此后，胡塞尔又在柏林听了一个学期数学家魏尔斯特拉斯（K.Weierstrass）的数学课。在服了一年兵役之后，胡塞尔回到维也纳，随布伦塔诺学习哲学。在“回忆布伦塔诺”一文中，胡塞尔自己曾回顾布伦塔诺对他的影响：
从布伦塔诺的讲座中，我获得了一种信念，它给我勇气去选择哲学作为终生的职业，这种信念就是：哲学也是一个严肃工作的领域，哲学也可以并且也必须在严格科学的精神中受到探讨。他解决任何问题时所采取的纯粹实事性，他处理疑难问题的方式，对各种可能的论据的细致而辩证的考虑，对各种歧义的划分，将所有哲学概念都回溯到它们在直观中的原初源泉上去的做法——所有这一切都使我对他满怀钦佩和信任。
这一时期对胡塞尔有重要影响的另一位哲学家是卡尔·施通普夫（KarlStumpf），胡塞尔以后发表的最重要著作《逻辑研究》便是题献给他的。布伦塔诺的描述心理学研究和施通普夫的声音感觉分析为胡塞尔的现象学的建立奠定了基础。
而施通普夫本人也是布伦塔诺的学生，当时在萨勒河畔的哈勒大学任教。此时，胡塞尔来此的目的就是想通过任教资格考试，他于该年提交了他的答辩论文——《论数的概念——心理学的分析》，并通过了教授资格考试。
这篇任教资格答辩论文的题目显示，胡塞尔这时已经转向了对数学方法和数学的那些未经证明的前提进行哲学分析方面来了。这样，胡塞尔就在哈勒大学开始了他作为无薪讲师和哲学家的生涯，一直到他于1901年离开哈勒大学为止。
获得任教资格的这一年也是胡塞尔结婚的一年。他的妻子马尔维娜（Marvine）也是犹太人血统。女儿伊丽莎白（Elisabeth）、长子格哈特（Gerhart）和幼子沃尔夫冈（Wolfgang）分别与1892、1893和1895年出生。
崭露头角
获得任教资格后，胡塞尔的生活与其他大学教师从外表上看并没有很大区别。但在胡塞尔的内心世界中，一个“哲学工作者”的第二生命已经展开。
此时，胡塞尔不信任哲学中的大话和空话，他要求把哲学史上的“大纸票”兑换成有效的“小零钱”。他相信哲学所具有的伟大任务，但认为只有在完全澄清了这些任务的意义内涵的起源之后，才有可能解决这些任务。同时，他还拒绝形而上学的思辨，主张在“看”、在“直观”中把握到实事本身。
可以说，胡塞尔思维的现象学特征在他的哈勒时期已基本形成。也正是由于掌握了这种方法，他以后从心理主义向反心理主义的过渡才得以可能。并且我们在后面将会看到，这种方法最后成为现象学运动的最突出标志。
1891年，胡塞尔的第一部主要的哲学著作《算术的哲学》发表，该书的前四章几乎原封不动地保留了他的任教资格论文的内容。
在这本书中，威尔斯特拉司和布列塔诺的影响是显而易见的，既可以看到他早年学术训练留下的痕迹，又可以发现他后来哲学研究的一些主题。胡塞尔后来也承认，威尔斯特拉司作为一个数学家试图通过建立严格的实数系统来为数学分析提供一个坚实基础的想法，确定了他自己的哲学研究的基调。
在这部书中，胡塞尔还试图通过对数学基本概念的澄清来稳定数学的基础。这种以数学和逻辑学为例，对基本概念进行澄清的做法以后始终在胡塞尔哲学研究中得到运用，成为胡塞尔现象学操作的一个中心方法。
由于胡塞尔在《算术哲学》中对基本概念的澄清是在对心理行为的描述心理学分析中进行的，因而在此书发表后不久，他便受到了指责。最主要的批评来自数学家和逻辑学家G.弗雷格（GottlobFrege），他在《算术哲学》一书的书评中指出胡塞尔把客观的数学内涵加以心理学化。
此后，胡塞尔的研究的主要兴趣便在于建立“纯粹的”、“本质的”或“意向的”心理学，使它成为任何一门经验心理学的基础。
在哈勒大学的十几年，胡塞尔都在勤恳地“做”着哲学，关注的问题则是逻辑学和认识论方面的。尽管哈勒大学为胡塞尔提供的研究条件不甚理想，但胡塞尔仍然在1900年出版了他的另一本重要的哲学著作《逻辑研究》第一卷。
胡塞尔本来计划出版《算术哲学》的第二卷，但后来便因这部书的哲学起点不够稳定而放弃了这个打算。心理主义的困境使他放弃了这个立场并开始转向它的对立面。几年后，胡塞尔在回顾这一转折时说：
一系列无法避免的问题……不断地阻碍并最终中断了我多年来为从哲学上澄清纯粹数学所做的努力的进程。除了有关数学基本概念和基本观点的起源问题之外，我所做的努力主要与数学理论和方法方面的难题有关。那些对传统的和改革后的逻辑学的阐述来说显而易见的东西，即：演绎科学的理性本质及其形式统一和象征方法，在我对现有演绎科学所做的研究中却显得模糊可疑。我分析得越深入，便越是意识到：抱有阐明现时科学之使命的当今逻辑学甚至尚未达到现实科学的水准。而我在另一个方向上却纠缠在一般逻辑学和认识论的问题中。我那时以流行的信念为出发点，即坚信：演绎科学的逻辑学和一般逻辑学一样，对它们的哲学阐明必须寄希望于心理学。因此，在我《算术哲学》的第一卷（也是唯一发表的一卷）中，心理学的研究占了极大的篇幅。我对这种心理学的奠基从未感到过完全满意。在论及数学表象的起源，或者，在论及确实是由心理因素所决定的实践方法的形成时，我感到心理学分析的成就是明白清晰而且富于教益的。然而，思维的心理联系如何过渡到思维内容的逻辑统一（理论的统一）上去，在这个问题上我却无法获得足够的连贯性和清晰性。
此外，数学的客观性以及所有科学的客观性如何去俯就心理学对逻辑的论证，这个原则性的怀疑就更使我感到不安了。这样，我建立在流行的心理学信念——用心理学分析来逻辑地阐明现有的科学——之上的全部方法便发生了动摇，这种情况愈来愈迫使我对逻辑学的本质，尤其是对认识的主观性和认识内容的客观性之间的关系做出普遍批判的反思。每当我对逻辑学提出一定的问题并期望从它那里得到解答时，它给我的总是失望，以至于最后我不得不决定：完全中断我的哲学——数学研究，直到我在认识论的基本问题上以及在对作为科学的逻辑学的批判理解中获得更可靠的明晰性为止。
因此，胡塞尔在九十年代将其主要精力放在探讨逻辑学和认识论的基本问题上。他在此期间发表的一系列文章为以后的《逻辑研究》奠定了基础。
几年后，即1900年，胡塞尔的巨著《逻辑研究》第一卷发表，题为《纯粹逻辑学导引》。在这一卷中，胡塞尔反驳了当时在哲学界占统治地位的心理主义观点，即认为逻辑概念和逻辑规律是心理的构成物的观点；这实际上是胡塞尔本人原来所持的观点。所以胡塞尔在《逻辑研究》的前言中曾引用歌德的话来形容他对心理主义的批判：“没有什么能比对已犯过的错误的批评更严厉了。”
这些批判在当时结束了心理主义的统治，而且在今天，无论人们把逻辑定理看作是分析的还是综合的，这些批判仍然还保持着它们的有效性。可以说，随着这一卷的发表，心理主义这种形式的怀疑论连同有关心理主义的讨论在哲学史上最终被归入了档案。
在一年之后，胡塞尔又出版了《逻辑研究》的第二卷：《现象学与认识论研究》，它们由六项研究组成。在这六项研究中，胡塞尔通过对意识的现象学本质分析揭示了逻辑对象的观念性，由此而试图从认识论上为逻辑学奠定基础；分析的结果表明，在一种特殊的范畴直观中可以把握到所有观念的、范畴的对象。这种范畴直观便是后来被称之为“本质直观”、“观念直观”或“本质还原”的方法。
《逻辑研究》一书在西方哲学史上的重要地位是确定无疑的。只要看一眼与它有关的哲学史资料和人们今天对它的评价和定论，我们便可以知道，无论是在当时，还是在九十多年后的今天，它的作用和影响在二十世纪都只有少数几部哲学著作能够与之比拟。
也正是在《逻辑研究》所获得的广泛而深入的影响的基础上，一个由当时最出色的思想家所组成的现象学运动之势才有可能形成。
这本书在主观性与客观性关系问题上的研究有两点意义。首先，对心理主义进行了彻底的驳斥。所谓的“心理主义”简单表述就是这样一种在当时逻辑哲学研究中有影响的观点：即把逻辑规律与心理规律或心理行为相混淆。其次，对作为意识根本特征的意向性仔细分析。
哥廷根大学教授生涯
随着《逻辑研究》的发表，现象学第一次出现在公众面前，由此而揭开了在二十世纪欧洲大陆影响最广泛的哲学运动——现象学运动的序幕。
正是《逻辑研究》使胡塞尔在哲学界名显天下，他于1901年被哥廷根大学聘为正教授。当时，教育部建议任命胡塞尔为哥廷根大学哲学正教授。但教育部的这一建议遭到哥廷根大学哲学教授们的抵制，最后教育部不得不为胡塞尔设立一个特别教椅。
哥廷根大学的抵制，给胡塞尔对自己能成为一名真正的哲学家的信念造成内在的危机。按比梅尔的说法，“看来，这种‘同行相轻’对他的触动远比他承认的更大。”
但无论如何，胡塞尔于1901年来到了哥廷根，并且在他周围很快聚笼了一批有志于现象学的青年学者。到了1904年，现象学作为一个哲学运动已正式形成。现象学运动史上第一个圆周的第一阶段可以说是从这时才真正开始。
这一年，胡塞尔在慕尼黑与那里的现象学家们相会。1905年慕尼黑现象学派和哥廷根现象学派开始进行相互交流。
从1910年至1912年期间，年青的现象学经历了第一个繁荣期。一大批著名的现象学文论在此期间得以发表。由胡塞尔主编并在1913年出版的《哲学和现象学研究年刊》第一卷上，第一批现象学的代表人物得以展露头脚。在这批现象学家中包括有马克斯·舍勒、亚力山大·普凡德尔、莫里茨·盖格、阿道夫·莱纳赫（AdolfReinach）、约翰·道伯特等等。
胡塞尔本人在《年刊》第一期（1913年）上发表的《纯粹现象学和现象学哲学的观念》第一卷则公开表明他的思想已经进入到一个新的阶段。
从《逻辑研究》到他的另一本重要哲学著作——《纯粹现象学和现象学哲学的观念》（第一卷）——的出版，其间又经过了13年的时间，因此我们可以说胡塞尔活着的时候远非一位多产的哲学家。这可能与他时时处处都追求“严格性”不无关系，也可能与他的方法有关，因为他不是那种试图“一劳永逸”地解决所有哲学问题、建立哲学体系的哲学家。
直到临终前，胡塞尔也不认为自己已经完成了现象学的全部工作，他实际上总是坚持认为现象学是一项不可能在一代人身上完成的事业，并且不同哲学家走向现象学的路也可以是不同的。这种试探性的、无固定路线和方式的研究之路正是现象学的根本特征。
但这决不意味着胡塞尔没有“写出”现象学的东西。实际上，在他的全部文字作品中，胡塞尔生前所发表的作品与他写下的生前未能发表的手稿比较起来相对数量上是很小的。
面对如此大量的手稿，有人认为他是“通过笔来思考”的。一方面，胡塞尔对自己要求非常严格，不成熟的思想决不拿出去发表。另一方面，他总是在对“现象”作出最细微的描述，而这些“现象”往往是突然跃现在脑际的，需要马上记录下来，否则就会永远消失，再也不会出现了。所以，胡塞尔的绝大部分手稿是以伽氏速记法写下来的，从中我们能感觉到胡塞尔当时的那种稍纵即逝的精神创作过程。
尽管这期间胡塞尔没有发表重要的现象学著作，但他还是通过教学和其他学术活动对德国哲学界施加着影响。例如，1902年新康德主义者T.李普斯的一个学生J.道伯特去哥廷根拜访了胡塞尔，然后把《逻辑研究》介绍给了李普斯在慕尼黑大学的许多学生，其中包括A.普凡德尔、M.盖格尔和A.雷纳赫等人，从而使这些康德哲学的崇拜者转向了现象学，这样就改变了德国的哲学版图。
在发表《纯粹现象学和现象学哲学的观念》第一卷的同一年，胡塞尔在为《逻辑研究》第二版所写的“引论”中有意识地强调从《逻辑研究》向《纯粹现象学和现象学哲学的观念》过渡的必然性：“《逻辑研究》是一部突破性著作，因而它不是一个结尾，而是一个开端。”
但是，一方面，由于胡塞尔在《逻辑研究》第二卷用大量的篇幅来讨论意识活动的因素和结构并且自己也把现象学称之为描述心理学；另一方面，由于胡塞尔在这些分析中大段地重复了他在《算术哲学》中所做的研究，所以许多人认为胡塞尔仍然没有摆脱心理主义，认为他所说的“现象学”仍然是一门心理学。
因此，在《纯粹现象学和现象学哲学的观念》中，胡塞尔在书名中便用纯粹现象学来区分他以前所说的“描述现象学”。他在“前言”中明确地指出：纯粹现象学“是一门本质上新型的、由于它原则上的独立性而为自然思维不易理解，从而至今才得以发展的学科”，它“不是心理学，并且它之所以不能被看作是心理学，其原因不在于偶然的划界和术语，而在于其根本的原则。”