一、天皇的破落与寒酸
武家政权下的天皇与皇室生活，远比外戚专政时破落与寒酸。从1192年源赖朝建立镰仓幕府，到1867年德川氏江户幕府被推翻的675年间，天皇沦为政治傀儡，虽然屡图振兴，然而仅仅是昙花一现。
当镰仓幕府的大权落在北条氏手中时，后鸟羽天皇不甘心寄人篱下的生活，决心依靠神佛的保佑，夺回失去的权力。1221年，天皇派近卫武士突袭幕府在京都的机构，同时发布讨灭北条氏的命令。然而关东武士团结一致拥护北条氏，后鸟羽上皇只凑集了17000名士兵，在幕府19万骑兵的兵力下溃不成军。后鸟羽上皇不得不投降，这就是日本历史上的“承久之乱”。随后，北条泰时进入皇宫，强迫仲恭天皇退位，由10岁的茂仁皇子接替（后堀河天皇）。后鸟羽上皇也被迫削发为僧，参与事变的皇族人员都被流放和拘押。
后堀河天皇生病后，幕府又强迫其让位给2岁的四条天皇。四条天皇年幼顽皮，12岁的时候，将滑石粉撒到宫中走道上，看人跌倒取乐，结果自己滑倒并撞到头部猝死。此后，幕府执政的北条泰时违背皇族和朝廷公卿的意愿，强令邦仁亲王继承皇位——第88代后嵯峨天皇（1220—1272年）。后嵯峨天皇时代，正是镰仓幕府的势力向朝廷步步紧逼之时。朝廷没有官职买卖的权力，而幕府的捐助又少得可怜，天皇的领地收入也入不敷出，以至于天皇的生活十分破落寒酸。后嵯峨天皇即位的时候，皇室连做礼服的钱都没有，只好穿以前天皇登基时穿过的礼服，结果礼服又短又小，显得滑稽可笑。
天皇落魄无权，也使得百姓面对皇家肆无忌惮起来。不但盗窃皇陵的事情开始出现，甚至有百姓在光天化日之下赶着牛车到皇宫里面抢走天皇的衣物。审时度势，后嵯峨天皇开始采取对幕府顺从协调的方针，1246年将皇位让给第89代天皇后深草天皇，自己在幕府的支持下以上皇身份实施院政。不久后醍醐上皇又迫使后深草天皇退位，让位给自己的另一个儿子恒仁皇太子——第90代天皇龟山天皇。
室町时代美浓守护大名土岐赖远是源赖光的子孙，出自摄津源氏。当土岐赖远在京都游玩时，正赶上光严上皇出巡的仪仗。开道侍卫沿途宣示回避：上皇圣驾到，速下马！土岐赖远闻声大怒道：“说什么！是圣驾还是犬驾，如果是犬驾，就让他吃我一箭。”并且拔箭就射。土歧赖远一下子打掉了上皇车子的帘子，进而掀翻了车子。
上皇身边的公卿也没有能够逃脱，都被痛打一顿。
这是对皇室严重的不敬行为，虽然后来土岐赖远被幕府处死，但是当时的武士们有很多并未谴责土歧赖远的非礼，而是责怪幕府处理太严格。甚至有将军直言不讳道：非要天皇的话，可以木头雕刻或者用金子铸造一尊摆放，然后把活的天皇流放到什么地方，免得他增添麻烦！
在这一时期，天皇和皇室的地位真的是无足轻重了。
日本室町幕府末期的“应仁之乱”（亦称应仁、文明之乱，1467—1477年）时，正值后土御门天皇在位的时期。乱后日本进入战国时代。
“应仁之乱”的起源要由室町幕府的将军足利义政说起。1449年，足利义政成为室町幕府第8代将军，他耽于酒色，不理政事。最终引起社会动荡，各地不断发生暴动，将军权力逐渐衰落。此时，幕府实权旁落于重臣和实力强大的守护大名细川胜元、山名持丰（又名山名宗全）等手中。义政早年无子，1464年以弟义视为继嗣、以细川胜元为保护人。次年其妻日野富子生子义尚，以山名持丰为保护人。二者争夺继嗣地位的斗争，使中央势力发生分裂。在守护大名各领国内，地方领主力量也不断增大，并干预守护大名的继承纠纷，因而守护大名的势力也发生分裂。以细川胜元和山名持丰的对立为中心，中央与地方封建势力的分裂日趋激化。1467年1月18日，畠山政长和畠山义就在京都发生武装冲突，山名持丰助义就获胜。以此为导火线，细川胜元和山名持丰各自调集援军进入京都。细川方面有斯波义敏、畠山政长、赤松政则、京极持清等，大本营在将军驻地幕府，称东军。山名方面有斯波义廉、畠山义就、一色义直、六角高赖等，大本营在幕府以西的山名持丰邸，称西军。5月26日，两军开始大战。最初东军稍强。8月，大内政弘率军2万东上京都，支援西军，10月激战于相国寺，未决胜负。此后京都地区的战斗进入胶着状态，战乱逐渐波及地方。战争中，东军控制将军足利义政、后土御门天皇和后花园上皇，西军则控制义视和南朝的后龟山天皇之重孙，双方均以自己为正统，称对方为贼军。
应仁之乱中，京都大半化为焦土，相国寺等古建筑与许多艺术珍品遭破坏，人民备尝离乱之苦。战乱后，幕府将军、守护大名和庄园领主贵族的力量更加衰弱，日本历史进入新兴的战国大名互相混战的战国时代。
后土御门天皇即位后即处在“应仁之乱”之时，各地寺庙和公卿的宅邸纷纷被战火涤荡一空，朝廷的财源自然也成了问题。为了避乱，天皇不得不到足利义政在室町的宅邸中过了10年的避难生活。避难中，甚至有天皇与足利义政的正室日野富子私通的传言，这个传言使得日野富子与足立义政的关系转至冷淡。1500年，后土御门天皇驾崩，后柏原天皇（1500—1526年在位）于小御所践祚。此时日本国内诸侯纷争，战火不断，幕府财政穷困不堪，后土御门天皇的葬礼只拿出了区区百贯文钱，无钱安葬致使天皇的尸体腐烂生蛆，最后不得不依靠各个寺院和商人出资赞助才勉强入葬。
然而，接下来新天皇即位典礼仪式的举行就成了一个大问题。起初幕府打算在可控制的领地内征收特别税款来筹措典礼所需费用，但是却发生了若狭守护武田元信、元度父子被国人土豪攻杀的事件，课税的计划因此无法继续。1502年，管领细川政元放言：“即位大礼仪式毫无益处，徒费钱孥。”五年后政元被养子澄之暗杀，畿内政局混乱至极，天皇的即位大典也就无人过问了。直到22年后，朝廷依靠中止各种仪式来节约费用，再加上室町幕府和本愿寺的捐献，才补上了即位的典后柏原天皇与父亲后土御门天皇都是虔诚的佛教徒。天皇将贫穷归咎于自己的罪业，于是寄托希望于阿弥陀佛的慈悲。他曾作和歌道：
身罪何其多；
镜映全业障；
虔诚祈望；
惟心向净土。
二、“一天二帝南北京”
1975年10月，日本东映动画开始播出《聪明的一休》。这个盘腿思考的安国寺小和尚一休的故事在中国也连续播放了5年，从1983年到1988年。随着该动漫在国内的播放，一休哥几乎伴随了我国一代儿童的成长。这个聪明的一休和尚，在日本历史上真有其人，他就是日本历史上的一休宗纯禅师，后小松天皇的皇子。
一休宗纯禅师（1394—1481年）名“千菊丸”，自号“狂云子”、“梦闺”、“瞎驴”等。“一休”名字的意思，他以一首偈诗解释道：“欲从色界返空界，姑且短暂作一休，暴雨倾盘由它下，狂风卷地任它吹。”一休精通汉诗，行为离经叛道，他的行状与我国南宋高僧济公很是相似。他曾吟诗道：“疯狂狂客起狂风，来往淫坊酒肆中。”
一休的父亲是日本南北朝时期的后小松天皇，母亲是日野中纳言的女儿伊予局，一说是藤原显纯的女儿藤侍从。当时日本正由将军足立义满结束了长达60年的南北朝对峙局面，政权中心由镰仓转移到京都，开始了“室町时代”。藤原显纯是南朝权臣，于是足立义满逼迫后小松天皇将一休逐出皇宫，并令一休从小在安国寺出家，以绝后代。《聪明的一休》动片画中的糊涂将军的原型，就是当时的幕府将军足立义满。
一休虽曾数次应其父召入宫，但从未以皇子自居，他勤奋修行，在船中因闻乌鸦鸣叫而悟道。78岁时，一休遇到盲女艺人森，并与之相爱。1474年，一休81岁时，受后土御门天皇诏令，担任大德寺第47代住持，修缮因战乱而荒废的寺院。晚年的一休住在现在京都府的酬恩庵，现在该庵被大家叫做“一休寺”。一休禅师去世时，日本已经到了群雄混战的战国时代。
后醍醐天皇坚持反对幕府，以恢复天皇权力。早在1324年，后醍醐天皇就秘密筹划反对幕府的活动，然而计划被人告密，天皇声明与此无关才免受牵连。1331年，后醍醐天皇再度制定计划，然而被宠信的重臣吉田向幕府告密，导致后醍醐天皇不得不逃亡。1333年，镰仓幕府灭亡，后醍醐天皇利用人们对幕府专权的不满，中兴皇室，史称“建武中兴”。后醍醐天皇决心借鉴中国年号来表明恢复皇权的事实，以刘秀灭王莽复兴汉室的“建武”年号，将1334年改元为“建武”，对中央和地方政权和经济作了改革。但是已经兴起的武士对后醍醐天皇未能满足他们的要求很是不满，3年后，武士们开始反抗。而足立尊氏也因为天皇没有封他为征夷大将军而心存不满，在打败后醍醐天皇军队后，扶持伴仁亲王即位为光明天皇。
后醍醐天皇逃亡到吉野，史称南朝。楠木正成、新田义贞、北畠亲房等都是南朝的名将。足立幕府开创者足立尊氏在京都另立天皇，是为北朝。日本皇室形成大觉寺和持明院两个流派并立，史称“一天二帝南北朝”。光明天皇册封足立尊氏为征夷大将军，足立幕府开幕。
后醍醐天皇在1339年病死，临死前天皇左手持法华经，右手按宝剑，遥望北方，并且留下悲壮的遗言：唯愿消灭朝敌而致四海太平，纵使埋骨南山，魂魄也要遥望北阙。
九州一直是日本对中国文化往来的重要出发点。南北朝时代，在九州地方的是南朝太宰府“征西将军”的怀良亲王。明初由于不了解日本南北朝分裂对峙的情况，明太祖朱元璋就于1369年派杨宰诏命“日本国王良怀”，希望其镇抚当时正在中国沿海滋扰的“倭寇”。这里的“良怀”就是怀良亲王。最初，怀良亲王将使者一行7人中杀死5人，拘留杨载、吴文化3个月始放回，并且“复寇山东，转掠温、台、明州旁海民，遂寇福建沿海郡”。明洪武三年（1370年），明太祖再派官员赵秩携诏书往见怀良亲王。怀良亲王同意派人入明朝贡，并归还明州、台州被掳男女70余口。然而此后倭患未绝，1381年、1382年明政府又诏谕指出日本“傲慢不恭、纵民为非，将必自殃”，而怀良亲王也借助明朝权威来巩固南朝已经衰微的局势。
后醍醐天皇出逃时，持有天皇象征的镜、玉、剑“三神器”。后来经过多次争夺攻防，南朝势力衰退，最终在足利义满担任征夷大将军时，南北开始谈判，决定继续实行两统交替制度，结束了对立57年的南北朝。1392年，南朝的后龟山天皇将“三神器”交给北朝的后小松天皇。
后小松天皇成为天下一统的第100代天皇，南朝的后龟山天皇则进入大觉寺，被封为上皇。
南北朝结束使皇室又团结在一起。可是事情并非如此简单，统一后北朝皇室开始反悔，将南朝皇子赶出皇宫。同时又担心北朝万一绝后，南朝将来便会复辟，于是“宫家”制度就应运而生了。
南北朝对峙时，互称对方为“伪朝”。南朝的北畠亲房就著述《神皇正统记》，记述从“神代”到后村上天皇之间一千多年的日本历史，以朱子学“大义名分”，对“乱臣贼子”进行口诛笔伐，主张拥有三种“神器”的南朝为正统，公家、武士应当遵守传统辅佐正统。