奕期待大清王朝不出乱子的愿望仅仅维持了不到三年时间。1897年底，原本与中国关系还算友好的德国突然不宣而战出兵强占胶州湾，中国国内的民族主义情绪因此再度高涨，以康有为为代表的年轻一代提出政治改革的目标，要求清政府取法俄日，以定国是，从根本上铲除旧制度的根基，建立君主立宪体制。
康有为的呼吁逐步赢得了社会各界的喝彩，光绪帝令奕认真研究这些建议。作为稳健的政治家，奕当然无法认同康有为的政治理念，更不主张采纳改变大清王朝固有政治体制的激进变革。
1898年1月11日，奕主持总理衙门例会讨论光绪帝的指示。当朝帝师翁同龢竭力赞成光绪帝的看法，以为康有为是一个不可多得的人才，康的那些建议尽管有某些不切实际的理想成分，但总的来说还是很有价值的，值得予以重视。至于派遣康有为出洋考察各国政治，既是皇上的主张，当然应该实行。而与康有为有过直接接触的工部尚书许应骙则认为康有为人品低下，是不逞之徒，更是中国文化的叛徒，因此他坚决反对派遣康有为出洋考察。双方争论不下，无法达成共识，于是奕建议由总理衙门大臣对康有为进行一次面试，然后再做决定。
根据恭亲王的建议，总理衙门大臣于1月24日下午在西花厅召康有为问话，双方就中国是否应该进行改革，以及怎样改革等问题交换看法。所谈情况于第二天由翁同龢向光绪帝作了报告，翁同龢继续建议皇上尽快召见康有为，就中国改革与发展等问题直接征求康的看法。
光绪帝有意接受翁同龢的建议，但奕以皇上召见康有为这个级别的小臣不合祖制为由，建议先请康有为将改革方案书面报告，然后视情况发展而定。
奕的建议合乎体制要求，故而这一建议很难说是反对康有为的变法主张。不过，当变法运动在后来被镇压下去后，康有为、梁启超等人在分析失败原因时总是将奕的反对视为一个重要因素。
事实上，在甲午战后三年时间里，奕领导的政府虽然没有在行政体制改革方面做出多少工作，但实事求是地说，奕和他的政府对于那些必须进行改革的许多新举措还是持积极态度的，比如同意贵州学政严修的建议创设特科以广收人才，同意荣禄的建议增练新军以固国本，开设武科以培养新式军官等，都具有重要意义。即便对康有为等人创办的强学会，虽然朝野上下要求严厉查封，但奕的处理则比较低调，在某种程度上保护了青年一代的爱国热情。
青年一代应该说在某种程度上代表了奕的理想和追求，如果奕再年轻些，按照他过去的思想倾向，他一定会全力支持这些年轻志士。不过，奕的生命毕竟已进入最后岁月，他的老成持重使他不可能对康有为的激进主义改革方案完全赞同。他似乎已意识到，清政府如果依照康有为的方案进行改革，那么很可能意味着清朝历史的终结。
阻止了光绪帝召见康有为，并不能从根本上阻断皇上与新思潮的接触，而且更为严重的事实是，恭亲王奕的病情越来越严重，进入5月就基本卧床不起。他似乎也知道自己的生命可能很快就要走到终点，所以他深为忧虑的还是大清帝国的未来，他期待中国能够在近代化的道路上继续前行，依然不希望清政府在他身后进行太大的动作，更不要听信那些极端激进主义的建议。
5月26日、27日，慈禧太后和光绪帝多次前往探视恭亲王，恭亲王也利用这个机会向两宫表达了自己的忧虑。恭亲王希望年轻的皇帝能够很好地尊重慈禧太后，在用人行政上要格外小心，恪守成宪，维系人心，与那些忠诚的大臣们共同商量，治理国家，经武整军，富国强兵。
恭亲王还告诉光绪帝，大清王朝确实应该进行某些方面的改革，但这种改革只能是清朝旧有体制的完善，而不能另起炉灶从头开始。翁同龢、康有为等人的所谓“从内政根本”进行改革的构想，以及在内廷设立制度局的想法，实际上都是要脱离原有国家权力机关另起炉灶，意在“废我军机”。果如此，以皇上的政治智慧和经验阅历，势必沦为翁同龢、康有为手中的傀儡，那样不仅对满洲皇族不利，对大清王朝也极端危险。所以恭亲王奕用生命的最后一点力气阻止光绪帝启用康有为，称“闻有广东举人主张变法，当慎重，不可轻任小人”。
对于翁同龢，奕根据自己多年共事与了解，以为翁同龢不仅一味夸张，力主开战，一错再错，以致十数年之教育，数千万之海军，覆于一旦，不得已割地求和，将国家从甲午战前的发展坦途引领到现在如此危险境地，德据胶澳，俄租旅大，英索威海、九龙，法贳广州湾，此后相互效尤，不知何所底止？所有这些，实际上都是翁同龢误导之过。
至于翁同龢的个人人品，恭亲王奕从根本上瞧不起，他告诉光绪帝和慈禧太后，此人“居心叵测，并及怙权”，如果不对他进行防制，将来一旦他与康有为等人联手，必将祸及大清王朝。
恭亲王的临终交代引起太后与皇上高度重视，尤其是年轻的光绪帝感到格外恼火，因为被恭亲王所不齿的翁同龢毕竟是自己敬重多年的师傅。因此光绪帝决定直接试探翁同龢的忠诚度。
对于恭亲王的临终交代，翁同龢在那几天也有耳闻，他知道要保住自己的地位与权势，就必须与康有为等新维人物一刀两断，至少要暂时割断关系。
5月26日，光绪帝向翁同龢索要康有为的著作，已有心理准备的翁同龢出于自我保护的本能矢口否认与康有为有来往，更没有他的著作。
翁同龢的反常回答使光绪帝不快，因为皇上清楚地记得正是这位师傅向他不止一次地推荐过康有为，甚至不止一次地希望皇上能够破格召见康有为，听听这位年轻的政治改革家关于中国未来的设计。在翁的反复宣扬下，光绪帝对康有为留有很深印象，由此开始格外留意康有为这班维新志士的一举一动，而这位翁师傅也开始“议论专主变法，比前判若两人”，不再向皇上唠叨那些儒家伦理，而是“日讲西法之良”。可是刚刚三四个月过去，这位翁师傅怎能说他不与康有为往来呢？于是皇上反问道：是什么原因使你不与康有为往来？翁答道：康有为此人居心叵测。这个回答更使皇上反感：你翁师傅先前竭力推荐的所谓年轻有为的政治改革家竟然变成了“居心叵测”的政治小人，那么你先前是怎样考察的？你先前为什么不详说？翁同龢的回答：先前没有看到过康有为的全部著作，最近得读他的《孔子改制考》方才得到这样的认识。这样的解释虽然可以自圆其说，但皇上肯定在认为，这位师傅要么是在骗他，要么这位六十九岁的翁师傅确实老了。于是光绪帝决定今天不再与师傅理论，待明日师傅调整好情绪再说。
第二天，光绪帝重演昨日故事，翁同龢并没有忘记昨日的回答，依然如昨日一样回答了皇帝的提问：一是康有为居心叵测，可能是政治小人；二是他自己与康有为也没有什么往来。翁同龢的回答使光绪帝非常愤怒，因为这在很大程度上证明了恭亲王的判断是正确的，翁同龢确实居心不良。
这个故事的细节都清楚地记载在翁同龢的日记里。过去的研究者差不多都注意到了这个故事，但在解读上认定这表明翁同龢与康有为在学术上确实存在着差别，或者说，翁同龢与光绪帝在用人、治国理念上存在差别，但几乎所有的研究者都忽略了这个故事的背景，更忽略了翁同龢为什么要把这个故事记录到自己的日记里，因为遭到皇上的训斥毕竟不是一件多么光彩的事，更何况这只是他们师徒二人之间才知道的事情呢？
其实，这个故事的真实原因就是恭亲王的临终交代，翁同龢自以为聪明矢口否认与康有为往来，殊不知弄巧成拙，反而暴露出自己政治上不诚实的一面，验证了恭亲王的评判。
翁同龢已不可信，于是光绪帝在慈禧太后支持下，在恭亲王奕去世之后半个月断然罢黜翁同龢一切职务，对清政府进行大幅度改组，然而却接受了康有为的建议，明定国是，开启一个新时代。可惜的是，仅仅一百天，这个新时代就宣告结束。其原因，又可从恭亲王的政治遗言中找到答案。
穿越时空求教袁世凯
项城袁公世凯先生：
自你大行前后，中国思想界中的一些人为了反对你的帝制自为，创办了《新青年》，几年时间由此衍生为声势浩大的新文化运动，中国的文化面貌由此发生极大改观，我们现在应该怎样称呼你，是袁大总统，洪宪大帝；是称你，还是称您；是称袁项城，还是直呼其名称袁世凯，这都成了问题。我们现在已经将原来的许多称谓放弃了，不用了，所以在很多时候，只有很不敬地直接称呼你袁世凯，否则我们的读者看不懂，也不知说的是谁。这一点还请你宽宏大量想开点。
这几天，我就在你的安息地安阳参加“辛亥革命与袁世凯”学术研讨会，这个会既是为了纪念辛亥革命一百周年，当然主题也是研讨你在这场巨变中究竟具有怎样的作用。在这个群贤毕至的会议上，大家提出许多有意思的疑问，有的从研究者来说，好像能够定论；有的则觉得很难说清，或者很难揣摩出你的真实用意。这些事情对你来说，或许是当局者迷，也不一定清楚；或许你一语就能道破事情的真相、问题的本质。值此困惑之际，《文史参考》主编有一个令人神往的天才创意，希望穿越时空和你进行一次对话，就一些问题交换看法，所以我就将这次会议上的一些问题稍作梳理，希望能够用这种特殊形式获得一些心灵上的启示。
现在的研究者已经不像过去几十年那样不太讲道理地将你定性为“窃国大盗”，不再恶意猜测你在辛亥年的想法和作为，比较接近一致的看法认为你在武昌事变后的言论与行动是大致可取的，至少体现了一种君子风度，大难当头勇于担当，不计前嫌出山拯救即将崩溃的大清王朝。当然，现在还有很多研究者不能理解的是，你在这次出山之后，究竟是否利用南方革命党的力量去压朝廷，攫取更大权力；是否用朝廷的力量打压南方，并用逼退清帝作为与南方交往的筹码，直至将大清王朝变成自己的天下，由自己出任中华民国大总统？
我们当然知道，你平生最强调对朝廷的忠诚，强调世代报恩的观念，你在出山之初也确实说过只知君宪不知有他，只有重回君主立宪道路才是中国的正确选项。在你的指示和指挥下，湖北军政府和那个黎元洪、黄兴，也确实被你的诚意所折服，一度承认重回君宪，重建秩序，恢复和平。这确实为和平解决政治危机提供了一个难得的契机。
大约正如你当年就指出的那样，武昌危机以及此后的六省独立，直至十四省独立，表面上都是给朝廷为难，是向朝廷独立，但仔细分析其本质，他们这些行动都是因为那年5月出现的皇族内阁和铁路国有干线两个重大政策引发的不满和抗争。当然，事情的真相现在已经很难复原了，你和你的同僚或许真的认为铁路干线国有是一项基本正确的政策选择，对于中国铁路健康发展非常重要，因此在出山前，你也曾对这项政策给予认同和支持，出山后也没有在这件事情上大动干戈，只是从组织上处置了办事不力不懂政治的盛宣怀，并没有触及铁路干线国有政策的核心。你的政策重心在皇族内阁，你好像也不太认同由这批皇族成员组成一个清一色的亲贵内阁、权贵内阁，因为从你后来授命筹组的新内阁名单看，你还是比较倾向于责任政治、有限授权，倾向于专业的、精英的政治组合。只是现在大家比较困惑的是，为什么在真正意义的责任内阁出台后，在南方比如黎元洪、黄兴等造反者大致能够接受重回君宪之后，大清王朝还是没有起死回生，还是走上终结走进历史了呢？
现在有一种解释是这样的，不知对否：责任内阁宣布后，政治转机确实出现，不过，责任内阁只是实行君宪的第一步，君宪的第二步或者说关键其实是由责任内阁组织全国大选，筹组正式国会，直至正式国会召集，由正式国会选举新的责任内阁，方才完成真正意义上的君宪。因此现在相当一批研究者认为，原本有希望和平解决的政治危机，最后走向失败，可能就是因为皇族、满洲贵族在正式国会选举问题上不愿再让步。
按照预备立宪规划，正式国会召集前的过渡形态是资政院，资政院的两百个议员有一百个是各省咨议局民选，这一部分没有问题，问题出在另外一百个“钦定议员”。这些钦定议员有军功贵族，有纳税大户，有博学鸿儒，这一部分也没有问题。据说问题主要出在那为数并不太多的各部院大臣或皇室、或亲贵这部分名额，他们担心将这一部分指标也放到各省竞选，这不仅有碍于他们的尊严，最主要的是他们有个基本判断，他们很可能无人当选，选民们仅仅出于对贵族政治的天然敌视，就不会赞成这批贵族继续当政，就会用选票将他们拉下来。所以满洲贵族就此进行殊死抗争，不再妥协，终于使原本极有希望的君主立宪功亏一篑。这当然非常可惜，许多人认为这是后来民国政治长期困扰动荡的一个根源。