在这一时期，他的进言主要表现在以下几件大事上：
第一件大事是，首先是他按照儒家传统的治国之道的要求进陈了“三言”、“五规”。他的“三言”是指关系国家盛衰的君道、官吏、军队三大关键问题如何改进。他把三个问题分别称之“陈三德”，“言御臣”，“言练兵”。关于君道问题他提出了仁君大德有三，曰仁，曰明，曰武。其大意是作为一个好的君主，必须搞好自己的修养，提出人君的标准之一是“仁”，主要是“兴教化，修政治，养百姓，利万物”；标准之二是“明”，主要是“知道义，识安危，别贤愚，辨是非”，第三是“武”，是要做到“惟道所在，断之不疑，奸不能惑，佞不能疑。”他认为，上述三条是人君治好国家的根本条件，因为在他看来，国家之盛衰系于人君一身。他把国家命运完全寄托于皇帝。所谓“御臣”，主要讲的是对官吏的选拔和赏罚，他说：“臣闻致治之道无他在，三而已。一曰任官，二曰信赏，三曰必罚。”在“言练兵”一条中，他提出了整顿军队的意见，主张精简军队，提高战斗素质。关于“正规”之谏，是在“陈三德”的基础上进行规劝人君治理好国家，提出的一些补充意见。所谓“五规”，第一规谓之“保业”，劝诫皇帝要“夙兴夜寐，兢兢业业”地求治，说明国家政权“得之至艰，守之至难”的道理。第二规谓之“惜时”，就是要求皇帝不失时机“立纲布纪，定万世之业”，他把皇帝基业比做一座巨室，要求守巨室将以传其子孙的皇帝“实其基堂，壮其柱石，强其栋梁，高其垣塘，严其关键。”巨室筑成之后，要求做到使其“亘千万年无颓坏。”他说：“夫君者国之堂基也；礼法者，柱石也；公卿者，栋梁也；百吏者，茨盖也；将帅者，垣塘也；甲兵者，关键也。是六者不可不朝念而夕思也。”这段话表明了司马光治国思想的基本观点，完全是一派封建贤臣的金玉良言。第三规谓之“远谋”，劝皇帝要有深谋远虑，“制治于未乱，保邦于未危。”第四规谓之“重微”，劝皇帝时时警惕，做到防微杜渐，“销恶于未萌，洱祸于未形。”第五规谓之“务实”，强调“为国家者必先实而后文”，凡一切政教设施，必须讲求实际，做到“拨去浮文，悉敦本实。”以上五规均以“保业”为目的，其余四规都是为实现这一目的的具体途径。“三言”，“五规”的提出，构成了司马光治国之道的方案，也是他的政论思想之纲目和明确的施政纲领。这些建议虽不曾被最高统治者所采用，但却在统治者集团内部产生了较好的影响。
第二件大事是继续恳请建储。这是司马光为谏官之后所关注的第二件大事。作谏官之前，他曾接连三次上疏，力陈早日建储的必要性和迫切性。任谏官后的第一次面见仁宗皇帝，就当面提醒他说：“臣昔通判并州，所上三章，愿陛下果断力行。”（顾栋高《司马温公年谱》卷2）仁宗帝也当面赞扬了他的上疏是“忠臣之言”。后来仁宗得病，皇位继承人还没确定下来。因为怕提起继位的事会触犯正在病中的皇上的忌讳，群巨都缄口不言。司马光此前在并州任通判时就三次上奏提及此事，这次又当面跟仁宗说起。仁宗没有批评他，但还是迟迟不下诏书。司马光沉不住气，又一次上书说：“我从前上呈给您的建议，马上应实行，现在寂无声息，不见动静，这一定是有小人说陛下正当壮年，何必马上做这种不吉利的事。那些小人们都没远见，只想在匆忙的时候，拥立一个和他们关系好的王子当继承人，像‘定策国老’、‘门生天子’这样大权旁落的灾祸，真是说都说不完。”仁宗看后大为感动，终于下了决心，把他的奏章发送中书省会议定实行。事隔不久，仁宗将其堂兄濮安懿王赵永让的第13子赵曙立为皇太子。两年以后，仁宗就死了，遗诏命赵曙即位，他就是宋英宗。这个关系到统治核心是否稳固的大问题，在司马光的努力下，终于得到了解决。
第三件大事是调解英宗和皇太后的皇室内部矛盾。宋仁宗于嘉祐八年（1063年）三月病故，赵曙于四月一日正式即皇位，几天之后生了重病，不能亲政，由皇太后曹氏垂帘，代管军国大事。当时北宋统治表面平静，实际上是内外矛盾尖锐，处在危机四伏之中。司马光等人为此忧心忡忡，深怕不是亲生母子的曹太后同英宗皇帝不和，造成统治核心的分裂。情况确实如此，英宗多病，同母太后的关系时好时坏，在病重时对母后“时有不逊语”，加上有人从中离间，弄得太后大不高兴，一些曾反对立英宗为太子的大臣就“乘机阴进废立之说”（朱熹《三朝名臣言行录》卷1）。在这种情况下，使得两宫的矛盾日益加深，司马光绞尽脑汁，一再上疏调和两宫的关系，重点是明陈两宫不和的危害性，苦口婆心地劝导英宗孝谨太后，在他的调停下终于收到很好的效果，从而巩固了统治核心的内部团结，避免了一场危机的发生。后来，太后终于还政于英宗，而母子和好的情况继续加强。
第四件大事是在任谏官期间，本着“安国家，利百姓”的原则为民请命。司马光有较长时期在地方做官，对老百姓的困苦有所了解，他有一首名为《道傍田家》（《皇朝文鉴》卷21）的诗，道出了农民的艰苦情况：
田家翁妪俱垂白，败屋萧条无壮息。
翁携镰索枢携箕，自向薄田收黍稷。
静夜偷春避债家，比明门外已如麻。
筋疲力敝不入腹，未议县官租税促。
这首诗的内容表明司马光对下层农民的疾苦是很关心的，他对城市贫民也很同情，在另一首诗中写道：
因思闻井民，糊仰执薄技。
束手已连旬，妻儿日憔悴。
囊钱与盎米，薪木同时匾。
败衣不足准，搏手坐相视。
（《传家集》卷3，《八月十七夜省·纪事呈同舍》）
鉴于这种情况，司马光想到自己负有解救斯民之责，深深感到有愧于心，认为必须设法富民，使之能得到温饱，于是又写道：“一夫有不获，伊尹深为羞。何当富斯民，比屋困仓稠。”（《传家集》卷32，《言蓄积札子》）很想在这方面实现他的愿望。他在谏官任上，除了关注于巩固国家基业的大事之外，也本着“国以民为本”的原则，进谏了一些要求关心人民疾苦，减轻人民负担的意见，其主要内容是根据孔子“节用而爱民”的思想，请求统治者带头崇尚节俭紧缩财政开支，禁止乱摊乱派和惩治横征暴敛之官，同时还要求统治者爱惜民力，不要滥征百姓当兵。遗憾的是他的这一番苦心献策，却未得到采纳。以上谏议，虽然是本着忠君、利国、养民的儒家政治原则，为统治阶段的根本利益着想，但比起当时多数昏庸腐败贪戾的统治者成员来，算得上是一位为民请命的正直、清明的好官。
2、用人先德
北宋时期在用人方面存在着相当多的弊端，这也是宋代历来积贫积弱的一个主要原因。司马光针对弊端提出过不少好的见解和主张。首先，他认为用人当以“德”为先。熙宁元年（1068），司马光向神宗荐举谏官时就根据这个原则提出三个具体的条件：一是“不爱富贵”，二是“顾惜名节”，三是“晓知治体”，前两条是德，后一条是才。他也反对近世以来，专尚文辞，以文辞代百能的取士方法，他认为，文辞，只能是艺能的人一个方面，不足以穷尽天下士之百能。司马光还主张选才用人应破除论资排辈、重门第的陈腐观念，治平四年（1067）五月，司马光上疏神宗，指出如果按照国家原先选御史官的资历范围规定，不但选中者不多，而且弊端不少。对于以门第高低来选择官员，司马光更是深恶痛绝，他提出只要有贤才就应推举，对于魏晋以来历代相因的“选举之法，先门第而后贤才”的严重弊端，认为一个人的德才，不在于世禄与贫贱，不能以门第划分，他主张建立和健全选人、用人制度；改革科举制度，设十科举士；改进延访荐举和按察制度。司马光重视推荐人才，荐举过苏武、刘恕等。当然，司马光也错举过人，他曾为此上书自责晚年做宰相时，也信任过蔡京这样的人。
3、高谋远略
司马光经常上书陈述自己的治国主张，大致是以人才、礼治、仁政、信义作为安邦治国的根本措施。他曾说修心有三条要旨：仁义，明智，武略；治国也有三要旨：善于用人，有功必赏，有罪必罚。司马光的这一主张很完备，在当时有一定积极意义。
朝廷下诏在陕西征兵二十万，民心大乱。司马光认为此举不妥当，便向掌管军事的韩椅询问。
韩琦说想用突然增兵二十万来吓唬敌人。司马光认为这只能欺骗一时，而且庆历年间征兵戍守边地，已经把老百姓吓怕了。韩椅说他不会用老百姓戍边，司马光表示不信。不出十年，事情果然如司马光所料。
还有一件事表明司马光是很有军事眼光的。
西戎部将嵬名山打算帮助朝廷捉住敌人谅祚。司马光上书反对，他认为：嵬名山的兵力不足，未必能性谅祚。即使侥幸得胜，治标不治本，以后还会产生另一个谅祚。而且嵬名山如果失败后来投奔我们，不被接纳的话，穷途末路，就会突然占据边城来活命，成为我们的祸患。
皇帝没有听从他的意见，从此西边狼烟四起。
4、保守固执
治平四年（1095）英宗去世，神宗即位。这位年仅20岁、风华正茂的皇帝很想有所作为。他欣赏王安石的变法主张，熙宁二年（1096）起用王安石为参知政事，主持变法、王安石在种宗的支持下提出一套急进、大胆的改革方案，成为变法的领袖，北宋很快掀起了一阵变法的浪潮，史称为“王安石变法”。
面对着北宋王朝内忧外患的腐败局面，面对着千疮百孔的社会现实，司马光和王安石都从维持封建王朝的统治出发，都尽力想去“补天”，都想改革，但涉及到改革的内容、改革的方法，两人就势同水火，存在着极为严重的分歧了。
司马光与王安石是老相识而且是好朋友，嘉河右年间在朝中同修起居注，神宗即位后二人又同居翰林学士之职，当时人们所称的“嘉祐四友”，就是他们俩外加吕公著和韩维。两人同为州牧判官的时候一天被包拯请到家里饮酒赏牡丹。当包拯亲自举杯劝酒时，司马光虽然平素不爱喝酒，但碍于情面，不得不勉强喝了一点，而王安石却能够坚持“终席不饮”，这种自制力使司马光后来谈起来还很佩服。司马光与王安石最大的分歧是在理财方面。
北宋中期，尽管税收比开国之初增加了几倍，但由于冗兵、冗费和冗官等庞大开支，造成了国库空虚、人不出敷的严重局面。神宗即位后首先遇到就是财政上的巨大亏缺。他向司马光、王安石等征询解决财政困难的办法。司马光主张从节约人手，他认为首先应该节省朝廷开支，注意节流，例如减少对于皇亲大臣的大量赐物等。司马光不同意这种看法，他提出节省开支不能解决根本问题，而应该从理财上着眼。两人在神宗面前曾经有过一次激烈的争论。当时河朔旱灾，国用不足，神宗下诏让司马光与王安石一同进见，商量应对办法，司马光说：“救灾节用，宜才近臣开始。”王安石反对说：“唐代常哀请免去政事堂宰相日常办事时饮食供应，时人认为常衮如果自觉不称职，应该辞去宰相的职位，不宜辞免禄食一况且府库空虚、国用不足，不是当世急务，所以造成不足的，是没有得到一位善于理财的人。”司马先说：“善于理财的，也不过赋税苛重而已。”王安石说：“并不如此，善于理财者，不加赋税而可以使国用充裕。”