1940年7月19日，布鲁克出任国内武装力量总司令，第5军军长奥金莱克则接任布鲁克此前任职的南方军区司令，而蒙哥马利于7月21日接替奥金莱克成为第5军军长，两天后，又被晋升为中将。也是从这时开始，他终于能对英国陆军训练真正地发挥自己的影响，施展自己的才干了。布鲁克极为看重蒙哥马利的军事才能，而且也非常认同机动式防御的重要性，因此有人认为蒙哥马利得以出任第5军军长是布鲁克一手促成的。而布鲁克也的确能够算得上是蒙哥马利军事生涯中敬重的少数领导之一。实际上，能被蒙哥马利所真心信服的上级少之又少，而且他也不屑于趋炎附势，比如在蒙哥马利接手第5军开始，就正式与奥金莱克积下了宿怨。对于第5军的部署，奥金莱克此前的方针主要是尽一切可能制止德军从南部海滩登陆，而蒙哥马利在接任后立即进行改革，制止了所有正在施工的海滩防御工事，并取消了奥金莱克申请一个装甲师作为机动预备队的请求，而是通过改编第5军从而抽出人手来组建机动预备队。除此之外，蒙哥马利还向陆军部申请7名摩托联络军官，同时希望增加情报军官的数量。7月23日，蒙哥马利向军区司令递交了一份报告，在报告中他认为是由于领导不当而导致当下的诸多不足。而对策也非常简单，那就是如砍伐朽木一般将那些无能军官一一撤职。无须赘言，我们就能轻易地发现蒙哥马利与奥金莱克在军事思想上的不同，而这两个人在此后的时间里同样保持着格格不入的敌对状态。
待到7月24和25日，蒙哥马利对第5军朴次茅斯守备区进行视察后，他再次向军区司令递交了一份措辞激烈的报告。蒙哥马利认为守备区的情况异常恶劣，无论是行政工作，还是补给存放情况都不尽如人意，而医疗设施则是踪迹全无。
7月28日，奥金莱克再次接到了蒙哥马利的报告，这份报告主要针对于第50师的部署进行批评，虽然措辞谨慎，但却是对于奥金莱克此前制订的防御战略所作出的明确批驳。蒙哥马利认为该师的全部力量都投入在修葺防御工程上，而全无战术训练，甚至从战士们的眼中丝毫觉察不出半点斗志。他要求奥金莱克批准自己的大胆改革，并承诺在两个月内纠正这些不足之处。而奥金莱克对于蒙哥马利的这几份报告大为恼火，他否定了蒙哥马利的建议，也不相信这个满腹意见的下属能在两个月内改变一个师的作战能力。奥金莱克将命令强加于蒙哥马利，而这也就造成了两位将领的彻底不和。这种剑拔弩张的对立情况通过某种途径传到了布鲁克耳中，于是在8月5日，在写给蒙哥马利的信中，布鲁克告诫他勿要鲁莽行事，必须量力而行并且照顾到别人的感受。但布鲁克的苦口婆心并未奏效，蒙哥马利接到信的次日在白金汉宫接受巴斯勋章时，趁机找到了陆军部副部长，对于奥金莱克的一意孤行表示抗议。而当奥金莱克得知蒙哥马利这个越级告状的行为后，更是怒不可遏，他立即写了一封措辞严厉的长信给蒙哥马利，指责他的行为。但对于先天就带着反叛基因的蒙哥马利来说，他却未曾将这些指责放在心上，对他来说，眼中根本就容不得这种“无能”的上级。蒙哥马利对于奥金莱克此次以及其后的来信都采取置之不理的态度，并且无论是越级行为或者改革计划，都依然如故。在没有得到奥金莱克许可的情况下，蒙哥马利命令第4师接替第50师的防务，并且要求修葺防御的兵力不得超过50%，此外还集中力量进行军事演习，重点自然不在于如何防御，而是如何进攻。这一系列的举措都取得了成功，同时也逐步取代了奥金莱克此前的防御战略。并且蒙哥马利决意要将第5军训练成在各种不同气象条件下都能作战的部队。他格外重视士兵的体能训练，甚至要求全体参谋人员在每个星期都进行一次长达七公里的长跑训练，凡是40岁以下的人员都无一例外，必须坚持参与全程。
虽然蒙哥马利以极为严格的标准要求下属，但并非是一个冷酷无情的人。他十分注意军官的生活条件，并允许军官请假轮流回家探望亲属。虽然蒙哥马利本人在经历了1939年那场大病后彻底的滴酒不沾，但是他也并不反对其他军官喝酒。
几个月之后，蒙哥马利决定在12月初举行一次全军规模的大型演习，目的在于探讨如何在沙漠地区与敌作战。而蒙哥马利组织的几次演习都有着不同的侧重点，这也说明其军事思想在不断地完善。
不过在年末，也就是12月2日，奥金莱克调离南方军区，接任驻印英军总司令，这也使得他与蒙哥马利之间的矛盾暂时停止，但这二人的公案并未彻底了结。然而，接任奥金莱克南方军区司令一职的并不是蒙哥马利，而是蒙哥马利曾经在坎伯利参谋学院教过的学生，也就是第1军军长亚历山大，这似乎有些尴尬，然而这并未引起蒙哥马利的反感。实际上，亚历山大非常赞成蒙哥马利的战术思想，这也赢得了蒙哥马利那宝贵的敬意。
1941年4月，蒙哥马利奉命接手第12军，该军在当时常驻于英国东南部的肯特地区，而那里则被认为是英国最有可能遭受攻击的地区。但是在接任前，蒙哥马利提出人事调动请求，第5军军长由原第4师师长特迪·施赖伯接任，而第210旅旅长坦普勒则升任第五军参谋长，这样第5军就能继续保持蒙哥马利的战术思想了。此外，蒙哥马利还要求将第5军的参谋长富兰克·辛普森带走，而他的这些人事调动申请也得到了认可。
4月27日，蒙哥马利正式接任第12军军长，上任后继续秉持其一贯雷厉风行的作风，开始大力改革。这些大刀阔斧式的改革被第44师师长霍罗克形容为“就像在不列颠的这个乡村角落爆炸了一颗原子弹一样”。经过巡视后，蒙哥马利命令所有军官太太不得随军，并且必须立刻乘坐火车离开。而指挥官和参谋们则被赶出舒适的办公室，开始进行越野长跑训练。在不到一个星期的时间，蒙哥马利撤销了多名下属的职务，然而这些并不是所有的改革。他更为重视的是第12军的整体战略部署。此前该军将三个师并排部署在肯特海岸线上，希望通过掩体和防御工事抵挡敌军的袭击。这种布局过于单一，而且缺乏反击力量。加之蒙哥马利认为德军一旦进攻，必将以空袭协作海上突击的形式进行打击，而且海上突击必定还有装甲部队作为支援力量。所以，务必采取定点固守的原则，尤其对于重要港口、机场以及通讯中心严防死守。此外，必须集结经过充分训练的机动预备队作为强有力的后援进攻力量。依照这种战术思想，蒙哥马利在6月份组织了一次代号“醉汉”的全军演习。
而就在蒙哥马利热火朝天地进行改革的同时，奥金莱克奉命前往埃及开罗，接替韦维尔出任中东地区总司令。
到了8月4日，蒙哥马利再次组织全军演习，此次代号为“大醉汉”，这次演习的目的旨在进一步加强机动作战能力，以便更好地对抗敌军的空降及登陆作战。两次演习皆得到了圆满的成功。
蒙哥马利一系列卓有成效的演习，促使英国武装部队总司令艾伦·布鲁克决定在秋季举行名为“保险杠”的演习，此次演习的时间从9月29日开始为期5天，规模则容纳了英国整个陆军。让蒙哥马利最为兴奋的是，这次演习的总体思路都参照了自己以往组织的几次演习模式，并且蒙哥马利被指定担任此次演习的裁判长。其后，他针对演习中出现的情况，对270名高级军官进行讲评，讲解的精彩程度可以借用布鲁克的评价来形容：“精彩绝伦，值得赞赏。”