董卓虽然被杀死了，但是京城的太平日子还远没有到来。
当时董卓的女婿牛辅屯兵在陕西，因被手下出卖而被杀。刘辅死后，他的手下的几个校尉李傕、郭汜、张济都很恐慌，害怕朝廷惩罚他们。于是他们向长安暗示，如果可以赦免他们，他们愿意带兵归降。可是当时主理朝政的司徒王允是一个不通变更的强硬分子，他认为此三人是董卓余孽，不可以被赦免。于是李傕、郭汜、张济三人采用了贾诩（字文和）的点子，在长安以西的雍、凉两等地收集军马，途中又遇到了董卓的旧部樊稠、李蒙、王方等人，于是他们和兵一处，攻打长安。长安在被围了十天之后，终于被攻破，吕布逃跑了，准备去投奔袁术，而王允不肯逃，要与朝廷共存亡，他被李、郭等人抓住了。城破之后，李、郭等人使兵掠城。他们将王允全家杀死弃市，其他参与谋害董卓的人也未能幸免。甚至因为王允、吕布、李肃等人是并州人的缘故，他们杀了一大批并州人。
杀人报仇之后，这几位爷迫使朝廷让他们做了将军——李傕做了车骑将军，郭汜做了后将军，樊稠做了右将军。他们三位把长安城分为三个防区，各管一区，而他们的士兵都是目无法纪的，把京城百姓都当成被他们征服的奴隶。而张济的实力比不上他们三位，就做了骠骑将军，离开长安，屯兵弘农。
不久，李傕为了争权，杀死了樊稠。郭汜害怕成樊稠第二，整天提心吊胆，最终还是与李傕刀兵相见。他们在长安一带打来打去，一直打到了兴平二年。由于董卓先前的暴政，长安城的百姓本来就很困苦，与关东的州郡早已没有贸易联系。这两位一打就是几年，长安的物资更是稀缺，物价飞涨麦子的价钱都涨到了两千万钱一斛。《后汉书》里提到长安“人相食啖，白骨委积，臭秽满路”。
李傕将汉献帝从宫里接了出来，安置在自己的营盘内，满朝公卿，忠心耿耿，徒步随天子的车驾也来到了李傕的营盘。李傕又派一部分公卿去郭汜那里求和，郭汜又把这部分公卿扣留在自己的营盘内。这时张济赶到长安，出面调停，两人才答应和解，于是李傕放出皇族，郭汜放出公卿。
皇帝的公卿在郭汜和杨定、杨奉、董承等人的护送下离开了长安，当人马走到华阴的时候，郭汜突然后悔，想再次劫持皇帝。杨定、杨奉等和他打了一仗，将他打败。郭汜回到长安后又约了李傕，准备再次来抢皇帝。十一月时，皇帝和公卿的队伍在弘农的东涧被李、郭追上，他们抵挡不住，死了不少公卿。杨定和杨奉只好请来流寇韩暹、胡才、李乐等人帮忙，终于打败了李、郭，逃到了河东，后来又到了洛阳。
这时韩暹、胡才、李乐都被封了将军，不过这几位流寇也不是什么善主，皇帝公卿们在他们的手里也还是没有什么好日子过。
二、击袁术灭吕布
袁术与袁绍有隔阂，袁术向公孙港求援，公孙浪派刘备驻守高唐，单经驻平原，陶谦驻守发于，以此来逼迫袁绍。曹操和袁绍联合攻击，都打败了他们。
四年春季，曹操驻军哪城。荆州牧刘表切断袁术运粮的通道，袁术率军进入陈留郡，驻守封丘县，黑山军的残部和放夫罗等辅佐他。袁木派部将刘详驻守匡亭。曹操攻击刘详，袁木救援他，与袁术交战，把他打得大败。袁木退守封丘，就包围封丘，尚未合围，袁术向襄邑逃跑，逃到大寿，挖开渠水灌城。袁木逃到宁陵，又追到宁陵，袁述逃到九江。夏季，曹操回军定陶。
这年，孙策接受袁术派遣渡过长江，几年间，就占有了江东。
兴平元年春季，曹操从徐州回来。当初，曹操的父亲曹嵩，辞退官职之后回到谯县，董卓之乱时，到琅琊避难，被陶谦杀害，所以曹操志在复仇，向东讨伐。夏季，派荀或、程昱驻守哪城，再次征讨陶谦，攻占了五座城邑，最后占领了直到东海的地区。回来经过郯县时，陶谦的部将曹豹和刘备在郯县的东部驻守，中途截击曹操。曹操打败了他们，终于攻占了襄贲，所经过的地方大多遭到破坏、屠杀。
恰逢张邈和陈宫反叛，迎接吕布，各郡县都响应。苟或、程昱保卫哪城，范县东阿二县牢固地防守，曹操就领兵回来。吕布来到，攻打鄄城未能攻下，驻扎在西面的濮阳，曹操说：“吕布一天就攻占一个州，却不能占据东平，切断亢父、泰山的通道，凭借险要之地中途截击我，反而驻守濮阳，我判断他不能有所作为。”于是进军攻打吕布。吕布出兵迎战，先用骑兵冲击青州兵。青州兵逃跑，曹操的兵阵混乱，他驰马从火海中冲出，从马上摔下来，烧伤了左手掌。司马楼异搀扶着曹操上马，才带着他离开。他们未到军营就停下来，各将领没有见到曹操，都担心害怕。曹操于是自己支撑着去慰劳军队，命令军队赶紧准备进攻的器械，再次进攻吕布，跟吕布僵持了一百多天。这时发生了蝗虫灾害，百姓遭受大饥饿，吕布的粮食也吃光了，各自撤军离开。
秋季九月，曹操回到鄄城。吕布到达乘氏县，被他的同县人李进所打败，往东到山阳县驻守。这时，袁绍派人劝说曹操，想连络和好。曹操新近丢掉了兖州，军粮吃光，准备答应他。程昱劝阻曹操，曹操听从他的意见，冬季十月，曹操到了东县。
二年春季，曹操袭击定陶。济阴太守灵资守卫南城，没有攻下。恰逢吕布来到，曹操又打败了他。夏季，吕布部将薛兰。李封在巨野驻守，曹操攻击他，吕布援救薛兰，薛兰战败，吕布逃跑，终于斩了薛兰等人。吕布又从东缗和陈官带领一万多士兵前来交战，当时曹操士兵少，便设下埋伏，出奇兵袭击，大败吕布。吕布夜里逃跑，曹操再次进攻，攻下了定陶，分兵平定了各县。吕布向东投奔刘备，张邈跟从着吕布，派他的弟弟张超带领家属保守雍丘。秋季八月，曹操围攻雍丘。冬季十月，皇帝任命曹操为充州牧。十二月，雍丘被攻陷，张超自杀。曹操灭了张邈三族、张貌到袁术那里请求救兵，被他的部下所杀，衮州平定，就向东攻取陈国地区。
这年，长安骚乱，皇帝往东迁徙，在曹阳战败，皇帝渡过黄河逃到安邑。
建安元年春季正月，曹操的军队到达武平，袁术所置的陈国国相袁嗣投降。
汝南、颍川郡的黄中军何仪、刘辟、黄邵、何曼等部，各有数万人，起初响应袁术，又依附孙坚。二月，曹操进军讨伐，打败了他们，斩了刘辟、黄邵等，何仪和他的部下全部投降。皇帝任命曹操为建德将军。夏季六月，升为镇东将军，封为费亭候。秋季七月，杨奉、韩逞偷偷逃跑了。皇帝授予曹操符节、黄铖，总领尚书事。洛阳残破，董昭等劝说曹操把都城迁到许县。九月，皇帝出圜辕关而迁往东面的许县，任命曹操做大将军，封为武平候。自从皇帝往西迁都长安，朝廷一天比一大混乱，到这时宗庙、社稷制度才建立。
皇帝东迁的时候，杨奉从梁县企图截击皇帝，没有赶上。冬季十月，曹操征讨杨奉，杨奉向南投奔袁术，就攻打他的梁县的军营，占领了它。这时朝廷任命袁绍做太尉，袁绍对自己的官职在曹操之下而感到羞耻，不肯接受。曹操于是坚决推辞，把大将军的官职让给袁绍。皇帝任命曹操做司空，兼车骑将军。这年采用冬抵、韩浩等人的建议，开始实行屯田制。
张济从关中跑到南阳。张济死后，侄子张绣统领他的部队。建安二年春季正月，曹操到达菀城，张绣投降，不久为此而后悔，再次反叛。曹操跟他交战，军队打了败仗，自己被流箭所射中，大儿子曹昂。侄子曾安民遇难。曹操于是率领军队回到舞阴，张绣带领骑兵前来侵掠，曹操打败了他。张绣逃到穰县，与刘表联合。曹操对各将领说道：“我接受张绣等人投降，错误在于没有立即取得他们的人质，以至弄到这种地步，我明白失败的原因了。各位看吧，从今以后不会再失败了。”于是回到了许都。
袁术打算在准南称帝，派人告诉吕布。吕布扣留了他的使者，把他的信上报朝廷。袁木恼怒，攻打吕布，被吕布所打败。秋月，袁术侵扰陈县，曹操东征袁木，袁术听到曹操亲自前来，扔下军队逃跑，留下他的部将桥蕤、李丰、梁纪、乐就；曹操到达，打败了桥蕤等人，把他们全斩了。袁术逃过淮河。曹操回到许都。曹操从舞阴回来，南阳、章陵各县又反叛而归附张绣，曹操派曹洪攻打他们，失利，退守叶县，不断地被张绣、刘表所侵扰。冬季十一月，曹操亲自往南征讨，到达宛城。刘表部将邓济据守湖阳。曹操攻占了湖阳，活捉了邓济，湖阳投降。攻打舞阴，也把它攻下了。三年春季正月，曹操回到许都，开始设置军师祭酒的官职。三月，曹操在穰县围攻张绣。夏季五月，刘表派兵救援张绣，切断曹军的后路。曹操率领军队往回撤退，张绣的军队前来追赶，曹操的军队不能前进，就连接军营逐渐向前推进。曹操写给苟或的信说：“敌人前来追赶我，即使一天走几里地，我估计到达安众，必定打败张绣了。”到达安众，张绣和刘表的军队联合把守险要地区，曹操的军队前后受敌。曹操于是乘夜在险要地区开凿地道，全部运走了军用物资，设置奇兵。正好天亮，敌人以为曹操偷偷逃跑了，全军前来追赶。于是出动奇兵，步兵和骑兵夹击，大败敌军。秋季七月，曹操回到许都，苟或问曹操：“先前预料敌人必定失败，根据什么呢？”曹操说：“敌人阻截我回军，而跟被置于死地的我军交战，我因此知道必定能够取胜。”
吕布又为袁术派遣高顺攻打刘备，曹操派遣夏侯停援救刘备，交战不利。刘备被高顺打败。九月，曹操东征吕布。冬季十月，在彭城进行屠杀，前进到了下邳，吕布亲自带领骑兵迎战。大败吕布，俘获了他的勇将成谦。追赶到城下，吕布恐慌，准备投降。陈官等人阻止了他的打算，向袁术求救，鼓励吕布出城交战，又战败，于是回城固守，曹操没有将城攻下。这时曹操连续作战，士兵疲惫，打算回军，采用苟攸、郭嘉的计策，决开泅水、沂水来灌注下邳城。一个多月后，吕布的部将宋宪、魏续等人逮捕陈官，全城投降；活捉了吕布、陈宫，把他们杀了。大山郡的臧霸、孙观、吴敦、尹礼、昌稀各自聚集一帮人。吕市打败刘备的时候，臧霸等人全跟随吕布。昌市战败，俘获了臧霸等人，曹操宽厚地接纳、对待他们，最后划出青州、徐州靠海区委派他们管理，分出琅琊东海、北海设立城阳、利城、昌虑郡。
三、战官渡破袁绍
袁绍已经并吞了公孙瓒，兼并了四州的地区，军队十多万人，将要进军攻打许都。各将领认为不可抵抗。曹操说：“我了解袁绍的为人，志向大而才智小，表面严厉而内心怯懦，嫉妒刻薄而缺少威望，士兵虽多却指挥等画不当，将领骄横而且政令不统一，土地虽然广阔，粮食虽然丰足，却正好是把这些作为我的奉献啊。”秋季八月，曹操向黎阳进军，派臧霸等进入青州攻破齐、北海、东安，留下于禁在黄河边驻守。九月，曹操回到许都，分出部分兵力把守官渡。冬季十一月，张绣率领部队投降。十二月，曹操在官渡驻军。
二月，袁绍派遣郭图、淳于琼、颜良在白马攻打东郡太守刘延，袁绍领兵到了黎阳，将要渡过黄河，夏季四月，曹操往北救援刘延，苟攸劝说曹操道：“如今我们兵力少不能抵挡，分散敌人的兵力才可以取胜。您到了延津，装作准备渡过黄河向他们的后方进军，袁绍必定往西迎战您，然后派轻装部队袭击白马，趁他们没有防备，就可以捉住颜良了。”曹操听从了苟攸的计策。袁绍听说曹军渡过黄河，立即分出兵力往西迎战曹军。曹操就率领军队急行，直奔白马，离白马尚有十多里，颜良大惊，前来迎战。曹操派张辽、关羽做先锋，先打败了敌人，斩了颜良，终于解除了白马之围，迁徙白马的百姓，循着黄河朝西走。袁绍在这时渡过黄河追击曹操的军队。追到延津的南面，曹操指挥军队在西面山坡下扎营，派人登上营垒了望敌军，报告说：“大约有五六百骑兵。”过了一会儿，又报告：“骑兵逐渐增多，步兵多得数不过来。”曹操说：“不用再报告了。”就下令让骑兵卸下马鞍放开马匹。这时，白马驻军的辎重已经上路。各将领认为敌军的骑兵多，不如回去守卫军营。苟攸道：“这是用来引诱敌人上钩的，为什么要离开这儿呢！”袁绍的骑兵将领文丑和刘备带领五六千骑兵先后来到。各将领又说：“可以上马儿了。”曹操说：“可以了。”于是大家都上马，当时骑兵不足六百人，就挥军出击，大败敌军，斩了文丑。颜良、文丑都是袁绍的有名将领，两次交战，都被擒杀，袁绍的军队大为震动，曹操回军官渡。袁绍进军保卫阳武。关羽逃回刘备那儿。
八月。袁绍连接营垒逐渐向前推进，靠着沙丘驻扎，从东到西连绵数十里。曹操也分扎营垒跟敌方对抗，交战不利。当时曹操兵力不足一万人，伤员占十分二三。袁绍军队前进到官渡，堆土山挖地道。曹操也在营内堆土山挖地道，跟敌军对抗。袁绍军射箭人曹军营中，箭下如雨，走动的都要用盾牌遮挡，大家非常害怕。这时曹操粮食少，给苟或写信，商议打算撤回许都，苟或认为“袁绍全部人马聚集在官渡，准备跟您决一胜负。您以最弱小的兵力对抗最强大的敌军，如果不能制服他，必定被敌军所追逐，这是天下的重大转机啊。况且袁绍只是一个一般的豪雄罢了，能够聚集人才却不能使用人才。凭借您的神武英明并且加上以天子之命讨伐叛乱的正当名义，有什么事而不能做成功呢！”曹公听从了荀或的意见。