皇帝因为朋友的背信弃义而受到的打击，比人们想象的更为严重。他给了对方过多的信任，结果他的自尊受到伤害，他所做的努力都化为泡影。他走投无路，唯一的办法就是征募军队。第二年的预备兵役提前征召，所需军饷用一切手段去筹措。因为西班牙事件，公债跌至原有面值的78%。奥地利方面则早就准备完毕，比他预计的早得多。4月，敌人已经开始进军的情报传来，手下在晚上10点将拿破仑从床上唤起。他下令，午夜时分即刻拔营出发。但全体人马在四小时后才准备就绪，令他恼怒不已。
到达巴伐利亚时，他看出了奥地利军队进军中的错误，几乎无法相信自己的好运。一位在场的人这样描述道：“他两眼放光，眼神和举止间都流露出兴奋，嚷道：‘我逮住他们了！他们必败无疑！一个月后我就会攻占维也纳！’”他估计错了，实际上他只花了三个星期就再度进驻维也纳。他鼓励士兵们在40小时内行军100多公里，并且在接连五场战役中击败敌军。后来，这五天被他称为他最出色的一次演习。在最后一天，仿佛是在驳斥他刀枪不入的神话，一颗子弹射中了他的脚，而且恰恰是阿喀琉斯的脚踵部位。在此以前，他的士兵们都相信他在战场上不会死伤，连他本人也几乎相信。
然后他继续前行，横穿德意志。他的马车外表并不起眼，但里面布置得很舒服，他可以在里面睡觉。白天他在马车里可以办公，处理政务，跟在杜伊勒利宫和军营里没什么区别。他第一个设计了在行进中减少摩擦的装置。虽然比不上我们现在的旅行速度，但是比前人快了很多。从德累斯顿到巴黎，他只花了五天时间。在马车里，有许多可以上锁的抽屉，里面放着报告、紧急公文和清单；后座顶棚上挂着一盏灯，用以照亮整个车厢。在他前面还挂着一张路程表，上面列着他必须经过的地名，注明了在何处可以更换马匹。当信使到达的时候，贝尔蒂埃或其他军官必须写下最为紧急的命令，马车在此时仍在不停地前行。之后，传令兵就策马赶往四方。
车夫座上独自坐着的是卢斯塔姆，他的前面有两名车夫赶着六匹快马。马车的周围总是簇拥着一大群骑着马的侍从、掌马官和轻骑兵。人马众多，道路立刻变得狭窄。白天，尘土飞扬，热气弥漫；夜晚则烟雾迷蒙。农民们挤在道旁，目瞪口呆地望着大队人马急速而去。他们坚信大人物拿破仑魔鬼附身。人们可从马车和随行人员的马蹄印看出他的去向。因为在行驶途中，他会扔很多纸团出来。他不仅把信封和废纸从车窗里扔出来，还把所有无用的报告小心地撕成碎片后扔出来。此外，所有报纸和那些他只在闲暇时浏览的书籍，也被扔到路上。
无论他在何处停靠，侍从们总为他准备好热水浴。如果是夜里2点（皇帝总说是早上两点），他就会口授到4点，然后睡到7点起来。他下马车后，四名轻骑兵会呈正方形站在他周围。他白天用小型望远镜观察战场时，他们也随着他移动。如果他需要用大型望远镜，那么侍从们的身体会被他当作支架。无论他停留多久，在作战期间地图总是替他准备妥当，无论是在马车里、军营里或篝火旁。如果随从们不能及时用手指在地图上指出他想研究的地方，就会被拿破仑怒斥或推开，即便是贵为纳夏泰尔亲王的贝尔蒂埃也不例外。终其一生，他的地图无论何时何地都伴随着他。地图上面插满了彩色大头针。夜幕降临的时候，地图周围摆着二三十支蜡烛，中间摆着一副测量距离用的两脚规。这是他的圣坛，他在这里祈祷。这才是他这个无家的人真正的家。
现在他第二次未发一枪便占领了维也纳，住进了数年前住过的美泉宫的那几个房间。但是战争并未结束。
因为此时在他统治下的广阔帝国里发生的一切，对他极为不利，却使敌人蠢蠢欲动。西班牙传来不利的消息，欧仁则在意大利北部作战失利。由于此时缪拉该从那不勒斯出兵，因此拿破仑对教皇不再客气，就像当年霍亨斯陶芬家族所做的那样。四年前，在同一张写字桌边，他曾下令废除那不勒斯王室。如今，他用同样的方法对付教皇。在不得不四处使用武力的情势下，他无法再顾及道德或政治后果。他发布这个危险的谕令，几乎只是为了将他在意大利的军队集合在一起。
当然也是出于恼怒。年初他在西班牙的时候，他就曾对罗马表示不满：“去年，教皇给各国君主寄送了圣烛，但是竟然很无耻地没有给我们寄。写信告诉罗马，说我们不要什么圣烛，我家族里的那三个国王也不要。告诉教皇，我每年圣烛节总是从我自己的神职人员那里得到圣烛。圣烛的价值并不在于紫袍等权力象征。阴间也有牧师，不比教皇差！我的神职人员所祝福过的圣烛与教皇赠送的一样神圣！我并不稀罕他的圣烛，我家族里的所有国王君主也都不准接受他的圣烛！”
他就这样像一个新教教徒或革命者那样，在与教皇的争斗中占了上风。当时拿破仑正在西班牙泥泞的道路上战斗。现在，他在美泉宫剥夺了教皇的世俗权力，让他谪居于梵蒂冈，发给他每年200万的养老金。
皇帝身边有些人大为震惊，因为他们中很多是虔诚的天主教徒，而且距离圣灵降临节只有五天了。他难道不是在向上帝挑战吗？那些虔诚得几近迷信的人，他们的预感很快得到了证实：五天后，也就是在圣灵降临节，拿破仑将会第一次吃败仗。
人们可以认为阿斯珀恩和埃斯林一战不分胜负，但绝不能说拿破仑打了胜仗。如果把多瑙河上的大桥倒塌称为巧合，那么其巧合的程度与拿破仑当年在洛迪、利沃里、马伦哥及其他很多日子里借助此类上帝的即兴创作取得胜利相似。在这次战斗中，他青年时代的一位战友拉纳元帅阵亡了。当他赶到垂死的元帅面前时，据说这位老战友的眼神和言语之中蕴含着对拿破仑的怨恨。当天晚上，他在饭菜前独自坐了很久，默默无语，不思饮食，也不想见任何人。
“被战胜了？可战胜的？”他沉思着，呆坐着。难道阿喀琉斯的脚踵真的被击中了？那个射手难道比塔列朗射得更准？不，是我自己的错。让自己的大军暴露在敌军面前强行渡河，这太冒险了！拉纳说得对，他已经渡过一半了。巴黎在说些什么？怎么向巴黎通报此事？他心情烦躁地回到了美泉宫——敌人国土上一座庞大而空寂的宫殿。他的波兰情人！要是美丽的瓦莱夫斯卡在他身边该多好！她现在也独坐在一座波兰的宫殿里，思念着他。去年她想生个孩子的希望落空了。
他派人把她接来。
罗马传来了意想不到的消息。就在拿破仑发出谕令罢黜教皇之时，教皇以牙还牙，即刻下令将拿破仑逐出教门。皇帝会为此吃惊吗？他对此付之一笑。他嘲笑天主教的中世纪作风。他，作为一名军人，一个主宰自己命运的人，心中想道：
“难道这是对我当年在巴黎圣母院加冕时，从他手中拿过皇冠给自己戴上一事的报复？他本希望由他给我戴上的。什么是神圣的？耶稣是否存在过，这是令人怀疑的；能肯定的只是，人们可以利用他。但是，在这文明的时代，只有小孩和保姆才害怕被革出教门。雾月19日，以及在科西嘉，我不是曾被宣布不受法律保护吗？这种闹剧只会给我带来好运！”
这些想法使他精神振奋。他开始准备向马希费尔德的敌军发动反攻。在瓦格兰姆，拿破仑再次获胜，就像他在过去的30场战役中一样。虔诚的天主教徒查理大公，敌不过拿破仑这个被逐出教门的人。战斗进行了两天，一切都很顺利。这位总司令疲惫不堪，他让卢斯塔姆给他在战场就地铺下熊皮，在20分钟后叫醒他。他一躺下就睡着了，过了20分钟起来后，又是精神奕奕。战争宣告结束，应该商谈停战协议了。第二天，他在给妻子报捷的信中添了一句：“太阳把我晒黑了。”他已彻底恢复，心情很开朗。
他回到了美泉宫，他的波兰情人已经在那里等候他了。过去，曾经有多少美丽的女子穿过这里秘密的小门和僻静的房间，为哈布斯堡王室成员承欢侍宴！如今，这位来自地中海的冒险者，每晚派人把住在附近的伯爵夫人接入宫来，还关照仆从说，路不好走，小心翻车。两人第二次共同生活了三个月。在芬肯施泰因跟她暂时分手时，他曾向自己和她保证，他还会与她在一起，至于何时何地，则取决于世界史，而世界史不是他所能决定的。
几个星期后，她感觉自己怀孕了。这一次她会给他带来期盼了12年的礼物吗？他只有一个儿子。从此，田园诗般的爱情有了新的内容。8月15日的午夜时分，他躺在她的怀里等待着自己40岁生日的到来，想着次日清早，在法国全境和他统治的各国境内，都将鸣钟庆祝他的寿辰（教皇与他关系融洽时，曾将这一天命名为拿破仑日）——多么美妙啊，第一个祝贺他生日的是这个年方20的美人。他会的意、法两种语言，她都说不好，但她的眼神比言语更能传情。也许此时他的思绪又回到了十年前，当时他从埃及回国，在海上听天由命，英国海军可以轻而易举地俘获他。如今的他已不可同日而语，但他并不感觉比以前更幸福，因为他是“事物的天性”的奴隶。
他跟两年前在芬肯施泰因的时候也有所不同了。他不再是世界帝国的缔造者，不再是东西方各国国王争相顶礼膜拜的君主了，他现在必须保卫这个帝国，甚至对胜利也只能谨慎地利用。
在瓦格兰姆获胜之日，拿破仑获悉他的属下做了件蠢事。“我很生气，你们竟然逮捕了教皇。这件事简直愚蠢之至！你们应该逮捕红衣主教，而让教皇在罗马过安稳日子。”他曾讥讽过“逐出教门”的象征意义，因为那只是一句空话，虚无缥缈，法国的主教们最终可以置之不理。但是作为政治家，他马上感觉到逮捕和驱逐教皇的严重性。这个愚蠢的行为将陷他于不义，因为一个被流放的教皇在道义上要比一个流放别人的教皇更为强大。
此外还有来自西班牙的信件，说英国已经弥补损失，恢复了实力。在丛林中，看得见和看不着的西班牙人与英国联合，展开了更加顽强的抵抗。与此同时，从巴黎传来消息说，富歇越权行事，到处召集国民自卫队，显然想在法国掀起害怕英国的恐慌情绪，煽动新兵的不满。
拿破仑处境困难而又危急，他的行动半径越大，困难和危险也越大！从罗马和巴黎送来的紧急公函写于一个星期以前，而来自西班牙的则有16天之久。他在美泉宫发布的新命令送达巴亚多利德时，那儿的局势可能已经发生了很大的变化。如果他能以光的速度把命令发至前线的话，他完全可以在这个屋子里统治世界！现在他必须加紧谈判。在英国和匈牙利的鼓动下，奥地利几个星期来一直故意拖延谈判。当胜利者要求奥地利割让拥有900万人口的三分之一国土时，遭到了拒绝；现在他不得不采用其他手段。他以旧式外交所难以理解的坦率，在一次长谈中——这次拿破仑与维也纳的巴布纳伯爵谈了七小时之久——向对手说明了自己的困境：
“阿斯珀恩一战的失败，责任在我自己，我为此受到了惩罚，但士兵们的信心丝毫没有动摇。”接着，他概述了自己在战场上的战术，“我也要告诉您贵军常犯的错误……你们在开战前一天制订作战计划，对对手的行动一无所知，只了解己方的地形。而我呢，在作战前从不发布命令，在夜里会分外小心……天刚亮我就派人侦察，只要心中还没谱，决不分散兵力……然后我冲向敌人，根据地形开展攻击。您认为我使用大炮造成大量伤亡，说得没错。但是我该怎么做？我的士兵异常疲惫，他们渴望和平。所以我必须尽量避免白刃战，而比以往更多的使用枪炮。”
之后，他又谈到了盟国的情况：“如今，我可以信赖沙皇，但谁能向我保证这种情况会维持下去？我早就知道普鲁士在你们和我之间摇摆不定。”说着说着，拿破仑突然同意割地要求的数量可以减半，取消了他的大臣当初提出的方案，并提议建立法奥同盟。他这么做实在是逼于无奈，因为他必须返回巴黎。于是他提出了新的谈判基础：奥地利割让部分土地给莱茵联邦，再割让部分土地给俄罗斯，通往巴尔干的通路听凭拿破仑使用。谈判又持续了好几个星期。尽管拿破仑有些焦躁不安，但只要看到他的波兰情人那双美丽的眼睛，心情便会得到缓解。
10月，他在美泉宫举行大规模阅兵仪式。一个年轻人挤了进来，因为举止异常而遭到拘捕。在他身上搜出了一柄厨房用刀和一幅画像，画像上是个年轻女子。在守卫室审讯时，他拒绝做出任何坦白，说只有见到皇帝才肯作答。于是这个18岁的金发青年立即被带去见皇帝。他神情严肃，一脸坦率，勇敢而又不失礼貌。他名叫弗里德里希·斯塔普斯，是个新教牧师的儿子。拿破仑用法语向他问话，拉普充当翻译。
“是的，我想刺杀您。”
“你真是疯了，年轻人，要不就是病了。”
“我既没有疯也没有病，我一切正常。”
“那你为什么要刺杀我？”
“因为您在毁灭我的祖国。”
“你的祖国？”
“我的，以及所有德意志人的祖国。”
“是谁派你来的？”
“没有人指使我。我的良心告诉我，杀了您可以为德意志、为欧洲做出贡献。”
“你以前见过我吗？”
“在埃尔富特。那时我认为，您不会再发动任何战争了。那时，我是您最忠实的崇拜者。”
皇帝召来了医生，希望医生说他是个精神病患者。医生替他检查并进行询问——这个年轻人一切正常。