社会对人才的要求更高，只有真正具有真才实学、全面发展，才能为社会所接受。因此，学校教学部门对文化课的成绩有严格的规定和要求。如果按照一般学生的标准要求这些体育特长生，实在勉为其难。从学校体育管理部门来看，在办高水平运动队时往往重视学生的运动成绩，相对轻视文化学习，致使这些学生达不到学校教育目标的基本要求。这就出现了是要运动成绩与还是要学习成绩的矛盾。
由于体育特长生大部分文化水平低下，往往被认为是只会体育，没有文化。也给课余体育训练带来一些负面影响。北京四中有一名文化成绩很好，运动成绩也很优秀的学生。北京大学想招他入学，并答应他只要考到500分以上，可以在北京大学任意挑选专业，但这位学生拒绝了北京大学这种形式的邀请，他说：“我很想上北大，但我希望通过自己考试成绩上，而不想受到体育特长生照顾”。事后他说：“我不想让别人认为我是体育特长生，因为体育特长生被认为是没有文化的”。结果这位学生虽然没能考入北京大学，却考入了人民大学自己喜欢的专业。由于他运动成绩好，人大也让他加入高水平运动队，但要和高水平运动员编在一个班级上课，这次又被他拒绝了。理由是在体育特长班学习，怕被其他同学看不起，影响自己的形象。
七、竞赛制度不完善，比赛少，学生运动员难以进入竞赛的主战场
我国目前全国性的大学生运动会为每4年一次，中学生运动会为每三年一次。这样一名大学生入学后最多只能参加一次全国性运动会的机会。即使一些优秀的大学生运动员也只限于在大学范围内的比赛，难以参加全国性的高水平比赛，不利于大学生运动员成绩的提高，也不利于激励学生运动员向更高的目标努力。
八、试点工作发展不平衡
从1998年教育部体育卫生与艺术司对48所试办高水平运动队的试点高校进行了评估，从结果来看，在对48所高校进行评估检查中，较好的有35所，其中12所成绩比较显著；成绩一般的有10所；较差的有3所，仅有1/3的试点学校专项经费基本达到所规定的标准，有对试点学校工作混乱无序，对学生运动员全面培养不够。训练质量偏低，理论研究滞后。有的试点工作基本没有开展。
九、运动成绩仍有很大差距
从纵向比较来看，我国大中学校的运动成绩有了较大幅度的提高，但与《规划》的要求仍有很大差距。学生运动员还不能承担应该由自己承担的那部分任务，参加世界大学生和中学生运动会的真正学生运动员凤毛麟角，主要还是由专业运动员顶替（见第一章）。
十、课余体育训练质量的评估体系尚不健全
虽然教育部制定了试点学校的评估体系，但并没能形成一个固定的评估制度，而且现行评估体系可操作性不强。如对高校办高水平运动队的评诂办法一般只在大运会年或某一特定比赛后针对比赛成绩进行终结性的评价。这种评估存在较大的弊端：
第一，这种评价容易进入只关心比赛结果，以胜负论英雄的误区，忽视运动员成绩提高的真实情况。因为，有些运动员入校时运动成绩非常好，虽然进入高校后成绩没有提高甚至有所下降，但在大运会上仍取得名次，那么该学生运动员的教练员仍可得到较高的评价结果并获得奖励。影响其他教练员工作的积极性。
第二，由于缺乏训练过程的衔接性评价，不能及时获取训练进展反馈信息，导致难以及时发现训练中存在的问题和不足，不利于对训练过程加以有效控制。
十一、科研潜在优势尚未转化为现实优势
在学校，特别是高等院校具有一大批高学历，高职称、多专业的科研人才优势。但是，这种优势在目前还只能说是一种潜在优势，并为转化为现实优势。据姜丽娟的《普通高校高水平运动队面临的挑战及对策》研究成果中对我国第5届体育科学论文报告会入选论文的统计结果发现，目前高校有关运动训练方面的论文数仅占论文总数的13.6%，且主要集中于与选材等方面，而如训练监控、仅占3.8%，体能训练研究和高原训练仅占7.7%。如何更好地发挥学校体育科研的综合优势，解决课余体育训练中存在的问题，提高训练效果，这本身也是一个重要课题。
十二、利益驱动使部分教练员和运动员服用违禁药物
由于竞技体育职业化和商业化的影响，学校课余训练也不同程度的受到本位主义和拜金主义等利益驱动的影响，一些教练员不顾学生的身体健康和国家规定，让运动员服用违禁药物，影响了学校课余训练的纯洁性。
加强资格审查，制止弄虚作假现象，保证比赛的公平性和纯洁性，教育部有关部门采取了一系列措施。第四届全国中学生运动会游泳比赛在四川成都举行。参加比赛的有上海、北京等25个省市自治区直辖市的代表队，共372名运动员。经资格审查，取消了24名运动员计名次和计分的资格。第五届中学生运动会对参加田径比赛的男子乙组362人进行骨龄检查，其中9人不合格；对甲组进行两次85人的文化课考试，其中5人不及格，以上14位不合格者分布在全国13个省市自治区。另有38人因各种原因退出比赛。这些措施有利于端正比赛赛风和严格运动员的资格审查。