第三，本条只规定了国务院专利行政部门和省级人民政府管理专利工作的部门管理专利工作的职责。在2000年修改专利法时，曾有一种意见认为，对专利工作的行政管理，只规定到国务院和省级政府还不够，应当规定省级以下政府也可以设立专利管理部门，管理本地区专利工作。立法机关经过研究，考虑到专利制度具有全国统一、涉及的技术领域相当广泛和复杂的特点，专利管理的权限应当适当集中，不宜层层设立专利行政管理部门。目前对专利申请的受理、审查、批准、复审等，都是由国务院专利行政部门统一负责的，这也是国际上的通例。至于对专利侵权纠纷的查处，由于有些涉及复杂的技术问题和确权程序问题，也不是所有的市、县政府都能够准确把握和处理的。在专利法中只对国务院专利行政部门和省级人民政府管理专利工作的部门的管理职责作出规定是适当的。同时，考虑到有些专利管理工作量较大的城市的实际情况，全国人大法律委员会在关于专利法（草案）的审议结果的报告中提出，“对侵犯专利权纠纷的处理和对假冒专利行为的行政处罚，也可以由一些专利管理工作量大，又有实际处理能力的市实施”。至于这些重点城市人民政府设立专利管理部门的问题，可以依照《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》中关于市、县人民政府“工作部门的设立、增加、减少或者合并，由本级人民政府报请上一级人民政府批准，并报本级人民代表大会常务委员会备案”的规定，由有关地方政府自行确定，不需在专利法中再作规定。
这次修改专利法，仍有委员建议增加规定省级以下地方人民政府也可以设立专利管理部门，管理本地区专利工作。全国人大法律委员会经同有关专门委员会、国务院法制工作部门认真研究后认为，以维持原专利法的规定较为妥当。同时，为了细化专利法已授予管理专利工作部门的查处假冒专利行为的权利，加强专利管理工作，维护专利秩序，新专利法在第六十四条中增加了管理专利工作的部门根据取得的证据，对涉嫌假冒专利行为进行查处，可以采取有关强制措施的规定。
第四条申请专利的发明创造涉及国家安全或者重大利益需要保密的，按照国家有关规定办理。
【本条主旨】
本条是关于申请专利的发明创造涉及国家秘密的保密问题的规定。
【本条释解】
第一，按照本条规定，对涉及国家秘密的专利申请的保密问题，应按照国家有关规定办理。这里讲的“国家有关规定”，包括《中华人民共和国保守国家秘密法》的规定，也包括国务院制定的专利法实施细则等有关行政法规中的规定。
第二，全国人大常委会于2010年4月修订了《中华人民共和国保守国家秘密法》，该法第二条规定：“国家秘密是关系国家安全和利益，依照法定程序确定，在一定时间内只限一定范围的人员知悉的事项。”该法对保守国家秘密的基本制度作了规定。申请专利的发明创造，涉及依法确定为国家秘密的事项的，应当依照保守国家秘密法的有关规定执行。
第三，按照现行有关规定，国防系统各单位申请发明专利，涉及国防方面的国家秘密需要保密的，其专利申请由国务院国防科学技术主管部门设立的专利机构受理；国务院专利行政部门受理的涉及国防方面的国家秘密需要保密的发明专利申请，应当移交国务院国防科学技术主管部门设立的专利机构审查，由国务院专利行政部门根据该专利机构的审查意见作出决定。对国防专利以外的其他需要保密的专利申请，国务院专利行政部门在受理后，应当将需要进行保密审查的申请转送国务院有关主管部门审查；有关主管部门应当自收到该申请之日起4个月内，将审查结果通知国务院专利行政部门；需要保密的，由国务院专利行政部门按照保密专利申请处理，并通知申请人。根据国务院的《国防专利条例》的规定，国防专利是指涉及国防利益以及对国防建设有潜在作用需要保密的发明专利。国防专利申请统一由国防专利机构受理和审查；经审查认为符合该条例规定的，由国务院专利行政部门授予国防专利权。国防专利机构受理的国防专利申请，在受理、审查、复审、授权、转让、实施、调处纠纷和诉讼的过程中，在未解密前按照《中华人民共和国保守国家秘密法》和有关主管部门的规定进行管理。绝密级涉及国防利益的发明不得申请国防专利。
根据新专利法的规定，在中国完成的发明或者实用新型，向外国申请专利的，在向外国申请专利之前应当先报经国务院专利行政部门进行保密审查。具体办法将在新修改的专利法实施条例中作出专门规定。
第五条对违反法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不授予专利权。
对违反法律、行政法规的规定获取或者利用遗传资源，并依赖该遗传资源完成的发明创造，不授予专利权。
【本条主旨】
本条是关于对违反法律及社会公共利益和对违反法律、行政法规获取或者利用遗传资源完成的发明创造不授予专利权的规定。
【本条释解】
一、对违反法律、社会公德或者妨害公共利益的发明创造，不授予专利权。
依照本条第一款的规定，不授予专利权的发明创造包括：
1.违反法律的。这里讲的“法律”，仅指由全国人大及其常委会制定的法律，不包括行政法规、地方性法规和规章等其他规范性文件。所谓违反法律的发明创造，是指该发明创造本身的目的与法律相违背。例如，专用于赌博的设备或工具；吸毒的器具；伪造国家货币的设备等都属于违反法律的发明创造，不能被授予专利权。如果发明创造本身的目的并没有违反法律，但由于被滥用而违反法律的，不属于违反法律的发明创造。例如，以国防为目的的各种武器，以医疗为目的的各种毒药、麻醉品、镇静剂、兴奋剂和以娱乐为目的的棋牌等。此外，按照我国加入的《保护工业产权巴黎公约》（以下简称“巴黎公约”）和《与贸易有关的知识产权协议》（以下称TRIPS）的规定，如果仅因法律禁止专利产品的销售或使用，或者禁止依专利方法制造的产品的销售或使用，那么对这种产品的发明创造或者制造这种产品的方法发明不应拒绝授予专利权。
2.违反社会公德的发明创造。“社会公德”，是指公众普遍认为是正当的，并被接受的伦理道德观念。如果一项发明创造在客观上与社会公德相违背，不能被授予专利权。例如，带有暴力凶杀或者淫秽的图片或者照片的外观设计，非医疗目的的人造性器官或者其替代物，人与动物交配的方法等发明创造违反道德风俗，不能被授予专利权。
3.妨害公共利益的发明创造。“公共利益”，是指社会公众的共同利益。包括公共安全、环境保护、公共秩序等。妨害公共利益的发明创造，是指该发明创造的实施或使用会给公众或社会造成危害，或者会使社会的正常秩序受到不利的影响。例如，一种可使盗窃者双目失明或者会给使用不慎者造成失明的防盗窃装置，不能被授予专利权；一种因其实施或使用会导致严重环境污染的发明创造，也不能授予专利。但是，如果一项发明创造仅由于被滥用而可能造成危害的，或在产生积极效果的同时存在某种缺点的，则不应认为是妨害公共利益的发明创造。
4.如果一项申请专利的发明创造的一部分属于违反国家法律、社会公德或妨害社会公共利益，而其他部分是合法的，按照国家专利局有关审查指南的要求，审查人员应当通知申请人进行修改，删除违反专利法规定的部分。如果申请人不同意删去违反专利法规定的部分，就不能被授予专利权。
各国专利法和一些有关专利的国际公约都规定，对违反社会公共利益、公共道德的发明创造不授予专利权，否则势必与实行专利制度的目的相悖，不仅不利于社会发展，反而会对社会造成危害。例如，TRIPS规定，为保护公共秩序或公共道德，包括保护人类、动物或植物的生命与健康，或为避免对环境的严重破坏所必需，各成员可排除某些发明于可获得专利之外。日本专利法规定，妨碍公共秩序、良好风俗或公共卫生的发明，不授予专利权。其他一些国家的专利法也都有类似的规定。我国专利法的规定，与国际上通行的规定基本上是一致的。
二、对违反法律、行政法规的规定获取或者利用遗传资源，并依赖该遗传资源完成的发明创造，不授予专利权。
这一规定是这次修改专利法新增加的内容。主要是根据我国已参加的国际公约即《生物多样性公约》的有关规定，为规范依赖遗传资源进行发明创造的行为，维护国家利益而作出的规定。
遗传资源是指来自植物、动物、微生物或其他来源的任何含有遗传功能单位的、有实际或潜在价值的遗传材料。依据本法的规定，依赖遗传资源完成的发明创造，其遗传资源的获得和利用（如克隆遗传资源）应当符合中国有关法律、行政法规的规定。依赖遗传资源完成发明创造的，专利申请人在专利申请文件中应当说明遗传资源的直接来源和原始来源；无法说明原始来源的，应当陈述理由。经国家知识产权局审查，如果该遗传资源的获取或者利用违反国家法律、行政法规的，将不授予专利权。对已授予专利权，发现其赖以完成发明创造的遗传资源的获取或利用是违反法律、行政法规的，根据本法第四十五条的规定，任何单位或者个人可以请求专利复审委员会宣告该专利权无效。
从严格意义上说，保护遗传资源并不属于专利法的内容，但由于依赖遗传资源完成的发明创造，一旦被授予专利权，便具有了独占性，使提供遗传资源的国家不仅不能分享专利权人因此获得的经济利益，相反，如果使用其专利，还要支付许可费。这对于遗传资源的提供国来说是不公平的。实践中，随着生物技术的发展，遗传资源在农业、医药、化工、环保等领域发挥着越来越重要的作用。由于缺乏有效的制度和措施，创新能力较强的发达国家往往随意获取和利用他国（主要是发展中的遗传资源丰富的国家）的遗传资源，损害其利益。为此，1993年生效的《生物多样性公约》（CBD）规定了一系列遗传资源保护规则。比如CBD确立的国家主权原则、事前知情同意原则和惠益分享原则，即各国对其遗传资源拥有主权，遗传资源的取得须经提供这种资源的缔约国事先知情同意，并应就所得惠益与提供国公平分享。一些国家如印度、巴西、安第斯共同体等国家或地区也在本国或者本区域内制定专门保护遗传资源的法律，并相应修订专利法，明确专利申请人应当在申请文件中披露遗传资源的来源，否则将驳回专利申请，对已授权的专利宣告无效。
对于是否通过知识产权法律加强对遗传资源的保护，国际上主要有三种意见：（1）印度、巴西等资源丰富的发展中国家提出，为了落实CBD的原则，应当修改TRIPS等国际公约，规定专利申请人有披露遗传资源来源的义务。（2）以美国为代表的部分发达国家，强烈反对为落实CBD原则而修改TRIPS等国际公约；其主张在专利法框架之外，由各国单独立法对遗传资源实施保护，并由当事人通过签订合同落实CBD的事前知情同意等原则。（3）欧盟国家同意在专利法中落实遗传资源来源的揭示义务，但是反对将其和专利权的效力联系起来。
我国是一个遗传资源较为丰富的国家，随着我国经济的发展和开放程度的不断提高，遗传资源流失的情况时有发生。比如我国野生大豆遗传资源流失案、“北京鸭”遗传资源流失案等。为了维护我国因遗传资源所应获得的正当利益，通过专利法对遗传资源进行保护，在总则中规定以依赖违法获得或利用的遗传资源所完成的发明创造不授予专利权是必要的。
第六条执行本单位的任务或者主要是利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造为职务发明创造。职务发明创造申请专利的权利属于该单位；申请被批准后，该单位为专利权人。
非职务发明创造，申请专利的权利属于发明人或者设计人；申请被批准后，该发明人或者设计人为专利权人。
利用本单位的物质技术条件所完成的发明创造，单位与发明人或者设计人订有合同，对申请专利的权利和专利权的归属作出约定的，从其约定。
【本条主旨】
本条是关于职务发明创造和非职务发明创造申请专利的权利及其专利权的归属的规定。