采收花卉种子，首先要掌握花卉种子的成熟时期和成熟度。对于大多数花卉种子，必须等到籽粒充分成熟后才能采收。同时，采收要及时，以免阴雨霉烂或散落。
种子成熟时，花瓣干枯，种粒坚实而有光泽。在同一株上要选开花早和成熟早的种子留种，如果发现花朵或颜色等有变异的，应单收、单种。采收花籽方法因花卉种类不同而异，有的可将整个花朵摘下，风干后取种，如一串红、万寿菊、鸡冠花等；有的可将果实采下，经揉搓洗去果肉，晒干清出种子，如金银茄、冬珊瑚、朝天椒等；有些种子成熟期不一致，且果皮容易崩裂散出种子，应在果实从绿变黄时，手摸种子离骨，就应及时收下，如凤仙花、三色堇、长春花、半支莲等。
花卉种子的贮藏方法，常用的有干藏、沙藏、水藏等。
干藏：大多数花卉种子适合干藏。将采收的种子阴干，放进纸袋或布袋中，放置在空气流通的室内冷凉处保存，要求室温变化不大。如少量种子可放在冰箱冷藏室内效果更好。
沙藏：又称层积贮藏法。将采收的种子用潮湿沙土埋上，土温保持0～5℃，休眠的种子常用这种方法处理，可以促进发芽。如牡丹、芍药、石榴等。
水藏：某些水生花卉的种子，如荷花、睡莲、王莲等必须贮藏于水中才能保持其发芽力。
各种种子均不宜暴晒，应放在低温黑暗处保存，并注意防潮和鼠害。