其二，修辞学层面。扎哈卜教授指出，众所周知的事实是，《古兰经》修辞达到了阿拉伯修辞学的极致境界。如果我们走科学注释《古兰经》之路，认为《古兰经》蕴涵着一切知识、其词汇具有新生意义的话，我们定会使自己陷入一个难以摆脱的深渊——破坏了《古兰经》的修辞超绝性，而《古兰经》降示时善于修辞的阿拉伯人并不知晓这些修辞意境，因此真主以经文修辞的超绝性告诫阿拉伯人，人类不可及《古兰经》的修辞。同样，即使阿拉伯人知道这些修辞意境，那么《古兰经》降示时，为什么没有出现阿拉伯人的科学复兴呢？他们为什么没有将自己的科学复兴建立在这些阐释了各种知识和各个学科的相关经文上呢？
其三，教义学层面。扎哈卜教授根据教义学指出，穆斯林必须相信《古兰经》是一部亘古不变的经典，它所构建的规律符合任何时代，穆斯林对此不能有丝毫置疑。据此，如果我们步科学注释《古兰经》者的后尘，认为《古兰经》是医学、天文学、工程学和化学等学科的渊源——《古兰经》不是一部哲学或医学或工程学经典，那么我们就会由此而使穆斯林对信仰《古兰经》产生怀疑。究其原因，所有的科学基础和理论都不是一成不变的，也许今天的科学家所坚持的科学理论，在一个时期后因出现错误而被其他科学家所否定。同样，从古到今，又有多少科学理论处于互相矛盾甚至对立状态，难道《古兰经》蕴涵着这些存在矛盾和对立的科学基础与理论吗？如果是这样的话，穆斯林还能相信《古兰经》吗？还能确信《古兰经》是真主的经典——虚伪不能从它的前后进攻它——吗？是故，持赞同科学注释《古兰经》观点的人务必知道，《古兰经》不因这样的强加阐释而为荣，因为强加阐释几乎使《古兰经》失去了它在改良生活、修心养性、回归真主中应有的人文和社会目的。同样，他们也要知道，《古兰经》中不但没有一句明文反对既成的科学事实，而且能够与建立在真理基础与正确原则上的科学理论和科学法则保持一致。[35]
曾任埃及爱资哈尔大学长老（Al-shaykh，1958-1963在位）的马哈茂德·舍勒图特（Mahmūd shaltūt，1893-1963）认为，《古兰经》并不是一部解释科学真理的经典，而是一部引导人们与改良社会的经典，因此不应该从科学角度阐释《古兰经》。他指出，科学注释《古兰经》者根据经文“我在天经里没有遗漏任何事物”（6：38）认为，他们在注释《古兰经》方面拥有了一个新的领域，遂套用现代科学理论注释经文，运用自然科学原理实践经文。他们认为，这种方式有助于理解《古兰经》，提高伊斯兰教的地位，并在各种科学和文化领域广为宣传。殊不知，他们的这种观点毫无疑问是错误的，一则真主降示《古兰经》并不是为了给人们论述各种科学理论与不同的学科知识；二则《古兰经》在任何时空下都为此要面临着随科学变化而变化的问题，而科学既不是一成不变的事实，也不是最终的结论，也许今天的科学理论在明天就会成为谬论。是故，如果我们按照变化的科学问题来注释《古兰经》的话，一则随科学变化而变化的我们会使《古兰经》承载错误结果；二则我们在保护《古兰经》时会使自己处于尴尬境地。就让我们维护和保护《古兰经》的伟大性、神圣性和尊严性吧！让我们都知道，《古兰经》蕴涵的关于创造的一切奥妙与各种自然现象，只是旨在鼓励人们通过思考和研究来认识和坚定他们的信仰。”[36]诚然，尽管马哈茂德·舍勒图特从注释角度反对科学注释，但他并没有否定《古兰经》对科学本身的肯定：“《古兰经》并不——绝对不——反对任何既成的科学事实。”[37]
此外，伊拉克学者沙里菲（Salifiyy）从科学注释《古兰经》应有的标准角度，阐释了他的反对观点。他认为，有的学者根据自己仅有的科学知识注释《古兰经》，把一些经文与现代科学联系在一起，这种做法偏离了《古兰经》的核心内容。《经注准衡》的作者塔巴塔巴伊等著名学者对上述做法提出了警告。他们强调，《古兰经》是引导人类于正道的经典，而不是大学里教授的化学、物理、医学、天文学、工程学教科书。他指出，随着科学的发展，涌现出的一些科学注释《古兰经》的典籍，尽管对理解经文能够发挥重要作用，但由于科学是相对的，一些科学理论随着时代的发展必然被新的理论推翻。因此，在用科学注释《古兰经》时，应有一个统一的标准和注释原则。[38]
（三）中立观点
正如穆罕默德·侯赛因·扎哈卜教授所言，关于从科学角度能否注释《古兰经》的学理问题，历史上存在不同观点，现在乃至将来仍将会存在。[39]
然而，面对科学注释《古兰经》以及涌现出的注释成果这一既成的学术事实，尤其在科学技术突飞猛进的今天和未来，为了进一步从深度与广度层面上，深化与细化阐释《古兰经》相关经旨经义的现实和未来需要，当代一些注释家和学者在赞同观点和反对观点之间，提出了中立观点。很大程度上来讲，中立观点的提出，既是在赞同观点和反对观点之间进行的学术调和，更为当下和未来解读《古兰经》大义，以及《古兰经》注释学科向纵深发展，提出了解决问题的中肯看法和具体方案。
提出中立观点的代表学者有法赫德·鲁米教授。他在专著《伊历十四世纪的经注趋势》中，根据穆罕默德·阿布杜·阿济姆·祖尔加尼（Muhammad abud al-‘aīm al-zurqānī）的《古兰学研究》（Manāhil al-‘arfān fi ‘ulūl al-qur’ān）、穆斯塔法·穆斯林的《现代经注学派的各种观点》等专著和论文，结合自己的观点总结到，注释家不妨通过确凿无疑的、没有缺陷和谬论成分的科学事实，从科学角度正确理解和严谨注释《古兰经》中的相关经文，条件是：
1.科学注释不能本末倒置，掩饰了《古兰经》的首要目的——引导人们至正道。
2.引用科学理论与科学事实的目的是，深化穆斯林的宗教感情，保护穆斯林的信仰。
3.叙述科学研究成果，旨在推动穆斯林世界的复兴，重视《古兰经》的伟大，鼓励他们尽可能利用真主为他们创造的宇宙能源来再现伊斯兰“乌玛”的辉煌。
4.不得认为注释中所叙述的科学研究成果就是对相关经文的唯一注释，叙述科学成果仅仅是为了求证并延伸经文的含义，而不是侵害《古兰经》的神圣性。这是因为，运用发展和变化的科学理论注释《古兰经》，会致使人们怀疑《古兰经》的真理性。[40]
埃及《古兰经》科学奇迹协会主席南贾尔（Al-najjār）教授，举例说明了他所持的中立态度。他认为，《古兰经》早在1400多年前就谈到了科学，有些科学经文直到现在才被科学家们发现。他说，《古兰经》提出了世界末日的理论并强调，人类将在后世复生，接受真主的审判，这一理论完全符合现代科学。根据现代科学的发现，月球每年以3-4厘米的长度远离地球，这一进程将一直持续下去，直到有一天，月球脱离地球的引力，并最终撞向太阳而毁灭。此外，现代科学研究还证明，所有星辰都要经历开始和结束的过程，发光的星辰，其光亮最终将熄灭，当所有星辰都死亡，整个宇宙处于一片漆黑时，那时就是《古兰经》所说的世界末日。[41]
同样，英国伦敦伊斯兰学院教授拜哈曼·波尔亦从中立角度，就科学注释《古兰经》发表了自己的看法。他首先指出，《古兰经》不是一部科学典籍，而是一部引导人们走正道的天启经典。虽然《古兰经》蕴涵着一些关于科学的经文，但其目的不是向人类阐释科学，而是向人类证明《古兰经》是真主的奇迹，是真主的启示。因此，只有精通《古兰经》、阿拉伯语和现代科学的学者才有资格对《古兰经》进行科学注释。