杜文秀则不同。1860年以前，他接受马德新的学说，承认他的权威，而且直到死前，他一直因为马德新的宗教地位而尊敬他，但是并不追随他。奥隆猜想杜文秀可能皈依了新教；他在大理会见了许多穆斯林，从他们的离奇回答中，他确信新教在那里曾经是很流行的，但是对大屠杀的鲜明记忆，使他们不愿意承认曾经信奉过它。[16]
1860年，像整个中国一样，云南也处于危机中，清政府显得毫无希望了。回军可以自由地通过两三个省，并且包围了昆明。但在此危机时刻，云南巡抚张亮基与马如龙谈判成功（译者注：此说有误。1860年10月，马如龙包围昆明，云贵总督张亮基主张招抚回军，而云南巡抚徐之铭从中作梗，张即托病去职。1862年3月，徐之铭派何自清、岑毓英与马如龙议和，成功），接着马如龙以一个清朝将领的身份于1861年进驻昆明，回军入城时纪律严明。
马如龙的投降使整个形势发生了转变，虽然又过了12年整个云南才平定下来。由于马如龙的降清不是起因于被收买，他的降清动机就引起了许多猜测。他可能在他的力量达到最高峰的时候就已认识到穆斯林最终不可能战胜清朝，旷日持久的战斗会使这个省破碎。除去这种观点外，对于他这样一个武秀才来说，清方提议授予他高级武官，也一定是有诱惑力的，更何况清廷已做出了“无论汉回，只辨良莠”的保证。最后，马如龙可能和杜文秀在对待新教问题上发生了分裂。
无论马如龙的动机如何，他最终成了清军的一个能干的将领。马德新，尽管他拒绝接受清朝的头衔，但总是同马如龙保持着联系。
尽管马如龙投降了，但清军仍无甚进展。1862年爆发了许多新的起义，而且云贵总督潘铎在1863年被刺杀了。官员们无力收降其他回民义军，而且著名的反回清将岑毓英和马如龙之间还存在着激烈的敌对。马如龙保持着忠诚，但形势在不断恶化。最后，一个杰出的中兴之臣劳崇光继潘铎之后出任云贵总督；马德新同意去杜文秀那里，劝他投降，理由是当一个清朝官员比当一个独立的但被战争破坏地区的苏丹要好得多。杜文秀接待了他，但拒绝了他的劝诱，并向昆明进军。劳崇光在昆明被围时病死了。
此时清廷充分认识到形势的严重性。内阁、军机处与六部九卿会同议决任命总督之事。由于不能抽调四川总督骆秉章，当局任命年轻的湘军将领刘岳昭为云贵总督。刘岳昭的籍贯是湘乡，他是曾国藩培养出来的。
1868年夏秋，形势仍然很危急。昆明的战斗处于胶着状态。杜文秀的围军由于疾疫和缺粮而遭到削弱。而且，马如龙，作为一个穆斯林，他能够利用杜文秀内部的不和来削弱其士气。杜文秀最后不得不于1869年秋天撤围，此后他就一直后退，终于在1873年失败。
在以后的四年中，岑毓英进行了无情的镇压，马如龙则展开外交，而同时，刘岳昭一面给岑毓英以必要的约束，一面给马如龙财物以支持他对回军的招抚。清军一个个攻取杜文秀散布在川贵滇交界地带的53座城池，最后进攻大理。当大理于1873年1月陷落时，杜文秀自杀身亡。清军大肆烧杀抢掠3天，有5万人死去或下落不明。据说有一支义军逃到中缅边界地区，他们的后代至今生活在那里。
清政府在云南的胜利，如同它早些时候的胜利一样，首先是政治上的胜利。诚然，当别的叛乱被镇压之后，清廷能够把更多的军队调集到云南，并且有马如龙和岑毓英这样各显才能的杰出战士。但是更为根本的原因是：劳崇光、刘岳昭等人能够通过提供和平、公正和重建来争取穆斯林首领。而在这一方面，杜文秀的缺点大大地帮助了中兴之臣的努力。尽管杜文秀一开始就强调回汉团结反对清朝，但他从未真正相信任何一个汉人，从来不愿把权力交给非常忠诚于他的汉族将领。随着时间的推移，他的宗派思想更加浓厚，并企图强制实行伊斯兰的衣食习惯和宗教信仰，结果失去了大量汉回跟随者。当意见分歧在这一地区爆发时，士绅们，包括大多数回民士绅，都倒向清方，因为他们相信清政府关于纠正地方弊政和确保所有臣民平等的许诺。
到目前为止，尚无确实的史料证明外国人帮助清政府镇压了云南回民起义。据说法国曾出售军备给岑毓英，帮助他在云南制造枪炮，训练军队[17]，而且所制造的武器优于杜文秀在缅甸向英国人买的欧洲制造的武器。但是也有史料说，杜文秀的主动表示基本上被英国拒绝了，因为英国认为在云南和在别处一样，它的利益与清政府的利益是一致的。[18]更为可靠的说法是：尽管法国和英国支持清方，但是清政府能够镇压云南回民起义却主要不是因为得到这种帮助，而是因为国内复杂的因素，其中云南穆斯林对中兴之臣提议的和平和公正所做出的反应是决定性因素。如果“外部”物质上的帮助拯救了云南，那么也只是四川省给予了这种帮助。
平定地方叛乱
除了对付四大叛乱以外，中兴政府还得与遍及各省的地方性叛乱进行斗争，甚至“可靠”的四川也不完全安定。然而，除了贵州以外（那里长期存在的一系列不同时的或同时而松散的暴动直接汇成一次大起义），这些地方性骚乱的主要危险在于：（1）它们给总的中兴重建计划造成更大的困难；（2）这些“地方无赖”经常参加到那些大叛乱中去。
贵州从道光末年起就处于骚动中，而现在，隐藏在骚动之后的不满情绪又加上了苗民的特别不满和附近太平天国起义、云南回民起义的影响。偶尔零星的暴动发生于1854到1858年，从1858到1867年蔓延开来。起义共有54起，贵州七分之六的城镇被义军攻陷，有些被多次反复攻占。参加起义的有苗民、回民，也有汉民。
在19世纪50年代初，当年轻的胡林翼担任贵州知府时，他列出三条引起地方骚乱的原因：治理不当、军力不足和歧视苗民。有些人认为胡林翼可能拯救贵州，但是他后来被调任为湖北巡抚。在这关键的几年中，清廷把贵州交给了一个未充分受过“正确行政管理”训练的巡抚，这巡抚让那些弊政继续存在。
直到1867年，清政府在平息了几起大规模起义之后，才开始注意贵州的叛乱。巡抚曾璧光报告说，贵州的叛匪乃乌合之众，如果给他经费去组织团练，并派有能力的将官领导团练，那么这个省是很容易平定的。结果经费拨来了，将官也派来了，在表面上，汉人起义和苗、回起义先后在1868年和1872至1873年结束了。
在华北平原上，盐匪和追逐他们的清军表现得很滑稽。有时报告说“没有多少”盐匪，可是接着报告说清军杀死了几十、几百个盐匪，继而又说他们有“上千人”。胜利的消息不断地报告上来，而盐匪又总是重新出现。官员们把这种混乱状况归咎于将官们竞相邀功、军队训练差和缺少骑兵。而一个更为根本的原因，据1868年1月1日的一道谕旨说，是这些盐匪能够轻而易举地从普通人民中不断地补充人员。如果这是真的，那么单靠军队是不可能把他们镇压下去的。
中兴诸臣非常重视盐匪问题，这一方面是因为他们夺去了政府非常需要的税收来源，另一方面是因为他们可能联合捻军。[19]直接参与镇压盐匪的官员崇厚认为镇压盐匪的最合适的对策是依靠地方士绅的帮助。
在整个中兴时期，来自满洲的报告表明，那里的骚扰是零星的。这些骚扰主要是：马贼、林匪和一些会道门干的。据说，土匪数量逐渐增多，到1866年，共有土匪20股，3万人。但是文祥很快把他们镇压下去了。形势被很好地控制住了，以致清廷能够命令盛京将军都兴阿移师直隶，去平定那里的骚乱。
在太平天国起义爆发后，华中也骚动起来，有些秘密结社卷入进去，偶尔有村庄被烧毁，但是这些行为与其说是起义，毋宁说是“无赖捣乱”。
清廷对遥远的广西土匪不大重视，负责在那里进行镇压的是冯子材，他后来在中法战争中起了重要作用。一般说来，中兴诸臣非常重视中国北部边疆，而很少注意安南边界。逃窜的匪徒，其中包括刘永福率领的太平军余部，发现在安南是很容易躲避的。
广东的骚乱主要是由客家[20]和当地“土著”间的冲突引起的，清廷对此很重视，因为客家人在导致太平天国起义方面起了重要作用。战斗主要发生在1856和1857年，由于清朝官吏承认错误常常在“土著”一方，因此对客家主要实行安抚政策。巡抚蒋益澧于1866年宣布大赦，表现出远大的眼光和慷慨大度的气派，为中兴重建做出了贡献。尽管后来在国民党时期客家人仍很活跃，但这次招抚确实是一次成功，有关官员得到了应得的升赏。
走向中兴的第一步
中兴诸臣关心的主要不是哪一个叛乱能够夺取全国政权（在太平天国于1861年度过它的高峰之后，这是很清楚的，哪一个叛乱也不能取得政权），而是怎样才能在清军恢复的地区实现真正的安定，如左宗棠所说：要设法实现长治久安，而不是一时的胜利。[21]
头一个问题是怎样对待幸存的叛乱者。传统的观点认为，叛乱的士兵是无罪的，他们是些普通百姓，因为处于弊政和苦难的环境中而受到坏头头的引诱，所以肃清叛乱就要求无情地消灭主要首领，而赦免普通士兵。
困难在于判断谁是可以改造的良民（包括某些首领），谁是势不两立的敌人——他们的投降仅是蒙混过关。那些滥杀幡然悔悟者的将官受到清廷严厉的处罚，而任何一个错误判断敌人意图和接受顽固不化的叛军投降的将官都更有可能惹怒清廷，因为他得对他所宽恕的那些人的以后行为负责。
清廷对于太平天国领导人决不实行仁政，他们被指责违反了天理和人道。但是一般说来，对于胁从者和与叛乱有牵连的平民实行了赦免。那些为叛乱者服务的知识分子通常得到了宽恕，理由是在叛乱者长期占领期间，他们除了与之合作之外，别无选择。清政府尽力区别自愿合作者和非自愿合作者，在“非自愿合作者”中，那些在僧格林沁死时被捻军俘虏去的骑兵得到了宽恕。
清政府起初对待地方叛乱首领是很宽容的。在最早投降胜保的捻军首领中，有些保持了忠诚，有些则反复无常。最有名的反复无常者是苗沛霖，当清政府的政策变得强硬时，他被处决了。胜保也因为收降苗沛霖而受到处罚。在后期，清政府对捻军首领已不宽容了，但是在1868年8月宣布对捻军士兵实行大赦，当然是慎重的。