自雍正元年（1723），将各省天主堂一律改为公廨以后，教士在中国已无复开堂传教的权利。道光二十四年（1844）中美条约，许美人在五口设立礼拜堂。然这只是许其自行礼拜，并非许其传布。是时法人屡向耆英请开教禁。二十五年（1845）耆英为之奏陈。部议准其在海口设立天主堂，华人入教者听之。法人仍不满足，耆英奏请许其要求，以资笼络。二十六年（1846），上渝，令“设立供奉处所，会同礼拜，供十字架图像，诵经讲说，毋庸查禁。康熙年间，各省旧建之天主堂，除改为庙宇民居，毋庸查办外，其原旧房屋，准其给还该处奉教之人。”自此教禁遂算解除。然尚无外国教士得入内地传教的明文。而法国神父马赖Auguste Chapdelaine遽往广西西林传教。咸丰六年（1856）为知县张鸣凤所杀，成为法国用兵的一因，已见第二节。八年条约，既许各国传教。法约补遗条款中，又规定张鸣凤革职，革职后须照会法使。并须将革职事由，载明京报。是为中国因教案处分官吏之始。十年法约，又规定赔还前天主堂，学堂，坟茔，田土，房廓等件，交法使转交该处奉教之人。并任法国传教士在各省租买田地，建造自便。自此外国传教士往内地传教才有条约上的根据，并且得置产业（教会在内地置产，同治四年，即1865年，总署与法使议定章程。光绪二十一年，即1895年，续有厘订，其中主要的条件，为内地的教产属于教会，私人不得购置）。以后欧洲来华的教士，遂都由法国保护。往内地的执照，亦由法公使发给，有教案亦由法公使独当交涉之冲。直至光绪十七年（1891）德人谋破坏法国保护教士之权，才照会总署，说德国在华教士，由德国自行保护。旋因教案启衅，占据胶州湾。中国人说外人的传教，带有侵略性质，也无怪其然了。
教禁甫开，而教案即起。其事在同治元年。是时法国人分遣教士，游行各省，将至湖南，长沙、湘潭一带的教民，相与夸耀，以为扬眉吐气，复见天日。因此激动湖南士绅的公愤，撰成公檄，流传入赣。赣省的士绅，又从而传布之。遂至酿成两省的教案。其事详见《中西纪事》的《江楚黜教》篇中。他省亦时有教案，连绵不绝，至同治九年的天津教案，其严重达于极点。
此案因当时天津有迷拐小孩之事而引起，先是法国教士，在天津的三叉河，建立教堂，谓之仁慈堂。其中的女教士，出钱收养贫儿。及是，拐匪武兰珍被捕，供称教民王三将迷药给他。而是时仁慈堂孩童适患疫病，死的颇多。民间遂谣言教堂迷拐孩童，剖心挖眼，并义冢上尸骸暴露的，亦指为教堂所弃。崇厚时为三口通商大臣，和天津道周家勋等会同法国领事丰大业M.Foutanier 带武兰珍到堂调查。兰珍语多支离，和原供不符，事已明白。崇厚允即出示辟谣。而其回署时，人民观看的，和教堂中人言语龃龉，互把砖石相击，人民遂集众围困教堂，势将滋事。丰大业跑到崇厚署中，咆哮忿詈。崇厚抚慰他，不听，拔枪射击崇厚，不中，把器物毁坏。崇厚初时避去，后因丰大业要走，又自己出来留他，劝他不必冒险。丰大业不听，走出，路遇天津知县刘杰，又拔枪射击，把刘杰的仆人打伤。人民见之，大怒，将丰大业打死。又鸣锣聚众，把教堂焚毁，教民教士，死者数十人。其时江苏等省，亦有教案。外使遂认津案为外人全体的安全问题，共同提出抗议，形势严重。清朝命署理直隶总督曾国藩赴天津查办。法国代理公使罗淑亚Comte de Roche-chouart要求将刘杰和天津知府张光藻、提督陈国瑞议抵。法国调兵船到津。中国亦命督办陕西军务李鸿章带兵驰赴京畿。起刘铭传统带铭军，并命沿海沿江督抚戒备。添派丁日昌赴津会办。未到时，先令兵部尚书毛昶熙赴津（旋崇厚使法，即以昶熙署三口通商大臣）。未几，两江总督马新贻遇刺，曾国藩回两江本任，仍命将津案奏结后起行。当国藩到津时，士大夫间议论蜂起。有劝其劾崇厚以伸民气的。有要鼓励天津人民，驱除洋人的。有要联英俄以攻法的。国藩力持镇定，奏称：“自道光庚子以来（道光二十年，1840年）办理洋务，失在朝和夕战，无一定之至计，遂使外患渐深，不可收拾。”此时如其开战，“今年即能幸胜，明年彼必复来；天津即可支持，沿海势难尽备。”乃将张光藻、刘杰，按刁民滋事，地方文武，不能弹压镇抚例革职，发往黑龙江效力。滋事的人民，正法的15人，定军流之罪的4人，徒刑的17人，共出赔偿抚恤之费46万两，派崇厚赴法道歉，作为了结（曾国藩办理此案，在当时很为舆论所不满。然其气概自有足多的。
当其疏劾天津府县时，都中士大夫，多诒书相责。国藩惟自引咎而已。其致总署书，自言“内疚神明，外惭清议”。其实当时的情势，何能因此与法国开衅？他写给朋友的信，说“宁可得罪于清议，不敢诒忧于君父”，这正是他忍辱负重之处。他虽看似软弱，然崇厚要徇外人的要求，将府县议抵。他却坚持不可，说“外国论强弱不论是非。如其立意决裂，虽百请百从，仍难保其无事”，亦可见其审慎之自有限度。当他到天津去时，写信给两个儿子，说“外国性情凶悍，津民习气浮嚣，俱难和协，恐致激成大变。余自咸丰三年募勇以来，即自效命疆场，今年老病躯，危难之际，断不吝于一死，自负初心。恐邂逅及难，尔等诸事无所禀承，兹略示一二，以备不虞”云云。这实在是一张遗嘱。其办理津案时，亦奏称“臣自带兵以来，早矢效命疆场之志，今事急，病虽深，此心毫无顾畏。断不肯因外国要求，尽变常度。”其致崇厚书，则言“祸则同当，谤则同分”。均可见其浩然之气，名誉生死，都置度外，而惟行其心之所安。办事者必有此等精神，才可以担当大事。畏首畏尾，视私人的利害，重于国家的安危。其究也，必致事败坏而身名亦随之决裂。古人有言：“一心可以事百君，二心不可以事一君。”吾人的办事，亦正是如此。事君也是要办事的，并不是事奉一个人）。这一年，恰值普法开战，法兵大败，所以此案得以如此了结，否则还有更严重的可能性的。
教案的起源，固由于天主教被禁止后，秘密传播者若干年，有以引起教外人的猜测（见第三章第二节），然其间实有一更深远的原因，优于其后。剖心挖眼等谣言，我小时候尚听到过，然其时谣言虽盛，实亦无人深信。上层社会的士大夫，到底不是毫无凭证的言语所能使其深信不疑的。下层社会中人，则素无组织，可以为一哄之市，而不能坚决有所作为。倘使当其聚哄之时，有人从旁劝谕，官吏再略加禁遏，风潮也就平息了。从前的教案，所以每由极细微的事情，甚或是全无根据的谣言，扩大而成为聚众滋事的案件，实由于发动之时，只有从旁鼓动的人，绝无劝谕禁止的人（亦有少数明白的人，知其事之无益有损。然在此等情形之下，无从开口，即开口亦无效力）。其所由然，则因对于洋人，对于西教，先存一憎恶之念，此等心理之养成，由于（一）世界未交通时，每一民族，都有以本族为中心，而厌恶卑视外人的心理。（二）又宗教本有排外性质，中国人虽说信教不甚，排斥异教亦不甚，究亦不能全免。（三）合此两因，加以败北的耻辱，西人东来后，如杨光先辈的疑忌，至此不啻以事实为之证明。于是群怀怨恨之心，剖心挖眼等谣言，就易于流行了。（四）而自教禁解除之后，教中人的举动，亦有以激之。西人来传教的，只知道物质上的施惠，向中国的愚民，加以劝导，而不知道民族心理上此等深奥的原因。及其激成教案之后，则又一味靠强力压迫，以为如此，必可以使中国人畏惧，而不再滋闹（如津案，后来威妥玛Thomas Francis Wade对李鸿章述当时英使之言，说倘将天津地方，全行焚毁，即可保后来无事。直至庚子拳乱，和约中要规定闹教地方，停止考试，还是此等见解），而不知事实适得其反。佛教的输入，其初或亦系施诸愚民，然不久即行于士大夫之间（信奉佛教，见于正史最早的，是后汉光武帝的儿子楚王英，稍后的则是后汉末年的笮融，事见《后汉书·光武十三王传》及《陶谦传》，其迷信的色彩都很深）。基督教之初输入，亦颇有此情势，士大夫是社会的表率，一切举动，实行虽多由于平民，而其发纵指示，则恒出于士大夫。倘使咸同以后，传教之士，仍能守明代的遗规，注意于士大夫方面，则其成功必可较多，冲突必可较少。无如此时西人来传教的，已不能如前此的教士久居中国，有一番预备工夫，通华语的已少，通华文的更少，亦不能深悉中国的风俗。虽亦有译书及设立学校等工作，然其学校所教的，实无甚深义。
所译的书，亦不足引起华人的兴味。西教在士大夫之间，遂绝无地位，平民信教的，则多数是社会上落伍之徒。须知沿袭闭关时代的旧习，见了外国人，即起一种莫名其妙的憎恶之念，固非开通人士之所为。然人总是中材居多数，中材总是为一时风气所囿的，超出乎风气之上，而不为其所囿，固然难能可贵，够不上风气，而不为其所囿，则是不足贵，而且是可鄙贱的。此二者毫厘之差，千里之缪，断不容混为一谈。即如同治初年的教案，长沙湘潭的教民，当国蹙师熸之日，不怀愧忿之念，反有欣喜之情，此等人，如何够得上做国家民族的一分子？在当时，如何不要激起一般人的反感？所以基督教在中国的传播，其遭遇反对，其太注意于下层社会，以致招致了一班民族性较为缺乏的人，亦不能不尸其咎（《中庸》说“不诚无物”，而倚势凌人，尤足以引起人家的反感。《中西纪事·猾夏之渐》篇说：嘉庆中叶，缉拿白莲教徒，两江总督百龄，缉得教次方荥升等，令从其教者，但跨十字架，吃猪肉，便可免死。荥升及一女尼朱二姑娘竟不肯。这决不是什么纯粹的基督教，然其中亦必含有基督教的分子无疑。此时的教徒，其信教是真诚的，果有此等真诚，则其教虽为法令所禁，仍能见谅于社会。历代有许多被禁之教，仍能延续若干年的，这必是其中重要的一个因素。到基督教得以公然传播之后，教士只知道以多收教徒为功，而不计来者的动机如何。且如不祀祖先等，在我们的见解，原未必遂以为非。然在当日，能接受此等条件的人，则非极高而有独见之士，即系落伍而够不上吸收水平线以上的中国文化的人。极高而有独见之士，社会上能有多少？何况即有此等人士，其行为还往往履蹈中庸，而不能与其理想相副呢！当时奉教的人，其多文化上落伍的人，更无疑义了。当时入教的人，（一）以讼案希冀教士为之说项。（二）及欲倚势凌人者实多。如乡间酬神演戏及修庙等事，教徒都不肯参与。论者指为民教不和的一原因。其实所以招致教外人反对的，并不因其谨守教规，而由于其傲慢，甚至强横而又带有刁狡的态度，这也是我所亲见亲闻的事。古语说：骄谄只是一事。此言确有至理，因为惟不自重其人格，才会蔑视他人的人格，所以此等恶劣的教徒，见了西教士，其态度格外驯谨。教士不知，就误信为好人了。