太尉郑弘对窦氏兄弟权势太大、结交宾客、危害朝廷深感忧虑。但他没有勇气直接指斥窦宪，就奏告窦宪的宾客张林、杨光等人贪赃受贿。可是窦氏党徒盘根错节，遍布朝廷，受理奏章的尚书是杨光的朋友，就把郑弘奏章的内容泄露给杨光，杨光又去找窦宪求救。他们来个恶人先告状，向章帝报告郑弘泄露国家机密。章帝当然是偏信窦宪的，就下诏指责郑弘，收了他的印绶，也就是罢了他的官，把他赶出京城。郑弘一气之下旧病复发，生命垂危。但他在病中仍给章帝上疏说：“窦宪的奸恶贯天达地。陛下处天子之尊，而相信谄佞之人，却不考虑国家的存亡……臣愿陛下诛灭奸臣。”章帝看了郑弘的上疏，略有醒悟，便派人带着药去看望郑弘。可惜，当皇帝的使者来到的时候，郑弘已经命归黄泉了。
窦宪是一个机灵敏捷的人，但心胸却很狭窄，只要有仇，不论大小，都要千方百计地寻求报复。窦宪的父亲窦勋、祖父窦穆被明帝下狱的时候，当时担任谒者的韩纡（ｙū）参加了审讯。二十年后，窦宪派人杀了韩纡的儿子，用他的头祭奠了窦勋的墓。
章和二年，年仅三十二岁的章帝驾崩，太子刘肇继皇帝位，史称和帝。章帝的窦皇后被尊为皇太后。因为刘肇只有十岁，由窦太后临朝听政。窦太后下了一份诏书，说：“今皇帝年幼，御体欠佳，哀家暂且佐助听政。虽然外有大国贤王作为屏障，内有公卿大臣协助统理本朝，然而要治理好国家，还需要有人从内部给予帮助。哀家之长兄、现任侍中的窦宪是一个智能兼备的人，又很忠孝，因此受到先帝的器重，留下遗诏，让他辅助朝政。但窦宪坚持谦让，哀家也不能强迫他。所以，现在委任他为两宫的宿卫。这个任务已经很重，就不再给他其他任务了。”这份诏书表面上看来是不给窦宪太大的权力，但这只是一个圈套。因为窦宪宿卫两宫，又有外戚的身份，实际上是以武力挟持宫廷，有着非常大的实权。他参与机密，宣布诰命（就是皇帝的命令），没有人能与他相比。
光武帝刘秀有一位哥哥，叫刘（ｙǐｎ），比刘秀造反起义还早。但在争夺权力的斗争中，刘被另一个本家、自称皇帝的刘玄杀害。刘秀当上皇帝以后，就追封刘为齐王，他的后代也都世代封王。刘的曾孙刘畅被封为齐殇王。刘畅听说章帝驾崩，就来首都洛阳吊唁。窦太后几次接见刘畅。窦宪怕太后信任刘畅，分了他的权，就派刺客把刘畅杀了，还放风说，一定是刘畅在青州（今山东省北部）的弟弟刘刚派人杀的。但不久，凶手在京师被抓到，真相大白。窦太后觉得脸上无光，就把窦宪在内宫软禁起来。
事有凑巧，就在兄妹二人为如何下这个台阶而焦急的时候，南匈奴派使臣来洛阳，要求汉朝出兵，趁北匈奴发生饥荒的机会，帮助他们讨伐北匈奴，使南、北匈奴统一为一国，永远成为汉朝的友好邻邦。原来，在西汉武帝的时代，汉朝大军讨平了匈奴，使匈奴分为南、北两部。南匈奴归附了汉朝。东汉光武帝刘秀在世的时候，南匈奴多次请求汉朝出兵，讨灭北匈奴。但东汉建国之初，国力尚不强盛，刘秀执行与民休息的政策，不言战事，没有答应南匈奴的要求。经过四十多年的中兴，东汉已经有了一定的国力，又赶上北匈奴发生饥荒，所以南匈奴再次请求汉朝出兵。
东汉朝廷内部也分成两派。一派认为这是“天授时机”，正好“以夷制夷，于国有利”；另一派则认为应该坐视夷虏相攻，否则“引兵费时，坐失上策，去安即危”。窦宪则请求出击匈奴，建功赎死。窦太后软禁窦宪本来就不是真心，她不顾一些大臣的反对，命令以窦宪为主帅，车骑将军耿秉为副，率军北上，讨伐北匈奴。三公九卿联名上疏谏止，窦太后就是不听。
和帝永元元年（公元89年），窦宪与耿秉各率四千骑兵，与率一万骑兵的南匈奴左谷蠡（读ｌùｌǐ，匈奴王称号）王师子（师子是人名）从朔方鸡鹿塞（在今内蒙古自治区磴口县西北哈隆格乃峡谷口）出发；南单于屯屠河率万余骑从满夷谷（今内蒙古自治区包头市北）出发；度辽将军邓洪会合边疆的羌胡兵和南匈奴左贤王安国军共一万八千骑从固阳塞（在包头市东）出发。三路大军直指大漠以北，并在涿邪山（在今蒙古国境内）会师。窦宪胸有成竹，指挥若定。他又分遣副校尉阎盘等人率左谷蠡王师子等的精兵，与北单于战于稽落山（在今蒙古国西南部），大破北匈奴军，斩首一万三千余级，获马、牛、羊、骆驼百余万头，北单于逃走。北匈奴八十一部二十余万人率众向汉朝投降。窦宪踌躇满志地登上离内地三千余里的燕然山（今蒙古国杭爱山），刻碑记功，然后凯旋而归。
窦太后听说窦宪大胜而归的消息，马上派人持节到五原（在今包头市西）去迎接，同时宣布拜窦宪为大将军，位在三公之上。过去，大将军一直是在三公之下的。还封他为武阳侯，食邑二万户。这一次，窦宪倒是很有风度，百般推辞，坚决不受。不久还军京师，威震朝廷。太后再次封窦宪为冠军侯，食邑二万户。窦宪还是坚持不受。窦宪的兄弟们也都封了侯，他们都接受了。
窦宪再次率军离京，出镇凉州（在今陕西、甘肃、宁夏、青海一带）。逃跑的北匈奴单于捎信来，要见窦大将军，窦宪派人去迎接。但这时北匈奴又被南匈奴打败，继续向北逃，所以接北匈奴单于的人没有接到。第二年，窦宪再次派兵进攻北匈奴，并在金微山（即今阿尔泰山）大破北匈奴军，活捉了北匈奴单于的母亲。北单于逃走，不知去向。这次远征，离开汉朝本土达五千余里。
窦宪这个人虽然心术不正，但却是一个很聪明能干的人。他这次战胜北匈奴，是一件影响中国历史和世界历史的大事。北匈奴逃走了，对于中国来说，他们无影无踪。可是几百年后，他们却以不可阻挡之势出现在欧洲，造成了欧洲和北非的民族大迁徙。北匈奴的逃走，消除了中国北边为害几百年的一个大患。因此，窦宪是一个为整个中华民族建立了不朽功勋的人物。
然而，在统治阶级内部的争权夺利的较量中，窦宪又是一个残忍狠毒的人物。平定北匈奴，使他在政治上获得了一笔可观的资本，他便极力利用这笔资本发展个人势力。他的家人占据着国家关键性的岗位，充满朝廷。窦氏兄弟四人及他们的子女，担任侍中、将、大夫、郎吏等重要官职的有十余人。他们把自己的爪牙亲信安排在各个重要部门，形成了一个庞大的关系网。他们依仗权势，欺凌百姓，连他们的奴仆也横行霸道，强夺民财，强娶犯人的妻子，强抢民女……商人躲避他们像躲避强盗一样，谁敢对他们的胡作非为说半个不字，谁就要受到他们的迫害。尚书仆射乐灰忍无可忍，上疏建议窦氏四兄弟谦退，先是被他们强迫退休，而后又被逼自杀。
窦宪的权势越来越大，小皇帝刘肇的年纪也越来越大，越来越懂事，这对窦宪的权势构成了极大的威胁，窦宪便企图杀害和帝刘肇。十四岁的刘肇确实很聪明，他看出了窦宪的阴谋，甥舅之间展开了一场你死我活的暗斗。
刘肇身边全是窦家的人及其亲信，此外就是宦官，而宦官也多数依附窦氏。刘肇细心观察，觉得钩盾令（负责宫内河池苑囿的宦官）郑众小心谨慎，有心机，不与窦氏及其心腹交往。和帝永元四年（公元92年）六月的一天，刘肇趁窦宪不在京师洛阳的机会，找了一个别人不在的时候，把自己的想法告诉了郑众，两人商量好了诛灭窦氏及其党羽的办法。
前面介绍过，在刘肇被立为太子之前，本已有一位太子，那是宋贵人生的刘庆。当时的窦皇后迫害死了两位宋贵人，废了刘庆的太子，立从梁贵人那里过继来的刘肇为太子，刘庆被封为清河王。两人长大懂事以后，关系一直不错。刘庆也常到宫中来看望弟弟，也就是和帝刘肇。窦宪回到洛阳后的一天，刘庆又来看望皇帝。谈话中间，刘肇小声问刘庆：“皇兄可曾听说有一本叫《外戚传》的书？”
“看过。我是从千乘王刘伉那里借来读的。”
“我听郑众说，书中讲了先朝孝文皇帝诛薄昭、孝武皇帝诛窦婴的故事？”
“是的。薄昭是文帝的舅舅，窦婴是武帝的舅舅。”刘庆的声音很低很低。
“烦请皇兄从千乘王那里把这本书替我借来一读。”刘肇说话的时候，两眼直直地看着刘庆。
“我这就去借。”苦难是可以使人聪明的。这兄弟二人虽然所处的地位很高，但正是这种地位，又使他们蒙受了别人无法经受的苦难。两个十几岁的孩子用后来唐代的人的话来说，就是“心有灵犀一点通”。
刘庆从宫中出来，看见郑众，就小声对他说：“陛下让我去给他借一卷《外戚传》看看。”郑众明白：和帝刘肇也要杀舅舅了。他就利用自己在宫中自由出入的方便，找到与和帝已经商量好的几位可以信赖的武将，暗示他们作好准备。第二天一大早，和帝刘肇果然来到北宫，诏令执金吾、五校尉筹武官把守南、北两宫，关闭城门，搜捕郭璜、郭举、邓叠、邓磊等窦氏爪牙，下狱诛杀。又派人到窦宪家中，收回大将军印绶。窦宪处在包围之中，与外界失去联系，只好从命。
和帝碍于窦太后的关系，不好直接诛杀窦宪，就再次封他为冠军侯，但命令窦氏兄弟都要回到自己受封的地方去，不得留在京师。和帝还派人监视他们。但这兄弟几人各自回到自己的封国以后，窦宪、窦笃、窦景三兄弟都被强迫“自杀”。只有窦宪的小弟窦瓌（ｇｕī）平时自我约束，民愤不大，没有被逼迫自尽。
永元八年，窦太后忧郁而死。这时，有人把刘肇的身世告诉他，他才知道自己本是梁贵人所生，梁贵人却被逼死。和帝给自己的生母上了尊号，他还念及多年的养育之恩，没有接受一些人提出的贬去窦太后尊号的建议，仍追谥她为章德皇后，与章帝合葬。梁贵人的亲属早已被流放到九真（在今越南北部），和帝当然得下令接他们回来。梁氏亲属回京时，路上不忘去找窦瓌，逼他自杀了。
由于宦官郑众等人在这次平定窦氏家族的政变中立了大功，被封为大长秋，拥有很高的权势。从此宦官开始参政，成了东汉后期政治斗争的一个新的特点。