九寨沟的森林有近两万公顷，密布在2000米至4000米的高山上。主要树种有红松、云杉、冷杉、赤桦、领春木和连香树等。
在九寨沟的原始森林中，还栖息着珍贵的大熊猫、白唇鹿、苏门羚、扭角羚和金猫等动物。湖泊中野鸭成群，天鹅、鸳鸯也常来嬉戏。
九寨沟的植物、动物以及独特的地理环境，构成了一幅令人称奇的自然景观。
（一）珍稀植物
九寨沟山地切割较深，高差悬殊，植物垂直带谱明显，植被类型多样，植物区系成分十分丰富。区内有高等植物2576种，其中国家保护植物24种；低等植物400余种，其中藻类植物212种，而且有40种植物属四川首次发现的特别物种，为九寨沟独有。许多古老的孑遗植物保存良好，国外著名植物学家波士曼博士说：“九寨沟是个丰富多彩的博物馆，是实力雄厚的基因库。”
1.彩林植物
九寨沟莽莽的林海，随着季节的变化，也会呈现出瑰丽的色彩变化。初春的山间丛林，红、黄、紫、白各种颜色色杜鹃花点缀其间，山桃花、野梨花争相吐艳，夹杂着嫩绿的树木新叶，使整个林海繁花似锦。盛夏是绿色的海洋，新绿、翠绿、浓绿、黛绿，绿得那样的丰富，显现出旺盛的生命力。深秋，深橙色的黄栌，浅黄色的椴叶，绛红色的枫叶，殷红色的野果，深浅相间、错落有致，真可谓万山红遍、层林尽染。
在暖色调的衬托下，湖水显得更蓝。蓝天、白云、雪峰和彩林倒映于湖中，呈现出光怪陆离的水景。入冬，白雪皑皑，冰幔晶莹洁白，莽莽林海，似玉树琼花，银装素裹的九寨沟显得洁白、高雅，像是置放在白色瓷盘中的蓝宝石，更加璀璨夺目。
九寨沟的枫树属落叶乔木，树身伟岸。春季，花叶同放，花朵呈别致的金绿色；秋天，树叶骤然变红，红得鲜艳蓬勃，多长于山麓河谷，是美化环境、点染秋色的理想树种。
九寨沟的椴树属落叶乔木，喜光，生长速度快，秋天叶片变成了浅黄色，像太阳洒下的金色光点。椴树木质优良，纹理细致，是建筑、造纸和制作家具的优质木料，并可作为庭园树和蜜源树。
九寨沟山杏属蔷薇科，落叶乔木，阔叶卵形。春天开粉色花朵，初夏结核果，秋天叶片变成紫色。此树耐寒、喜光、抗旱，而且树龄很长，是林海中的寿星之一。
九寨沟的黄栌属漆树科，落叶灌木，叶呈卵形，初夏开花，入秋后叶片变成橙色，可作黄色染料。木材可用来制作各类器具。
2.水生植物
九寨沟的湖泊星罗棋布于林间沟谷，澄碧透明，水上水下自有草木装点，即便是枯木沉没水底，仍有水绵、水藻等附生，其间浮于水面的巨树，死而复生，天长日久，又变成了长满新生花草的小岛。水生植物给九寨沟的湖泊、瀑布和溪流增添了奇姿异彩。
九寨沟的水生植物可分为四大类，即水生乔木、灌木、挺水植物和沉水植物。
在树正叠瀑布上，分布着以南坪青杨和高山柳为主的水生乔、灌木。在诺日朗群海、珍珠滩和盆景滩同样丛生着耐湿喜水的杨、柳，这就形成了九寨沟独特的林水相亲、树生于水中、水流于林间的奇妙景观。
挺水植物主要分布于芦苇海、箭竹海、天鹅海和芳草海的浅水湖区，以芦苇、水灯心、水葱、节节草和莎草组成的挺水植被为主，构成了芳草萋萋、碧水清清的优美景观，并为野鸭、鸳鸯、天鹅和鹭鸟等水禽提供了适宜的生活环境。
沉水植物主要分布在五花海和五彩池。这些沉水植物以轮藻、水韭和水锦为代表，其中包括粗叶泥炭藓、牛角藓等，起初是绿色，成熟后呈橘红色。轮藻常生于水流缓慢的钙质水域。
水锦的藻体则由筒状细胞连接成不分枝的丝状群体，含有一条或多条螺旋形鲜绿色的色素体。透过清澈的湖水看这些沉水植物，十分悦目，就像在观赏一大片艳丽柔美的丝绒织锦。
3.地衣植物
如果说九寨沟是一颗神奇的宝石花，那么，地衣就是镶嵌在这颗宝石花上的翡翠。九寨沟的地衣按其形态可分为壳状地衣、叶状地衣、枝状地衣和胶质地衣四大类。
九寨沟原始森林分布着厚厚的枝状地衣。涉足林中，仿佛站立在绿茵茵、蓬松松、一尘不染的绒毛地毯上，真想躺下去美美地睡上一觉。
松蔓地衣属地衣门、松蔓科，飞舞的松蔓如柔软的丝绸般常悬挂在高山针叶林的枝干间，长的可达一米以上。有的灰绿色、有的灰白色，这种宛如热带苔藓林的景观，给人以原始、野朴和神秘莫测之感。
松蔓还是用途广泛的药材，可从中提取松蔓酸等抗菌素，又可用作祛痰剂和治疗溃疡炎肿、头疮、寒热等疾病。
喇叭粉石蕊丛生于林中小灌木上，一眼望去，绿绒绒的，有如绿涛翻腾，殊为美观。
4.孑遗植物
九寨沟独特的地理环境，使许多古老的孑遗植物得以在峡谷的掩护下，逃避了第四纪古冰川期的吞噬，存活繁衍至今。
这些形态原始的孑遗植物，都是早在一亿年前的白垩纪就已出现了的古老树种。对于研究植物系统的演化以及植物区系的演变均有一定的科考价值。
5.松科植物
白皮云杉属常绿乔木，高达25米、胸径0.5米。数量少，零星生长在海拔2600米至3700米的地带。白皮云杉属于国家重点保护植物，为我国四川特产树种。木材较轻，结构细致、质坚韧，是优良的建筑和纤维工业用材。
麦吊杉松科云杉属常绿乔木，树冠尖塔形，大枝平展，侧枝细而下垂。生长在海拔2000米至2800米的地带，是亚高山针叶林的主要群种之一，也是良好的工业用材。
麦吊杉也属国家重点保护植物，为我国特有树种。木材坚韧、纹理细密，是飞机、车辆、乐器、建筑和家具等工业的优良用材。在九寨沟分布区内，可作为森林更新和荒山造林的主要树种。
红豆杉科红豆杉属植物常绿乔木，最高可达20米，胸径0.1米至0.5米，最大可达0.8米。生长在海拔1600米至2400米地带的常绿阔叶林、常绿与落叶阔叶混交林和针阔混交林下，多为小乔木或灌木状。
红豆杉为我国特有树种。木材纹理直，结构细密，坚实耐腐，为水利工程的优良用材。红豆杉种子含油百分之六十以上，可供制皂及炼制润滑油，并有驱蛔和消食的作用。红豆杉树形美观，还可作为庭园的观赏树种。
连香树科连香树属落叶大乔木，高达40米，胸径可达3米以上。生长在海拔1800米至2800米地带的山地阴坡及沟谷之中。
连香树属国家重点保护植物。连香树科仅有一属一种，是分类系统上孤立、形态上特殊的种类，代表了古老的残遗类群，在研究植物区系的演变上有一定的科考价值。连香树是工业产品中重要的香味增强剂，秋季叶片变成金黄色，具有观赏价值。连香树生长快，易繁殖，可作为山地绿化树种。
三尖杉乔木，生长在海拔1000米至3000米的针阔混交林中。木材呈黄褐色，纹理细致，坚实有弹性，可供建筑桥梁等建筑材料中的细木工用。种仁含油量为55％至70％，可作为工业原料。叶、枝、种籽可提取多种植物碱，有很高的药用价值，对治疗淋巴肉瘤及白血病等有一定疗效。
6.落叶灌木
领春木属落叶灌木或小乔木，生长在海拔1800米至2400米地带的溪边林下或灌木丛中。领春木也属国家重点保护植物。
领春木科仅一属二种，代表了古老的残遗类群，在研究昆栏树目的系统演化和植物区系的演变上有一定的科考价值。领春木早春时节花先于叶开放，十分悦目，可驯化为观赏树种。