负责接待的明朝官员态度友善，接过上书，并询问培莱思所读何书，所奉何教，如何教人得救等道理。
对于中国官员的询问，培莱思以《圣经》“十诫”作答，中国官员甚感满意，遂嘱随从将一块粉红丝巾系在培莱思的脖子上，表示培莱思是一位信奉上帝的读书人。紧接着，布政司官员又问道：“你会说中国话吗？”培莱思答称不会。于是中国官员说：“那么最好你先去做学生，学习我们的中国话，以后再做我们的老师，给我们讲解你们的教义。”明朝政府用最简单的理由否决了培莱思的请求。
这个并非重要的理由给传教士特别是后来的范礼安一个重要启迪，使他们很快意识到要想进入中国，除了等待中国政府政策变化外，他们主观上能够做的事情无疑是要尽快学习且学好汉语。所以，在拒绝入境后，培莱思并没有灰心丧气，而是返回澳门，修建长久性寓所。这所寓所很快又被改建为学校，在那里创建了澳门第一所耶稣会会院，开始在澳门的葡萄牙人和中国人中间进行传教活动，培训人才，等待适当的机会进入中国内地。这所学校就是后来在澳门非常有名的圣保禄学院，这个学院先后培养出一大批知晓中国文化的传教士，成为明清两代来华传教士的一个重要摇篮。
为了开辟、拓展远东新教区，罗马教廷于1567年任命葡萄牙人加奈罗为中国、日本教区第一任主教，并从印度移驻澳门，直接管理中国、日本教区。加奈罗就任后，在澳门创建医院和收容所，不断扩大耶稣会的影响力，并将进入中国本土创建教区作为奋斗目标，注意健全和发展组织机构，注意汉语人才的培养，寻找进入中国内地的机会。
当时，明王朝并不是绝对不允许外国人进入广州，规定外国人在每年春秋两季可以两次进入广州，但不允许他们在广州过夜，更不能在那里长期定居。这个政策直到范礼安出任掌管远东传教事务视察员时才逐步改变。
范礼安初到澳门在1578年。在澳门，范礼安开始从文化层面深入了解中国、理解中国，感到中国是一个秩序井然、高贵而伟大的帝国。面对一个具有如此深厚文化、学术修养的民族，唯有那些在学识上和品德上同样具有较高素养的外国人，才能赢得中国人的信任，获取在中国居留并传播西方文明的机会。同样，范礼安也相信像中国这样一个聪慧勤劳的民族绝不会将懂得其语言和文化的有教养的耶稣会士拒之于门外。于是他牢记耶稣会总会长临行前的嘱托，设法“再度点燃沉睡之中的远征中国的热情”，“希望开始皈依庞大中国的计划”[5]，决定指派若干神父潜心学习中文，希望能尽快打开迄今为止还对传教士关闭着的中国大门，让一些神父不仅能够进去，而且能够居住下来，生存下去，进而能够向中国人传布基督福音。以范礼安为代表的传教士通过在澳门与中国人实际接触，逐步建立了对中国文明和中国人的新看法，重新发现一个和他们前辈认识并不一样的新东方。[6]
西方经验展示
与此同时，中国官方与民间也通过澳门这个地方，在与西人的直接交往中逐步体会西人的善意与执意东来的宗教情怀，逐步改变对西方的看法。东西方在实实在在的交往中不经意地发现对方的优长之处，所以在晚明很长一个时间段里，尽管中国政治存在这样那样的问题，但中西之间的交流却在一种坦然的正常气氛中进行。如果不是发生后来明清易代的政治变动，中国与西方的交往一直维持着晚明时代的气氛，相信不仅中国文化能够启蒙西方，影响西方后来的历史进程，而且已经传入中国的西方文化也必将在潜移默化中改变着中国文化的形态，影响着中国文化乃至政治的进程。而在这个“东西方相互发现”的过程中，澳门始终处于非常重要的地位。
自西人入住澳门后的四百年间，至少在英国人占领香港之前，澳门不仅是东西方贸易交往的枢纽、东西方社会与文化交流的平台，而且西人与中国人在澳门杂处，形成了一种前所未有的新型社会形态。澳门在西人的直接管理下，一直充当着西方经验在东方的试验基地和示范场所的功能，这对中国后来接受西方文化很有用处。中国后来之所以愿意踏上近代化或现代化的道路，之所以在西人的政治军事压力下走上变革道路，在很大程度上因为在自家土地上久已看到西方化并非想象中那样恐怖与可怕，在适度压力下，中国人完全能够走上与西方人同样的道路。所以在很大程度上可以说，在香港沦为英国殖民地之前，在各大中心城市出现大批租界之前，澳门就是中国了解西方的一个重要窗口，对于促动中国后来的变化起到非常重要的功能。西方的政治体制、法律体制、教育体制等在澳门的试验与示范，深刻影响了中国人，启发了中国人的觉悟。
在葡萄牙人踏上澳门土地之后很长一段时间，澳门的主权仍在中国政府手里。只是由于定居在澳门的葡萄牙人越来越多，华人也在逐步增加，社会问题以及随之而来的其他问题总会出现。于是，在澳门的葡萄牙人根据自己的西方经验，于1560年自行选举产生一个自治组织，由一名驻地首领、法官和四位较具威望的商人构成，行使社区内部事务的管理权力。这个自治组织其理论根据或原初模型似乎是地中海的城市共和国组织形态，由这些葡萄牙商人将之移植到远东，所以很像是一个“商人共和国”，也是后来澳门议事会的雏形。
澳门早期的这个自治组织在西方的历史上或许意义不大，但从东方、从中国的历史上说则意味无穷。不管怎么说，这是在远东、在中国第一个民主共和国形态，不管这个民主共和国中是西方人居多还是中国人居多，但毕竟是诞生在中国的土地上。这个示范意义不应该低估，它毕竟告诉了中国人，尽管那时中国的政治体制很优良，成为西方来华传教士争相赞美的对象，但在中国的政治体制之外，还是有很不一样的政治体制。这对于鸦片战争之后中国的政治变革，起到过积极的正面的示范，一大批近代读书人从澳门的发展、政治、市政中获取过重要启示。
从历史的角度看，澳门在过去几百年的发展中确实是个不可思议的异数。在葡萄牙人占领澳门之后很长时间，葡萄牙并没有将澳门视为自己的领地，甚至没有将之纳入葡萄牙在海外在远东的殖民体系中，而完全是因为在澳门毕竟有许多葡萄牙人生活在那里，完全是出于对这些葡萄牙人的关心，由一年一度赴日本的舰队司令或曰巡航首领于途中巡视澳门，就便处理相关事务，比如防务，以及与战争、防务有关的司法管辖权。
而对明清两代中国政府而言，澳门或许是太小了，对中央帝国来说似乎从来不值得投入很大的精力进行管理，所以葡萄牙人占领澳门，居住澳门，中国政府始终比较大度，并没有觉得是对自己主权的侵犯。中国政府的放任和葡萄牙政府的不管，为澳门的自由发展提供了相当大的空间，创造出一种非西方非东方的文明形态。西方的政治、法律、文化教育制度移植到了澳门，移植到了东方，但这个制度与葡萄牙在海外的殖民地制度显然还是那么的不一样，而具有自己的特色，是一种非完全意义上的文明杂交，在中国人的大门里头或者说院子里提供一个与中国传统文明很不一样的示范。
1568年，罗马教廷任命卡内罗出任澳门第一任主教。1575年，澳门教区作为远东第一个主教区开始运转，澳门逐步成为罗马教廷在东方的指挥中心，西方文化通过澳门这个中介开始向内地源源不断地输送。至于澳门自身，则不断接受西方人的改造，具有越来越多的西方色彩。鉴于此，中国政府于1574年开始在澳门与内地连接的地方设立关闸，管理澳门与内地的往来。然而到了1580年，情况开始发生变化。
那一年（1580年，明万历八年），住在澳门的葡萄牙人自主选举首席法官，建立自己的市政管理系统，而不是先前简单的自治组织，并决定在澳门实行葡萄牙的法律，第一次将西方的法律体系延伸到澳门。葡萄牙人的做法从行政管理的角度说或许情有可原，但显然超出了中国政府当时所能接受的底线。1581年，年过七旬的福建长乐人陈瑞（字文峰）以兵部尚书兼右都御使衔总督两广事务，受命彻查此事。
上任伊始，陈瑞谕令在澳门的葡萄牙人地方长官，即中日贸易船队司令米兰达和耶稣会萨主教[7]，前往两广总督驻地肇庆见他，商谈此事的处罚及善后。