李鸿章做的另外一件大事就是征集军饷，其实，曾国藩极力地举荐李鸿章到上海援助，有着他自己的计划。曾国藩除了最基本的军事和政治目的外，其实最需要的是上海的税收能够为湘军带来好处。自从五口通商之后，上海的海关税收虽然为国家创造了一定的收入，但是依然入不敷出。李鸿章面临这个棘手的问题，采取了海关厘税分收分用的政策。“常胜军”、湘军、淮军等费用都来自税收和厘金，并且当时上海的厘金收取率是全国最高的。在李鸿章的妥善安排下，已经基本上解决了淮军的军饷问题，并且还以金钱和物资的方式支援了湘军在西线战场上的作战。
但是，曾国藩并不满足，他希望李鸿章能够为其提供更多的军饷。而此时的李鸿章，已经不是几年前那个容易发脾气或者负气出走的年轻人了，他对于曾国藩推举自己担任江苏巡抚一职始终心存感激，因此他努力地做好曾国藩交代的事情。在半年的时间里，他就为曾国藩筹集了9万两饷银，并且还为曾氏兄弟的军需设备提供了保障。
李鸿章出于策略的需要，不得不任用一些声名狼藉的人物帮他做事，比如金鸿保，由于这个人同地方上的各种要人都有着广泛的关系，因此被李鸿章予以重用。李鸿章需要这些关系来维持和壮大自己的势力，而且只有这样才能在江苏立于不败之地。
作为江苏省地方行政最高长官，李鸿章的嗅觉相当敏锐，他注意到了地方经济建设的问题。由于战争，当地的百姓生活穷困，而且还有一大批无家可归的流民。李鸿章采取了一系列的措施来恢复农业经济，比如减免田税，给农民返还耕牛、种子等，并且利用官绅所缴纳的税收来补贴农业活动的支出。李鸿章的这些举措在一定程度上减轻了当地百姓的负担，从而使人民的生活状况也有所改善。
在科举制度上，李鸿章也是尽其所能地使其焕发活力。他在苏州设立新科，并增加上海及其附近地区的乡试名额，除此之外，他还在苏州重建了两个书院。
在外交上，李鸿章也充分地利用洋人的势力。李秀成率领太平军对上海的第二次进攻曾在李鸿章领导下的淮军打击下被迫撤退，从而使清政府的统治秩序得以稳定，并且令淮军在洋人面前争得了尊严。1862年10月，曾国藩带兵包围南京，李秀成奉命回苏州支援，此时李鸿章和英法联军勾结在一起合攻嘉定，并取得胜利。不久之后，李鸿章又利用常胜军和淮军一起打败了镇守四泾口处的太平军，最终迫使太平军谭绍光等部再次退回到苏州。
李鸿章的一系列举措和手段，让他很快成了手握重兵、身兼巡抚的江苏实权人物，自此以后，他与自己的恩师曾国藩也几乎平起平坐。在内与湘军密切配合，在外与英法联军相互勾结，而太平军内部又乱成一团，此时，李鸿章向太平军复仇的时机终于来到了，他利用自己的部队，对太平军进行了最大程度的镇压。
3.镇压太平天国起义，心狠手辣杀降将
经过虹桥之战，李鸿章和他的淮军名声大振，他们也取得了联合剿灭太平军的资格。通过与洋人接触，李鸿章亲眼看到了洋人在武器上的优势，在心驰神往之后，李鸿章再看看自己的淮军，不禁感到深深的自卑和莫名的恐惧。他痛切地感到：“目前之患在内寇，长久之患在西人。”
太平军被李鸿章的淮军和常胜军打得溃不成军，这也使淮军进一步巩固了其在上海地区的统治地位。并且，李鸿章加紧了对东线太平军的瓦解工作。1862年，李鸿章利用太平军叛徒徐佩瑗，让他在太平军内部制造叛乱。不久，太平军的将领谭绍光发现了徐佩瑗等人的阴谋并将其逮捕，但是骆国忠却于1863年1月发动叛乱。太平军内部乱成一团，而李秀成也从天京返回了苏州，时机转瞬即逝，如果不抓紧时间，那么想要战胜太平军又会增加很多麻烦。针对这种情况，李鸿章采取主动出击战术，命令骆国忠坚守常熟，而淮军则攻打太仓，终于于1863年5月攻占太仓。太仓被淮军占领，李秀成部不得不放弃原定的“进北攻南”的计划，赶回苏州援救。1863年6月，李鸿章采取了“以剿为堵”、“规取远势，以剪苏州枝叶，而后图其根本”的战略，兵分南、北、中三路朝太平军进攻。而在太平军方面，李秀成在天京也制订了兵分四路进攻上海、昆山、常熟、江阴的战略规划，准备主动破敌，以缓解淮军带来的威胁。可是，由于太平军内部分化情况严重，导致李秀成的战略计划未能付诸实施，太平军陷入了消极防御的局面。
1863年7月，太平军在苏州与杭州的陆路通道被常胜军和淮军程学启部切断。9月，淮军李鹤章、刘铭传部又攻占了江阴。11月下旬，李鸿章统领的各路淮军与常胜军配合，猛攻苏州娄门，但是遇到了困难，久攻不下。于是李鸿章又开始策动太平天国纳王郜永宽等人于12月份发动叛变，并杀死了谭绍光及其手下兵将数千人。但是，当时淮军军心不稳，鱼龙混杂，再加上苏州城内的十万太平军准备与淮军、常胜军决一死战，因此李鸿章被迫背信弃义，将太平军的八位降将统统杀掉。
从1863年初到1864年5月，李鸿章的淮军一路收复了昆山、常熟、苏州等地，向世人展示了这支队伍的作战能力。与此同时，“常胜军”在李鸿章的统一部署下也参与作战。1863年11月，由于李鸿章率领的淮军和李秀成率领的太平军僵持不下，因此，双方队伍里面的士兵都有一种焦躁的情绪。特别是太平军内部有一些动摇分子开始产生叛降的想法。当戈登率领常胜军攻城遭遇埋伏之后，太平军将领郜永宽等为了获得叛降的资格，故意放了戈登一马，不然戈登必定会全军覆没。而太平军忠王李秀成见与淮军对抗胜利无望，因此率军撤退，而将守城的任务交给了慕王谭绍光。最终，太平军因郜永宽的叛降而一败涂地。郜永宽等人答应让出苏州城的一半给淮军，但是要求自己的部队不能被拆散，并且要保持整个建制编入淮军。
程学启知道这个条件后，就向李鸿章献计，让他先答应郜永宽等人的请求，然后等淮军和“常胜军”进入苏州城内后，再想办法将降将杀掉。李鸿章内心也是摇摆不定，他在思考这几个太平军降将既然今天能够归降于我，那么在明天也有可能降于他人，因此就按照程学启的计策在苏州城外的船上大摆鸿门宴，并且乘机将太平军的八大降将一一杀掉了。
曾国藩针对此事评价李鸿章说他心狠手辣、眼疾手快，李鸿章在处理其他事情上也有类似的做法，他往往只注重结果，而对过程却并不是很在意。经过此事，李鸿章因功而被清政府赏赐太子少保衔。
太平天国政权失去外围最后一个军事据点——苏州后，元气大伤，已经处于灭亡的边缘，这样一来清军也能够集中兵力攻打太平天国的都城天京。天王洪秀全沉迷于声色犬马之中，根本不懂得外面的情势，再加上他对战争的形式估量错误，因此他仍决定固守婴城，与清军对抗到底。1864年5月，李鸿章采取主动出击的战略，将常州攻占。不久之后，他感到太平军的败局已成定势，因此将“常胜军”的精锐部队纳入淮军旗下，而将其他人都尽行遣散。
在围攻太平天国最后一个基地天京的战役中，李鸿章也展示了他卓越的远见，让人佩服。
4.顾大局天京让功，知进退被清廷倚重
曾国藩的湘军攻打天京很长一段时间，一直没有什么结果。清政府对湘军似乎颇感失望，于是将目光转移到李鸿章的淮军身上。清政府看到李鸿章的淮军很有作战实力，于是就让李鸿章率部进行增援。原本李鸿章在解散“常胜军”之后，可以集中兵力全力攻打天京，但是此时统率湘军进攻南京的正是曾国藩的胞弟曾国荃。曾国荃听说清廷要李鸿章带兵来协助自己，心中顿感震怒，因为他认为李鸿章是要和他争功。李鸿章也担忧因分工而得罪自己的恩师曾国藩，因此他只是派遣淮军刘士奇炮队及刘铭传等营援攻天京，自己则在天京外围静观其变。
李鸿章和曾国荃曾在几年前有点小小的摩擦，因此李鸿章对曾国藩的这位胞弟是很谨慎的。早在李鸿章投奔曾国藩的时候，李鸿章受恩师的命令前往曾国荃处办理业务，为了表示对曾国荃的尊重，李鸿章特意拿出一把纸扇让曾国荃题字留念。曾国荃也不推辞，用歪歪扭扭的字体写下了“门多将相文中子，身系安危郭令公”十个字，字体实在不敢恭维。李鸿章拿起一看，内心对曾国荃充满了鄙夷，心想曾国荃不过区区一个秀才，居然敢自比唐朝的郭子仪，真的是大言不惭，于是，李鸿章在曾国荃那里没有待上几天就告辞了。