皇帝军队在法国人撤退后将矛头对准了瑞典人，反身开赴波希米亚。古斯塔夫·弗兰格尔此时是瑞典军司令，他无愧于巴纳和托斯滕松的后继者。莱奥波德大公集结了自己手下和巴伐利亚的兵力之后，以压倒性的优势发动进攻。古斯塔夫·弗兰格尔手下只有一万五千名士兵和八千匹马，柯尼希斯马克率领的独立军团还没有赶过来，在兵力上明显处于劣势。弗兰格尔并没有坐以待毙，他率军快速渡过威悉河，朝黑森挺进，准备和图兰以及柯尼希斯马克的独立团会合。马札林一开始不愿看到瑞典人的强大，所以严令图兰不得轻举妄动。在弗兰格尔的一再要求下，马札林最终同意图兰去增援瑞典军队。
在吉森两支军队会合，加强了兵力，准备和皇帝的军队进行正面较量。由于皇帝军队的穷追不舍，在后勤保障上出现了问题，加上美因河的截断，一下子陷入了困境。弗兰格尔利用这个机会，打算把战火烧进奥地利诸邦国。古斯塔夫·阿道夫和贝恩哈德公爵都曾有过这样的计划，但都因为种种原因没能实现。他决定在前辈的基础上再进一步，便随多瑙河流向前进，从巴伐利亚的中央闯进奥地利的边境。由于皇帝和巴伐利亚联军还远在拉恩河畔，弗兰格尔还是有很大希望的。快速挺进到多瑙河后，弗兰格尔遇到了巴伐利亚的一个军团，但并没有停下其前进的脚步，只是由于在围攻奥格斯堡时耗费了一些时间，这给皇帝的军队留下了机会。为防止受到他们的夹击，弗兰格尔控制着未被占领的莱希河，攻入巴伐利亚。在法国人和瑞典人刚刚洗劫完之后，皇帝和巴伐利亚联军也赶到了这里，再次对这里进行了一番掠夺。
在二十多年的战争磨炼中，马克西米利安从来没有动摇过信心，但是这一次他开始有些犹豫了。他和斐迪南二世曾经是儿时的伙伴，也是青年时代的朋友，由于斐迪南二世的突然离世，他和奥地利的联系便没有那么紧密了。只是出于维护国家利益的原因，他才对斐迪南三世保持忠诚。
这样的机会正是法国人求之不得的，他们打算利用这一点做文章，使马克西米利安和奥地利同盟断绝关系，从而达到削弱敌人强大自己的目的。为了增强马克西米利安的恐惧感，使其感到绝望，马札林故意认同瑞典急剧增长的势力，并允许法国人一直陪伴瑞典人到巴伐利亚。如果马克西米利安不是那么坚强，就会在这样的情况下与皇帝断绝同盟关系。皇帝的同盟者已经一个接一个地离开了，最早是选择了中立的勃兰登堡，接着是同样不得不中立的萨克森，后来是被法国牵扯精力而无法伸出援手的西班牙人，再后来是和瑞典签订和谈协议的丹麦，还有与瑞典签订长时间的停战协议后解除武装的波兰。马克西米利安是目前皇帝最后一个也是唯一一个同盟者，如果被成功策反的话，皇帝就真真正正成了孤家寡人，在整个德意志兰就再也没有拥护者了。到时候孤立无援的皇帝除了被迫向法国、瑞典国王低头外，也没有更好的出路了。
马克西米利安已经打算和敌人讲和了，但是斐迪南三世还在苦苦支撑，希望他不要迈出那一步。马克西米利安得到消息，皇帝之所以不愿意停战，是因为受到了西班牙人的蛊惑。以前西班牙人就曾经因为竭力反对马克西米利安获得普法尔茨选侯资格，这令马克西米利安耿耿于怀了很长时间。现在皇帝竟然为了这样不相干的国家而反对停战，势必要给自己的邦国带来无穷的苦难，除了选择停战能够躲避灾难之外，没有更好的办法能够令他的臣民休养生息了。所有的顾虑都已经打消了，停战是极为必要的。他认为，自己的义务就是促使皇帝停战。
三方君王和巴伐利亚的代表云集在乌尔姆，商谈停战的具体条件。几方的代表是真心真意来促进停战的，只有皇帝派出的代表是个例外。从奥地利使节所接受的指示来看，皇帝并不愿意促进停战，反而是来扰乱和约缔结的。皇帝作为处于劣势的一方，非但毫不收敛，反而一再向瑞典人提出各种条件。瑞典是占优势的一方，下一步是战是和他们最有发言权，根本轮不到皇帝在这里指手画脚。可皇帝并没有认识到这一点，反而为瑞典人设立了苛刻的条件。这让瑞典人十分气愤，要不是法国人的劝阻，瑞典使节早就拂袖而去了。
看到皇帝确实无心停战，巴伐利亚选侯觉得自己已经尽力了，便开始关注自己的事情。他毫不犹豫地同意了关于停战的苛刻条件，将自己的驻兵地局限在巴伐利亚和普法尔茨土地上，对瑞典人在士瓦本和法兰克尼亚地区的驻兵视而不见。科隆和黑森-卡塞尔在他的影响下也加入了停战。法国人和瑞典人在1647年3月14日缔结停战条约后便离开了巴伐利亚，分别驻扎在符腾姆贝格公爵领地和博登湖附近的上士瓦本。奥地利布雷根茨城位于博登湖最北端和士瓦本南高峰，这里地势险峻、易守难攻，但是资源和财富十分丰富。在战胜了当地六千名乡民的抵抗后，瑞典人如愿以偿地占领了这里。与此同时，在图兰的军事威慑之下，达姆斯塔特邦伯和美因茨选侯也仿照巴伐利亚保持中立。
《威斯特伐利亚条约》的签订
在法国的不懈努力下，巴伐利亚选侯终于和皇帝划清了界限，法国人也终于实现了既定的政治目的。无论是天主教同盟还是新教同盟，都不再向皇帝提供任何援助，仅剩下一万两千名士兵的皇帝已经无力抵抗了。由于以往的优秀将领基本上都死在了战场上，他只得让梅兰德担任军队司令官，这是一名从黑森投奔过来的卡尔文教徒。变化的出现总是出人意料的，这在战争史上是屡见不鲜的事情。在他的带领下，奥地利势力又以崭新的姿态呈现在世人面前。
法国的心态比较复杂，出于嫉妒的原因，不愿意看到皇帝被完全压制下去，也不愿意看到瑞典在德意志获得最大化的利益。所以当皇帝处于最弱势时，法国并没有落井下石。瑞典人在弗兰格尔的带领下，先是占领了施魏因富特，并收编了那里的皇帝驻军，随即围攻通向波希米亚王国的钥匙——埃格尔。皇帝急忙率兵前来解围，由于路上行军时耽搁了时间，埃格尔还是失陷了。
瑞典和皇帝的军队再次相遇了，如果发生交战，必将是决定性的最后一战。皇帝的军队虽然在人数上占据优势，却没有主动发起进攻。皇帝的战术是先稳住对方，同时争取巴伐利亚的支持，然后用饥饿和行军拖垮敌人。
当初巴伐利亚宣布中立之时，的确是宫廷的一大损失，皇帝在百般阻挠无果后，便准备策反巴伐利亚的下层军官。由于马克西米利安与法国达成协议，这军队中的许多军官都十分失望。约翰·维尔特纠集了这些军官，准备在恰当的时机脱离选侯，投靠皇帝。斐迪南也向他们发出正式的召回信，告诉他们马克西米利安只是以皇帝的名义代管这支军队罢了，军队还是帝国的军队。马克西米利安幸好及早阻止了这个阴谋，他虽然选择了停战，却没有从中得到任何好处。虽然法国和瑞典人离开了巴伐利亚，但马克西米利安同时也失去了在士瓦本地区的驻军地，利益受到了很大损害。仔细比较了利益的得失之后，马克西米利安决定重新拿起武器，宣布废止停战。
皇帝军队很快得到了来自马克西米利安的支援。原有的对峙局面被打破，瑞典人必须迅速撤军，不然局势将会变得十分糟糕。撤退的弗兰格尔遭到了皇帝和巴伐利亚联军的穷追猛打，只有尽快和图兰率领的法军会师，才可以免于兵败的命运。
巴伐利亚选侯看到胜利的天平一下子倒向了皇帝一方，便决定不再继续予以支持，以防因局势的变化导致停战的拖延。另外，万一他的军队渡过威悉河，可能会遭到法国的全力报复。他的突然撤军使皇帝方面剿灭瑞典人的计划成为空谈，梅兰德只得改变行军路线，经耶拿和埃尔富特朝黑森进军。
黑森邦国曾经受到过梅兰德的保护，如今为了报复，他又来到了这里，但是很快他就后悔了，这里已经一贫如洗，部队也很难找到足够的给养，只好忍受着极度的贫困。与此同时，弗兰格尔则在吕纳堡重新聚集了力量。1648年冬天，弗兰格尔向黑森进军。梅兰德的势力已经无法抵挡，只得仓皇逃走。
图兰的军队和弗兰格尔的军队最后联合在一起，在魏玛骑兵部队的协助下打响了这场战争的最后一个战役。梅兰德一直被他们追逐到多瑙河畔，并在战役中受伤，他们战胜了皇帝和巴伐利亚联军，皇帝军队储藏在埃格尔的粮食也被他们缴获。在莱希河对岸，驻扎着巴伐利亚将军格龙斯费尔德率领的其余军队，他们把守着巴伐利亚的大门，防止遭到联军的侵袭。
对于巴伐利亚，弗兰格尔和图兰显然是志在必得。格龙斯费尔德的抵抗没有起到多大的作用。瑞典人和法国人重新占领了巴伐利亚，这里的居民遭到了残酷的对待。马克西米利安一退再退，龟缩在萨尔茨堡。越过伊萨尔河后，瑞典人突然进到了美因河。这条河流本来不怎么深，现在由于连日来持续不断的大雨导致河水暴涨，瑞典人多次试图架起浮桥都没有取得成功。敌人已经进入到巴伐利亚的中心，可没有一个人能够在这紧要关头挺身而出，这令天主教徒感到前所未有的惊恐。在人们焦急的等待中，皮科洛米尼从尼德兰赶来，来率领皇帝军队的残兵败将与敌方作战。由于巴伐利亚已经多次遭遇战火的蹂躏，联军在这里不能找到任何给养，便主动向上普法尔茨撤退了。
柯尼希斯马克率领他的独立军团朝波希米亚挺进时，有人建议他最好进攻布拉格的侧翼。听从了这一建议的柯尼希斯马克以几乎零伤亡的代价取得了胜利，结束了三十年的战争，一举成名。当皇帝终于痛下决心同意和谈的时候，围攻布拉格老城的普法尔茨伯爵卡尔·古斯塔夫正遭遇着这里人民的顽强抵抗。由于冬季来临，攻城者不得不在营地中躲避严寒。10月24日，有消息传来，交战双方将在奥斯纳布吕克和明斯特签订《威斯特伐利亚和约》。
自战争爆发以来，德意志的战火整整燃烧了三十年。在此期间，人们不知克服了多少障碍，经历了多少磨难，付出了多少代价，最终才缔结了这样一个和约。这样一个和约的签订，不知道是多少个战士用鲜血和生命换来的。至于签订了这个和约之后，欧洲将如何发展，让我们拭目以待吧！