1872年12月5日，英籍帆船德艾·格拉西亚号正朝着英属直布罗陀航行。
这里是位于葡萄牙外海1000千米的大西洋，离直布罗陀大约还有一周的航程。天气晴朗，阳光明媚，是航海的大好时光。船长莫亚·豪斯和水手奥立佛在甲板上闲聊起来。突然值班水手的声音从瞭望台传来：“船长，有船影！”莫亚·豪斯与奥立佛停止谈话，一齐朝值班水手指的方向望去。只见远处隐隐约约有一艘双桅帆船正朝“格拉西亚”号驶来。但是，这艘船行驶得有点奇怪，船身向一边斜，风帆七零八落，速度极慢，简直就是漂浮。
奥立佛举起单目望远镜，仔细观察船只。突然，他尖声叫道：“玛丽亚·赛莉斯特号！”
“什么？”豪斯船长一把抓过望远镜，也朝那船望去。
玛丽亚·赛莉斯特号原是一艘英籍木帆船，1860年建造，重282吨，长31米，宽7.6米。最初，船名叫亚马逊号，船建成第二年，正值美国南北战争爆发，亚马逊号便在炮火中完成了第一次航行。但是，亚马逊号一直不顺。第一任船长是罗德·麦克雷戈，但这位先任船长不到48小时即因病去世。第二任船长上任后，把撞入渔网导致裂痕的亚马逊号开回船坞修理，然而修复后，途中在多佛尔海峡与它船相撞。第三任船长只好又把亚马逊号送去修理，然而修好不久的亚马逊号又在凯普布雷顿岛外海触礁。后来，重新修好后，亚玛逊号改名叫玛丽亚·塞莉斯特号。
1872年11月，玛丽亚·赛莉斯特号在布里格斯船长的指挥下，在纽约装上满满一船工业用酒精，准备运往意大利热那亚。船长的妻子莎拉·伊丽莎白和幼女也随船航行。
当玛丽亚·赛莉斯特号船在纽约伊斯特·里巴码头上装酒精时，旁边一艘船也在紧张地装载货物，这艘船正是格拉西亚号。
而且，豪斯船长与布里格斯船长还是一对好友。
11月7日，玛丽亚·赛莉斯特号扬帆出海，格拉西亚号也驶向大西洋。
豪斯命令格拉西亚号调整方向，迎着玛丽亚号驶去。
渐渐地，两船的距离已能互相喊话了，玛丽亚号的甲板上仍不见半个人影。
豪斯船长拿起话筒喊道：“玛丽亚·赛莉斯特号，我是德艾·格拉西亚号船长莫亚·豪斯，听到我的呼叫请回答。”连喊五六遍，无丝毫反应。
豪斯船长决定派人上去看看。于是，奥立佛与另两名水手乘小船登上了玛丽亚号。
三人在甲板上喊叫一阵，无人回答。便决定到船舱、厨房和仓库去分头看看。来到水手卧室，只见衣物、靴子到处扔着，一片凌乱。枕头边上的一个烟斗、一把烟草吸引住他们。这两样东西是水手的命根子，如果不是非常紧急的情况，是不会丢弃的。
一等水手的舱房餐桌上杯盘狼藉，盘子里还有喝得剩一半的汤，但瓢却掉在地上。
奥立佛来到船长室，也是一片混乱。桌上的一罐药，瓶盖还打开着，旁边扔着一把汤匙。地上有散落的珠宝和航海地图。这些景象也说明主人是匆匆而去。奥立佛又找到了船长的航海日记，最后一篇日记写的日期是11月24日，记载了当天的位置：亚速尔群岛，圣玛丽亚岛西约110海里。
奥立佛和两个水手又检查了仓库，发现1700桶酒精原封不动地整齐堆放着，只有一桶的盖子微微打开。船上的舵轮和抽水系统也很正常。但是，救生艇不见了。
豪斯船长对这一切无论如何也想不出原因。他决定先把玛丽亚号船带回港口再说，便命令奥立佛和两个水手留在玛丽亚号船上，跟随“格拉西亚”号驶向直布罗陀。
12月11日，格拉西亚号抵达目的地。第二天，玛丽亚号也平安抵达。
豪斯船长下岸后便首先到海事裁判所报告情况。然而，海事裁判所却对豪斯起了疑心。按照当时国际海洋法，凡将漂流中的无主船只带回港口，便可获得海难救助金。玛丽亚号船一切正常，船上又有价值超过3万美元的工业酒精，不能不令人怀疑。
于是，海事裁判所以“有大屠杀嫌疑”把莫亚·豪斯船长及格拉西亚号船上的全体船员逮捕候审。
但是，海事裁判所的陪审团认为，豪斯与布里格斯特船长是多年的好朋友，不可能为奖金而屠杀朋友及船员。最后，陪审团依据事实作出结论：解除格拉西亚号全体船员参与大屠杀的嫌疑。于是，海事裁判所下令释放豪斯及全体船员。
但是，事实真相究竟如何呢？海事裁判所组织人员进行了多方面调查。但无论如何推测论证，都没有说服力。
1873年3月，海事裁判所奖给德艾·格拉西亚号船一笔8300美元的海难救助奖。但颁奖裁判书对颁奖原因和玛丽亚号只字不提，这是海事裁判所历史上从未有过的。
这一事件之后12年——1884年。英国《何伦希尔》杂志一月号发表了一篇署名约翰·哈巴克·杰弗逊医生的文章。作者自称当年曾搭乘玛丽亚号船，目睹了船上发生的一切。11年前，他就打算公开，但利物浦的警察及亲友都认为他有精神病。现在，他自己感到不久于人世，想在临终前把秘密公诸于世。
杰弗逊自称是医生，曾在美国南北战争中为争取黑人解放而战斗。在作战中负了伤，幸得一位黑人老太太护理，方得保住性命。在他伤愈离别时，黑人老太太送给他一块黑玉护身符。伤愈7年后，他又得重症，而医生说只有海上空气能救他的命。于是，他决定到欧洲旅行，上了玛丽亚号船。
船上人不多，船长、夫人及女儿，10个水手，其中3个是黑人。旅客除了杰弗逊外，还有轮船公司代理人哈同及一个混血儿谢伯基穆斯·戈林。
戈林很聪明，见多识广。但他的右手少了4个指头，仿佛被刀子切断似的。
戈林住在他的隔壁。一天早晨，杰弗逊刚起床，一声枪响，一颗子弹穿过板壁，射进他一分钟以前还站着的地方。戈林忽然跑过来道歉，说擦枪走了火。晚上，布里格斯船长来找杰弗逊，他神情悲痛地诉说爱妻、幼女失踪了。有人推测，女儿失足落水，妈妈心里一急，也跳下水去。过了几天，布里格斯船长自杀了。
帆船在大副指挥下继续航行。一天，杰弗逊拿出黑玉护身符让人欣赏，戈林拿过来，不以为然地笑笑，打算顺手扔到海里。
不料，旁边的黑人水手马上跳到戈林面前，对他说了几句什么，然后就拿过护身符，万分虔诚地奉还杰弗逊。
过了一段时间，气候变得燥热起来。当地平线上出现非洲大陆时，人们才醒悟。但大副说，这不是他的错，有人把航海仪器弄坏了。这天傍晚，杰弗逊正在甲板上散步，戈林同另3个黑人走来。忽然把他推倒在甲板上，捆绑起来。白人水手和旅客哈同则被捆绑起来推入海中。戈林也要把杰弗逊推入海中，但黑人们一致反对，他们认为佩着黑玉护身符的人是不可伤害的。
于是，杰弗逊被带下救生艇上了岸，被软禁在一个小屋里。
他虽是俘虏，但吃得不错，当地黑人对他崇敬。一天晚上，戈林将自己的身世告诉了杰弗逊。他的父亲是白人，母亲却是黑奴。
父亲去世后，母亲被种植场主打死。他们还把戈林的4个指头切掉。戈林满怀仇恨，发誓要向所有的白人讨还血债，在非洲建立一个黑人国家。相传黑人有一个迷信，给他们送“黑玉耳”来的人就是天堂使者，而杰弗逊的黑玉佩正像一只耳朵。这样，杰弗逊就成了戈林当酋长的障碍。戈林把杰弗逊带到海边，让他坐一条小船出海，听天由命。几天后，杰弗逊终于遇上一艘英国轮船，到达利物浦。
当人们兴奋地读了“杰弗逊”这篇文章，心满意足的时候，有人透露，“杰弗逊医生”的故事纯系虚构，它不过是福尔摩斯探案故事的作者柯南·道尔写的一篇小说。
尽管如此，人们仍然感激柯南道尔，他也算是为玛丽亚号船失踪之谜提供了一个说法，而且是引人入胜的说法。
玛丽亚·赛莉斯特号船自1873年3月被解除扣押后，船主几易。最后，在一次诈骗保险金的行动中被故意撞在珊瑚礁上，并一把火烧毁。案犯相继死亡。
但是，玛丽亚号仍是一个谜。进入20世纪后，研究玛丽亚号之谜者仍大有人在。代表性的说法有以下几种：“四度空间”说。认为这艘船的全体人员遁入了我们尚不知晓的第四空间中去。
“非物质化”说。认为船上的人都遭受了“非物质化作用”，毫无痕迹地消失了。
“UFO（飞碟）”说。认为他们被UFO带走了。
这些说法都无法实证，又有人提出一个猜想：航行中，有人突然发现船上工业酒精有一桶微微有些开裂，由于受太阳曝晒，工业酒精的热膨胀极可能引起致命的爆炸。于是，人们急忙搭上救生艇离开大船。突然，天上骤然降下暴风雨，爆炸自然未发生，而小艇却不幸翻沉，无一人幸免。