阿合马为了巩固自己的地位，他想尽办法，排除异己，陷害忠良，实行顺我者昌，逆我者亡的反动政策，以巩固自己的权势，维护既得利益。凡是反对他的汉族大臣，如史天泽、刘秉忠、许衡、廉希宪等，无不受到他的排挤、打击和陷害，甚至连元世祖忽必烈的亲戚、丞相安童也被他排挤出朝廷，到极北的边境地区达十年之久。困崔斌在元世祖面前屡斥其奸，阿合马对他恨之入骨，千方百计寻找机会，一定要把他杀死才罢休。至元十五年秋七月，因江淮行省至关重要，崔斌被任为江淮行省左丞，以加强对江淮地区的管理，崔斌赴任后，阿合马心中有鬼，即以恶人先告状的惯用伎俩，罗织罪名，进行诬告，最后以擅自改任官吏、私铸铜印、增支粮食等莫须有的罪名，把崔斌和阿里伯逮捕下狱。元世祖看到阿合马诬告崔斌等人的材料，有点怀疑，很想听听崔斌、阿里伯本人的申辩，便对阿合马说：“阿里伯等说了什么吗？”阿合马当然不允许他们直接向元世祖申辩，也不会让元世祖直接听取他们的申辩。他在元世祖面前一口咬定，崔斌等人的所谓“犯罪”属实。阿合马一方面以假材料欺骗元世祖，另一方面又把崔斌等人的申辩截留不让它到达元世祖手里。最终元世祖听信了阿合马等人的谗言，下令将崔斌和阿里伯处死。至元十七年十二月二十五日，元朝历史上一桩震动朝野的大冤案终于铸成，崔斌含冤被杀，终年五十六岁。
擅权专政十恶不赦——阿合马传
一、独霸朝纲横行不法
阿合马（？~1282），回纥人。出生在花刺子模细浑河（前苏联锡尔河）畔的费纳克忒城。其家为蒙古弘吉那部按陈的属民。现在已经无法知道阿合马是怎样来到元朝的。中统元年（1260）三月，忽必烈在部分诸王的拥戴下，在开平即大汗位；中统三年（1262），阿合马被任命为中书左右部，兼诸路都转运使，元政府专门，把国家的财赋的职权委托他进行管理。阿合马上奏世祖下令分条规划，向各路运司宣布晓谕。下一年，因为河南钧州、徐州等州都有炼铁设备，请朝廷授予宣牌，以振兴冶炼的利益。世祖把开平府升格为上都，又任命阿合马为同知开平府事，兼管中书左右部照旧不变。阿合马上奏请求任命礼部尚书马月合乃兼管已经清查到的三千户没有户籍的百姓，加强炼铁行业，每年上缴铁一百另三万七千斤，用这些铁铸锻农具二十万件，换成粮食上缴给公家的一共有四万石。
至元元年正月，阿合马上奏说：“太原的百姓熬煮私盐，越境到处贩卖。各地百姓贪图他们的盐价钱便宜，争相购买食用，解州的官盐因此而卖不出去，每年上缴的盐税银子只有七千五百两。请朝廷从今年开始增加太原的盐税银子五千两，不论和尚、道士、军士、匠人等各户、都要分摊缴纳盐税，民间通用私盐可以根据他们自己的方便。”这一年秋天十一月，裁撤领中书左右部，合并到中书省，越级任命阿合马为中书平章政事，进官阶为荣禄大夫。
至元三年正月，设立制国用使司，阿合马又以平章政事的身份兼任制国用使司的事务。过些时候，制国用使司上奏：“把东京每年纳税所得的质地稀疏恶劣不能使用的布，就在当地用来买羊。真定、顺天的金银不合规格的，应当重新冶铸。别怯赤山生产石绒，把它织成布，用火不能烧着，请求派遣官员加以开采。”又上奏说：“国家的费用支出名目多数量大，今年从皇上回京以后，已经支出了纸币四十万锭，恐怕明年会不够开支，应当酌量节约使用。”十一月，制国用使司又上奏说：“桓州峪所开采的银矿，已经有十六万斤，每一百斤可以得到银三两、锡二十五斤。采矿所需要的支出，可以出售锡来支付。”世祖全都同意制国用使司的请求。
至元七年正月，设立尚书省，裁撤制国用使司，又任命阿合马为平章尚书省事。阿合马的为人，智谋多而善于言辞，以功利和取得的效益自负，人们都称赞他有能力。世祖急于使国家富起来，就试着让阿合马办事，很有成绩。又看到阿合马和丞相线真、史天泽等争辩，阿合马屡次有理由使他人屈服，由此而对阿合马的才能表示惊奇，授于他政治大权，对他的话无不听从，却不知道他的专权任性越来越厉害了。丞相安童容忍了很久，上奏世祖说：“臣下我最近上奏说凡是尚书省、枢密院、御史台应当各按照通常的制度向皇上奏事，其中的大事要经过臣下等人议定再上奏，已经得到圣旨允准。现在尚书省所有的事情都直接上奏，似乎违背了臣下我以前向皇上的奏报。”世祖说：“你所说的话的确很对。难道阿合马由于朕对他很信任，敢这样办吗？他不和你商议是不对的，应当像你所说的那么办。”安童又上奏说：“阿合马所任用的部下各官，左丞许衡认为大多任用不当，但已经得到圣旨让他咨请中书省宣布，如果不给，恐怕将来会有别的话。应当试验他的任用的人是否有能力，时间一长就会自然明白。”世祖认为安童的话有道理。五月，尚书省上奏要求清查全国的户口，后来御史台认为现在到处在捕捉蝗虫，百姓劳苦，清查户口的事情应当稍稍缓办。于是就停止不办。
开始设立尚书省的时候，有圣旨说：“凡是加以考核选举的大小官员，由吏部拟定他的资历，呈报尚书省，由尚书省咨送中书上奏。”到这时，阿合马提拔他自己的人，不经过吏部拟定，也不咨送中书省。丞相安童因此上奏，世祖命令去问阿合马。阿合马说：“事情不论大小，统统委任给臣下，所任用的人员，臣下应当自己挑选。”安童因此请求：“从今以后只有严重刑事以及调任上路总管，才归臣下管理，其余的事情一并交给阿合马，以便事情职责分明。”世祖都同意了。
至元八年三月，尚书省再次把清查核实户口的事情上奏请求分条规划下诏通告全国。这一年，上奏请求增加太原的盐税，以纸币一千锭为经常的数额，仍然让本路兼管。
至元九年，把尚书省合并于中书省，又任命阿合马为中书平章政事。第二年，又任命他的儿子忽辛为大都路总管，兼大兴府尹。右丞相安童看到阿合马专权一天比一天厉害，想补救这个弊病，就上奏说大都路总管以下的官员大多不称职，请求派人代替他们。不久又上奏说阿合马、张惠，仗着宰相的权势会经商，以此一网打尽了天下的最大利益，严重的毒害百姓，使他们走投无路而没有地方可以申诉。阿合马说：“是谁编出了这些话，臣下等要和他在朝廷上辩论。”安童进奏说：“尚书省的左司都事周祥，中木谋取暴利，罪状十分清楚。”世祖说：“像这样的人，征收完毕以后应当公开罢免他。”后来枢密院上奏请求让忽辛同企枢密院事，世祖不答应，说：“他是个胡商，一般的事情还不懂得，又哪能让他承担机要事务的责任呢？”
至元十二年，伯颜领兵攻打宋朝，渡江以后，捷报一天天传来。世祖命令阿合马和姚枢、徒单公履、张文谦、陈汉归、杨诚等人，商讨在江南推行盐法、钞法和贸易药材的事情。阿合马上奏说：“姚枢说：‘江南地区的交会如果不能通行，一定会使普通百姓失去安身之地。’徒单公履说：‘伯颜已经张帖告示明白说明不兑换交会，现在急急忙忙推行，就是在百姓中失去信用。’张文谦说：‘是不是可行，应当向伯颜询问。’陈汉归和杨诚都说：‘把中统钞交换江南的交会，有什么困难的？’”世祖说：“姚枢和徒单公履，不懂得掌握时机。朕曾经把这件事问过陈岩，陈岩也以为宋朝的交会应当尽快更换。现在商讨已经决定，就按你的话办。”阿合马又上奏说：“北方的盐和药材，姚枢和徒单公履都说可以让百姓自由贩卖。臣等认为，这件事如果让普通百姓去干，恐怕会造成混乱不统一。准备在南京、卫辉等路统一征购药材，从蔡州运盐二十万斤，禁止各种人员私下互相贸易。”世祖说：“好！就这么办。”
至元十二年，阿合马又说：“近来由于征集财物以代价军用，减免在编百姓的征税，又裁撤转运司官，让各路总管兼管按额征税，以至于国家的用度不足。臣下以为不如查验户口数字的多少，远处的归到近处，设立都转运使，估计情况增加过去的税额，选择清廉有能力的官员分别办理这件事。应该由公家和私人冶炼铸造铁器，而由官方设局专卖；仍然禁止各种人员不得私造铜器。如果这样，就能使百姓的财力不会穷尽，而国家的用度也能充足了。”于是就上奏设立各路转运使，任命亦必烈金、札马刺了、张、富珪、蔡德润、纥石烈亨、阿里和者、完颜迪、姜毅、阿老瓦丁、倒刺沙等人为转运使。有一个叫亦都马丁的人，由于亏欠公家的银钱得罪罢官，死了以后，亏欠的还有很多没有还清。中书省上奏商讨处理办法，世祖说：“这是有关钱财粮食的事，去和阿合马商讨。”
十五年正月，世祖因为西京发生饥荒，发出粮食一万石加以赈济，又告诉阿合马应当广为贮藏积蓄，以准备缺乏。阿合马上奏说：“从今以后，御史台如果没有禀告尚书省，不能随便召见管理仓库的官吏，也不能随便查究银钱谷物的数字。以及集议中书不到的，就要判罪。”他阻挠压抑监察部门就是这样。四月，中书左丞崔斌上奏说：“起先由于江南官员人数过多，担任的人也多不能称职，就命令阿里等人区别淘汰他们。现在已经明显地有了证据，却蒙蔽不向朝廷上奏，这是欺君罔上。杭州地方广大，所负的责任不轻，阿合马为私自的感情所迷惑，竟把他没有出息的儿子抹速忽充当达鲁花赤，掌握虎符，这难道是衡量才干而授以责任之道？”又说：“阿合马起先自己表示请求免去他子弟的官职，可现在身为平章政事，而他的儿子以至侄子有的担任行省参政，有的担任礼部尚书，将作院达鲁花赤，领会同馆，一门之中都处在重要地位上，自己违背过去说的话，于公道有亏。”世祖下旨全都加以罢免，但始终不把这当成阿合马的罪过。世祖曾经对淮西节度使昂吉儿说：“做宰相的人，要明白天道，察知地理，竭尽人事，兼有这三方面的人，这才是称职。阿里海牙、麦术丁等人也不能担任宰相；回回人中间，阿合马的才能足以胜任宰相。”他为皇帝所称道就是这样。
至元十六年四月，中书省上奏请求设立江西榷茶运司以及各路的转运盐运使、宣课提举司。没有多久，任命忽辛为中书右丞。第二年，中书省上奏说：“阿塔海、阿里说，现在设立宣课提举司，官吏数字达到五百人，左丞陈岩、范文虎等说他们搅扰百姓而且侵吞偷盗官府钱财。请求加以罢免。”阿合马上奏说：“过去有圣旨把江南粮食数字登记造册，屡屡发文索取，但不把实情报告上来，臣下于是就同枢密院、御史台和朝廷大臣各位元老一起商讨，认为设立运司，官员多而俸禄重，应当在各路设立提举司，都省、行省各委派一个人担任这一事务。现在行省还没有委派人，就请求裁撤，又把过错归于臣下等人。然而臣下所委派的人，有的到任才两个月，如果计算他们侵吞了共有一千一百锭，以他们管理的四年时间比较起来，又应该是多少呢？现在设立提举司，不到三月又加以裁撤，难道不是害怕他们非法的弊病败露，所以抢先自己奏请以消灭痕迹吗？应当下令让御史合派遣能干的人一起去，凡是有违法的行为，一条条据实奏报。”世祖说：“阿合马所说是对的，命令御史台选择人员前去查办。如果自己能够证明自己是清白的，这样才能责备别人。”
阿合马曾经上奏应当设立大宗正府。世祖说：“这件事难道是你们这些人所应当说的，这是朕的事情。然而宗正这个名称，朕还是没有听说过，你的话很对，要想一想。”阿合马要清理计算江淮行省平章阿里伯、右丞帖木儿设立行省以来所有的钱粮数字，上奏派遣不鲁合答几、刘思愈等前去清查，查到了他们擅自调换朝廷任命的官员八百人，擅自分设左右司官以及铸造铜印等等事情，上奏。世祖说：“阿里伯等人用什么理由来解释？”阿合马说：“他说行省过去就曾要铸造官印了。臣以为过去因为江南没有平定，所以能根据情况自己处置，现在和过去情况已经不同。他们又擅自支付粮食四十七万石，上奏裁撤宣课提举司。等到中书省派遣官员清理计算，征得纸币一万二千锭挂零。”阿里伯、燕帖木儿两个人最后竟因此被杀。
当时阿合马在位时间很久，更加肆意贪婪骄横，拉扯提拔奸党郝祯、耿仁，一下子迁升到和自己同在中书省任职，阴谋勾结，专门从事蒙蔽皇帝，积欠的赋税不加免除，百姓们逃亡迁移，京兆等路每年收入赋税达到五万四千锭，还是认为不是实际情况。百姓有近郊的良田，就抢夺据为己有。暗地里接受贿赂，表面上做得执法严明，朝中百官互相用眼神表示不满，但没有人敢于明白议论。有一个值宿禁卫的秦长卿，激昂慷慨地上书揭发他的种种邪恶，竟然被阿合马所谋害，在监狱里把他弄死。事情见于《秦长卿》传。