1998年，在俄罗斯《政治迫害平反法》正式生效6年后，贝利亚的亲属向俄罗斯军事检查总院提出申诉，要求给贝利亚平反昭雪。俄罗斯最高法院用了两年时间，对“贝利亚事件”展开了详细的调查，借由公开的档案和知情者的回忆，重新甄别贝利亚的罪名是否属实，从而也让贝利亚被杀的真正原因越来越清晰。
1953年6月26日，刚从东德回到苏联的贝利亚来到克里姆林宫，参加苏共中央主席团会议，他不曾料到这是一场他的同僚们为他特设的鸿门宴。会议一开始，苏联部长会议主席马林科夫就严厉谴责了贝利亚和他的副手们种种罪恶行径。贝利亚觉察出气氛不对，可是还没等他作出反应，几名拿着手枪的高级军官已经站在他的身后。这场出奇不意的逮捕行动，显然是经过周密谋划准备的，而策划这次逮捕行动的就是赫鲁晓夫。
说法四：政治谋杀
赫鲁晓夫的计划
赫鲁晓夫从不隐晦自己在“贝利亚事件”中的角色，在他自己的回忆录中有着详细而又略显夸张的描写，他认为，“倒贝”行动在他的丰功伟绩上是浓墨重彩的一笔。
赫鲁晓夫当时地位很低，但是他也是在这个圈子里头，但是他是排在第五位，而且别人都有实职，赫鲁晓夫那会儿没有实职，他只是苏共中央书记处书记，主管中央的工作，主管苏共中央党务。
——沈志华
外表粗犷的赫鲁晓夫，实则老谋深算而又惯于孤注一掷。在为病重期间的斯大林值班时，他便在私底下和同事们交流起未来的权力分配。这个时候，恰巧贝利亚同马林科夫分在了一起，而赫鲁晓夫则和布尔加宁是一组。
在斯大林病危的时候，他们这些人，特别是赫鲁晓夫，已经在琢磨怎么把贝利亚干掉。
——郑异凡
赫鲁晓夫就对布尔加宁说，咱们一定要千方百计地阻止贝利亚在斯大林去世之后抢占国家安全部长的职务，否则这就是我们悲剧的开始。
——徐隆彬
可是，贝利亚显然对局势有更敏锐的判断。贝利亚曾对他的妻子说：“一个格鲁吉亚人要在斯大林死后当领袖是不可能的。”因此，他必须亲近某个他能够利用的人——“某个像马林科夫那样的人”。
马林科夫他长期做斯大林的秘书，斯大林对他比较信任，他一直在斯大林身边，在中央工作。1952年10月召开十九大的时候，政治报告是他做的，这个在共产党的传统当中，开全国代表大会，做政治报告，那就是接班人。
——沈志华
马林科夫这个人，是个行政人员，他不是个帅才，他也需要贝利亚的支持。
——郑异凡
事实上，贝利亚和马林科夫早在卫国战争时期就已经站在了一起，被人称为“贝利科夫”阵营。而赫鲁晓夫则是斯大林为了消解他们权力扩张布下的一枚棋子。但是1953年3月5日，斯大林逝世了。
就在3月5日的晚上，苏共中央主席团和苏维埃主席团召开了联席会议，做出了重大的决定，推翻了十九大斯大林做出的那些决定。
——沈志华
会上，贝利亚提议马林科夫出任当时权力最大的职务——部长会议主席，马林科夫则随即提议贝利亚任部长会议第一副主席，并且主张把内务部和国家安全部合并为单一的内务部，由贝利亚任部长。
在这次会议上，苏联中央党政的权力结束了斯大林时代的集权制度，相对平均地分配到了各位政治局委员的手中。但是，对这个结果，除了贝利亚之外，并不是人人都满意，而且还引起了政治局委员们的不安。
真正的实权，最危险的人，其实就是贝利亚，因为贝利亚那天晚上（3月5日）就把内务部又抓到手里了，赫鲁晓夫知道他这个秘密网络已经深入到整个政府、党的机构各个层面，你不把他灭了，说不定哪天他一翻手，这些人就完了。
——沈志华
在这场权力分配的会议上，赫鲁晓夫虽然没有能够阻止贝利亚的企图实现，但是，他立即改变策略，颇有用意地提出让布尔加宁担任国防部长，并且达到了目的，总算对贝利亚的权力有所制约。更重要的是，手握军权的布尔加宁在日后铲除贝利亚的行动中，确实发挥了重要的作用。
而此时的贝利亚，是苏联的第二号领导人，实际掌握着党务、政务、警务大权，还握有部分军权，真是权倾朝野，显赫一时。但是，贝利亚深知，这只是在斯大林去世后，克里姆林宫里短暂的平静，关于权力和派别的斗争是漫长而不可避免。那么，要在斗争中增加筹码，就必须解决围绕当时苏联最重要的问题——改革。而且，是针对斯大林遗留的历史问题、体制模式中那些最直接、最严重的弊端来进行改革。贝利亚深信改革的主持者和他所领导的派系，不仅能够从中获得民众的支持，提高政治声望，而且在这场权力斗争中占据主动。
二、贝利亚的改革
1953年3月9日，在悼念斯大林的演说中，贝利亚强调要保护宪法赋予人民的民主权利和自由，并以此为信号，开始了一系列大刀阔斧的改革。
斯大林逝世以后，苏联必须变，管你谁上台，你是赫鲁晓夫也好，马林科夫也好，是贝利亚也好，肯定都得变。而贝利亚在那短短的一百多天的时间里面，提出来的一整套的措施，恰恰是以后苏联往前发展，往前变化的一个基本东西，轮廓有了。
——郑异凡
然而就在贝利亚强有力地推进改革时，东德问题困扰了他。贝利亚曾一度提出要让两个德国统一的构想，但是东德的局势却已经急转直下了。
当时没有柏林墙，仅1953年4月份，一个月就有3.7万人，从东柏林，逃往西柏林，逃到西德。
——王桂香
1953年6月17日，东柏林事件爆发，利亚紧急飞往东德处理危机，力图缓苏德紧张的关系。但是他并不会知道他在东德期间，却留下了他一生中，最后的影像。
在德国的问题上，他就提出来，在东德，我们需要的不是搞社会主义，而是个和平的德国，东德、西德要是能够统一，如果是个和平的国家，和平的德国，那么对我们是最有利的。
——郑异凡
虽然，贝利亚的这些主张在以后30多年时间里，逐步得到了实现，但在当时，却把他自己的命运推向了灭亡。
贝利亚提出来的这些措施，一项一项赫鲁晓夫都在做，到最后是戈尔巴乔夫完成了德国的统一。逮捕贝利亚时，都说成是危害国家、背叛国家，串通起来，是卖国的，是什么等等，各种各样的罪名加上去。
——郑异凡
在斯大林死后，贝利亚最先提出个人崇拜的危害，提议禁止在游行时使用党和政府领导人的肖像。但是，这一举动引起中央主席团其他成员的不安和警觉，对正在谋求提高威信的马林科夫来说，无疑打击沉重。
这就给了一直蛰伏着的赫鲁晓夫一个绝好的机会，来瓦解贝利亚和马林科夫的同盟，并彻底打倒贝利亚。赫鲁晓夫深知，这是一个十分艰难而危险的行动，仅凭他个人的力量，根本无法完成，他试图获得整个领导集团中绝大多数人的支持，来上演一出“众神缚妖”的好戏。
而这个时候，贝利亚却正下定决心，还要揭开另一个敏感的盖子。
他把注意力集中在斯大林晚年的一些冤假错案和在押犯人的清理问题上。他提出并推行了1953年的大赦，结果有120万人被释放，40万人的案子被停办。但这一次，一贯老谋深算的秘密警察头子自己就却遭到了算计。
如果说，贝利亚的同事们碍于他的权力和威望，勉强忍受他的改革措施的话，那么，贝利亚坚持为“大清洗”时代的案件平反的决心则引起了其他人真正的恐慌。“大清洗”时代的苏联就像一个大法庭，审判者和被审判者经常交替轮换，审判者未必比被审判者更高尚。一直掌管内务部，清楚知道同事们底细的贝利亚，这个时候，就成了他们必须要铲除的人。
三、会议室里的阴谋
在赫鲁晓夫的回忆录里，他不无自豪地描绘自己根据主席团各个成员与贝利亚关系的亲疏状况，利用人们普遍具有的从众心理而采取“先易后难，各个击破”的方法去说服这些主席团成员。
他找马林克夫，说贝利亚要整你，我们现在要对付他，其他两个人都同意，就看你的态度。所以他一讲，说那行，那我同意，然后去找莫洛托夫，说贝利亚要整你，我们现在要联合起来对付他，其他俩人都同意，就看你的态度。那我也同意。就这么着，四个人商量好了。
——沈志华
马林科夫的态度的确起到了关键的作用，而莫洛托夫对贝利亚早就怀恨在心，因此，他不仅积极支持搞掉贝利亚，而且首先主张采取极端措施。一场政治角力即将开始。
在之后的一个多星期里，他们两人同主席团其他成员进行了秘密联系，因为担心谈话的内容被内务部窃听，所以就经常在大街上或汽车里进行串联。
赫鲁晓夫他们趁贝利亚去处理东德危机这一个空闲，进行密谋，仅用了两周的时间，在贝利亚从东德返回，出席会议的时候，对他实施秘密逮捕。
——王桂香
虽然，在如何对待、安排贝利亚的问题上，主席团成员们的意见并不统一，但在对贝利亚采取行动的决定上已经是完全一致的了。赫鲁晓夫、马林科夫、布尔加宁和莫洛托夫认为，将这一行动安排在苏军夏季演习开始的时候最合适。
因为这个时候，国防部长布尔加宁可以名正言顺地把他所控制的部队调入莫斯科；而马林科夫可以借研究本次军事演习为名，召集部长会议主席团会议，同时邀请苏共中央主席团委员列席，国防部长和副部长按照惯例当然要在这次会议上报告演习计划。这样，就可以用布尔加宁的车子，把执行逮捕贝利亚任务的五名将军们，顺利地带入克里姆林宫。到时候，这些将军们就呆在会议室隔壁的接待室里，在他们得到指令后，第一时间将贝利亚制服，不让他有机会向他的警卫队发出求救信号。
一切都在按计划进行，6月27日，马林科夫胆战心惊地主持了会议，会上赫鲁晓夫等人对贝利亚开始了罪行指控。
据说贝利亚当时就傻眼了。下意识的站起来拿包，两个军人进来，把这包抢过来，其实包里什么都没有。
——沈志华
朱克夫又到贝利亚的后面，把他两个手转弯以后，就把他提起来，然后进行了搜身，主要是寻找武器。就这样，就把贝利亚逮捕了。
——徐隆彬
苏联最高苏维埃主席团在26日做出《关于贝利亚反国家罪行决议》，解除了贝利亚部长会议副主席和内务部长的职务，取消他曾获得过的一切荣誉称号和勋章，并将他移交苏联最高法院审理。
四、秘密审判
事实上，贝利亚没有被转入监狱，而是一直被关在莫斯科空军的一个地下防空设备里。
这个时候贝利亚就明白了，他想了想，觉得这里只有赫鲁晓夫有这个心机，所以他就开始给马林科夫写条子，给莫洛托夫写条子。
——沈志华
贝利亚先后给苏共中央委员会和中央主席团写了三封信，试图得到宽恕。但是，木已成舟了，一切都已经毫无意义。
负责转交信的莫斯卡连克，在他的回忆录中提到，贝利亚写了三封信之后，赫鲁晓夫和马林科夫就下令，没收贝利亚手中的笔和纸，不允许他写。也就是贝利亚手中的纸和笔，对他们来说，都是害怕的。
——王桂香
事实上，贝利亚的这些信不仅没有拿到中央全会上宣读，甚至没有让中央主席团全体委员审阅。他的同僚们为了保全自身，而把贝利亚作为造成斯大林时代所犯错误的主要罪魁，以此来洗刷自己。而这三封并没有挽救贝利亚的申辩信，却成了判断贝利亚死亡时间的一种依据。
因为有了这个，大家都普遍认为，贝利亚死亡是在全会之后，应该是7月底，或者8月初的时候。但是现在有一个问题，就是笔迹专家鉴定的结果，说这些信都不是贝利亚写的。
——郑异凡
2010年，俄罗斯的笔迹研究学家再次细致分析了这三封信，结果指出贝利亚的三封信居然与贝利亚本人的笔迹存在出入。而且据比对分析，这三封信中的笔迹居然还并不是出自同一个人的手。
把贝利亚以前批文件的批语和签字，跟这个对照，不一样。所以说这个信是真的是假的，就成了个问题。
——郑异凡
五、家中枪杀
一时间，人们不禁想到了贝利亚的儿子谢尔盖的推论，他在《我的父亲贝利亚》一书中坚称自己的父亲在1953年的6月26日就在自己家中被打死的。
贝利亚的儿子是搞火箭的专家。他是很严谨的，我看他的书认为，写的不是信口开河的东西，他每一个东西，都有他的根据。
——郑异凡
那天他接到一个朋友的电话，告诉他家里出事了，有人听到了枪声。小贝利亚连忙赶回家，眼前的景象让他惊呆了。
他看见他父亲办公室窗户的玻璃都碎了。这是他亲眼看到的。同时还看见，用担架抬出一个人，上面盖着布的，但到底谁，他看不见。但是他就说，这个肯定不会是一般的人。那么最大的可能就是他父亲。
——郑异凡
但是，小贝利亚并没有看到父亲的尸体，因此这种说法只能为贝利亚的死亡之谜，提供一种假设，那么小贝利亚为什么要向官方的说法提出质疑呢？
最后大家讨论比较统一的一个想法，认为是他这一说法，可以理解为，从6月26日，他就再也没有见到他父亲。另外，他坚持写出自己的说法，也是为了引起更多的人去关注贝利亚事件。
——王桂香
今天学者们把小贝利亚的推论归结为家属申诉，平反得不到解决的无奈之举。对此，俄罗斯历史学家罗伊·梅德韦杰夫评价说，贝利亚事件不是一个司法事件，而是一个政治事件，所以，贝利亚的平凡，今天不可能，以后也不可能。
1953年12月23日，法庭最终以“叛卖祖国、组织反苏阴谋团伙以攫取政权，建立资产阶级国家，实行反对忠于党和人民的政治活动家的恐怖行动”等罪名判处贝利亚等人死刑，并于当晚立即执行枪决。枪决档案里没有医生为贝利亚出具的死亡证明，没有贝利亚的指纹，没有现场照片，尸体立即火化。
贝利亚被枪毙后，按中央主席团的命令，贝利亚保险柜里的文件立即被全部销毁。
贝利亚垮台后，马林科夫在政府中失去了一个重要的支柱。不久他就被赫鲁晓夫以他同贝利亚关系密切、主张“右倾机会主义”的路线等罪名，解除了部长会议主席的职务。
2000年5月29日，俄罗斯最高法院在经过两年的重新审理后宣布：驳回贝利亚案件平反的诉讼请求，不予平反。根据现已公布的档案史料来看，1953年指控贝利亚所犯的罪行“背叛祖国、组建反苏联阴谋团伙”等并不属实。但是，自1938年起贝利亚曾长期担任苏联内务部部长的职务，对斯大林时期的大规模镇压负有不可推卸的罪责。但是，也有学者认为贝利亚不过是权力斗争的失败者，承担了胜利者所有的罪责。那么这一切究竟孰是孰非，只能像贝利亚的儿子在书中所写的那样“让历史和时间来裁决”。