1999年
5月6日中航技在北京与津巴布韦政府签订12架歼7飞机出口合同。
5月8日中国驻南联盟大使馆遭到以美国为首的北约飞机（B-2隐身轰炸机）轰炸。5月12日，中国殉难者的骨灰和伤员无奈地搭乘北约国家民机回北京。有志之士评价：“这对我们航空界是奇耻大辱！”
5月哈尔滨飞机工业（集团）公司与意大利平尼法瑞纳公司合作开发的新生代电喷微型面包车“松花江中意”通过国家机械局主持的技术鉴定。在北京国际车展上，“中意”车以新生代微型面包车形象得到广泛关注，吴邦国副总理接见哈飞董事长崔学文，对该款车走联合、创新、自主的开发之路给予肯定。2000年7月3日，该车获得北京准销证。
6月12日中国首架实用型DXF-100地效飞行器被命名为“天翼”1号，在浙江湖州市太湖水域举行首次航行仪式，并投入运营。截至2005年，该机实现安全起降3000多架次，载客30000多人次，状况良好，取得很好的经济和社会效益。
6月13—20日K8飞机在法国巴黎航展上出色地进行飞行表演。
6月16日江泽民总书记视察西安航空发动机（集团）有限公司。
6月23日国务院任命刘高倬为中国航空工业第一集团总经理，杨育中、石川、顾惠忠为副总经理。6月24日，国务院任命张彦仲为中国航空工业第二集团公司总经理，池耀宗、梁振河、宋金刚为中国航空工业第二集团公司副总经理。经中共中央大型企业工作委员会决定，中国航空工业第一集团公司党组成立，刘高倬任党组书记，杨育中任党组副书记，石川、顾惠忠、刘思诚、许焕刚任党组成员；中国航空工业第二集团公司党组成立，张彦仲任党组书记，池耀宗任党组副书记，梁振河、宋金刚、王守信任党组成员。
6月28日中航技和巴空军超7项目办签署《中巴合作研制超7/FC-1飞机的合同》，中国总理朱镕基和巴基斯坦总理谢里夫出席签字仪式。它标志着超7项目全面走入正轨。6月24日，国防科工委刘积斌主任表示：“这件事是个好事、大事，是具有战略眼光的事情。特别是项目的管理方式和机制，国内要向这方面发展，你们探索出路子，可以借鉴和推广。”
7月1日国防科技工业十大集团公司在北京宣告成立。江泽民主席致信表示祝贺，朱镕基总理出席成立大会并作重要讲话。中国航空工业总公司改组为中国航空工业第一集团公司和中国航空工业第二集团公司。
按照国务院批复的组建方案，中国航空工业第一、第二集团公司是在原中国航空工业总公司所属部分企事业单位基础上组建的特大型国有企业，是国家授权投资的机构，由中央管理。集团公司代表国家行使出资人权利，享有所有者权益。组建后的中国航空工业第一集团公司（中航一集团），有大中型工业企业53家，科研院所31个，专业公司与事业单位20个，员工25万人，资产总额349亿元；组建后的中国航空工业第二集团公司（中航二集团）有大中型工业企业54家，科研院所3个，专业公司与事业单位22个，员工21万人，资产总额315亿元。7月1—3日，中航二集团企事业领导干部会议在北京召开；7月22日，中航一集团在北京恭王府花园举办集团公司成立招待会。
7月1日洛阳空空导弹发展中心在郑州成功进行国内首次某空空导弹对空中目标的截获和跟踪试验。
7月30日刘高倬总经理主持召开中航一集团办公会议，决定集团总部按照ISO9000—2000标准开展质量体系建设，同时成立中航一集团总部质量体系建设领导小组，负责对集团质量体系建设工作的领导和总体协调。
7月张彦仲总经理在党组会议上将中航二集团组建后存在的先天性困难和问题，概括为“三少一多”，即：国家投入少，军品任务少，科研单位少，亏损企业多。
7月1999年中航一集团共有10个民品项目列入国家重点技术改造项目计划（国债专项资金项目），它们是：航空数控设备；农机液压件；聚酯水下切粒设备；空气冷冻废橡胶制粉设备；线材小型轧机；氧化铝陶瓷基片；光纤无源器件系列产品；汽车电动刮水器、电动升降器；汽车座椅调角器；轿车组合开关。项目总投资4．3亿元，贷款3．1亿元。
8月9日陕西飞机制造公司研制的运8CA雷达电子试验机在陕西城固机场首飞成功，试飞员潘国成。至此，中国有了专用的电子试验机。该机是在运8C型机基础上研制的。2000年1月29日，运8CA雷达电子试验机转场阎良机场，开始进行雷达改装试飞。
8月15日江泽民总书记视查沈阳飞机工业（集团）公司。
8月20日中航二集团针对自身科研力量不足的状况，提出科教兴业的举措，并在北京召开科技合作研讨会，与北京航空航天大学等6所航空院校签署科技合作协议，共同推进航空科研和预研工作、高科技人才和管理人才的培养以及航空院校科研成果的产业化。
8月23日歼轰7（“飞豹”）改进型飞机正式立项研制，命名为歼轰7A（新“飞豹”）。
9月7日吴邦国副总理视察昌河飞机工业公司。
9月13日哈飞飞龙通用飞机公司的直9直升机圆满完成了北极科学考察飞行任务，历时71天，共飞行67架次，无任何事故，结束了我国极地考察没有国产直升机的历史。
10月1日国庆50周年大阅兵在北京天安门举行。空中阅兵由歼击机、强击机、歼击轰炸机、轰炸机、加受油机、新型歼击机、武装直升机7个机种15种机型共132架飞机，组成10个梯队，飞过天安门上空，接受检阅。整个编队全长75．64米，通过天安上空的时间为6分59秒。18枚国产上游2号导弹弹体随海军地面车辆方队通过天安门。
10月3日中美合作生产的首架干线飞机MD-90-30客机在上海飞机制造厂试飞成功。11月9日获得美国联邦航空局（FAA）颁发的单机适航证。
10月7—10日第八届北京国际航空展览会在北京国际展览中心举行。来自23个国家的200多家厂商参展，中航一集团和中航二集团代表中国航空工业参展。展示“飞豹”、歼8Ⅱ、歼7MG、超7等战斗机和加油机以及MD-90、MA60（“新舟”60）等民机。
10月13日中国航空工业规划设计研究院和中国航空建设发展总公司合并，合并后继续使用原有两个单位的名称。
10月20日金航信息网络工程（一期工程）通过中航一集团的验收。至此，由北京、沈阳、成都、西安、阎良、上海等6个地区网络中心组成的金航主干网（一期工程）建成并投入正式运行。
10月25—26日航定办主持救生-17型伞设计定型审查工作，并发文批准设计定型。该伞与HTY-6火箭弹射座椅高原伞箱配套，主要用于高原地区被迫弹射救生，是飞行员安全降落的工具。
10月26日第三届国际直升机研讨会在云南昆明召开。
11月7—10日直9C舰载反潜直升机综合处理系统在上海无线电电子研究所通过航定办组织的设计定型审查。
11月12日王良旺被任命为航空军工产品定型委员会主任委员。
11月20日《航空企业文化》杂志创刊。
12月13日西安飞机设计研究所总工程师陈一坚当选为中国工程院院士。
12月15日歼10飞机02架在飞机结构强度研究所通过全机100%静力试验。
12月21—22日直11直升机主减速器技术在湖南株洲通过技术鉴定。主减速装置将发动机功率转换为旋翼所需的功率，是传动系统中最重要的组成部分之一。
12月22日中国自行设计建造的亚洲最大的2．4米跨声速风洞在中国空气动力研究与发展中心通过国家验收。
12月24日中航一集团宣布集团质量方针为：“用户至上，质量第一，追求卓越，不断改进。”
12月27日中国和埃及在开罗签署合作生产80架K8E飞机合同，合同金额3．474亿美元，为中国航空工业出口数量最多、金额最大的一笔合同。合同内容是由中方提供飞机散件和原材料，提供技术培训和专家支持，在埃及飞机厂合作生产K8E飞机并向埃及提供K8E机队的售后服务；为在埃及建立5个飞机设计研究室提供软硬件支持。合同标志着中国已从出口航空产品发展到出口飞机生产线。
12月南京航空航天大学研制的WZ1无人驾驶直升机完成试飞。
本年度北京航空材料研究院、北京航空工艺研究所、洛阳空空导弹发展中心、贵州黎阳机械公司、西安飞机工业公司、沈阳飞机工业公司通过航空工业总公司组织的知识产权保护工作验收，并被授予“航空工业知识产权保护示范单位”的称号。北京航空材料研究院、西安飞机工业公司作为国家知识产权保护试点单位，通过国家知识产权局组织的验收。航空工业总产值320．7亿元，销售收入305．8亿元，利润总额1800万元。
2000年
1月10—12日中航二集团第一次工作会议在北京召开。张彦仲总经理做了题为《抓住机遇，开拓进取，开创企业改革与发展的新局面》的工作报告。会议提出集团公司发展思路：贯彻“军民结合，军品优先，民品为主，发展经济”的发展方针；坚持“抓住机遇，突出重点，发挥优势，有所作为”的发展策略；实行“全方位、深层次、宽范围国际合作和国内联合”的发展途径；坚持“围绕发展进行改革，通过改革促进发展”的具体做法。
1月13日中航二集团在北京主持召开直升机产业发展战略座谈会。会议明确了直升机“三个一代”和“两个结合”（军民结合、国际国内结合）的发展方针。
1月14日陕西飞机制造公司与中国邮政航空公司在北京签署10架运8F-400/600飞机的购机意向书。
1月18日原《航空政工研究》与《航空青年》合并，从2000年第一期开始，正式改刊名为《航空人》。
1月18日中航一集团决定重组中国航空研究院，杨育中兼任院长。
1月18—21日中航一集团第一次工作会议在北京召开。刘高倬总经理做了题为《坚持生产力标准，走创业创新之路，努力实现第一集团公司跨越式发展》的工作报告。会议提出了“以人为本，科技兴业，航空报国”的指导思想，制定了“以振兴航空、跨越式发展为目标，改革创新，促进调整，领先科技，加强管理，实现三步发展”的目标。
1月20日中航一集团“飞豹”飞机荣获1999年度国家科技进步特等奖。
1月20—22日中国飞龙专业航空公司荣获中国民用航空总局颁发的通用航空飞行安全最高奖——“航空安全金鸥杯”奖。
1月航定委批准直9舰载反潜直升机综合处理系统设计定型。该产品于1992年4月开始研制，提高了该机航空电子系统综合程度和反潜作战自动化程度。
1—2月西安航空发动机（集团）公司历经20多年研制的“秦岭”航空发动机通过150小时工艺试车，标志着中国加力涡轮风扇发动机的制造技术有了突破。
2月3日中航二集团印发《中国航空工业第二集团公司质量信息报告制度》。
2月15日国务院召开专题办公会议，听取民用飞机发展思路的汇报，朱镕基总理，李岚清、吴邦国副总理等出席会议。朱镕基指出：“国务院的意见完全一致，集中力量发展支线飞机；国家全力支持研制支线飞机，搞出世界水平的支线飞机。”
2月18日航定委在北京审查通过歼7E飞机生产定型；航定委批准K/JYL7H轰炸运输教练机设计定型；航定委通过直9舰载反潜直升机（直9C）设计定型。
2月22日总参谋部陆航局直升机试飞大队在江西景德镇昌河飞机工业公司成立。
2月22—24日中航一集团和中航二集团分别组团参加新加坡航展。
2月27日国务院任命许焕刚为中国航空工业第一集团公司副总经理。
3月2日西安飞机工业（集团）公司改进的“新舟”60（MA60）飞机首飞成功，总设计师吕海，试飞员邓友明、徐鹏德。1999年3月2日，西飞开始实施运7-200A飞机“精品形象工程”计划，对飞机的外形、驾驶舱布局、内装饰、观察窗等进行重新设计和制造，使飞机的外观质量和舒适性大为提高。6月18日，中国民航总局批准“新舟”60作为运7-200A飞机的商业名称。
“新舟”60飞机是中短程客货运输机，上单翼，双涡桨发动机，可布置60个座位，最大起飞重量21．8吨，最大商载航程1260千米，是严格按照与国际标准接轨的中国民航适航条例CCAR-25进行设计、生产和试飞验证的飞机，是我国依靠自己的力量，通过对科技成果的转化应用和实施产业化工程所取得的成果。动力装置采用加拿大普·惠公司生产的PW127J三轴自由涡轮式发动机和美国汉密尔顿公司的247F-3四叶复合材料螺旋桨，安装了国外先进辅助动力装置，提高了飞机的经济性、舒适性和机场适应能力。“新舟”60上采用了许多一流的机载电子设备，能够胜任在恶劣的气候条件下执行飞行任务，达到和国外先进支线飞机相同的水平。