对清廷而言，修订法律或许只是一个权宜之计，只是对列强的应付，只是使中国法律怎样更好地与西方接轨，不至于直接冲突，屡屡吃亏。然而当沈家本、伍廷芳等人对大清王朝现行法律条文进行全面清理之后，发现问题相当复杂，深切认识到所谓独树一帜的中华法系确实到了非改不可的程度。在他们看来，这种改革，不可能是一种在原有基础上的小修小补，而必须通过对原有法律的清理，参照东西各国现行法律条文，另起炉灶，重建中国现代法律体制。
经过几年精心准备，沈家本等人主持的重要机构“修订法律馆”于1904年5月15日正式开张，这个普普通通的机构在袁世凯等督抚大力支持下，高薪聘请日本法律专家参与中国新法律条文的制定。在日本专家的帮助下，修订法律馆在短短几年时间里，对大清帝国现行法律进行了全面清理，对未来可能需要的法律法案进行了系统规划，尽最大可能翻译和研究东西方各国法律，酌定名词，考辨文义，以东西各国法律为参照，大规模、大幅度对中国法律中与东西各国法律相抵触的内容、不适应的内容进行删减、修改，主要参照日本的法律建构重新规范了中国的法律制度。
中国当时之所以愿意参照日本的法律体系重构自己的法律架构，一方面因为中国和日本同文同种，语言文字上比较容易沟通，另一方面毫无疑问是中国此时发自内心佩服日本这个民族先走了一步。日本通过脱亚入欧已经在远东建立了一个名副其实的西方国家，即便在法律制度这个层面上，日本人也已经将许多西方各国行之有效的法律条款译成日文，通过“日化”重建了日本的法律制度。中国此时通过日本这个媒介，自然可以收到事半功倍的效果。
在日本法律专家帮助下，沈家本等参照东西各国法律体系，大刀阔斧地删减、重建中国的法律体制，经过几年时间的努力奋斗，大致建立起来了一个现代法律体系和司法制度，一些重要的、必备的法律、法规也都在那几年匆匆完成。这些新制定的法律法规为新政时期和此后的市场经济、自由经济和现代社会的运转提供了法律依据和制度支援，比如《奖励公司章程》《商标注册试办章程》《商人通例》《公司法》《破产律》《各级审判厅试办章程》《法官考试细则》《集会结社律》等，都是当时迫切需要的法律法规，也在后来的政治实践和现代社会运作中发挥了非常好的作用。
不过，对晚清十年乃至后来数十年中国政治法律制度发生重大影响和启示的，可能还是沈家本等人参照东西各国现行法律制定的几部根本大法，比如《大清刑事民事诉讼法》《大清新刑律》《民律草案》等，这几部根本大法分别在程序法和实体法领域为后来的法律现代化奠定了良好基础，开了一个很好的先例。
《大清新刑律》抛弃传统诸法合体的旧制，规范为一部单纯的刑法典，废除中国传统法律中的旧名词旧概念，诸如“笞、杖、徒、流、死”等五刑终于被规范为死刑、无期徒刑、有期徒刑、拘留和罚金，附加刑有剥夺公权和没收；确定了死刑的唯一原则，彻底废除了旧律中繁杂的死罪名目。此外，还有在西方各国习以为常的禁止刑讯、实行陪审和律师制度、改良监狱等，也都在那个时候逐步进入中国的法律体系。凡此，均使大清国的法律制度大踏步前进，大致能够满足中国与世界各国的交往需求，像清廷最初所要求的那样，与东西各国正常交流而无滞碍。
清末新政法律体制改革，虽然还有很多不尽如人意的地方，虽然许多新法典并没有得到完善，且大部分没有得到执行，但这场改革本身确实是中国法制史上前所未有的革命，是趾高气扬的中华法系第一次低下头来吸收东西各国法律优长，重造中华法系，为此后中国法律的走向规定了大致不变的路线图。即便大清国后来成为历史陈迹，大清王朝新政时期制定的法律制度也依然被标榜为“民主共和”的中华民国所继承。这出乎所有人的预料，同时也表明新政时期制定的法律法规实际上已不再反映传统中国的社会状态，实际上葬送了自秦汉以来传承了两千年之久的中国固有法律体系，参照近代中国社会的实际变动和发展，全面引进了西方法律的大框架大格局，因而这样的法律体系不再反映中国的过去，而是对未来新社会新制度有很高很殷切的期待，为新社会制度的发生准备了种子。
袁世凯“有密未告”
按照过去流行的看法，1898年“戊戌变法”之所以演变成“戊戌政变”，光绪帝之所以泣血瀛台、幽禁十年；康有为、梁启超等之所以流亡海外十几年；谭嗣同、康广仁、林旭、杨锐、刘光第和杨深秀六君子之所以壮志未酬，血洒菜市口，皆源于袁世凯叛变。在指控者看来，他们的计划只有袁世凯知道。袁世凯是维新罪人，是光绪帝的仇敌，所以过了十年有摄政王载沣替乃兄报仇，将袁世凯开缺。这一系列因果报应环环相扣，不由得不信。只是遗憾的是，这些只是传言，不是历史。
不速之客
1898年9月18日，夜幕沉沉，新任军机章京谭嗣同独身一人步履匆匆，前往位于王府井大街北头报房胡同的法华寺，拜访投宿在那里的袁世凯。
袁世凯是甲午战后体制内炙手可热的维新人物，三年天津小站练兵成效显著功名显赫，刚刚被朝廷任命为兵部侍郎，相当于后来的国防部副部长。袁世凯此次北京之行就是为了这件事，是朝廷循任职惯例安排谈话。昨天（9月17日）上午，袁世凯已经在颐和园觐见了皇上，皇上夸他兵练得好，军事学堂办得也好，叮嘱袁世凯继续努力，甚至还说可以与顶头上司、北洋大臣兼直隶总督荣禄各办各事。
皇上的格外关照让袁世凯很亢奋。18日，依然留在北京等待更具体安排的袁世凯见缝插针相继拜访了李鸿章和庆亲王。李鸿章是袁世凯的老上司，有伯乐之恩，如果没有李鸿章早年欣赏、提携，不可能有袁世凯的今天；庆亲王是恭亲王之后满洲贵族领袖，是朝廷此时大小事务的总管家。袁世凯与李鸿章就当时日趋紧张的军事形势交换看法，分析英国多艘军舰在大沽口外游弋究竟出于什么目的。至于庆亲王，袁世凯在庆王府等到傍晚也没有见到，据说庆亲王留在颐和园参与军机，大约也是与英国军舰动向有关。
疲惫的袁世凯刚回到这个临时寓所，就收到荣禄派人送来的急件，叮嘱袁世凯留心英国军舰异动，让袁世凯尽快归队。由于袁世凯已经奉旨定于20日请训，不便立即离开北京回天津。袁世凯请幕僚起草了一个奏折说明缘由，请军机处变通安排在明天（19日）请训。
当袁世凯与幕僚正在秉烛起草奏折时，忽闻门外有人声。很快有人持名片来报，说是新任军机章京谭嗣同大人有公来见，不候传请，谭嗣同已至会客室。
对于谭嗣同，袁世凯当然相当了解。知道谭大人既是康有为的密友，也为今上近臣，而且，谭嗣同在维新阵营中是有思想有见解有担当的，坐而言，起而行，黑白通吃。袁世凯凭经验估计，谭嗣同不请自来，行色匆匆，绝对不是简单道贺，不是一般性寒暄，必有要事相商，于是停笔出迎。
围园劫后
见面之后当然少不了一番寒暄，谭嗣同对袁世凯荣升兵部侍郎表示祝贺，但不容袁世凯回话，谭嗣同立即表示有密语相告。袁世凯稍感诧异，即请入内室，屏退仆役，各自略表久仰及相见恨晚等意。谭嗣同以面相之法恭维袁世凯有大将格局，又不容袁世凯客套，转而忽问袁公的请训时间是不是后天。
袁世凯告诉谭嗣同，原本安排请训谢恩的时间是后天，只是现在突然接到天津方面的电报，知英国兵舰数艘在大沽口海面游弋，正在准备具折明日请训，请训后即回天津。听了袁世凯的说明，谭嗣同迅即引入正题，正色道：“外侮不足忧，大可忧者，内患耳。”
谭嗣同的说法激起了袁世凯的注意，急询其故，谭嗣同说：“袁公此次受到破格提拔，必将有以图报。皇上现在面临大难，非公莫能救。”袁世凯闻言失色，急忙辩白：“袁某世受国恩，本应力图报称，况己身又受不次之赏，敢不肝脑涂地，图报天恩？但不知皇上难在何处？”
听了袁世凯的表态，谭嗣同还算满意，于是直截了当告诉袁世凯，根据他们所掌握的情况，袁公的顶头上司、直隶总督兼北洋大臣荣禄最近向皇太后献策，将行废立之谋，皇上面临巨大危险。袁公作为荣禄亲信，难道毫无觉察？袁世凯说，在军营的时候，袁某也常与荣大人晤谈。察其词意，忠君爱国，从来没有操纵废立之类的阴谋。谭大人所说闻所未闻，恐怕道听途说，不足为训。
对于袁世凯的解释，谭嗣同将信将疑。但是为了说服袁世凯，谭嗣同还是按照先前与康有为等人商定的思路，挑拨袁世凯与荣禄的关系，让袁世凯与荣禄决裂，为我所用。谭嗣同说：袁公固然是光明磊落的人物，但荣禄此人极其狡诈，他表面上对袁公信任有加，甚至让别人都觉得对你不错。其实，根据我们所掌握的情况，荣禄在内心深处对袁公猜疑、防范甚多。一个最简单的例证，袁公辛苦这么多年，劳苦功高，成就显著，中外钦佩，但去年袁公仅仅晋升了一级，这是什么原因？说白了，就是荣禄故意抑制你。
在接下来的谈话中，谭嗣同告诉袁世凯，南海康有为先生对你一直不错，曾在皇上面前保荐过你，但皇上表示曾听皇太后提及你，只是荣禄常常说袁世凯飞扬跋扈，不可重用。皇上对此也很纳闷，以为袁世凯办事甚为明白，但为什么总有人说他不可重用呢。谭嗣同以天子近臣的身份告诉袁世凯，你袁世凯这一次被破格提升，不知皇上为你费了多大劲。谭嗣同当然不是要和袁世凯侃大山，他的目的就是要袁世凯设法救皇上。问题在于，袁世凯根本不相信荣禄谋反弑君，不相信政治高层会发生这样的非常政变。袁世凯的犹疑不决逼着谭嗣同拿出真凭实据，好像谭嗣同也早已想到了这一点。谭嗣同遂从衣兜拿出一张纸片，但见上面写着：
荣禄谋废立弑君，大逆不道，若不速除，上位不能保，即性命亦不能保。袁世凯初五请训，请面付硃谕一道，令其带本部兵赴津，见荣某，出硃谕宣读，立即正法。即以袁某代为直督，传谕僚属，张挂告示，布告荣某大逆罪状，即封禁电报局、铁路，迅速载袁某部兵入京，派一半围颐和园，一半守宫，大事可定。如不听臣策，即死在上前。
很显然，这张纸片是谭嗣同写给皇上的报告，至于是否送上去，皇上是否有批复，谭嗣同并没有说。久经沙场的袁世凯应该说见过世面，但这张小纸条看得他大汗淋漓心惊肉跳。袁世凯心中暗想，此类据兵谋反的主意，才是真正的大逆不道，罪大恶极。他不禁反问谭嗣同：谭大人建议派兵包围颐和园，意欲何为？
谭嗣同说，慈禧太后是最大的祸首与罪魁，不除此老朽，国不能保，政不能改，皇上无权，一切都无从进行。不过，这件事不需劳袁公大驾，自有谭某另外安排，袁公不必过问。
剑拔弩张
慈禧太后是当时中国实际上的最高领导者，谭嗣同等人竟然准备对慈禧太后动手，这件事实在是非同小可。袁世凯深知，多年训练与影响，慈禧太后的地位不仅在内外大臣心目中至高无上，即便是一般士兵，也对皇太后怀有无限崇拜与景仰，以这种军队去捕杀皇太后，根本就不能成功。袁世凯坦率告诉谭嗣同：皇太后听政三十余年，迭平大难，深得人心。袁某带兵，常以忠义为训诫，如令以作乱，不必可行。
谭嗣同对袁世凯的担忧不以为然，他自信地告诉袁世凯：“我雇有好汉数十人，并电湖南召集好将多人，不日可到，去此老朽，在我而已，无须用公。但要公以二事：诛荣某、围颐和园耳。如不许我，即死在公前。公之性命在我手，我之性命亦在公手。今晚必须定议，我即诣宫请旨办理。”
既然谭嗣同把话说到这个份上，袁世凯已无退路可言。但毕竟此事太过于重大，除了恐惧之外，也必须冷静面对。久经沙场、见过世面的袁世凯并没有被谭嗣同逼到死角，他从容告诉谭嗣同：“此事关系太重，断非草率所能定。今晚即杀我，亦决不能定。且谭大人今晚请旨，上亦未必允准。”谭嗣同告诉袁世凯：“袁公不必担心，谭某自有挟制之法，必不能不准。后天早上袁公请训谢恩时定有硃谕一道面交袁公。”
据袁世凯事后描述，由于当时他看到谭嗣同气焰凶狠，类似疯狂，然谭嗣同毕竟是天子近臣，又不知有何来历，如此时明白拒绝，肯定翻脸，谭嗣同或许真敢“即死在”这儿，至于还会发生什么事情，袁世凯想都不敢想。他此时唯一能做的，就是设法推宕，不节外生枝，不过度激怒谭嗣同。袁世凯的推宕理由是：天津为各国聚处之地，若忽杀直隶总督，中外官民必大讧，国势即瓜分。且北洋有宋庆、董福祥、聂士成各军四五万人，淮练各军又有七十多营，京内旗兵亦不下数万，袁某统领的新军不过七千人，出兵至多六千，如何能办此事？恐在外一动兵，而京内必即设防，还没有等到袁某领兵开拔，皇上可能就将陷入危险境地。